单细胞转录因子分析第38页

瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦

【Q&A】瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦来源：发表日期：2018-08-03浏览量：90什么是转录组测序转录组测序（即RNA-seq）是RNA研究很重要的手段，研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的

wangchuang2017·2023-06-07 14:49

Sci Adv揭秘“蚂蚁王国”生殖角色转变中大脑解剖学和基因表达调控变化

此项研究的转录组数据已存储于国家基因库生命大数据平台（C

尐尐呅·2023-06-07 12:12

数据进阶处理结课作业

自编数据（张雅瑞）使用已有的数据，进行背景的简单更换将模型设定中的研究假设做简单解释，然后具体提出研究假设（张雅瑞）研究假设，根据研究背景进行提出数据质量验证，1）数据基本情况（描述性统计）；2.探索性因子分析

甚也不会·2023-06-07 10:41

文献学习045--[sc+Organoids]IPSC-来源的心脏类器官和单细胞测序探究免疫抑制剂对人类心脏的作用

今年四月份发表在circulation上的一篇LETTER，作者是斯坦福大学的JosephC.Wu教授。心脏移植是终末期心衰患者治疗的基石。由于免疫抑制策略的发展和患者长期合并症的改善，移植后生存率获得了巨大提升。尽管如此，中位移植物存活期仍为12.5年，原发性移植物功能障碍是导致死亡的主要原因，占心脏移植人群死亡人数的22%。尽管排斥反应、同种异体移植心脏血管病变和各种供体特征都与移植心脏的功能

Hayley笔记·2023-06-07 09:49

高分文献速递｜单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108下期）

时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材，使用单细胞转录组测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得。

SBC生物芯片·2023-06-07 02:28

【视频】因子分析简介及R语言应用实例：对地区经济研究分析重庆市经济指标

p=32694原文出处：拓端数据部落公众号分析师：LiYu因子分析是指研究从变量群中提取隐藏的具有代表性共性因子的统计技术。进而起到降维的目的，还可检验变量间关系的假设。

·2023-06-06 23:48

单细胞自动注释工具汇总

在单细胞研究中，最重要的一个环节就是细胞类型注释，这是一个极其考验研究者研究背景和精力的工作，但随着单细胞的研究越来越多，可提供给我们的细胞类型的marker信息也越来越丰富，基于这些marker信息开发的细胞注释算法使得我们的细胞注释工作越来越省力

生信交流平台·2023-06-06 23:05

文献学习011--[sc]从单细胞水平解析炎症和纤维化在心衰中的交织作用

为此，该研究对来自DCM（扩心病）患者和ICM（缺血性心肌病）患者心脏的200615个细胞进行了单细胞测序和TCR

Hayley笔记·2023-05-23 13:04

报错处理——object ‘CsparseMatrix_validate‘ not found

在使用Seurat进行单细胞分析时，使用FindNeighbors函数功能时，出现下面的报错ErrorinvalidityMethod(as(object,superClass)):object'CsparseMatrix_validate'notfound

生信小鹏·2023-05-15 11:09

Scanpy可视化函数汇总

Scanpy数据结构：AnnDataScanpy分析单细胞数据：预处理和聚类Scanpy分析单细胞数据：轨迹分析PAGA演示数据集依然是熟悉的pbmc3k，经过预处理和聚类后保存为pbmc3k.h5ad

Hayley笔记·2023-05-13 01:56

筛选最长转录本问题

在此介绍一个可直接筛选的脚本select_longest_transcripts.pl1#!/usr/bin/perl-w2usestrict;3die"perl$0\n"unless@ARGV==2;45#####exampleinputs:GCA_002891405.2_Csec_1.0_genomic.gff.gz,GCA_002891405.2_Csec_1.0_cds_from_geno

SnorkelingFan凡潜·2023-05-10 22:54

monocle细胞轨迹追踪原理

我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞加载相应的工具包library(igraph)library(monocle)本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2

小潤澤·2023-05-06 12:50

TEtranscripts--计算转座子(TEs)在RNA-seq中的定量和差异表达

写在前面，最近为了解决这个问题，看了很多软件，要么是单细胞技术，要么是物种限制，总之花了挺多时间。

寒山梦绮·2023-05-05 22:20

《天生不同》——了解MBTI，掌握突破人际间“性格壁垒”的万能钥匙

美国费城第一银行中央转录部因为原来的收发员升职后一直找不到称心的人接班而苦恼不已，看似简单的收发工作，却屡次因为招募者的性格与岗位不匹配而无法顺利开展。

短毛碎·2023-05-03 23:59

NGS分析手把手教学：零基础RNA-seq转录组分析实践，两套方案(2023年最新）

这次是RNA-seq转录组分析。本文主要是指导操作流程，不会浪费篇幅在解释RNA-seq原理上。本章会使用人类基因组，比较组间的差异基因。其他物种的数据同样适用。

Jason数据分析生信教室·2023-04-24 10:38

生物信息学有哪些SCI期刊推荐？ - 易智编译EaseEditing

BMCBioinformatics：该期刊是生物信息学领域的开放获取SCI期刊，致力于发布高质量的生物信息学研究成果，涵盖了基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等多个方向。

易智编译·2023-04-21 19:57

DeepMind 如何控制机器人

在无数其他幕后琐事中，神经网络为我们的虚拟助手提供动力，提出在线购物建议，在我们的快照中识别人物，审查我们的银行交易以寻找欺诈证据，转录我们的语音信息，并清除可恶的社交媒体帖子.这些应用程序的共同点是它们都涉及在受限

lwaif·2023-04-21 18:14

1.5构建支原体index并比对

blast确定转录组污染为MycoplasmayeatsiiGM274B1.寻找基因组https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?

cakarote·2023-04-21 18:05

酵母和面包（二）--愤愤不平

“干嘛啦，单细胞生物！”“你不是喜欢热闹嘛？我叫来了我的好朋友们”“……你都够麻烦的了，你居然又叫了别的单细胞来？”

罗嘻·2023-04-21 17:54

单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操

轨迹分析系列：单细胞之轨迹分析-1：RNAvelocity拟时间序列分析（Pseudotime分析）的字面意思是通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。

Hayley笔记·2023-04-21 11:47

多模型思维-智慧的选择

本文是一篇知识萃取和转录，致敬scottpage一直对模型怀有比较高的期望，觉得从别人嘴里说出来“**模型”，哪怕只是说“建模”，已经足够让我感到高大上。

飞往外岛_饿生·2023-04-21 08:28

单细胞测序实验设计人肿瘤样本加PDX肿瘤样本的分析思路

原文在单细胞测序如何指导临床问题？

Seurat_·2023-04-21 07:16

2022-03-05

NatRevGenet|单细胞图谱揭示器官中共有的和特异的细胞类型原创huacishu图灵基因收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=53.242推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者重点介绍了从基于人类单细胞基因表达数据的上皮细胞

图灵基因·2023-04-21 00:56

基于单细胞多组学技术揭示人类结直肠癌的抑瘤微环境

研究表明，较高的肿瘤突变负荷（TMB）预示了免疫检查点抑制剂的更好疗效，但目前仅少数结直肠癌（CRC）患者对PD-1抑制剂有反应，其潜在机制尚不完全清楚。了解肿瘤内细胞类型的复杂性对于解析肿瘤微环境（TME）是至关重要的，TME影响了肿瘤的进展并决定了治疗反应的结果。2021年6月，广州医科大学附属肿瘤医院等研究团队在ClinicalandTranslationalMedicine发表了题为“Si

贝瑞科服·2023-04-21 00:16

新晋妈妈的365天——009 2022.5.3 千里寻夫第九天！想她！

看了很多亿年前单细胞生物的化石，就算拿着放大镜我也看不出有什么内容，果然术业有专攻。一不留神一上去就过去了，没想到贵州省博物馆都不收停车费，太不习惯了，成都不可能遇到这样的事

哈哈礼哈·2023-04-20 22:17

单细胞转录组数据分析课件||3. Normalization of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞数据分析中非常重要的一步：Normalization。为什么要进行均一化？均一化会掩盖细胞间固有的差异吗？单细胞数据均一化与其他类型的数据均一化有何不同，特别是bulkRNA？

周运来就是我·2023-04-20 20:09

Principal Components Analysis (PCA) and Factor Analysis (FA) 主成分分析与因子分析

数据降维目的：找到正确的分析指标，同时减少数据损失（许多变量间可能会出现相关，但是我们不能盲目提出剔除变量）n维空间中的n个点一定能在一个n-1维子空间中分析PCAandFAbothobjectives主成分能够总结observedvariables之间的相关性；将复杂的相关变量减少为少数不相关变量variance-covariancestructureofasetofnvariablesusin

FLL_SEA·2023-04-20 20:37

Cell发布单细胞分辨率下人体肠道发育的时空图谱

单细胞转录组（scRNA-seq）结合空间转录组（ST）技术已绘制了多个组织/器官图谱（空间转录组都绘制了哪些图谱？）。

尐尐呅·2023-04-20 19:48

单细胞谱系分析重建人类肺末梢祖细胞分化过程

单细胞谱系分析重建人类肺末梢祖细胞分化过程原创天涯清水首发于单细胞天地单细胞转录组分析综述单细胞入门-读一篇scRNA-seq综述文章信息今天要分享的文章是利用单细胞转录组揭示肺泡上皮2型细胞分化过程与轨迹

天涯清水·2023-04-20 18:05

2022-11-11

2022-11-1110:18发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=46.297推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者对200名PitNET患者进行了迄今为止最大规模的综合基因组学、转录组学

图灵基因·2023-04-20 18:22

10X单细胞（10X空间转录组）多样本基因表达动态分析之Lamian

看看简介基于单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据的伪时间分析已被广泛用于研究沿连续生物过程的动态基因调控程

Evil_Genius·2023-04-20 18:32

irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架（中文教程）

一、背景在单细胞转录组测序中，整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。他们认为，校正批次效应后的数据，会掩盖部分真实的生物学差异。

范垂钦_92be·2023-04-20 13:11

10x Genomics PBMC（一）：单细胞测序分析 (Chromium)概述

最近有人问起单细胞测序分析的问题，我确实没有做过，就先来学习一下吧。先在搜狗微信找到一些介绍引用一下：单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史—-谁说的！

程凉皮儿·2023-04-20 13:23

用conda安装R包

前几天自己在Windows电脑上装了一个单细胞注释包-SingleR，尽管依赖包很多，安装时间很长，但最终还是成功安装上了。

TOP生物信息·2023-04-20 13:55

用copyKAT推断肿瘤细胞CNV及解决细胞过滤问题

其原理同样是通过单细胞转录组数据来推断细胞的染色体倍数，进而推断是正常细胞（dip

Seurat_Satija·2023-04-20 11:59

今天来聊聊单细胞测序：单细胞RNA-seq质量控制

单细胞RNA-seq(scRNA-seq)是一种有前途的技术，以表征和解剖细胞间的变化。然而，技术噪音和生物内在可变性的混合使得分离技术制品和真正的生物变异细胞特别具有挑战性。

伍鸿荣·2023-04-20 10:48

2019-03-11

俞萃FionaYU课程设计专家；引导师；视觉呈现师姑射设计工作室创始人教学背景：市场营销学、管理学双硕士（可双语教学）培训资质及代表作品：国际认证TTT讲师国际认证DISC行为风格分析师国际认证动力因子分析师

Fiona630·2023-04-20 08:02

芯周刊·第7期 | 空间转录组解析新冠后遗症中肺部组织病变的时空表达谱

01非人灵长类动物单细胞转录组和调控组参考图谱绘制完成非人灵长类动物在遗传、器官结构、生理功能、病理反应和生化代谢等诸多方面都表现出与人类相似的特征，其中食蟹猴已经成为医学研究中最常用的非灵长类动物模型

SBC生物芯片·2023-04-20 08:57

单细胞36计之15调虎离山---差异表达检测

第十五计调虎离山设法使老虎离开山头。比喻为了便于行事，想法子引诱人离开原来的地方。此计运用这个道理，是说战场上若遇强敌，要善用谋，用假象使敌人离开驻地，诱他就我之范，丧失他的优势，使他处处皆难，寸步难行，由主动变被动，而我则出其不意而致胜。载入数据此插图强调了一些在Seurat中执行差异表达的示例工作流程。出于演示目的，我们将使用通过SeuratData包提供的2700个PBMC对象。librar

Seurat_Satija·2023-04-20 06:20

BayesSpace：实现更高分辨率的空间转录组分析

空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时，全面测量转录组谱。然而，现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。

尐尐呅·2023-04-20 06:08

获取基因有效长度的N种方法

需要注意一点的是，在计算FPKM/RPKM和TPM时，基因长度一般指的都是基因有效长度effectivelength，即该基因的外显子总长度或转录本总长度，以此

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-20 05:09

Nature Cell Biology项目文章 | 通过单细胞测序分析儿童B细胞急性淋巴细胞白血病微小残留病

本文通过单细胞转录组及单细胞VDJ测序实现了对B细胞急性淋巴细胞白

诺禾致源·2023-04-20 05:30

10X空间转录组在文献中的运用

不同功能类型的细胞数量与时间和空间差异相结合，构成了哺乳动物器官转录异质性的主要组成部分。通过对不同时间点的样本取材，使用单细胞转录组测序技术能够解析时间维度上细胞类型和基因表达的变化过程。

Evil_Genius·2023-04-20 05:11

10X单细胞转录组整合、转录组 && ATAC整合分析之VIPCCA

好了，今天我们来分享一个单细胞多样本整合的分析方法，VIPCCA，顾名思义，CCA的进阶版，参考文献在Effectiveandscalablesingle-celldataalignmentwithnon-linearcanonic

Evil_Genius·2023-04-20 04:47

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之Louvain

hello，大家好，之前呢，分享了10X单细胞和10X空间转录组的降维算法，不知道大家掌握了多少。

Evil_Genius·2023-04-20 04:11

2021-06-29 转录数据的差异分析(DESeq2包)

参考：https://www.jianshu.com/p/694b40961fc7数据的生物学背景糖皮质激素是炎症过程的有效抑制剂，由于其对气道平滑肌细胞的抗炎作用，被广泛用于治疗哮喘。但是分子机制是什么呢?本研究使用RNA-seq分析了四种不同的经地塞米松(一种合成糖皮质激素分子)处理的ASM细胞系的基因表达变化。他们发现了一些差异表达基因，并将地塞米松处理的ASM细胞与对照细胞进行了比较，但主

学习生信的小兔子·2023-04-20 04:05

质谱和蛋白质组学领域简述

作为系统生物学中的重要组成部分，处于中心法则下游，相比于基因组和转录组学而言，发展比较缓慢。

米源MY·2023-04-20 03:14

10X单细胞数据整合分析Seurat之rpca（large data，细胞量超过20万）

不知道大家在研究单细胞数据整合函数FindIntegrationAnchors的时候没有发现一个很有意思的参数，那就是reduction，有两个选项，一个是cca，一个是rpca，其中关于FindIntegrationAnchors

Evil_Genius·2023-04-20 02:20

2021-02-19 转录组分析---斑马鱼线粒体(一)

1.斑马鱼基因组文件文件下载ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-97/fasta/danio_rerio/dna/image.png这次选的是线粒体基因组文件[ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-97/fasta/danio_rerio/dna/Danio_rerio.GRCz11.dna.chromosome.MT.fa.gz)im

zebra_mito·2023-04-19 23:30

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