单细胞转录因子分析第26页

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell

MC学公卫·2023-09-11 02:54

PMBOK之旅|| 项目运行环境

大家好，我是周运来，是一名单细胞的产品经理，我所承担的工作职责就是产品管理和项目管理工作。简单地说，我们是通过一个个项目来管理我们的业务，项目管理和业务思维是不可分割的一体两面。

周运来就是我·2023-09-10 20:13

IF: 13+基于scRNA-seq研究生物合成的微环境支架在小鼠皮肤伤口愈合中的应用

骨髓瘤的分子组成突显了导致多发性骨髓瘤的进化途径IF：5+7种癌症免疫治疗证明DNA损伤反应通路突变可作为免疫检查点封锁疗效的潜在生物标志物IF：11+研究CpG岛甲基化表型病因和致癌转化的泛癌综合分析IF：7+基于转录组水平上探究

桓峰基因·2023-09-10 20:43

SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)

简介immunarch是专为分析T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)而设计的R包，主要为医学科学家和生物信息学家量身定制。immunarch的使命是使免疫测序数据分析尽可能轻松，帮助您专注于研究而不是编码。关键特性1.Dataagnostic快速轻松地操作免疫库数据:A.软件包自动检测文件的格式-不再猜测文件的格式（可分析任何类型的数据:single-cell,bulk,datatables

桓峰基因·2023-09-10 20:13

号外号外，桓峰基因单细胞生信分析免费培训课程即将开始，快来报名吧！

单细胞生信分析教程桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之

桓峰基因·2023-09-10 20:12

SCI 文基于转录组数据识别CNV并可视化 (CaSpER)

转录组生信分析教程桓峰基因公众号推出转录组分析教程，有需要生信的老师可以联系我们！

桓峰基因·2023-09-10 19:41

基因类型

-基因有三类：第一类编码序列，编码蛋白【转录+翻译功能】；第二类只有转录没有翻译功能【tRNA+rRNA】；第三类不转录基因，调控基因表达【启动子、操纵子】-基因组：单倍体细胞中包含编码序列和非编码序列的全部

YX_Andrew·2023-09-10 02:28

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之(8)neighbor graph analysis（CoNGA）

今天我们来分享10X单细胞和TCR联合分析的代码部分，之前的基础知识，大家要掌握，代码已经是最后一步了。

单细胞空间交响乐·2023-09-09 17:20

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc

单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

复现3：AD外周血的单细胞转录组与免疫组库分析

Single-CellRNASequencingofPeripheralBloodRevealsImmuneCellSignaturesinAlzheimer'sDiseasePMID:34447367|IF=7.561|FrontImmunol.2021Aug91、关于文章文献思路：作者对来自AD病人与Normal对照的外周血取样，同时进行单细胞转录组测序与单细胞免疫组库测序

小贝学生信·2023-09-09 15:03

景联文科技可为多模态语音翻译模型提供数据采集支持

8月22日Facebook的母公司MetaPlatforms发布了一种能够翻译和转录数十种语言的人工智能模型——SeamlessM4T，可以在日常生活中或者商务交流中为用户提供更便捷的翻译和转录服务。

景联文科技·2023-09-09 09:33

达尔文进化论出错了吗？为什么在五亿年前，寒武纪发生生命大爆发

达尔文的进化论认为所有生物都只有一个共同祖先，生物是从简单到复杂，从单细胞到多细胞逐渐发展而来。但寒武纪的生物似乎是突

寒武纪来客·2023-09-09 09:54

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之VECTOR

hello，大家好，今天分享一个轨迹分析的软件VECTOR，文章在UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDirectionsforSingleCellsUsingVECTOR,2020年8月发表于CellReport，影响因子8.1分，关于轨迹分析的软件太多了，我们这次来看一看示例代码UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDire

单细胞空间交响乐·2023-09-09 06:10

2022-08-03 单细胞findmarker找到的基因居然vlnplot时发现上下调不一致？

做单细胞转录组的数据的时候很多时候都找了一个细胞类型之后，想知道这个细胞类型中case和control组上下调基因时怎么样的，做差异嘛，大部分都会做到，这里讲我犯得一个错误。

jiarf·2023-09-09 06:22

斯坦福 CS229 机器学习中文讲义翻译完成

机器学习中文讲义第一部分到第三部分第四部分生成学习算法第五部分支持向量机第六部分学习理论第七部分正则化与模型选择感知器和大型边界分类器K均值聚类算法混合高斯和期望最大化算法第九部分期望最大化算法第十部分因子分析第十一部分主成分分析第十二部分独立成分分析第十二部分强化学习和控制线性二次调节

布客飞龙·2023-09-09 04:59

转录组测序数据分析

本文参考文献https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095#materials进行bulkRNA-seq数据分析首先进行原始数据的下载，当然因为文章中已经有了链接进行数据的下载，因此直接使用wget命令就能完成所需数据的下载，但是也要学会基本的测序数据、参考基因组、注释文件、index索引文件的下载，当然也可以自己建立index文件。rawdata下载

柴本·2023-09-08 20:26

单细胞数据库整理

一、human和mouse的单细胞数据库1.PanglaoDB人鼠单细胞数据库，比较全面，数据库里面也有celltypeMarker2.SingleCellPortal-BroadInstitute界面不是那么好用

Seurat_Satija·2023-09-08 17:32

人群中的老头（转录）

别说我幸福，我也有撕心裂肺的痛苦；别说我睡眠质量好，我也有彻夜难眠的痛苦；别说我一路鲜花环绕，我也有汗水泪水交织的痛苦。其实，我只是沙漠里的的小草，河流中的小虾，人群中的老头。做索然无味的事，藏喜怒哀乐的情，个中滋味，只有自知。

闲墨堂主·2023-09-08 14:29

基于Simulink的用于电力系统动态分析

通过该程序，可以进行时域仿真、模态分析、参与因子分析和可视化、频率响应分析以及常规和智能控制器的

长安程序猿·2023-09-08 08:36

Seurat4.0系列教程18：Weighted Nearest Neighbor Analysis（WNN)）

同时测量多种模式的数据，也称为多模式分析，代表了单细胞基因组学的一个令人兴奋的前沿，迫切需要新的算法来定义基于多种数据类型的细胞状态。

Seurat_Satija·2023-09-08 07:53

手把手带你撸一把爱奇艺万能播放器：使用FFmpeg转录网络直播流

Kepler_II·2023-09-08 06:50

跟着Science学分析之单细胞组织偏好性分析（OR）

我们之前写过计算单细胞比例的很多帖子，目的就是看看对照组与实验组相比，是否有些细胞类型或者亚群数量发生了显著改变：最近，看到之前张泽明教授团队发表在Science上的文章：《Pan-cancersinglecelllandscapeoftumor-infiltratingTcells

KS科研分享与服务·2023-09-08 05:37

详细介绍最新版可变剪接软件rMATS

可变剪切（alternativesplicing）是一种后转录生物学过程，对细胞活动和疾病过程具有重要的且广泛的影响。研究表明人的基因组中有超过90-95%的多外显子基因存在可变剪切。

生信阿拉丁·2023-09-08 05:27

2018.9.2 复盘 265day 何以醉

直至今天下午，也尽是把鲁林希学习力十节课全部下载下来了，然后是上传到网盘再让人转录。本来想要晚上整理高源的课程，可是又在又在玩手机玩手机，搞得只整理一遍就眼困了。早些洗澡真好，方便早睡。

何以醉·2023-09-08 03:53

人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位（一）

本文作者通过人体肺组织单细胞RNA测序数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2，同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。

玫姝儿·2023-09-08 02:14

【动植物研究动态】20220722文献解读

Science|农科院作科所周文彬：水稻中转录因子OsDREB1C同时提高光合作用效率和氮素利用效率Atranscriptionalregulatorthatboostsgrainyieldsandshortensthegrowthdurationofrice

生物信息与育种·2023-09-07 23:38

实用干货|如何开始单细胞测序数据分析

近5年来，单细胞检测方法已经能够在单个实验中监测数千个单个细胞的基因和蛋白质表达、遗传和表观遗传变化。

百奥益康·2023-09-07 22:09

单细胞RNA-seq+调控网络，深度剖析TNBCSingle-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-neg...

Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks基于基因调控网络的单细胞

生信学霸·2023-09-07 14:08

10X空间转录组之空间临近通讯分析stlearn进阶版

新的一年，2022年，第一周，继cellphoneDB更新到3.0，辅助做空间生态位细胞通讯之后，stlearn也更新了其做空间转录组临近细胞通讯的分析教程，我们来看一下，看看有什么新颖的地方。

单细胞空间交响乐·2023-09-07 14:11

单细胞测序在发育生物学的应用

2019《Nature》：哺乳动物胚胎发生的分子足迹加州大学旧金山分校的研究人员开发了一种进行单细胞读数的灵活，高通量，多通道分子记录仪进行进化谱系示踪，绘制小鼠从受精卵到原肠胚形成图谱。

today_is_geqi·2023-09-07 10:34

音频摘录和自动语音识别 | 你应该了解的信息提取方法

为便于说明，我们将重点介绍两种常见的信息提取方法：音频转录或自动语音识别。音频转录或自动语音识别（ASR）或许作为音频处理的较常见形式，已被广泛应用于各个行业，以促进人与技术之间的互动。

澳鹏Appen·2023-09-07 09:47

主成分分析和因子分析易懂介绍

首先，我们要知道这两个方法都是用于数据降维。在多变量，大样本的情况尤为适用。那么，接下来我将以我理解的最简单的话来介绍它们，在此说明，若想要严谨，数学证明得大家自己去推。那么什么叫做主成分分析？主成分分析，又叫PCA.是把多个原始变量进行线性组合来形成新的变量。那么有人就会问，为什么要形成新的变量？不是有吗？对，确实是有，但是变量太多，分析太复杂太困难了。比如说，大学学生成绩，一共有90门科目，那

何同尘·2023-09-07 07:01

使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析

Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在NatureBiotechnology上。

Davey1220·2023-09-07 07:40

ArchR官网教程学习笔记15:ArchR的整合分析

ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入

生信start_site·2023-09-07 04:53

2022-12-28

Cell|大规模平行测量抗原肽序列、TCR序列和单细胞转录组原创风不止步图灵基因2022-12-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=66.85推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点

图灵基因·2023-09-06 22:13

BT × IT | DeepST：通过深度学习识别空间转录组学中的空间域

识别空间域（即在基因表达和组织学上具有空间相关性的区域）是空间转录组学中最重要的课题之一。

尐尐呅·2023-09-06 18:03

Nature：微生物空转 2022-11-17

2022年11月16日，Nature发表了弗雷德·哈钦森癌症研究中心(FredHutchinsonCancerResearchCenter)的研究者们的最新微生物空间转录组研究成果！

笺牒九州的怪咖·2023-09-06 15:05

Cancer Res（IF:11.2）发表胃癌PICH的转录调控机制

2023年8月30日，兰州大学第二医院焦作义教授团队在肿瘤学Top期刊CancerResearch（IF:11.2）发表“PICHactivatesCyclinA1transcriptiontodriveS-phaseprogressionandchemoresistanceingastriccancer”的研究论文。该研究鉴定了SNF2蛋白PICH作为5-FU化学敏感性的预测因子，并且评估了PI

爱基百客·2023-09-06 14:09

2022-07-25

NatRev|单细胞表观基因组学揭秘顺式调控元件原创huacishu图灵基因2022-07-2511:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=59.581推荐度：⭐⭐⭐⭐

图灵基因·2023-09-06 12:57

用户访谈时的记录技巧

研究团队几乎很少有时间（或者资金）对录音录像进行完整的转录，此外，也很

吕正国·2023-09-06 11:19

阿里云国外服务器处理转录组数据RNA-seq

#美国弗吉尼亚8核64G，高主频型4.5rmb/h新建用户adduserwuxiaobinpasswdwuxiaobin赋予root权限：usermod-grootwuxiaobin修改/etc/sudoers文件重启准备工作#安装RSEMwget-chttps://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gztar-xzvf..#安装相应配件sud

好风凭借力·2023-09-06 07:31

单细胞分析工具收集的网页：www.scRNA-tools.org

已发表推文请查看：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjA2NTY5OQ==&mid=2247483869&idx=1&sn=05dc75c4474cc8f0ee7a87a74bd0ad54&chksm=cf5d2991f82aa087d199d88c2fce26c41547f60f82fb991c40f7869dba7617c5ac03da95ab85&t

Amy_Cui·2023-09-06 05:16

【单细胞】单细胞数据的批次效应

在数据分析的时候，我们的目标是一般都是找到样本之间真实的生物学差异。但是这种真实的生物学因素往往会受到各种因素影响，举几个场景：不同样本同一样本的生物学重复同一样本的技术重复同一样本在同一个实验室由同一团队在不同时间点处理同一细胞系/植物组织在不同实验室不同建库策略，10X平台，Drop-seq,SMART2-seq不同测序平台，BGI/Illumina不同分析流程(甚至一个工具的多个版本，如sa

jjjscuedu·2023-09-06 04:13

细胞发育学—小胶质细胞_Science

安哥生个信·2023-09-06 04:31

seurat单细胞转录组整合分析教程-02

接前面的流程，我们使用FindIntegrationAnchors()函数识别锚点，该函数将Seurat对象列表作为输入，并使用IntegratedData()函数，用这些锚点将两个数据集集成在一起。ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140

whitebird·2023-09-06 02:00

动物简史 - 草稿 - 草稿 - 草稿

生命起源，到现在仍然是未解之谜，也许是因为偶然，也许也是注定，但不管怎么样，这非常神奇，在这神奇的起源后，又有了许许多多的奇奇怪怪的生物，现在让我们来看看动物的整个发展历程，首先就是最原始的单核细胞，也就是单细胞原生动物

1hy39·2023-09-06 01:37

由你来设计怪诞的生物《孢子》

玩家最初扮演一个单细胞逐步进化成太空文明角色，游戏里玩家可以打造属于自己的世界，包含冒险、探索、创造等元素。在微生物时期，我们能选择我们生物的取食种类（肉食、杂食、素食）。

游戏种草群·2023-09-05 02:37

单细胞转录组学习笔记-9-每个细胞检测到的基因数量差异

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.5-第二单元第七讲：每个细胞检测到的基因数量差异笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-09-04 17:53

【文献速递】-science齐发-人类胚胎发育单细胞基因表达及染色质开放图谱

研究人员就使用计算机算法来恢复单细胞信息，按类型和亚型对细胞进行聚类，并确定它

六博说·2023-09-04 15:28

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