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单细胞转录因子分析
如何定义基因下游的区间
我们知道上游很重要啊,因为可能会调控
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,但注释的时候,没有上游这个东西,为什么呢?
Y叔_HKU
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2023-09-04 11:26
Gene body甲基化
开花植物中可根据甲基化富集的区间将基因分为五类:UM(umethylatedgenes)在genebody上三种甲基化context都不富集gbM(genebodymethylation)CG在
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区间上富集
horsefish
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2023-09-04 10:04
ChIP专题 | 如何进行ChIP-qPCR富集验证
这项技术能够帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰或
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因子结合。目前也是众多学者研究蛋白-DNA互作的主流技术。
爱基百客
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2023-09-04 06:34
ChIP-seq
其他
组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享
ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀与二代测序结合,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、
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因子等互作的DNA序列。
爱基百客
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2023-09-04 06:34
ChIP-seq
其他
生活中的心理学之为什么我们吃“辣”东西会感觉到痛?
我们的味觉感受器——味蕾,只能感觉到五基本种味道:酸、甜、苦、咸、鲜(也就是味精),味觉感受器
单细胞
记录结果显示,单个细胞对于基本味道中的某一种最为强烈。其中并没有我们所认知的辣,这是因为辣
遇见一片海
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2023-09-04 06:08
单细胞
学习教程-Python+R学前准备
Scriptsfor"Currentbest-practicesinsingle-cellRNA-seq:atutorial"该教程来自已发表文献:M.D.Luecken,F.J.Theis,"Currentbestpracticesinsingle-cellRNA-seqanalysis:atutorial",MolecularSystemsBiology15(6)(2019):e8746htt
程凉皮儿
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2023-09-04 02:54
空间
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组分析-工具箱
空间
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组注释通过marker进行spot注释1、手动2、使用工具-SingleR空间
转录
组第九讲:利用SingleR进行细胞类型注释if(!
大魔王鱼鱼鱼
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2023-09-03 16:20
跟着Cell学
单细胞
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组分析(八):
单细胞
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组差异基因分析及多组结果可视化
接着
单细胞
下游分析:从Cell学
单细胞
转录
组分析(一):开端!!!
KS科研分享与服务
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2023-09-03 16:46
10X
单细胞
个性化分析之CNV篇
目前
单细胞
分析而言,分析方向大致包括以下几个方面,1)器官发育(这个用空间
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组更为合适);2)疾病样本,尤其是肿瘤样本的分析研究;3)其他非模式物种的细胞图谱。
单细胞空间交响乐
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2023-09-03 12:17
2022-04-19
黑色素瘤恶化和免疫编辑的高精度空间图景原创huacishu图灵基因2022-04-1909:14收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=39.397推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者整合了3D高分辨率显微镜和空间
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组学来研究原发性黑色素瘤的免疫逃避和免疫编辑
图灵基因
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2023-09-03 11:34
生物基础知识---CDS,基因,Matlab生物信息工具箱
编码区是指能够
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信使RNA的部分
素材积累
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2023-09-03 09:39
论文写作
单细胞
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组数据 + 动力学:常见软件包&一般研究内容
目录RNA剪接动力学:eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学:eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络
素材积累
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2023-09-03 09:09
笔记
紫微斗数天地人三盘
例如整一个宇宙有一太极,一个
单细胞
也有一太极,甚至组成单细包的每一分子,也都各有一太极。太极是气,是宇宙万有的能源,化成阴阳,阴阳交构而化育万物;万物之中复皆涵蕴着太极。
Hi小憨
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2023-09-03 03:38
linux学习100篇39:
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组分析用软件及安装trim-galore
安装(rnaseq)root11:58:44~$condainstall-ytrim-galoretrim-galoreCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.cutadaptremovesadaptersequ
Seurat_
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2023-09-03 01:47
求臻医学:肿瘤免疫微环境+RNA:破解免疫治疗单一biomarker困境
同时,RNA种类繁多、功能复杂,借助RNA-NGS这一强大而灵活的
转录
组学工具,深度解析免疫微环境,助力免疫治疗策略优化,已取得极大进展……本期,求小臻将带领大家一起
求小臻
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2023-09-03 00:35
求臻医学
肿瘤精准医疗
科技
轰动学界的Nature重磅进展:生信研究迎来史诗级大爆发
相关技术的突破,2020年CRISPR技术获得诺贝奖,短短不到十年时间CRISPR技术荣获最高学术荣誉随着高通量生物技术的发展,已经开发了多种组学技术来表征不同但互补的生物信息,包括基因组学、表观基因组学、
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组学
生信宝典
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2023-09-02 19:30
10X
单细胞
和10X空间
转录
组学联合分析运用的方法思路及运用
hello,大家好,今天我们来总结一些10X
单细胞
和10X空间
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组联合分析的运用案例,让我们对10X
单细胞
和10X空间
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组的联合分析有一个深入的认识。
单细胞空间交响乐
·
2023-09-02 17:24
文献(5):
单细胞
转录
组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性
一句话评价:小样本量
单细胞
转录
组在冷门疾病领域应用前景尚可,常规套路也能发NC1.Title标题可以看出本研究的主要内容:①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性;②找到一群(相对于正常样本)在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞
TOP生物信息
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2023-09-02 17:29
斑马鱼转基因载体与转基因鱼的命名
因为最近看到一个斑马鱼
单细胞
的文献,看实验部分的时候,看那斑马鱼品种看得我很懵逼,就索性了解下下咯TgBAC(agrp2:Gal4-VP16)tlv05;Tg(UAS:nfsB-mCherry)c264
Aji
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2023-09-02 16:34
三十六策 第 14 策 三才合一
三十六策第14策三才合一三十六策第14策三才合一KEGG把通路分为七大类,是全面覆盖的分法:第一类是代谢;第二类是遗传信息传递,包括基因
转录
、翻译、蛋白转运、降解等;第三类是环境信息传递,包括膜转运和信号传导
Kururu1799
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2023-09-02 09:13
10X
单细胞
(10X空间
转录
组)BCR(TCR)数据分析之(9)changeo
hello,大家好,前面分享了很多有关TCR的数据分析,今天我们来继续这个专题,今天的分享都是为后续最终的目的做准备,现在还都只是中间过程,好了,我们今天我分享的软件是changeo,大家可以参考文章Change-O:atoolkitforanalyzinglarge-scaleBcellimmunoglobulinrepertoiresequencingdata,2015年便发表了,而我们分享这
单细胞空间交响乐
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2023-09-02 06:53
关于爱情甜甜的插画,人甜画更甜!
但是表达的意思都很明确阿加莎还有一个双胞胎姐妹她在自己作品的表达上说过:“我不一定会尝试用我的作品传达信息,而是尝试
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画画的ENZO
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2023-09-02 01:21
老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境
单细胞
RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC
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组多样性减少直接相关,这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的
felix108
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2023-09-02 00:36
量化交易-单
因子分析
-alphalens
1.数据准备1.1计算因子IC重要函数defget_clean_factor_and_forward_returns(factor,prices,groupby=None,binning_by_group=False,quantiles=5,bins=None,periods=(1,5,10),filter_zscore=20,groupby_labels=None,max_loss=0.35,z
大虾飞哥哥
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2023-09-01 23:53
量化交易
pandas
python
大数据
降噪音频
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Krisp: v1.40.7 Crack
主打人工智能降噪服务的初创公司「Krisp」近期宣布推出音频
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功能,能对电话和视频会议进行实时设备
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。该软件还整合的Chat@GPT,以便快速总结内容,开放测试版于今天上线。
sdk大全
·
2023-09-01 22:23
笔记
Krisp
Nature| 论2023年最新“ 颠覆性 ”技术,人工智能在基因组学与
单细胞
直线开挂
一、科研背景生物医学是综合医学、生命科学和生物学的理论和方法而发展起来的前沿交叉学科,基本任务是运用生物学及工程技术手段研究和解决生命科学,特别是医学中的有关问题。机器学习技术能利用复杂的算法在大规模、异质性数据集中进行运行,在生物医学方面、人类基因组项目、癌症全基因组项目、等项目上都表现出了巨大的潜力,收集并分析与医学疗法和患者预后相关的大量数据集或能将医学转化称为一种数据驱动、以结果为导向的学
秀材
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2023-09-01 16:32
机器学习
人工智能
深度学习
恐龙
距今38亿年前,地球上开始出现了生命,那是生活在海涪的一种
单细胞
动物——草履虫;经过了数亿年的变化,草履虫演变成了爬行动物,生活在海洋、陆地和天空中心;又经过了时代的漫长变迁,世界上的第一只恐龙出现了。
小杰g
·
2023-09-01 14:07
DNA 比对
DNA在
转录
复制的过程中可能会发生随机的偏差,这才最终造就了生物的多样性。为了简化问题,我们假设,DNA在复制的时候可能出现
唐梓航-求职中
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2023-09-01 08:47
时空组专辑数据库文献详解 | Flysta3D:果蝇胚胎和幼虫的3D时空图谱
基于华大自主研发的高分辨率时空组学技术Stereo-seq,构建了模式生物果蝇的晚期胚胎和幼虫的3D时空发育图谱,鉴定了发育中果蝇中肠的空间亚区,解析了幼虫精巢细胞命运的转变,揭示了果蝇发育过程中潜在的空间
转录
因子调控网络
尐尐呅
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2023-09-01 03:19
单细胞
转录
组揭示乳腺癌转移能量代谢改变
Transcriptionaldiversityandbioenergeticshiftinhumanbreastcancermetastasisrevealedbysingle-cellRNAsequencing,
单细胞
转录
组揭示乳腺癌转移能量代谢改变
拾光_2020
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2023-09-01 01:12
2020-06-17 RIPSeeker: 用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关
转录
本的统计R包
RIPSeekerclp17June,2020RIPSeeker:用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关
转录
本的统计R包RIPSeeker使用具有负二项分布概率的双态HMM(two-stateHMMwithnegativebinomialemissionprobability
程凉皮儿
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2023-09-01 01:36
二美:基因编辑的担忧——如果出现比我们完美的超级人类,会是灾难吗?
他通过基因编辑技术,在
单细胞
阶段,为两个婴儿露露和娜娜进行基因手术,去掉了她们的CCR5基因。说这样她们就可以天生免疫艾滋病病毒。艾滋病病毒之所以能攻击人类,靠的就是CCR5基因生产的蛋白质。
作家二美
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2023-09-01 00:54
单细胞
空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用
作者,EvilGenius新的一周,主要这周开始世界杯开赛了,看比赛的时间多了一点,个人喜欢德国队,不知道大家对世界杯有没有兴趣。今天的文章我们来分享一点新的内容。文章在Effectoftheintratumoralmicrobiotaonspatialandcellularheterogeneityincancer导读:肿瘤相关菌群是人类癌症类型肿瘤微环境的固有组成部分。迄今为止,肿瘤内宿主-微
单细胞空间交响乐
·
2023-08-31 21:21
Pancancer之肿瘤的细胞系模型
转录
组综合分析
作者的思路很清晰,利用TCGA数据库和CCLE数据库,评估细胞与肿瘤组织的相关性,并进行下游的
转录
组学分析,最终得到了所谓的TCGA-110,就是说与各类原发肿瘤相关度最高的细胞系类型。
熊逸Byron
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2023-08-31 14:57
Ensembl 简介及其参考基因组
网址https://asia.ensembl.org/index.htmlEnsembl是一个脊椎动物基因组的基因组浏览器,支持比较基因组学、进化、序列变异和
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调控的研究。
花色匆匆
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2023-08-31 14:06
SPSS--s04典型相关分析
典型相关基本原理典型相关分析是主成分分析和
因子分析
的进一步发展,是研究两组变量间的相互依赖关系,把两组变量之间的相互关系变为研究两个新的变量之间的相关,而且又不抛弃原来变量的信息,这两个新的变量分别由第一组变量和第二组变量的线性组合构成
211统计课堂
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2023-08-31 07:01
算法
人工智能
机器学习
高通量测序的前世今生
今天有师弟问我关于
转录
组测序和基因芯片的东西。问题如下:芯片里面用RMA方法标准化的方法是以FPKM作为标准么?
研平方
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2023-08-31 06:23
读章太炎先生《今日青年之弱点》
太炎先生的今日青年之弱点原载于1919年《少年中国学会会务报告》第一期今日重读,尤为感慨,今日之青年,所述之弱点,没有改进,甚或更甚了,特
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下来。
李德才
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2023-08-30 21:14
2021-12-23
DNA(extrachromosomalDNA,ecDNA)几乎不存在于正常细胞中,却存在于接近一半的人类癌症细胞中,这表明对这类异常DNA的研究对我们理解肿瘤形成与进化具有重要意义.EcDNA中心在没有
转录
的情况下
图灵基因
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2023-08-30 21:06
10X
单细胞
(10X空间
转录
组)聚类分析之scDCC
hi,各位好,今天我们努努力,看一下10X
单细胞
和10X空间
转录
组普遍存在的dropout现象对我们数据分析的影响和文章中的方法scDCC是如何规避的,文章在Model-baseddeepembeddingforconstrainedclusteringanalysisofsinglecellRNA-seqdata
单细胞空间交响乐
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2023-08-30 12:41
Transformer (Attention Is All You Need) 论文精读笔记
AttentionIsAllYouNeed)AttentionIsAllYouNeed参考:跟李沐学AI-Transformer论文逐段精读【论文精读】摘要(Abstract)首先摘要说明:目前,主流的序列
转录
wyypersist
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2023-08-30 08:04
研1沉淀
transformer
attention
Self
Attention
Multi-Head
Attn
单细胞
测序做到啥程度能毕业|博士篇
相较于
单细胞
测序本身而言,毕业显然是各位更关注的问题,"
单细胞
测序做到啥程度能毕业"这个问题总是在我的脑海中挥之不去,此前我们已经整理了硕士篇的内容:
单细胞
测序做到什么程度能毕业|硕士篇。
Biomamba生信基地
·
2023-08-30 07:09
文献速递
其他
数据挖掘
手把手教你做
单细胞
测序数据分析(五)——细胞类型注释
前面的课程中基本已带领大家将
单细胞
测序预处理部分打通了,这里给大家介绍的是
单细胞
测序中最让人头疼的细胞类型注释。
Biomamba生信基地
·
2023-08-30 07:08
单细胞测序
数据分析
数据挖掘
手把手教你做
单细胞
测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化
往期回顾:在前面的课程中我们已经进行过“单样本数据分析”、“多样本数据整合”、“细胞类型注释”等内容的学习,相信大家现在已经能够对
单细胞
测序数据分析流程及Seurat对象的基本结构拥有了一定的了解。
Biomamba生信基地
·
2023-08-30 07:08
单细胞测序
数据分析
数据挖掘
手把手教你做
单细胞
测序数据分析(二)———数据读取
相信经过大家这一个礼拜的学习,已经能够熟练的掌握R语言与Linux,现在我们就正式开始课程!有疑惑欢迎后台交流。一、代码:library(multtest)if(!require(multtest))install.packages("multtest")if(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install
Biomamba生信基地
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2023-08-30 07:08
单细胞测序
数据分析
数据挖掘
手把手教你做
单细胞
测序(四)——多样本整合
手把手教你做
单细胞
测序(四)——多样本整合(B站同步播出,先看一遍视频再跟着代码一起操作,建议每个视频至少
Biomamba生信基地
·
2023-08-30 07:08
单细胞测序
开发语言
信息可视化
数据分析
Cancer Letters|胰腺癌:蛋白组+
转录
组
今天跟大家分享的是2019年11月发表在CancerLetters上的一篇文章,影响因子6.508。Noveltargetsidentifiedbyintegratedcancer-stromalinteractomeanalysisofpancreaticadenocarcinoma癌-基质相互作用组分析确定的胰腺癌新靶标首先让我们通过摘要了解一下这篇文章的主要内容,胰腺癌微环境对癌症的发展,进
概普生信
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2023-08-30 07:42
数学建模之
因子分析
因子分析
(FactorAnalysis)是一种统计方法,用于分析多个观测变量之间的关系,并试图将这些变量归因于少数几个潜在因子。它的主要目的是减少数据的维度,同时保留数据中的重要信息。
奋进的大脑袋
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2023-08-30 06:14
数学建模
信息可视化
视频中的声音怎么提取出来?这样做提取出来很简单
或者,可能需要将视频中的对话
转录
为文本,以便更轻松地编辑和共享内容。无论目的是什么,提取视频中的声音都可以帮助我们更好地利用视频资源。那么怎么提取呢?教大家几种简单方法,一起来了解下吧。
hudunkjpdf
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2023-08-29 22:13
经验分享
学习
【文献分享,IF=66.85】CyTOF分析发现毒性T细胞加剧COVID-19重症风险
为了鉴定T细胞是否参与了免疫病理或者哪一亚类的T细胞导致免疫损伤,德国柏林大学研究团队将
单细胞
蛋白组(CyTOF)与
单细胞
转录
组(scRNA-seq)技术相结合,评估COVID-19重症过程中致病T细胞的功能和诱导信号
普罗亭
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2023-08-29 19:45
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