单细胞转录因子分析

单细胞36计之19釜底抽薪---使用互惠PCA（RPCA）进行快速集成

第十九计釜底抽薪从锅底抽掉柴火。比喻从根本上解决问题。在此文中，我们提出了略微修改的工作流程，用于整合scRNA-seq数据集。与其使用典范的相关分析（'CCA'）来识别锚点，不如使用互惠的PCA（'RPCA'）。在使用RPCA确定任何两个数据集之间的锚点时，我们将每个数据集投影到其他PCA空间中，并通过相同的相互邻域要求约束这些锚点。这两个工作流程的命令在很大程度上是相同的，但是这两种方法可以在
Seurat_Satija·2023-04-19 23:39

前沿综述 | Nature子刊：空间转录组学的临床和转化价值

空间转录组（ST）和单细胞转录组（scRNA-seq）的结合作为一个关键的组成部分，将人体组织的病理表征与分子改变联系起来，确定了原位细胞间的分子通讯和时空分子医学知识。
尐尐呅·2023-04-19 22:24

单细胞实战(6)：复现拟南芥单细胞文章中的数据（2）

前言之前对拟南芥单细胞测序的文献数据进行复现，数据结果有点微妙，接下来进行拟时间分析分生组织伪时间分析作者首先查看了分生组织相关基因（WOX5,PIN1,RGF3,PLT1）在聚类中的表达情况，WOX5
周小钊·2023-04-19 20:50

哺乳动物细胞发育分子追踪器

经典的谱系追踪实验已经用于追踪线虫单细胞到多细胞的发育过程，并发现了细胞谱系和表型方面的差异。但更复杂的生物体是如何精妙地调控细胞的发育过程仍不清楚。
生信阿拉丁·2023-04-19 20:56

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF寻找转录programs

今天我们分享的内容来自文章Spatiallyorganizedmulticellularimmunehubsinhumancolorectalcancer,很多的内容都非常的经典，其中最重要的部分就是NMF对单细胞数据分析的影响
Evil_Genius·2023-04-19 19:33

InferCNV推断肿瘤细胞CNV及计算细胞CNV score

InferCNV是broad出品的一款对单细胞转录组测序数据推断CNV的工具包。这里我们对其自带的数据运行该工具包看一下效果。
夜凉如水中·2023-04-19 16:37

Amos26版本下载安装 SPSS Statistics 24软件包 详细安装流程

Amos24.0是SPSSStatistics24软件包中的独立产品，也是功能强大的结构方程（SEM）建模工具，它可以通过对包括回归、因子分析相关性分析和方差分析等传统多元分析方法的扩展，为您的理论研究提供更多的支持
m0_74945923·2023-04-19 16:02

2021-09-26

Science/Cell|单细胞数据分析基因表达和染色质可及性原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=47.728/36.216推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：单细胞数据资源以其规模
图灵基因·2023-04-19 14:29

StringTie 插件 | 直接在 Windows 下进行转录组组装与读段计数

写在前面前述，我已经写了两个TBtools插件，实现了在纯粹的WIndows环境下（非虚拟机，非WSL），使用Hisat2进行基因组索引构建以及转录本回帖。
生信石头·2023-04-19 14:46

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之主成分分析（PCA）与因子分析（NMF）

hello，大家好，随着分析的深入，PCA和NMF分析的"斗争"也越来越激烈，是时候带领大家来真正认识一下PCA和NMF的区别了。方法背景随着硬件技术的发展，每年被记录和存储下来的数据是非常庞大的，如何从庞大的数据堆中筛选出目标数据并分析得到有用的结论是现今重要的领域---数据挖掘。为了能够充分有效的利用数据，化繁为简是一项必做的工作，希望将原来繁多的描述变量浓缩成少数几个新指标，同时尽可能多的保
Evil_Genius·2023-04-19 10:40

零膨胀负二项模型（ZINB，10X单细胞和10X空间转录组的基础知识）

学习一点简单的基础知识单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation
Evil_Genius·2023-04-19 10:36

文献解读 | 单细胞测序揭示早期人类胚胎骨骼干细胞起源

该研究利用10xGenomics单细胞转录组测序绘制了早期人类胚胎肢芽、长骨和颅骨的发育图谱，并结合体内外功能验证发现了一群定位于软骨外膜，具有自我更新和分化为软骨与成骨细胞潜能的胚胎骨骼干祖细胞（eSSPC
百奥益康·2023-04-19 09:45

文献学习044--[sc+st]鸡心脏发育的时空单细胞测序揭示细胞分化和形态发生之间的相互作用

Spatiallyresolvedsingle-celltranscriptomicscensusofdevelopingembryonicchickenheartsFig1a：作者取了Hamburger-Hamilton心室发育分期1的四个重要时间点的鸡胚心脏，进行了单细胞和空间转录组测序
Hayley笔记·2023-04-19 08:48

10X单细胞（10X空间转录组）批次效应去除大盘点2 & AWGAN

hello,大家好，今天我们要再度深入认识一下批次效应，关于批次效应，我们之前分享了很多了，文章列在这里，供大家参考10X单细胞（10X空间转录组）多样本批次效应去除分析之RCA210X单细胞（10X空间转录组
Evil_Genius·2023-04-19 07:43

细胞分化 这点事

远古海洋中的单细胞自从地球上有了第一个生命——细胞，对于它来说第一要解决的是怎么能够活下来的问题。活下来了，那么接下来呢？就要想着怎么才能延续自己的生命？
小凡子星·2023-04-19 06:09

circos图在单细胞数据分析中的应用

前情回顾：Network在单细胞转录组数据分析中的应用桑基图在单细胞数据探索中的应用热图在单细胞数据分析中的应用R-南丁格尔玫瑰图:人民日报都在用的细胞分群占比图三元相图怎么看怎么画（附R代码示例）在数据科学中
周运来就是我·2023-04-19 05:40

人类肝脏的单细胞、单核和空间 RNA 测序可识别胆管细胞和间充质异质性

andSpatialRNASequencingoftheHumanLiverIdentifiesCholangiocyteandMesenchymalHeterogeneity,题目上就可以看出来，运用到了单细胞转录组
Evil_Genius·2023-04-19 05:25

哺乳动物胚胎发生过程的分子记录-单细胞转录组测序应用

哺乳动物胚胎发生过程的分子记录原创：天涯清水原文：单细胞天地编辑：薛定谔的猫责任人：Jimmy当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。
天涯清水·2023-04-19 05:54

OpenAI-ChatGPT最新官方接口《语音智能转文本》全网最详细中英文实用指南和教程，助你零基础快速轻松掌握全新技术（六）（附源码）

Speechtotext语音智能转文本Introduction导言Quickstart快速开始Transcriptions转录python代码cURL代码Translations翻译python代码cURL
小胡说人工智能·2023-04-19 04:35

单细胞转录组分析揭示人肺纤维化病理机制

使用全部肺组织的转录组分析将掩盖不同细胞群体变化的影响；而基于流式分选的细胞群体
yingyonghui·2023-04-19 03:25

10X单细胞转录组学揭示口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中不同程度的上皮间充质可塑性

Single-celltranscriptomicsrevealsvaryingdegreesofepithelial-mesenchymalplasticityinlymphnodemetastasisfromoralcavitysquamouscellcarcinoma，单细胞目前处
Evil_Genius·2023-04-19 03:32

单细胞数据库

signatureDB-Bcell数据库CancerSEA-癌症单细胞KIT（肾脏单细胞数据库）：http://humphreyslab.com/SingleCell/血管细胞数据库：http://betsholtzlab.org
rong酱·2023-04-19 01:37

转录组分析所需软件

Trimmomatic，Hisat2，SAMtools，Stringtie/Htseq，Deseq首先先下个conda，便于下载某些软件：1.先将这个链接中的命令跟着走一遍（安装的时候如果失败/出错，重新试一次就可以了，它经常出错）：用conda安装RNA-seq所需要的工具2.安装软件condasearchxxxcondainstallxxx3.使用：刚安装完的时候直接输入软件名就可以直接打开，
清珺·2023-04-19 00:54

单细胞分析的必备软件安装

分析单细胞分析主流软件R有seurat（降维聚类），Python有scanpy聚类后的自动注释软件主要是Scibet,SingleR肿瘤细胞cnv分析包括inferCNV，copyKAT等软件安装自然使用
周六周六·2023-04-18 17:00

Tn5转座酶建库原理

原文地址：https://www.bilibili.com/read/cv12209970/一、转座酶分类Ⅰ型转座子：“复制-粘贴”模式，以DNA为模板，在RNApolⅡ作用下转录成mRNA，再反转录为
All_Will_Be_Fine噻·2023-04-18 13:26

开启单细胞及空间组学行业发展黄金时代！首届国际单细胞及空间组学大会在穗闭幕

2023年4月16日，首届TICSSO国际单细胞及空间组学大会圆满闭幕，本次大会吸引了2000余位来自产、学、研、资、医、政、媒等业界人士齐聚羊城，注册总人数5398人，网络播放总量达548245人次，
lsrsyx·2023-04-18 09:13

10x单细胞转录组侵入了Denovo的世界（谈蚯蚓基因组文章）

2020年5月，NatureCommunications发表了一篇蚯蚓基因组组装结合10xGenomics单细胞转录组测序探究蚯蚓再生机制的文章。
我爱工作_工作使我快乐·2023-04-18 09:37

10X单细胞空间研究不同肠道区域的免疫细胞图谱

不知道大家有没有发现，免疫的研究是单细胞空间的绕不开的话题，其实从我们认知的情况下，免疫细胞受到时空微环境的影响，单细胞识别的T细胞在不同的空间区域也是会有不同的转录图谱，可见，很多的研究都需要结合单细胞空间联合起来进行表征
Evil_Genius·2023-04-18 07:55

转录组+代谢组助力大环内酯类抗生素对藻类抑制作用机制的研究

泰乐菌素(TYN)是一种常用的大环内酯类抗生素，可有效对抗革兰氏阳性菌，并可作为兽药用于预防肠道和呼吸道感染。TYN残留物可以通过在农田中施用粪肥和泻湖废水进入环境，值得注意的是，全球地表水中已检测到浓度高达3.06μgL-1的TYN。已有研究表明，TYN对藻类的生长和发育产生不利影响。TYN能够抑制铜绿微囊藻和羊角月牙藻的叶绿素合成，进而抑制其光合作用。此外，TYN降低了铜绿微囊藻和羊角月牙藻的
菌小落·2023-04-18 07:17

转录组-蛋白组-代谢组关联分析

转录组-蛋白组-代谢组关联分析简介蛋白质是生物体内执行功能的最终载体，蛋白质组学的研究主要以质谱蛋白质组学为基础。
荞麦agan·2023-04-18 07:46

DNA甲基化组+转录组+宏基因组+16S研究思路

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期我们以一篇多组学研究揭示DNA甲基化在植物促生菌-植物-微生物互作关系中作用的文献案例来讲解多组学研究如何做，并对多组学研究分析方法和组学分子实验验证思路进行总结，一起来看看吧。2022年02月24日，南京农业大学沈振国和蒋建东教授团队合作在期刊《Microbiome》（IF:14.65/1区）发表了题为“Long-termeffe
易基因科技·2023-04-18 07:16

外源6-BA在缓解多花黄精种子出苗过程中的代谢及转录组学变化

文章标题：Transcriptomicsandmetabolomicschangestriggeredbyexogenous6-benzylaminopurineinrelievingepicotyldormancyofPolygonatumcyrtonemaHuaseeds发表期刊：FrontiersinPlantScience影响因子：6.627作者单位：安徽农业大学百趣提供服务：植物阿趣广靶
代谢组学相关资讯分享·2023-04-18 07:45

miRNA的简介

microRNAs(miRNAs)是一类长度为18～24nt的小分子非编码RNA,转录后的miRNAs可调节基因表达，参与植物生长发育过程。
上官万尘·2023-04-18 07:15

文献阅读|单细胞+空间转录组-胰腺导管癌

Integratingmicroarray-basedspatialtranscriptomicsandsingle-cellRNA-seqrevealstissuearchitectureinpancreaticductaladenocarcinomas标题：结合基于微阵列的空间转录组和单细胞
_十三·2023-04-18 05:34

20200412 转录组分析--斑马鱼线粒体（二）

#FeatureCountsforelein{MT1,MT2,MT3,WT1,WT2,WT3};dofeatureCounts-p-T6-texon-ggene_id-aDanio_rerio_Ensemble_97.gtf-o./count/counts$ele.txt./bam/M_H_$ele.bam;done###每个文件进行countsfeatureCounts-p-T6-texon-g
zebra_mito·2023-04-18 03:16

DISC陪伴第十七天 冷静的分析报告

分析解读报告到了今天，我又接受到了一个新信息，就是16因子分析。从昨天对于团队报告的狂热到今天的冷静。发现许遵义学长说得对，不能太依赖团队报告，还是要了解底层逻辑。
6baec9a5b66f·2023-04-18 03:58

Speech to Text(PR语音转字幕转换插件)安装教程+使用方法

SpeechtoTextforPremierePro2022是一款pr语音自动生成字幕插件，可让您自动生成序列的脚本并为视频创建可自定义的字幕，从生成转录到为您的视频添加字幕以及完整的字幕导出选项，支持
冷暖自知512·2023-04-18 03:54

文献解读|川崎病单细胞免疫图谱研究

近日，Naturecommunications杂志在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所、上海市儿童医院、上海国际人类表型组研究院等关于川崎病外周血单细胞免疫图谱的研究。
百奥益康·2023-04-18 02:42

seurat单细胞转录组整合分析教程-01

单细胞多样本数据集的整合无疑是最核心的问题，数据没有整合好，也无从谈后续的下游分析。数据集“各自为政”，都不处在同一个cluster，后续如何比较分析。所以，还是想抽空梳理下单细胞数据是如何整合的。
whitebird·2023-04-18 02:52

比对软件STAR的使用

STAR能够发现非典型拼接和嵌合（融合）转录本，并能够比对全长RNA序列（关于转录组比对STAR软件使用）。
生信start_site·2023-04-18 00:47

单细胞学习5

pseudotime比较不同pseudoytime分析工具在许多情况下，我们都在研究细胞不断变化的过程。例如，这包括在发育过程中发生的许多分化过程:在刺激后，细胞将从一种细胞类型转变为另一种细胞类型。由于一些细胞在分化过程中比其他细胞进行得更快，因此每个snapshot可能包含在发育过程中不同位置的细胞。我们使用统计方法对细胞沿着一个或多个代表潜在发育轨迹的轨迹进行排序，这种排序被称为伪时间。li
soleil要好好学习呀·2023-04-18 00:45

速记别再用手写！iPhone手机打开这个功能，会议自动实时录音转文字！

当你在进行研究或写作时，你是否经常因为手动转录录音而浪费大量时间？不用担心，现在有了录音转文字技术，你可以轻松将录音转换成文字，不仅节省了时间，还能提高工作效率。
玩转指尖科技·2023-04-18 00:55

教程 || 超越周运来就是我

我的朋友，我们因为也好，公众号也好，教程也好，公开课也好，培训班也好，微生物也好，单细胞也好，在某个领域相遇了。也有票友是因为其他人提及【那个很能写的人】认识的，不管如何，这就是缘分。
周运来就是我·2023-04-17 22:58

使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析（二）：Classify your cells

image.pngClassifyingyourcellsimage.pngLoadyourdatalibrary(monocle)library(garnett)#loadinthedata#NOTE:the'system.file'filenameisonlynecessarytoreadin#includedpackagedata#mat<-Matrix::readMM(system.fil
Davey1220·2023-04-17 22:36

嗨，最熟悉的陌生人

当时的生物课曾讲过有一种单细胞生物会主动的“趋利避害”
阿缨兮·2023-04-17 22:26

【转录】“徐潜的诗”新贴导语

常说人类在宇宙之中是渺小的，可人类在比之渺小万倍、十万倍的病毒面前也是渺小的。渺小无在乎体积，它只是在现实面前的一种无可奈何。在人的生命受到威胁时，文字的生命力就显得比往日任何时候更加蓬勃，无论是“日记”还是诗歌。游子雪松是这场灾难中倒下的第一位诗人，我本不认识这位前辈，直到他死后将近一个月我才在《新世纪诗典》里读到了他的“墓志铭”。他对故乡的思念是深沉的、有极具生命张力的。我也想起了自己的家乡—
徐潜·2023-04-17 21:52

简单的转录组差异基因表达分析 -- DESeq2

经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom,edgeR和DESeq2。今天我们就通过一个小规模的转录组测序数据来演示DESeq2的简单流程。
尘世中一个迷途小书僮·2023-04-17 21:02

Seurat包之导入单细胞数据方式汇总

挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。
小贝学生信·2023-04-17 20:42

调控相关——lncRNA（学习总结）

lncRNA下游调节机制虽说是错综复杂，但通常离不了基因、转录、转录后、翻译、翻译后这五个层次。1.就基因水平而言，lncRNA与DNA甲基化间有着千丝万缕的关系。
vegene·2023-04-17 20:48

手机拍照识别文字哪个最好用

现在这个信息科技时代，在很多的场合下拍照识别文字都会用到吧，比如公司文件转录、纸质文档转为电子档，或者自己平时需要喜欢文章的截图转文字使用，那有什么简单的方法可以完成这个任务呢？
独自路上·2023-04-17 18:59
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