单细胞转录因子分析

萝卜硫素（SFN）对血红素氧合酶-1（HO-1）的作用

HO-1基因的5′侧翼区域包含的转录因子结合位点调控炎
福山生物·2023-08-29 19:58

【珍藏版】热点综述 | 单细胞多组学研究怎么做？

这一优势促进了单细胞多组学分析的发展，使细胞类型特异性基因调控得以检测。单细胞多组学研究怎么做？
尐尐呅·2023-08-29 17:00

易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述

越来越多的证据表明，m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割，以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能。
易基因科技·2023-08-29 13:40

8月14日武汉见 | 易基因与您相约2023年度表观遗传与染色质生物学大会

易基因科技将携RNA修饰研究、DNA甲基化和羟甲基化研究、染色质结构构象与DNA互作研究、单细胞组学研究等表观特色产品亮相本次大会。欢迎各位老师前来易基因13号展位
易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制｜科研进展

转录因子（如PRDM1/BLIMP1、PRDM14和TFAP2C）和信号分子（如BMP和WNT）
易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性｜科研进展

越来越多的证据表明，RBP通过调控编码或非编码RNA的可变剪接、转运、稳定性、降解和翻译，在基因表达的转录后调控中发挥着关键作用，但RBP中RNA结合motif蛋白33（RNA-bindingmotifprotein33
易基因科技·2023-08-29 13:09

易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinalvesicle，GV)卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizinghormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和早期胚胎发育能力。同时还需要卵母细胞和粒细胞(granulosacell，GC)之间高度复杂的激素和能量互相
易基因科技·2023-08-29 13:09

易基因：5mC DNA甲基化介导茶树组织功能分化和重要风味物质合成调控｜植物研究

在植物中，5mCDNA甲基化修饰（简称5mC甲基化）是一个重要而保守的表观基因标记，参与基因组稳定性、基因转录调控、发育调控、非生物胁迫响应、代谢物合成等多种调控。
易基因科技·2023-08-29 13:08

【趋势速览】-单细胞研究数据库揭示转录组学研究趋势

迄今为止已发表的1000多项单细胞转录组学研究构成了生物发现的宝贵而庞大的资源。
六博说·2023-08-29 12:29

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy DART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器

afastandaccurateRNA-seqmapperwithapartitioningstrategyDART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器AbstractMotivation(动机):近年来，大规模并行cDNA测序（RNA-Seq）技术已成为提供高分辨率测量表达和检测低丰度转录本的高灵敏度的强大工具
wangchuang2017·2023-08-29 02:16

捋一遍单细胞测序分群鉴定——基于seurat官网和网上资料~

在看完seurat官方分群教程后https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html感觉又收获很多东西，决定写下笔记，更好地去了解这个包，和单细胞测序数据的分析原理
申伟_4009·2023-08-29 00:29

2019-11 文献阅读报告

Batcheffectsinsingle-cellRNA-sequencingdataarecorrectedbymatchingmutualnearestneighborsLalehHaghverdi，AaronTLLun，MichaelDMorgan，JohnCMarioninaturebiotechnology文章摘要随着单细胞测序数据集规模增
xianmao123·2023-08-28 21:00

RNAvelocity系列教程9：# scVelo应用-动力学模型

动力学模型在这里，我们使用通用动力学模型来解释完整的转录动态。这产生了一些额外的见解，如潜在时间和假定驱动基因的识别。与以前的教程一样，应用胰腺内分泌发育数据集来展示。
Seurat_·2023-08-28 19:05

桑基图在单细胞数据探索中的应用

什么是桑基图桑基图（Sankeydiagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，比较适用于用户流量等数据的可视化分析。因1898年MatthewHenryPhineasRiallSankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。用一个故事来介绍一下桑基图：这个非常著名的图是CharlesMina
周运来就是我·2023-08-28 12:34

黄单胞菌在多种生物膜下的差异基于表达

本研究对逆转录黄单胞菌转录组在单种生物膜、双种和四种菌群中与根嗜寡养单胞菌、氧化单胞菌和溶淀粉酶Paenibacillusamylolyticus的基因表达进行了比较分析。
小三的后一位小四·2023-08-28 12:04

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

09测序数据处理（不是不好就不用，而是要尽可能去处理，挖掘数据的价值；即使是好的数据也需要处理）---也就是对数据进行过滤。[if!supportLists]1.[endif]过滤啥（1）非“基因组”本身序列（自身加的4个，adapter接头；测序引物；barcode;index等）1.1去adapter反向互补，adapter一般在0.1以下；1.2去除含N碱基过多的reads(错配最多5bpr
不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因

凋亡细胞表达线粒体基因，并将这些转录产物输出到哺乳动物细胞的细胞质中。
周运来就是我·2023-08-28 09:20

数学建模 因子分析

目录简介数学模型利用SPSS进行因子分析步骤对分析结果解读KMO和巴特利检验公因子方差总方差解释成分矩阵及旋转后的成分矩阵旋转后的因子载荷散点图成分得分系数矩阵简介因子分析和主成分分析法是一种对数据进行降维处理的方法
今天美美吃饭啦·2023-08-28 05:39

单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据

上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开/偏移的情况，比如第3群，这种就是批次效应：接下来我会介绍Seuratv3的标准整合流程、Seurat结合Harmony的整合流程，仍然使用上一个数据集1.Seuratv3的标准整合流程对于不同样本先分别运行Seurat的标准流程到找Vari
TOP生物信息·2023-08-28 04:32

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf--star~/gene_annotation/GRCm38.primary_
好风凭借力·2023-08-27 22:26

Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform

八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按单细胞RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。
Seurat_·2023-08-27 21:49

2020-07-07 单细胞数据.h5文件转换成seurat对象

第一步：从GEO数据库下载.h5文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3892578第二步:Rstudio加载包，读入数据library(Seurat)library(ggplot2)library(cowplot)library(Matrix)library(dplyr)library(ggsci)library(scat
Merlin_cd6c·2023-08-27 17:35

查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

转录起始点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。UTR（UntranslatedRegions)：即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。
weixinsuoxian·2023-08-27 10:49

为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。
基因学苑·2023-08-27 08:44

"探索性因子分析EFA是个啥？"

在很多研究中，我们需要的变量都不能或者不容易被直接测量，比如，假如我们要研究家庭环境和学校环境对学生成绩的影响，我们要如何测量家庭环境和学校环境？虽然我们不能直接测量家庭环境和学校环境，但是我们可以通过一些相关的可测量变量来反映这些不可测量的变量，比如我们使用家庭年收入、父母学历等等指标来反映家庭环境；用学校排名，学校本科率，学生所在班级排名等指标来衡量学校环境但是细心的小伙伴会发现，家庭收入和父
于饼喵·2023-08-27 08:40

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍
Danny_dddf·2023-08-27 04:50

10X空间转录组重点分析合集2

作者，追风少年i马上国庆了，祝大家节日快乐，我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学
单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

拖延与创意

[捂脸]我在这个时候最需要的是宽慰，所以又把亚当·格兰特的TED演讲看了一遍，转录其中一段献给99%拥有拖延症的正常人[奸笑]，️我们接纳自己，笑口常开。
沈磊·2023-08-26 22:28

基因的分子结构

基因经过转录形成PremRNA，这里面包含着内含子和外显子（5端是以外显子打头，但是这段外显子不仅包含CDS，还包含5'UTR；3端是以外显
LeoinUSA·2023-08-26 18:12

Nat Commun|十月新思路-亚型结合单细胞研究肿瘤的表观遗传揭示肿瘤异质性

十月份发表在《naturecommunication》上的一篇关于神经内分泌癌（NEC）的研究，根据神经转录因子ASCL1和NEUROD1的表达，揭示了两种不同的NEPC亚型，虽然在细胞系和人类肿瘤抑制模型
概普生信·2023-08-26 14:33

知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测

转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。
bioyigene·2023-08-26 12:27

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!
bioyigene·2023-08-26 12:57

Meta 推出 SeamlessM4T，无缝翻译和转录语音和文本

与目前最先进的语音到文本任务模型相比，SeamlessM4T模型在语音到文本任务中对抗背景噪声和说话者变化的表现更好Meta宣布推出SeamlessM4T，一种基础的多语言和多任务模型，可以无缝翻译和转录语音和文本
ejinxian·2023-08-26 10:13

成功日记

1，今天早上继续油漱口、抹脸，冰灸，拍了视频发圈2、今天继续读《小狗钱钱》，明白基金的选择原则:成立10年以上的公司及近3年的利润，波动小；跨国，3、转录海峰老师的课到喜马拉雅4、出去晒了太阳，活动了活动
紫竹林1970·2023-08-25 23:50

copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor）

hi，各位，2021年1月份发表了一篇文献Delineatingcopynumberandclonalsubstructureinhumantumorsfromsingle-celltranscriptomes,2021年1月发表于naturebiotechnology，影响因子36分多，非常高，前几位的作者都是中国人，非常值得一看，文章中推出新的推断肿瘤细胞CNV的方法：copyKAT，也是通过
单细胞空间交响乐·2023-08-25 15:19

2022-05-17

CellReports|全新阻断转录因子功能的策略抑制p53反应图灵基因图灵基因2022-05-1707:03收录于合集#前沿分子生物学机制研究人员一直在寻找转录因子（TF）靶点，这是一种众所周知的难以阻断的蛋白质
图灵基因·2023-08-25 14:47

什么叫“纳米孔测序”？

纳米孔测序正在被大量应用于基因组组装、全长转录本检测和碱基突变检测，以及快速临床诊断和疫情监测等更专门的领域，今天小编带来2021年11月发表在NATUREBIOTECHNOLOGY上的高分综述（
概普生信·2023-08-25 14:36

2021-12-22

自身免疫炎症期间稳态和致病性细胞的转化原创骄阳似我图灵基因2021-12-2207:03收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：骄阳似我IF：41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文通过在体内稳态和CNS自身免疫炎症期间对84000多个Th17细胞的转录组和
图灵基因·2023-08-25 05:04

转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集

写在前面：本文是新手学习全记录，仅供参考，欢迎交流！1.rawdata1.1QCfastqc-oout_pathfilenamemultiqc./1.2数据量统计调用工具：iTools使用：iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40#去除高于40%低质量碱基数量的reads-n5#去除多
NICE_AGIS·2023-08-24 20:39

Meta AI发布SeamlessM4T模型，支持转录和翻译近100种语言｜已开源

一、前言MetaAI近期的重磅动作频频不断，短短一个多月的时间接连发布了一系列开源大模型，下面我们看看都有哪些有影响力的产品。2023年7月14日MetaAI隆重推出CM3leon，这是一款首个多模态模型，可实现最先进的文本到图像生成性能，计算效率是竞争模型的5倍。2023年7月18日Meta和Microsoft推出下一代Llama，Llama2可免费用于研究和商业用途。Llama2是Meta的开
技术狂潮AI·2023-08-24 15:08

数据分析之路应该是就此开启了

统计分析：包括假设检验、回归、因子分析、聚类等，探究变量之间的相关性和影响因素。机器学习：分类、聚类
iiiLISA·2023-08-24 15:54

单细胞 & 空间整合去批次方法比较

作者，追风少年ihello，大家好，没有最好，只有更好，因为单细胞这张关系网越来越大了。今天继续回答粉丝提出的问题，关于多样本整合方式的问题，方式有很多种，我先把常见的列举出来，我们一一讨论。
单细胞空间交响乐·2023-08-24 13:28

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

转录组分析是一种快速有效的基因组调查、大规模功能基因和分子标记鉴定的方法[1]。
罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

生信小白教程之Count转TPM，FPKM

相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。
生信宝库·2023-08-24 08:00

No module named ‘quantopian‘

但例子的功能都是准备股票数据，计算因子，分析因子，回测这些步骤，所以自己准备好数据再调用alphalens的因子分析模块就好了。
sidney·2023-08-23 15:45

R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构

在单细胞领域，稀疏矩阵对于处理scRNA-seq表达谱数据是非常必要的，构建分析对象的时候它们
Nh_code·2023-08-23 14:13

感兴趣的SNP/区域上是否有增强子/转录因子？增强子/转录因子调控哪个靶基因？（EnhancerDB）

前段时间毕业论文盲审，有一位盲审老师提的意见：到EnhancerDB网站看一下SNP上是否有增强子、如果有的话再看一下所在的增强子调控的靶基因是否为感兴趣的基因（真优秀，就喜欢这种直接提供干货的老师）。于是我搜了一下EnhancerDB，看到底干嘛用的。EnhancerDB全称是Awebdatabasetodiscovertheregulaterelationshipsinthecontextof
橙子牛奶糖·2023-08-23 09:29

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯之组间通讯差异分析（scDiffCom）

hello，大家好，今天我们来学习一个很实用的分析方法，scDiffCom，主要研究组间通讯差异，比如正常和疾病样本之间，不同发育样本之间的通讯差异等等，比较实用。大家多多学习，文章在scAgeCom:amurineatlasofage-relatedchangesinintercellularcommunicationinferredwiththepackagescDiffCom。我们来看看示例
单细胞空间交响乐·2023-08-23 03:19

单细胞分析揭示iCAF亚群在膀胱癌治疗中的靶标作用

作者：biogevin审稿：童蒙编辑：amethyst我们在前面已经介绍过膀胱细胞的相关背景（认识膀胱细胞——单细胞水平比较Human和Mouse的不同）以及膀胱癌的恶性影响，而今天这篇文章，则对膀胱癌做了进一步的挖掘
生信阿拉丁·2023-08-23 02:26

Seurat4系列教程（搬运工，细节待更新）

转自公众号《单细胞天地》系列文章标准流程Read10XCreateSeuratObjectPercentageFeatureSetsubsetNormalizeDataFindVariableFeaturesScaleData
白云梦_7·2023-08-22 20:05
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