单细胞转录因子分析第34页

文献解读| 利用单细胞转录组测序技术绘制人类发育图谱

该研究利用单细胞转录组测序技术绘制了高质量的人类胚胎时期肠道等内胚层器官的转录组图谱，并筛选器官发育过程中重要的调控因子，为胚胎组织与类器官的结合分析提供了研究思路。接

百奥益康·2023-07-22 01:31

拿到FPKM文件后该怎么转录组下游分析

文献标题是:OncogeniclncRNAdownregulatescancercellantigenpresentationandintrinsictumorsuppression不过不需要看文章，大家只需要做差异分析即可，这个时候需要注意的是，作者提供的是RPKM值表达矩阵！6个样本，分成2组，是RPKM值表达矩阵，做差异分析，看GO通路，跟文章比较作业:(f)EnrichmentofGObi

Seurat_Satija·2023-07-21 20:57

玩转单细胞高级分析 | 细胞通讯分析篇

一、细胞通讯分析常用方法基于单细胞数据进行的细胞通讯分析往往涉及到表达量矩阵，受体-配体表达，受体-配体互作强度等信息。

贝瑞科服·2023-07-21 18:40

30节AMOS教程从入门到论文分析：验证性因子分析的求解

验证性因子分析的求解主要分为以下三步第一步需要在Amos中绘制模型图第二步需要选择数据文件然后同时进行相应的求解选项的一个设置第三步直接对模型进行求解根据求解得到的结果进行相应的合理的一个解释这个是需要验证的一个验证性因子分析的一个模型图这个数据用的是

211统计课堂·2023-07-21 17:40

文献(4): Nature子刊_晚期非小细胞肺癌的单细胞图谱

今天介绍的这一篇文献[Ref1]，发表在NC上，中规中矩，分析内容很全面也很常见（话说，NC上面好多这种描述性的单细胞文章）。

TOP生物信息·2023-07-21 17:34

毕业设计-基于协同过滤算法的高校图书书目推荐系统

目录前言课题背景和意义实现技术思路一、核心算法简介二、图书兴趣度与图书类型因子分析三、协同过滤推荐模型四、高效图书馆书目推荐系统设计五、系统功能实例验证六、总结实现效果图样例最后前言大四是整个大学期间最忙碌的时光

HaiLang_IT·2023-07-21 13:08

气泡灯

就好像单细胞生物一样，但又不一样，我们是有魔性的气泡。我们没有语言，只靠呈现画面来表达自己的感情和欲望。看见人，我们才会感应到他们的渴望继而形成画面，如果我们承载的情感太多

转椅嗜好者·2023-07-21 11:58

Seurat4.0系列教程21：结合Cell Hashing分析双细胞

CellHashing由NYGC技术创新小组与Satija实验室合作开发，使用寡核苷酸标记的抗体标记细胞表面表达的蛋白质，在每个单细胞上放置一个"样本条形码"，使不同的样品能够一起多路复用，并在单次实验中运行

Seurat_·2023-07-21 08:33

单细胞个性化分析之细胞注释篇

作者，追风少年i当单细胞基础分析已经完善的时候，摆在眼前首要的问题就是，每个cluster具体是细胞细胞类型？只有在注释了每个群的基础上，才可以进行下游更加深入的个性化分析。

单细胞空间交响乐·2023-07-21 01:40

Nature子刊发布迄今为止最详细的胰腺癌免疫图谱 | 癌症数据资源

来自美国的研究团队通过多种技术相结合（质谱流式细胞技术CyTOF、单细胞转录组测序技术以及多重免疫组化技术），绘制了迄今为止最强大和最详细的胰腺癌免疫图谱，提供了PDA免疫景观的多模式特征，为未来的功能研究提供宝贵资源

尐尐呅·2023-07-21 00:51

MachineLearning 12. 机器学习之降维方法t-SNE及可视化 (Rtsne)

桓峰基因桓峰基因公众号推出机器学习应用于临床预测的方法，跟着教程轻松学习，每个文本教程配有视频教程大家都可以自由免费学习，目前已有的机器学习教程整理出来如下：MachineLearning1.主成分分析（PCA）MachineLearning2.因子分析

桓峰基因·2023-07-20 23:16

2021-07-04

所以进化就是迭代，我们从单细胞迭代成了人。对于创业来说，迭代就是学习，就是进化，就是进步。

金蝉_66·2023-07-20 22:45

2021-11-12

NatRev|胃癌单细胞基因组绘制,促进下一代治疗与预防方案原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：强调在剖析GC的基因组图谱方面的基础性和转化性进展

图灵基因·2023-07-20 20:44

10X单细胞目前大多数公司基本和高级分析汇总

这次我们客套话就不讲了，直接上干货列表汇总图片.png我们来逐步看看（质控部分）图片.png图片.png细胞聚类及可视化图片.png样本/cluster差异分析图片.png图片.png图片.png批次效应去除图片.png细胞定义图片.pngMarker基因展示图片.png图片.png图片.png图片.png拟时分析（轨迹分析）图片.png图片.png图片.png图片.png细胞互作图片.png图片

单细胞空间交响乐·2023-07-20 02:15

ProjecTILs系列教程（二）：ICB疗效预测

在Sade-Feldman等人2018年的一项Cell研究中，作者描述了免疫检查点封锁前后黑色素瘤患者免疫细胞的单细胞转录谱，目的是确定与检查点治疗成功或失败相关的因素。

生信宝库·2023-07-20 01:48

Seurat v3.0命令列表

标准的Seurat工作流程标准的Seurat工作流程采用原始的单细胞表达数据，并旨在在数据中查找簇。有关完整的详细信息，请阅读我们的教程。

Seurat_·2023-07-19 23:55

SciBet:一个软件解决单细胞注释所有烦恼

说在前面对于单细胞数据分析流程来说，其中最重要的一步就是对各种细胞亚群进行准确的注释，因为后续的分析全部在这个基础上进行，一步出错步步错；而且注释出的细胞类型还会影响后续进行的相关功能分析。

生信宝库·2023-07-19 23:01

反卷积法推断bulk RNA数据中的细胞组成

在这篇文章中，作者使用肿瘤单细胞RNA测序数据的适应症特异性和细胞类型特异性参考基因表达谱（RGEP），深入分析如何通过数学反卷积从bulk数据中得出实体瘤的细胞组成数据。

麒麟991·2023-07-19 22:15

将大模型集成到语音识别系统中的例子

概述本文旨在探索将大型语言模型（LLMs）集成到自动语音识别（ASR）系统中以提高转录准确性的潜力。

无数据不智能·2023-07-19 22:25

2018-04-23

早上去上了半节课，签了个到，下午修修改改了综述第一部分，给导师看了看，还要继续整理删减，整理的转录因子老师说先找一篇相关的英文综述先看看，了解一下在心血管的研究进展。

十元希·2023-07-19 21:10

时空组专辑数据库文献详解 | MOSTA：小鼠器官发育时空转录图谱

深圳华大生命科学研究院主导，联合国内外多个单位，利用华大自主时空组学技术Stereo-seq，解析了在小鼠胚胎发育过程中的转录组表达的时空动态变化。

尐尐呅·2023-07-19 21:52

注释气泡图函数（更新）

之前我们写过一个原创可视化函数Dotplot_anno.R，nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）。主要解决的问题是1)单细胞基因可视化分组注释。

TS的美梦·2023-07-19 16:18

复现Nature图表：GSEA分析及可视化包装函数

这篇帖子主要的目的是写一个转录组GSEA分析和可视化通用的函数。

TS的美梦·2023-07-19 16:18

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

TS的美梦·2023-07-19 16:48

玩转单细胞(10)：替换单细胞Seurat对象UMAP坐标

玩转单细胞往期精彩系列：玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰玩转单细胞(3):堆叠柱状图添加比例玩转单细胞(4):单细胞相关性玩转单细胞(5):单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改玩转单细胞

TS的美梦·2023-07-19 16:45

个人电脑上SRR数据下载

第一种，在EBI查找，https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home常规转录组可能直接找到下载R1,R2网站信息，复制R1R2的链接即可下载第二种，从NCBI的ftp服务器直接下载

小鹏_哒哒哒·2023-07-19 14:44

CRISPR-Cas9入门知识学习笔记

该RNA引导的DNA靶向编辑工具已被科学家用在基因组编辑、转录干扰、表观遗传调控等多个领域

唯问生物·2023-07-19 07:02

外显子、内含子、mRNA、CDS、ORF的区别与联系

转录：以DNA为模版，在DNA指导的RNA聚合酶的作用下，将四种游离的NTP按照碱基互补配对的原则合成RNA。翻译：以mRNA为模板，在核糖体内合成蛋白质的过程。

高斯纯牛奶·2023-07-19 07:24

【单细胞组学】CITE-seq-Count：分析CITEseq测序数据

导言昨天我们介绍了CITE-seq的测序原理和简单应用。目前很多国内外公司都能做CITE-seq测序，至少我们知道10xGenomics是可以做的。有了测序数据（reads文件），接下来我们看看怎么得到蛋白的表达数据。CITE-seq的研发者创建的网站上（https://cite-seq.com/computational-tools/）给出了推荐使用的软件。对于read-level数据可以使用C

SciNote·2023-07-19 04:38

Gabor变换、Gabor滤波器

姓名：张右润学号：19021210648转载自：https://www.cnblogs.com/wxl845235800/p/9981617.html【嵌牛导读】Gabor小波与人类视觉系统中简单细胞的视觉刺激响应非常相似

东Rain·2023-07-19 01:38

ceRNA介绍及分析研究策略

在最近的研究中表明基因在转录调控中

ZZM2020·2023-07-18 22:40

超全总结--单细胞+空间转录组的整合分析方法总结

有时间多回家看看吧~~~~~单细胞+空间转录组的整合分析方法总结图片.png图片.png图片.png图片.pngf479ff2a0b6bd1edb961ec351df6d883.g

单细胞空间交响乐·2023-07-18 21:13

空间细胞类型密度分布图

作者，EvilGenius今天我们的目标是实现单细胞空间如下分析图谱如果要实现以上图谱，需要如下几步：第一步，空间区域识别，这已经成了空间数据分析的必备技能了，需要空间聚类结果和形态学结合起来。

单细胞空间交响乐·2023-07-18 18:19

空间转录组-肾细胞癌中三级淋巴结构产生浆细胞促进肿瘤抗体产生与传播

首篇FFPE空间转录组文章小读:文献名称:Tertiarylymphoidstructuresgenerateandpropagateanti-tumorantibody-producingplasmacellsinrenalcellcancer.Immunity

大王福不福·2023-07-18 05:22

提高10倍！派真生物正式发布π-Alpha™ 293细胞AAV高产技术平台

π-AlphaTM293细胞AAV高产技术平台在大幅提升AAV载体单细胞

瞪羚社·2023-07-18 03:08

Attention Is All Your Need

embedding除以根号dk注意力机制：注意力函数quary（不同的q）和k的相似度决定了value对应的权重（不同的权重）相加得到（不同的）输出英文积累：sequencetransductionmodels序列转录模型

-小透明-·2023-07-17 22:28

从单细胞到空间转录组，生物医学进入新时代

编者按：随着10Xgenomics于2019年11月发布VisiumSpatialGeneExpressionSolution，空间转录组学（SpatialTranscriptome，ST）研究如火如荼

ANIMUS爱丽慕斯·2023-07-17 18:44

如何下载SRA存放在AWS的原始数据

但遗憾的SRA的数据是原数据的有损压缩，比如说我19年参与发表的文章里单细胞数据上传的是3个文件，但是当时的faster-dump/fastq-dump只能拆出2份（目前可以顺利拆出三份）。

徐洲更hoptop·2023-07-17 15:40

【板栗糖GIS】——buzz字幕软件的安装和使用

0.8.3-windows.exe资源-CSDN文库2.双击安装直接下一步下一步3.使用方法介绍运行buzz软件，会看到如下界面添加视频或者音频后会出现如图所示点击run运行，等待片刻在视频的同文件夹下会出现转录好的文件

Giser板栗糖·2023-07-17 11:15

2021-12-21

NatComm|单细胞分析发现颅骨形成相关基因原创图灵基因图灵基因2021-12-2113:06收录于话题#前沿生物大数据分析在一项新的小鼠研究中，西奈山伊坎医学院的科学家们展示了一组新发现的骨骼边缘细胞中启动的一个基因的活性如何在颅骨的形成中发挥重要作用

图灵基因·2023-07-17 07:56

2022-06-22

NatBiotech|AI用单细胞数据优化细胞分类原创苏安图灵基因2022-06-2208:22发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：苏安IF：54.98推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究团队提出了一种计算算法

图灵基因·2023-07-17 00:27

简单介绍：用于开发下一代免疫疗法的单细胞组学进展

Single-cellgenomicapproachesfordevelopingthenextgenerationofimmunotherapies2020年2月发表在NatureMedicine上的review，由单细胞大佬

宛廿庚·2023-07-16 19:30

【R>>scRNA】单细胞交响乐2-从实验到下游分析workflow

先定个小目标，系统的学习完刘小泽老师的《单细胞交响乐1-31》两张非常重要的图scRNA-Workflow原来不用Seurat也可以做到质控、挑高变化基因：下面分析下droplet-based的视网膜数据

高大石头·2023-07-16 13:00

2021-03-26 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

来源：https://cloud.tencent.com/developer/article/1189476基础知识首先我们了解一些基础知识（注：文中图片皆可点击放大查看！）：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1kb，下游500nt，也有选上下游各1kb的。如果关注核心启动子，可见生信宝典之前发布的Jaspar数据库介绍。获取正链或

Koalaemu·2023-07-16 11:40

2022-05-20

图灵基因2022-05-2007:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=53.44推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了Tres（肿瘤恢复T细胞），这是一种计算模型，利用单细胞转录组数据来识别对免疫抑制信号具有恢复性的

图灵基因·2023-07-16 11:09

抗艾滋病毒多合一的药物有哪些

多年来，HIV感染的主流治疗方案是“鸡尾酒疗法”（cocktailtherapy），即抗逆转录病毒疗法

d150d21d6a55·2023-07-16 06:03

2022《Science》首个果蝇单细胞胚胎发育时间连续图谱问世

生信师姐·2023-07-16 06:20

01 甲基化基础知识——学习于生信技能树公众号

whykm·2023-07-15 21:08

易基因 | 单细胞多组学研究破译小鼠原肠胚形成机制

在小鼠的原肠胚中，精确的表观基因组和转录组指令引导多能干细胞分化为三个主要胚层（内胚层，中胚层和外胚层）的细胞，从而有助于脊椎动物“身体计划”的构建。

E_GENE·2023-07-15 17:22

空间转录组第七讲：多样本合并、marker基因分析

前面介绍了利用Seurat对10x空间转录组数据单个样本进行数据预处理、降维、聚类分析。今天来继续分享怎么整合多个空间转录组样本，同时进行聚类和分析marker基因。

邓老师呦·2023-07-15 15:10

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