单细胞转录因子分析第25页

基于Simulink的用于电力系统动态分析

通过该程序，可以进行时域仿真、模态分析、参与因子分析和可视化、频率响应分析以及常规和智能控制器的

然哥依旧·2023-09-18 01:28

使用edgeR进行无重复差异表达分析

写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑转录组入门（7）：差异表达分析.另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析,所以专门去学了edgeR我个人是不太推荐没有重复的差异表达分析，毕竟统计学上的

xuzhougeng·2023-09-18 01:59

好用的小工具及数据库资料

biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表输入就可以了,如果基因的重要性有区别就勾选"orderedquery"选项.除了做pathwayenrichment分析外还有基因ID转换等功能关于转录因子结合位点预测

程凉皮儿·2023-09-17 23:30

scanpy官方教程2022||06-scRNA-Seq与空间转录组整合分析：scanorama

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/integration-scanorama.html【注意教程有两个版本，这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行多个Visium

_十三·2023-09-17 16:11

10X空间转录组与卷积神经网络（CNNs）

相信许多做生物信息学的童鞋来说，空间转录组是最近很火的技术，但是不知道大家发现了没有，我们做空间的分析对于空间位置信息利用的很少，大多数情况我们就是把很多单细胞的分析方法映射于空间，从生物学的角度看，当然是没有问题的

单细胞空间交响乐·2023-09-17 10:19

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

InferCNV可以用于肿瘤单细胞RNA-Seq数据中鉴定大规模染色体拷贝数变异，例如整个染色体或大片段染色体的扩增或缺失。

TOP生物信息·2023-09-17 08:29

关于单细胞TPM、Count数据的处理

今天正好看了一个很优秀的帖子答读者问(6)：单细胞TPM矩阵如何分析？，就着github写一点总结，方便以后自己处理TPM数据的时候用。

18kkk·2023-09-17 06:42

专栏十：10X单细胞的聚类树绘图

经常在文章中看到对细胞群进行聚类，以证明两个cluster之间的相关性，这里总结两种绘制这种图的方式和代码，当然我觉得这些五颜六色的颜色可能是后期加的，本帖子只总结画树状图的方法例一文章Single-cellanalysesimplicateascitesinremodelingtheecosystemsofprimaryandmetastatictumorsinovariancancer1.图1

18kkk·2023-09-17 06:40

单细胞教程04-09

发了几次总是被锁定，哎，再发一次吧04单细胞测序质量控制https://mp.weixin.qq.com/s/Q8TtPfELASf0E5u2WsXg0g05单细胞RNA-seq：归一化和PCA理论https

土豆学生信·2023-09-17 03:18

“对称散点图”的绘制（R语言）

R语言绘制基因表达基因的“对称散点图转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。

纪伟讲测序·2023-09-17 03:05

HPA数据库概要（Human Protein Atlas）

HPA数据库（HumanProteinAtlas）是基于蛋白组学,转录组学以及系统生物学数据，可以绘制组织、细胞、器官等图谱。

翾格格·2023-09-17 02:52

Cell｜单细胞分析揭示结直肠癌中髓系靶向治疗的机理

等在Cell上发表了题为“Single-CellAnalysesInformMechanismsofMyeloid-TargetedTherapiesinColonCancer”的研究文章，该研究通过单细胞测序技术对结直肠癌患者肿瘤组织免疫细胞亚群进行了分析

LifeScienceMed·2023-09-17 00:43

linux学习100篇34：转录组分析用软件及安装mutiqc

错了multiqc少了l$condainstall-ymutiqcCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:failedwithinitialfrozensolve.Retryingwithflexiblesolve.Collectingpackagemetadata(repodata.json)

Seurat_·2023-09-16 16:21

RNA-seq流程学习笔记（8）-使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

参考文章：RNA-seq(5):序列比对RNA-seq练习第二部分转录组入门（5）：序列比对1.进行格式转换的原因BAMandSAMformatsaredesignedtocontainthesameinformation.TheSAMformatismorehumanreadable

垚垚爸爱学习·2023-09-16 11:14

单细胞数据可视化工具怎么选？硬核测评13种scRNA-seq可视化工具

单细胞交互式分析和可视化工具已被科研界广泛采用。它们使数据导入、公共数据访问和分析更容易为用户所用，并加速了科学的发展。

尐尐呅·2023-09-16 03:49

AI一点通： OpenAI whisper 在线怎么调用，怎么同时输出时间信息？

OpenAI语音转文字whisperAPI提供了两个端点，即转录和翻译，这基于我们最先进的开源大型v2Whisper模型。它们可以用来：将音频转录成音频所在的语言。翻译并将音频转录成英文。

robot_learner·2023-09-16 02:14

芯周刊·第3期 | 单细胞&空间转录组测序文献速览导读

01单细胞转录组结果协助重新定义结直肠癌亚型目前，结直肠癌分子亚型主要考虑上皮亚型、微卫星状态和纤维化，分为微卫星不稳定免疫激活型、经典型，代谢型，间质型，这种分类方法无法区分癌细胞和基质细胞的个体差异

生物芯时空·2023-09-16 01:06

10X单细胞-10X空间转录组联合分析之八----STRIDE（三维重构）

这一次我们来分享一下单细胞空间联合分析的软件STRIDE，文章在STRIDE:accuratelydecomposingandintegratingspatialtranscriptomicsusingsinglecellRNAsequencing

单细胞空间交响乐·2023-09-15 23:21

【空间&单细胞组学】第2期：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型

这次的文献分享，dy讲解的文献标题为：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型。

TOP生物信息·2023-09-15 07:12

生命从一开始就被设计好了？

对于这个问题，目前科学界比较公认的结论是地球上的生命都是来自于海洋上的单细胞生

素子_a7f4·2023-09-15 02:31

2022-05-24如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？

NGS基础-GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何提取这些序列。NGS基础-参考基因组和基因注释文件提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf，也可从文后链接获取。查看下文件内容

麦冬花儿·2023-09-15 00:55

Science adv | 转录因子SPIC连接胚胎干细胞中的细胞代谢与表观调控

代谢是生化反应网络的结果，这些反应吸收营养物质并对其进行处理，以满足细胞的需求，包括能量产生和生物合成。反应的中间体被用作各种表观基因组修饰酶的底物和辅助因子，因此代谢与表观遗传密切相关。代谢结合表观遗传涉及疾病，癌症和发育等多方面。今天我们来看看在胚胎干细胞中E26转化特异性（ETS）TFs家族的Spic如何影响代谢与组蛋白修饰。发表单位：贝尔法斯特女王大学期刊：Scienceadvances（

爱基百客·2023-09-14 20:39

预测多基因扰动的转录结果

作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器（GEARS，graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator），这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法，利用单细胞

tzc_fly·2023-09-14 16:57

音视频技术开发周刊 | 310

学术头条|基于网络科学的人工智能揭示基因信息如何利用单细胞塑造形体近日，由清华大学脑与智能实验室复杂网络智能中心（CCNI）主任CarloVittorioCannistraci教授与北京大学韩敬东教授共同指导的国际科学家团队在

LiveVideoStack_·2023-09-14 12:43

单细胞数据整合鉴定肿瘤细胞

公众号：生信诊断所本文是一则学习笔记，但有干货这里的数据是保密的，做了哪些处理也不能说。就单纯为了测试liger整合数据和Seurat对象直接的转换，还有scCATCH工具的细胞类型注释。LIGER（LinkedInferenceofGenomicExperimentalRelationships）基因组实验关系关联推断,用一种整合非负矩阵分解算法。主要的步骤分为：数据预处理和归一化，联合因子分解

11的雾·2023-09-14 06:21

基于 MATLAB 的电力系统动态分析研究【IEEE9、IEEE68系节点】

可以获得时域仿真、系统线性化、模态分析、参与因子分析和可视化、控制器的优化放置、反馈信号选择、频率响应分析

然哥依旧·2023-09-14 03:19

2022-04-12

NatBiotech丨单细胞形态和转录状态的综合空间分析原创珍奇图灵基因2022-04-1209:54收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、本文提出了一种多模式结构化嵌入

图灵基因·2023-09-13 18:39

CDA Level 1建模分析-因子分析

CDALevel1最后一部分，是整个cdaLevel1中占比重最高的一个部分，整体占比为40%；主要分为五个部分：1，主成分分析4%，因子分析2%2，系统聚类法2%，K-means聚类法3%3，对应分析

嬛嬛非甄嬛·2023-09-13 12:33

10X空间转录组CNV和速率分析的空间图谱

hello，我们今天要继续扩展10X空间转录组的个性化分析，其中主要是CNV分析和速率分析的空间图谱，参考文献在Spatiotemporalheterogeneityofglioblastomaisdictatedbymicroenvironmentalinterference

单细胞空间交响乐·2023-09-13 12:10

1-2细胞的结构

细胞的结构一.细胞学说所有动植物都是由细胞组成细胞是生物的基本单位新细胞由老细胞分裂产生二.多种多样的细胞原核细胞(单细胞生物)细胞壁:肽聚糖等细胞膜:普通膜(后面会讲)核糖体拟核:裸露的DNA不与蛋白质结合特殊结构

HURC咸鱼·2023-09-13 11:09

基于 Cell ID 的单细胞基因指纹特征提取和细胞身份识别的新方法

题目是“Genesignatureextractionandcellidentityrecognitionatthesingle-celllevelwithCell-ID”，翻译出来是“基于CellID的单细胞水平基因指纹特征提取和细胞身份识别方法

黄树嘉·2023-09-13 10:46

生信分析 Cell详解|大规模单细胞转录组分析揭示COVID-19免疫学特征（张泽民团队力作！）

主刊，题目为“COVID-19immunefeaturesrevealedbyalarge-scalesinglecelltranscriptomeatlas”，文章第一作者和通讯作者中汇集了多名我国单细胞测序方面的顶尖专家

概普生信·2023-09-13 09:12

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。

六博说·2023-09-13 08:00

在线作图|在线做有/无生物学重复的差异分析

有/无生物学重复的差异分析差异分析在转录组分析中运用广泛，它是计算两组间差异表达的基因的分析，常包含差异表达水平分析、重复相关性评估、差异表达基因聚类分析等等。

维凡生物·2023-09-13 00:39

linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记

两个练手数据：2.1转录组数据：/public/study/mRNAseq/tair/的转录组的测试数据，具体教程可以看其博客：http://www.bio-inf

谢兴豪·2023-09-12 16:50

毕业论文

可变剪切的分析，参考https://www.jianshu.com/p/ecef1d9e53e7Cytoscape的网络构建，做出重点基因的网络无重复转录组的分析（DEGSeq）文章撰写材料方法补充完善研究背景相关文献综述结论与讨论

wo_monic·2023-09-12 16:55

10X单细胞（10X空间转录组）批次效应去除大盘点

单细胞空间交响乐·2023-09-12 14:59

单细胞数据科学的十一个重大挑战

随着单细胞技术的成熟，人们得以在单细胞水平观摩生命现象了，在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在单细胞水平上应用一遍，其中最常见的就是测序技术。

周运来就是我·2023-09-12 08:24

一文读懂10X单细胞上游分析软件cellranger

随着单细胞研究越来越多，基于Single-CellSequencing发表的文章也越来越多，涉及领域涵盖了肿瘤、发育、神经科学、免疫等。如何从庞大测序数据中获得单个细胞的表达谱成为数据解析的关键点。

Seurat_·2023-09-12 05:58

2020-02-19 Day28 膀胱尿路上皮癌肿瘤突变负荷与免疫浸润的多组学分析

通过GDC工具从TheCancerGenomeAtlas数据库获得转录组概况和体细胞突变数据。总共包括437个样本，包括412名BLCA患者和匹配的25个正常样本。

卅衣·2023-09-12 03:31

单细胞转录组细胞注释概述

细胞注释三步走：1）自动注释、2）手动注释、3）验证图片首先，自动注释目前分两大类，一类是用预定的‘markergene’（比如：在某一种类型的细胞中表达某一种特定的基因），我们称marker-basedannotation。另一类是通过和一些已知的细胞类型比较细胞或cluster的基因表达模式来注释。我们称reference-based或Correlation-basedannotation自动

11的雾·2023-09-12 02:17

【突破钆污染限制，探CyTOF应用无限可能】浙大医学院陈伟教授课题组开发了去除质谱流式数据中钆污染信号的新算法

该文章开发了一套用于去除单细胞质谱流式数据中的钆污染信号的计算方法。普罗亭参与了该研究全过程，从前期的实验设计，样本处理，上机检测、数据分析

普罗亭·2023-09-12 01:59

超体

海洋A00·2023-09-11 23:44

单细胞分析去除批次效应/整合数据

上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开/偏移的情况，比如第3群，这种就是批次效应：image接下来我会介绍Seuratv3的标准整合流程、Seurat结合Harmony的整合流程，仍然使用上一个数据集1.Seuratv3的标准整合流程对于不同样本先分别运行Seurat的标准流程到

Seurat_Satija·2023-09-11 23:32

Epigenetics文献学习：组蛋白标记在控制转录周期中的功能作用

文章主要介绍了HistoneMarks在转录周期不同步骤里的作用。

生信start_site·2023-09-11 19:58

果蝇胚胎单细胞转录组图谱

在这里，我们使用单细胞测序精确分期的胚胎，并设计了Dis

周运来就是我·2023-09-11 19:23

【空间&单细胞组学】第1期：单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境

6.19那天我在公粽号发布了创建空间&单细胞组学文献学习小组的帖子，同时出了几个思考题。因为人数有所控制，最终的小组成员只确定了9位，还有十多位联系我的朋友，没有赶上这次的班车，向你们表示歉意。

TOP生物信息·2023-09-11 19:30

单细胞分析---测序文库拆分 (Demultiplexing)

对于所有数据类型，”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列(cellbarcode)和UMI。如果提前知道加入的细胞条形码，比如数据来自基于PCR板的方案，只需要找到条形码并与条形码库作比对，归类于与之最相似的那个就可以(根据条形码的设计，一般允许最多1-2个错配)。这些数据通常在比对之前先做拆分，从而可以并行比对，提高效率。我们可以利用很多公开的脚本，可以拆分任何plate-

jjjscuedu·2023-09-11 11:00

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之TCRdist3(7)neighbor graph analysis（CoNGA）

今天我们来分享CoNGA的分析原理，其实我们最关系的就是和是怎么计算和运用的。首先是TCR的分析（10X的结果文件）Clonotypedatafrom10xgenomicsisfirstconvertedintoaTCRdist'clonesfile'andthematrixofTCRdist（这个软件提到过很多次了）distancesiscomputed.1、克隆数据的过滤2、Kernelpri

单细胞空间交响乐·2023-09-11 09:01

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。

felix108·2023-09-11 06:20

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