单细胞转录因子分析第37页

10X单细胞空间联合分析之四----DSTG

今天我们来分享另外一个10X单细胞空间联合分析的方法----DSTG（DeconvolutingSpatialTranscriptomicsData），我们在了解这个方法之前，先对一些基础的知识进行了解

Evil_Genius·2023-06-12 18:55

Linux系统安装conda，镜像设置，环境变量

首先得有个服务器的账号，这个要看自己的学校里面有没有专门做生信的课题组问问，或者去淘宝买，或者去那个组学大讲堂公众号里面有服务器租借的（没广告），租个好点的服务器，价格估计5000-10000半年不等的价格，能处理一些转录组等大数据

啊辉的科研·2023-06-12 18:22

DoubletFinder

相信各位做单细胞的童鞋们，都遇到过去除多细胞的情况，而Cellranger默认的是前1%（3000cell），对于低质量的细胞有了算法来确认是否保留，但是对于多细胞而言，Cellranger和Seurat

Evil_Genius·2023-06-12 16:49

2022-11-24

CancerCell|高分辨单细胞图谱揭示非小细胞肺癌中性粒细胞多样性和可塑性原创huacishu图灵基因2022-11-2410:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF

图灵基因·2023-06-12 15:42

3.转录组 | 富集分析（clusterProfiler）

基因富集分析(genesetenrichmentanalysis)：在一组基因或蛋白中找到过表达的基因或蛋白。常用的注释数据库：①GO(TheGeneOntologyConsortium):描述基因的层级关系②KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)：提供pathway的数据库富集分析的方法：①ORA(over-repressentationanalysis

pomela·2023-06-12 09:41

【开源工具】使用Whisper将提取视频、语音的字幕

Assets\WhisperDesktop.zip[^2]2、加载模型2.1下载模型2.1.1进入HuggingFace[^3]的仓库2.1.2选择需要下载的模型2.1.3配置模型路径3、语音转字幕4、实时语言转录功能二

少莫千华·2023-06-12 07:12

本周最新文献速递20220522

Single-nucleuschromatinaccessibilityprofilinghighlightsregulatorymechanismsofcoronaryarterydiseaserisk不想看英文题目：单细胞染色质可及性分析突出了冠状动脉疾病的调节机制杂志和影响因子

橙子牛奶糖·2023-06-12 02:28

文献学习014--[sc]单细胞测序解析肺腺癌特异性肿瘤微环境

介绍这一篇是今年发在Oncogene上的文章，作者提供了非常详细的分析代码。CodeusedforanalysesisavailableasaCodeOceancapsulefromhttps://doi.org/10.24433/CO.0121060.v1.Complementarycodeisavailablefromhttps://github.com/bischofp/single_cel

Hayley笔记·2023-06-12 01:05

单细胞分析（四）——数据读入

要做单细胞分析，尤其是从公司拿回数据，或者从公共数据库下载的数据，看起来眼花缭乱的分析结果，首先第一步就是要把数据先读入，才能有后续的结果和分析。

生信小鹏·2023-06-11 19:59

快速读取大文件 - vroom

有时我们需要将一个大文件读入R，比如单细胞表达矩阵。使用vroom这个R包可以节约不少时间。

Steven潘·2023-06-11 18:30

单细胞数据资源 | Nature子刊：『中性粒细胞』稳态和炎症状态下的单细胞发育和异质性图谱

北京大学生命科学学院等机构的研究人员在《NatureImmunology》发表了其最新研究成果，利用scRNA-seq技术系统性地描绘了中性粒细胞在稳态和炎症状态下成熟、分化和命运决定过程中的异质性群体和转录组动态变化

尐尐呅·2023-06-11 16:51

ArchR官网教程学习笔记12:Motif和Feature富集

ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入

生信start_site·2023-06-11 16:43

scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（从原理到代码实操）（一）

1写在前面炙手可热的单细胞测序（scRNA-seq）大家肯定都或多或少听过一些，从今天开始陆续分享我的学习笔记，有不对的地方大家多指正~在开始前我们先思考几个问题，如下：Q1:什么是scRNA-seq，

生信漫卷·2023-06-11 16:03

如何把视频语音转换成文字，分享给大家几个免费的方法！

在日常工作和学习中，有时需要将视频中的语音转录为文字，以便整理成文稿或进行其他用途。手动打字效率低下且耗时费力，那么如何快速将语音转换为文字呢？下面介绍几种简单高效的方法，其中之一是使用记灵在线工具。

PDF转换分享·2023-06-11 12:10

RNA-seq小考核前学习笔记（题目答案不一回事勿参考）

还在理解学习记录的代码#正在复习学过的代码，这着学过的代码，能回忆起来就不错了，看着之前的代码想怎么回答问题中#勿复制勿参考，免得被带偏，谢谢Q1:参考基因组及注释文件下载地址列出人，小鼠，拟南芥的基因组序列，转录组

xyn_271100·2023-06-11 09:58

【scRW】[3]Single-cell RNA-seq data - raw data to count matrix

根据所用文库的制备方法，RNA序列（(alsoreferredtoasreadsortags）将从转录本（10XGenomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops）或全长转录本（Smart-seq

RachaelRiggs·2023-06-11 08:45

外显子、内含子、mRNA,CDS区别

以DNA为模板，在DNA聚合酶的催化作用下，将四种游离的dNTP按照碱基互补配对原则合成新链DNA,DNA复制：模板为双链DNA，合成的新链与模板链一模一样，原料为四种dNTP，为半保留复制，需要引物转录

米妮爱分享·2023-06-11 07:22

《CDA-LEVEL-II考试大纲》解读--PART 5 数据分析模型

数据分析模型PART5数据分析模型1、主成分分析1.1、领会内容1.1.1、主成分分析的计算步骤1.1.2、主成分分析的基础内容假设：模型设置：1.2、熟知内容1.2.1、适用于主成分分析的变量度量类型2、因子分析

搞点學術的研究生·2023-06-11 07:56

【文献速递】-cell利用Seq-Scope实现空间转录组显微观察

文章信息标题：MicroscopicexaminationofspatialtranscriptomeusingSeq-Scope期刊：cell日期：June10,2021Spatialbarcodingtechnologieshavethepotentialtorevealhistologicaldetailsoftranscriptomicprofiles;however,theyarecur

基因侦探·2023-06-11 03:12

学习记录 -- Accurate and fast cell marker gene identification with COSG

文章目录brief代码演示安装实操个人感受brief单细胞数据分析当中，细胞聚类分群完成之后，我们希望得知每一个细胞类群是什么细胞，也就是细胞类型注释。

All_Will_Be_Fine噻·2023-06-11 02:49

【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件

基于二代测序的RNA癌症研究方法基于DNA层面的癌症研究：一本字典基于RNA的癌症研究：从字典种挑取写一篇日记RNA特点：时空特异性：需要控制变量对照组协同作用，形式多样：表达量高低/可变剪接/单碱基突变/融合基因，mRNA/lncRNA/miRNA/ceRNA...可控可逆，“温和”调节：治疗前后，短期发展进程在设置对照组应尽量保证无环境或其他因素的干扰：如取同患者肿瘤与其癌旁组织；药物处理时选

米源MY·2023-06-11 00:16

R语言上市公司经营绩效实证研究 ——因子分析、聚类分析、正态性检验、信度检验

·2023-06-11 00:23

2021-10-12

NatureReview丨胶质细胞及髓性细胞在脑肿瘤微环境中的异质性原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：近年来，技术进步使得人们能够以单细胞分辨率对单核细胞衍生的巨噬细胞

图灵基因·2023-06-10 21:49

音频提取字幕开源模型-whisper

地址：openai/whisperwhisper-webuiOpenAI的WhisperAI模型的HTMLWebUI，可以转录和翻译音频。用户界面支持转录音频文件、麦克风音频和YouTube链接。

盖丽男·2023-06-10 20:47

【python】数据挖掘分析清洗——特征选择筛选(降维)方法汇总

目录前言一、PCA降维技术二、SVD三、因子分析总结本文链接：前言特征降维是指通过某种方法将高维数据转换为低维数据的过程，同时尽可能地保留原始数据中的信息。

blankxxc·2023-06-10 08:43

单细胞免疫组学分析练习-1:cellranger multi

理解BCR与TCRBCR重排B细胞从干细胞发育成成熟的B细胞之前，是要经历重链的VDJ基因重排和轻链的VJ基因重排的；成熟的B细胞，迁移到外周淋巴器官之后，在外界抗原的刺激下，则可能发生体细胞高频突变（SHM）。基因重排和体细胞高频突变，一个发生在B细胞成熟前，一个发生在B细胞成熟后。参考TCRalpha链和BCR轻链由V-J-C构成TCRbeta链和BCR重链由V-D-J-C构成（D-diver

Yayamia·2023-06-10 03:10

2022-10-09

NuclAcidsRes|多模态单细胞数据的综合分析原创huacishu图灵基因2022-10-0916:41发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=19.16推荐度：⭐⭐⭐

图灵基因·2023-06-10 01:46

跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建

分析单细胞转录组测序的软件和方法有很多，最流行的莫过于Seurat包，可以完成单细胞分析整个流程，我们整个教程也是基于R语言Seurat包来实现的，所以首先安装包：BiocManager::install

KS科研分享与服务·2023-06-09 22:02

每日文献：2018-01-25

identificationandquantificationofalternativepolyadenylationsitesfromRNA-seqdata工具网址：https://sourceforge.net/projects/apatrap/可变多聚腺苷酸(APA)逐渐地被认为在转录组多样性和基因表达调控中起到重要的作用

xuzhougeng·2023-06-09 19:35

2021-09-16

此外，细胞环境和内在转录程序与基因突变协同

图灵基因·2023-06-09 19:52

易基因：全基因组ChIP-seq分析揭示细菌转录因子PhoB的基因内结合位点｜mBio

细菌编码许多转录因子（transcriptionfactor，TF），这些转录因子通过与启动子周围的DNA结合并调控RNA聚合酶（RNAP）全酶以结合启动子DNA或异构化为主动转录构象的能力来调节转录起始

易基因科技·2023-06-09 18:11

易基因：多组学关联分析及组学分子实验验证方法（表观组+转录组+微生物组）｜干货系列

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。生物过程具有复杂性和整体性，单组学数据难以系统全面解析复杂生理过程的分子调控机制。而多组学（Multi-omics）联合分析可同时实现从“因”和“果”两个层面研究生物学问题，并对其相关性进行验证。高通量技术的发展，通过对多组学数据整合分析，已成为科学家探索生命机制的新方向。多组学研究是探究生物系统中多种物质之间互作的方法，包括基因组学、

易基因科技·2023-06-09 18:40

易基因：m5C高甲基化介导EGFR突变的非小细胞肺癌耐药潜在机理｜国人佳作

5-甲基胞嘧啶（m5C）是哺乳动物mRNA的重要转录后修饰，

易基因科技·2023-06-09 18:40

易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性 | 植物发育

尽管转录组学中基因组优势的趋势开始显现，但多倍体在生殖发育过程中的表观遗传学和小RNA（sm

易基因科技·2023-06-09 18:08

RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics RNA-Seq:转录学的革命性工具

RNA-Seq:arevolutionarytoolfortranscriptomicsRNA-Seq:转录学的革命性工具转录组研究：从芯片到RNA-Seq摘要：新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新

wangchuang2017·2023-06-09 15:13

Transformer 论文精读——Attention Is All You Need（B站up：跟李沐学AI讲解笔记）

https://www.bilibili.com/video/BV1pu411o7BE摘要序列转录模型是从一个序列生成另一个序列。

Lavau·2023-06-09 12:59

2022-07-19

:07发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：存在一棵树IF=66.850推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本综述回顾了自然免疫的基本免疫学概念，强调了癌症疫苗现阶段所面临的多重挑战，并总结了多种技术以及单细胞组学的进步在癌症疫苗领域带来的全新生物学信息

图灵基因·2023-06-09 06:52

因子分析法

因子分析法今天博主想介绍一个很经典的降维方法因子分析法，很多人可能降维第一想到的是主成分分析法，确实主成分分析法是很经典的，因子分析是指研究从变量群中提取共性因子的统计技术。

Mr Gao·2023-06-09 06:37

实用干货 | 单细胞转录组测序分析—10x参考基因组组装

在单细胞转录组数据分析之前，需要做很多准备工作：1）分析环境的搭建以及各个分析软件的安装；2）参考基因组的选择；3）准备待分析的数据；4）搭建分析流程。

百奥益康·2023-06-09 04:10

基于卷积神经网络和连接性时序分类的语音识别系统，含核心Python工程源代码（深度学习）个人可二次开发

目录前言总体设计系统整体结构图系统流程图运行环境模块实现1.特征提取2.声学模型3.CTC解码4.语言模型系统测试工程源代码下载其它资料下载前言本项目基于卷积神经网络和连接性时序分类方法，采用中文语音数据集进行训练，实现声音转录为中文拼音

小胡说人工智能·2023-06-09 03:30

SC2disease：人类疾病的单细胞转录组的人工收集数据库

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术能够以单个细胞分辨率研究复杂生物的转录组，为科学家提供了一种新

zty2009·2023-06-08 19:07

单细胞分析(一）——seurat包单个样本处理

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。

生信小鹏·2023-06-08 16:00

CRSPER- dCas9在转录调控与表观遗传中的应用

原创：赛诚生物赛诚生物2018-01-26Cas9的核酸酶发生双突变产生“钝化”和“死亡”Cas9，即“dCas9”，这种核酸酶失去切割DNA的功能，但在gRNA的指导下仍能以相同的精确度靶向和结合DNA。dCas9蛋白可以与效应器阻遏（如蛋白和激活剂结构域）形成融合蛋白，这样，dCas9可以将这些效应器带到启动子区域、调控区域或编码区域，对任何基因进行精确定点调控而不造成DNA损伤。可用于研究转

Ray钱·2023-06-08 12:00

谷歌开源Live Transcribe语音识别转文字工具

谷歌在其开源博客中宣布开源Android语音识别转录工具——LiveTranscribe的语音引擎，它可以将语音或对话实时转录为文字，还能够为听障人士提供帮助。

编程大乐趣·2023-06-08 12:36

【单细胞转录组1】GSVA分析小鼠的单细胞转录组数据

目的：用GSVA分析单细胞转录组数据基因集变异分析（GSVA）是一种非参数，无监督的方法，用于通过表达数据集的样本估算基因集富集的差异，即基于通路上的差异分析一、GSVA介绍与使用方法查看以下网络教程：

Geekero·2023-06-08 06:37

celltalker：单细胞转录组配受体分析

在单细胞RNAseq数据可能进行的许多类型的分析中，是对假定的细胞间通信的评估。celltalker试图通过寻找已知的配体和受体对在细胞内和细胞间的表达来评估细胞间的交流(即“交谈”)。

周运来就是我·2023-06-08 06:31

2022空间转录组分析02：stLearn-空间临近通讯

关于本教程的数据说明，见：https://www.jianshu.com/p/2ac31d3a5560stLearn是python语言编写的，更新速度贼快，网上很多笔记教程已经运行不通了，前两天一口气更新了三个版本：image-20220303192945678.png今天再看的时候这三个版本已经没啦，又又又更新了一个：image-20220303193212764.png本教程基于0.4.0版本

_十三·2023-06-08 04:30

流式细胞仪分析技术及应用

在2019年的三月份我正式开始做单细胞相关研究工作，有趣的同时也是朋友我们经常误会的是：你是不是用流式细胞术？

周运来就是我·2023-06-07 20:38

利用samtools将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换

主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存在进行下一步的转录本组装时要用到cuff

邱俊辉·2023-06-07 19:04

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)

本文免费阅读地址:http://xuzhougeng.top/archives/analysis-sc-atac-seq-with-archr-chapter2第2章:使用ArchR推断Doublet单细胞数据分析中的一个重要问题就是

xuzhougeng·2023-06-07 18:36

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