单细胞转录因子分析第32页

2019-12-05

棉属(Gossypium)是世界上重要的农业属，其种皮上单细胞的表皮毛（棉花）是人工选择最为成功的产品之一。

Amyinn·2023-08-02 23:43

RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量

hisat2构建索引#进入参考基因文件所在目录cd/home/jiamj/analysis/ref#激活rnaseq分析环境condaactivaternaseq#提取外显子和可变剪切构建转录组比对的索引文件

小小白的jotter·2023-08-02 18:42

肿瘤/非肿瘤/单基因/单细胞/非编码：史上最全生信分析攻略！！！

短评：非肿瘤疾病做预测模型确实比肿瘤疾病做预后模型要有新意4.非肿瘤单细胞发7+，让你的科研起飞短

生信修炼手册·2023-08-02 14:56

临床数据 4. 肿瘤克隆进化分析结果解读？

克隆进化生信分析教程我们在桓峰基因公众号也推出克隆进化分析教程，从组织到单细胞的克隆进化分析都有介绍，供大家参考：Clone1.肿瘤克隆进化之前世今生Clone2.肿瘤克隆进化之不同进化模Topi

桓峰基因·2023-08-02 14:55

临床数据 5. 如何构建微卫星不稳定性结直肠癌预后评分系统？

克隆进化生信分析教程我们在桓峰基因公众号也推出克隆进化分析教程，从组织到单细胞的克隆进化分析都有介绍，供大家参考：Clone1.肿瘤克隆进化之前世今生Cl

桓峰基因·2023-08-02 14:55

copyKAT从单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数CNV

也是通过单细胞转录组数据来推断细胞的染色体倍数，进而推断是正常细胞（diploid）还是肿瘤细胞（aneuploid）。它还可以进一步对肿瘤细胞进行聚类，找出不同的亚群。首先看一下原理及工作流程图。

Seurat_Satija·2023-08-02 09:08

2022-06-27肝脏发育学习

使用转基因Foxa2eGFP报告小鼠系，我们对从E7.5到E15.5的10个胚胎阶段分离的内胚层和肝细胞进行了单细胞全长mRNA测序。

科研与生信记录·2023-08-02 07:13

GEO数据上传的详细步骤演示

GEO数据上传的详细步骤演示想必很多老师、同学们对转录组相关数据如何上传至GEO数据库存在困惑，本篇整理了GEO数据上传的相关步骤，教大家如何上传数据。

纪伟讲测序·2023-08-01 23:22

MIA用于单细胞和空间的联合分析

MIA，多模态数据取交集方法，是针对SpotCluster水平上利用单细胞注释信息来对ST-Spot聚类结果进行细胞类型注释。

单细胞空间交响乐·2023-08-01 21:23

2010年郭国骥老师的开篇作（一）

ResolutionofCellFateDecisionsRevealedbySingle-CellGeneExpressionAnalysisfromZygotetoBlastocyst利用单细胞基因表达分析揭示从受精卵到胚泡细胞命运决定的解析作者程凉皮老师文章点评

不如好好学生信吧·2023-08-01 20:16

【R>>scRNA】单细胞交响乐1-理解SingleCellExperiment对象

先定个小目标，系统的学习完刘小泽老师的《单细胞交响乐1-31》单细胞分析大致可分为上半场和下半场分析：大体流程清楚后，我们就来引出今天的主角→Singl

高大石头·2023-08-01 20:41

特征选择策略：为检测乳腺癌生物标志物寻找新出口

内容一览：microRNA（小分子核糖核酸）是一类短小的单链非编码RNA转录体。这些分子在多种恶性肿瘤中呈现失控性生长，因此近年来被诸多研究确定为确诊癌症的可靠的生物标志物(biomarker)。

HyperAI超神经·2023-08-01 19:30

单细胞注释-marker参考

AGuidetoTCellMarkersAGuidetoRegulatoryTCellMarkersAGuidetoBCellMarkersAGuidetoNKCellMarkersAGuidetoDendriticCellMarkersAGuidetoMonocyteMarkersAGuidetoMacrophageMarkersAGuidetoNeutrophilMarkers

科研小徐·2023-08-01 17:11

mirRNA与lncRNA研究策略

一、miRNA的一般研究策略miRNA也称微RNA、microRNA，是真核生物中广泛存在的一种长度为21-23nt的RNA分子，可通过与mRNA的结合，抑制mRNA的转录，因此在基因表达调控、细胞周期

Ray钱·2023-08-01 12:42

噼里啪啦新·2023-08-01 09:13

论文写作注意事项

Theory用已知理论来说明Method①一个因变量可以由几个自变量来说明，不能只是某一个自变量y＝f（x１、x２、x３）x１x２x３因子分析だけよく文化culture-機構（institution，administration

凤西·2023-08-01 08:55

浅谈为人父母

从物种起源的那一刻开始，我想不光是人类社会，就是连单细胞的生物，他们也是在一种奉献

酥疏述·2023-07-31 22:32

10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性

10X空间转录组时空基因细胞动态（共定位）绘图10X空间转录组分析之细胞

单细胞空间交响乐·2023-07-31 22:07

2019-06-22 因子分析（一）：原理

数据来源于：文彤老师因子分析的思想核心是降维和浓缩，简单来说，把很多个的变量浓缩成几个变量。

6d1d91c78cfd·2023-07-31 21:22

一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化 | 收藏教程

----Du•转录组使用hisat2比对后，我们会

小杜的生信筆記·2023-07-31 21:59

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2023-07-31 14:44

医学博士需要掌握的10万个为什么之3---假基因

[1]假基因可视为基因组中与编码基因序列非常相似的非功能性基因组DNA拷贝，一般情况都不被转录，且没有明确生理意义。

Seurat_·2023-07-31 13:07

验证性因子分析步骤（详细）

上一篇文章中，初步介绍了验证性因子分析的功能及应用场景。下面通过一个实例来具体了解一下，验证性因子分析的操作步骤以及过程中需要注意的内容。

spssau·2023-07-31 12:54

2020-06-14

转录：一、认定了的路，再痛也不要皱一下眉头，你要知道，再怎么难走都是你自己选的，你没有资格喊疼。二、不到最后一刻，千万别放弃。

陈安娜·2023-07-31 10:02

各物种转录组数据下载和可视化

qTeller.png二、水稻:rap-db下载，如转录本Os11t0559200-00，搜索，可以找到https://rap

新_世_界·2023-07-31 03:32

来一波基于干细胞指数的生信分析思路吧！

我们使用一种创新的一类逻辑回归机器学习算法来提取源自非转化多能干细胞及其分化后代的转录组和表观遗传特征集，建立干细胞指数模型，评估肿瘤干细

vegene·2023-07-30 23:45

干货 | 一文读懂miRNA的生物合成、调控机制及研究热点

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等，而在众多的RNA类型中，越来越多的研究者将目光聚焦到miRNA

中科新生命·2023-07-30 13:32

空间转录组聚类分析与生态位

作者，追风少年i对于单细胞和空间转录组的数据分析而言，聚类分析都是绕不开的一个话题，从单细胞数据分析的角度看，聚类分析得到的聚类结果，每个群代表了某种细胞类型，运用经典的marker或者生信的手段可以将其注释并用于下游的个性化分析

单细胞空间交响乐·2023-07-30 11:47

肾上腺基础

来源于血液中的低密度脂蛋白（LDL）3.肾上腺分泌激素相对量：糖皮质激素10-20mg/d，盐皮质激素100-150μg/d，雄激素>20mg/d4.ACTH是POMC（阿片黑皮质素前体）的一部分，腺垂体有POMC基因的转录

张帆_d681·2023-07-30 09:11

左手靶向基因，右手组学结合 — 多维发展的10x Genomics单细胞转录组

单细胞转录组测序允许在单细胞水平直接分析基因表达，并在单细胞水平分析细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。

贝瑞科服·2023-07-30 07:57

单细胞研究 | Cell BLAST：一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具

遇到批次效应做单细胞数据分析时，我们常常用到不同时期或不同测序平台的数据，即使是同样的细胞类型也可能不能聚类到一个细胞群中。

尐尐呅·2023-07-30 06:28

Seurat包的打分函数AddModuleScore

在单细胞数据分析的过程中，Seurat包提供了一个为一个基因集打分的函数AddModuleScore（自定基因集），为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA，今天我们来看看Seurat这个函数的用法和意义

单细胞空间交响乐·2023-07-29 23:25

你的身体30亿岁了！

从30亿年前漂浮在浅海里的单细胞斑点开始，制造你身体的基因就已经存在了。

朵伊·2023-07-29 19:15

植物一区H&R | 植物生理组+转录组：揭示豆科植物响应干旱胁迫机制

中国计量大学徐沛教授团队在《HorticultureResearch》期刊上(IF=7.291)发文中，利用PlantArray和转录组在豇豆和毛豆中精细地揭示

SHANGHAILINGEN·2023-07-29 17:26

多组学高分文献14-乳腺癌定量蛋白质组学和蛋白质组学前景

Breastcancerquantitativeproteomeandproteogenomiclandscape乳腺癌定量蛋白质组学和蛋白质组学前景期刊：NatCommun；影响因子：12.121发表单位：瑞典卡罗林斯卡研究所等导读分子水平上，乳腺癌基于转录组表达谱可以分成

纪伟讲测序·2023-07-29 13:25

单细胞36计之9隔岸观火---Seurat中的数据可视化方法

第九计隔岸观火隔着河看对岸的火。比喻对别人的危难不予援救而在一旁看热闹。此计是坐观敌人的内部恶变，不急于采取攻逼手段，顺其变，“坐山观虎斗”，最后让敌人自残自杀，时机—到而我即坐收其利，一举成功。我们将使用2700PBMC教程中先前计算的Seurat对象，在Seurat中演示可视化技术。您可以从SeuratData下载此数据集SeuratData::InstallData("pbmc3k")lib

Seurat_Satija·2023-07-29 10:31

10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析

hello，大家好，随着10X单细胞、10X空间转录组如火如荼的进行中，我们的分析内容和手段也要进入深水区了，很多深入和细节的分析需要我们格外注意了，今天我们来分享两个非常好的点，希望大家能够深入分析自己的数据

单细胞空间交响乐·2023-07-29 08:49

2019-10-27寻找rDNA的足迹（9）

读文献真的很瞌睡，很瞌睡，很瞌睡，很.......zzZZ众所周知，核糖体由核糖体蛋白与核糖体RNA共同组成,rRNA是由前体rRNA经过复杂的剪接得到，pre-rRNA是rDNA的转录本，而rDNA是在几个染色体上邻近端粒的重复片段

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-07-29 02:55

单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化

肿瘤进化是单细胞里面做肿瘤内部异质性一个比较创新的角度，我参与的课题中也用到了这个分析。公众号后台回复20210420获取今天的数据和部分代码。

TOP生物信息·2023-07-29 01:46

10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之UMAP

hello，大家好，关于降维算法，在之前分享的文章10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识）详细介绍了tSNE的降维原理，但是大家都知道，在我们分析10X单细胞或者10X空间转录组数据的时候

单细胞空间交响乐·2023-07-28 21:12

2019-07-23

零基础快速入门单细胞转录组BulkRNA-seq需要百万级别的cell建库不适用于异质性的表达不适用于基因表达的随机性而单细胞都可以满足AvivRegev（BroadInstitute）是干细胞领域的大牛

DrLyo·2023-07-28 19:33

【文献速递】-cell-颠覆性技术：DBiT-seq空间高分辨率的多组学技术

空间转录组技术在一定程度上提供了基因表达空间异质性信息，但如何在大组织区域内进行高分辨率、多组学、无偏差的生物信息分析仍然是一个科学难题。

基因侦探·2023-07-28 15:53

Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder

0.简介这篇文章是2019年发表在NatureCommunications上的使用自编码器对单细胞RNA-Seq数据进行降噪的工作，通讯作者是FabianJ.Theis,来自于德国。

Zhai1994·2023-07-28 12:08

我的谣言

百亿年前，开启的程序不断发展的基因变体单细胞的造物主一阴一阳的平衡、对立抛弃，一代又一代——过渡着的躯体时间是完美主义者，做着改造与毁灭的选择进步，是评价的唯一标准生命，选择了道德不断完善的新品取悦着，

彤山老师作文课·2023-07-28 10:24

人体内的旅行

每一个出生的婴儿，由一个单细胞被受精了以后，在母亲的肚子里待了40个星期之后，便要离开母体的子宫，到一个新的环境去生活，在那里婴儿的肺会迎来第1次的呼吸，可是这时肺里充满着羊膜液体，并没有苏醒，想要呼吸十分困难

R琳茜·2023-07-28 10:28

学习小组Day7笔记--大羽

文字版的原理,总结的比较全图片版原理视频版原理密码：bxsry43.测序类型（根据组学分类）信息流各个阶段：总结-来自生信星球公众号基因组→转录组→蛋白组→代谢组4.测序相关的概念高通量测序、基因组测序

海岛眠·2023-07-28 08:23

单细胞DNA测序揭示胃食管交界处癌的基因组异质性和克隆进化

天津医科大学肿瘤医院副院长徐波发表在FrontiersinOncology的文章GenomicHeterogeneityandClonalEvolutioninGastroesophagealJunctionCancerRevealedbySingleCellDNASequencing摘要胃食管交界（GEJ）癌是一种发生在胃和食管交界处的肿瘤。GEJ癌经常转移到淋巴结，但其异质性和克隆进化过程尚不

亦是旅人呐·2023-07-28 07:21

空间转录组检测靶点定量技术----Digital Spatial Profiler（DSP）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的空间转录组技术---DigitalSpatialProfiler（DSP），目前公司打算引进，我们来看看这个空间技术又有什么样独特的角度。

单细胞空间交响乐·2023-07-28 07:47

技术前沿 | CellTrek：结合空间和单细胞转录组数据分析空间结构

NatureBiotechonology上发表题为“Spatialchartingofsingle-celltranscriptomesintissues”的研究论文，开发了一种名为CellTrek的计算方法，结合了空间转录组以及单细胞转录组数据集

百奥益康·2023-07-28 03:08

生信专题十余种案例

集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用原文链接案例部分图示：案例图示一：基于自编码器的单细胞转录组-蛋白组学整合分析案例图示二：基于蛋白组学-代谢组学的肿瘤生物标志物发现案例图示三：基于GWAS-表型组学的肺癌风险因子研究案例图示四

lixuegaoyunfeng·2023-07-28 01:35

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