单细胞转录因子分析第35页

单细胞文库构建（library construction）

自从19年3月份的一篇comprehensivesummary：BenchmarkingSingle-CellRNASequencingProtocolsforCellAtalsProjectshttps://www.biorxiv.org/content/10.1101/630087v1.full17年可以参考的一篇Comparativeanalysisofsingle-cellRNAseque

CuteCurse·2023-07-15 11:47

8.单细胞 RNA-seq 聚类分析：整合

学习目标：使用变异最大的基因进行不同条件的细胞整合，从而识别出最相似的细胞单细胞RNA-seq聚类分析：整合image目标：在不同的条件下，比对同一类型的细胞。

denghb001·2023-07-15 10:52

10X单细胞（10X空间转录组）TCR（BCR）数据分析之混合效应模型（lme4）

hello，大家好，在上一篇分享的文献10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCR内在调控潜力系统（TiRP）中，有很多无法理解的地方，需要我们一一攻克，今天我们来攻克第一个问题，混合效应模型

单细胞空间交响乐·2023-07-15 08:01

文献解读| 单细胞联合空间转录组测序揭示脑神经炎性星形胶质细胞亚型

为探究小鼠大脑中的神经炎性星形胶质细胞亚型，纽约大学的研究人员利用单细胞转录组测序及空间转录组测序技术，对小鼠脑星形胶质细胞进行研究，揭示了小鼠大脑中的神经炎性星形胶质细胞亚型及其空间分布情况，相关成果于

百奥益康·2023-07-15 06:02

2022-05-10

Science背靠背|单细胞eQTL作图解析自身免疫性疾病原创图灵基因图灵基因2022-05-1009:27收录于合集#前沿生物大数据分析在细胞水平上，遗传变异在自身免疫中所起的作用尚不清楚。

图灵基因·2023-07-15 04:39

Clinical Cancer Research|胰腺癌Tcell炎性相关趋化因子分析

今天跟大家分享的是一月份发表在ClinicalCancerResearch（IF：8.911）杂志上的一篇文章关于趋化因子的文章。作者基于胰腺导管腺癌(PDAC)的4种趋化因子特征在免疫特征(免疫细胞，免疫检查点相关基因，免疫相关通路，免疫原性和免疫得分)等方面做了系统分析，并揭示了4种趋化因子特征与PDAC的T细胞炎性表型具有关联。Afour-chemokinesignatureisassoci

概普生信·2023-07-15 02:58

单细胞转录组分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境状态

2021年9月6日，清华大学王建斌团队和中国医学科学院肿瘤医院吴晨团队的研究人员在NatureCommunications上发表关于单细胞转录组分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境的文章，研究人员采用单细胞转录测序技术对

晶典教你玩转科研·2023-07-14 21:54

Whisper、React 和 Node 构建语音转文本 Web 应用程序

Whisper提供了我用过的最准确的语音到文本转录，即使对于非英语母语人士也是如此。介绍OpenAI解释说，Whisper是一种自动语音识别(ASR)系统，经过680,000小时从网络

嚣张农民·2023-07-14 20:32

数字PCR之德国汉堡大学基于单细胞基因编辑低频脱靶新方法

CRISPR-Cas9技术彻底改变了基础生物研究和应用生物技术的许多领域。但在临床基因治疗实施中脱靶效应的检测仍然存在难题。德国汉堡大学-艾本多夫医学中心（UKE）干细胞移植、细胞和基因治疗研究所的学者们近日在知名杂志《MolecularTherapy》上发表“LATE–anovelsensitivecell-basedassayforthestudyofCRISPR/Cas9-relatedlo

深蓝云·2023-07-14 19:15

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（九）：Annotate clonotypes using immune receptor databases

免疫受体数据库简介具有关于免疫受体特异性的汇总信息的数据库提供了一种直接的方法来注释您的数据并找到与疾病相关的TCR或BCR受体。immunarch包中支持使用了最流行的AIRR数据库（VDJDB、McPAS-TCR和PIRDTBAdb）注释数据的工具。数据库注释主要包括以下两步过程。首先，我们需要下载所需的数据库文件-完整的数据库文件或从数据库的Web界面获得的过滤数据。然后，再使用immuna

Davey1220·2023-07-14 07:39

基于GPT构建单细胞多组学基础模型

通过利用呈指数增长的单细胞测序数据，作者首次尝试通过对超过1000万个细胞进行生成式预训练来构建单细胞基础模型。scGPT有效地

tzc_fly·2023-07-13 21:16

一文读懂基因富集分析：从小白到SCI

对于小编来讲，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，基因组可以算突变率、转录组可以算基因表达水平、表观组可以观察甲基化水平、蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度。

概普生信·2023-07-13 17:15

10X单细胞 & 10XATAC 联合分析表征细胞调控网络（MIRA）

这一篇我们需要来分析单细胞联合ATAC表征细胞调控网络，关于单细胞和ATAC联合分析的文章，我列举在这里，供大家参考。

单细胞空间交响乐·2023-07-13 16:18

转录因子研究思路

一、什么是转录因子？转录因子是起正调控作用的反式作用因子，是一类蛋白分子，它能通过与基因上游５’端特定序列专一性结合的方式来使目的基因顺利表达。在转录起始过程中，可调控RNA聚合酶与DNA模板的结合。

Han_zh·2023-07-11 08:44

采用Trinotate对拼接结果进行注释

一：开始之前需要准备三个东西：第一：安装软件1.Trinity（用于生成拼接后的转录本fasta文件）2.TransDecoder（用于预测转录本的蛋白编码区域）3.SQLite（用于整合数据库数据，我下的是

多啦A梦的时光机_648d·2023-06-28 20:17

windows下载SRA数据--NCBI单细胞测序数据

NCBI数据库下载单细胞测序原始SRA数据如果想要分析数据库中的数据，可以从文献中获得数据的GSE号，举个例子：image.png然后到NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation

生信小白花·2023-06-27 16:41

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

生信宝典·2023-06-24 11:04

用Python实现AI声音克隆的原理和代码示例

可以使用Python中的librosa库读取音频数据，并通过音频编辑软件标记声音片段的语音文字转录以用作训练数据。2.特征提取对于声音克隆，

技术老张·2023-06-24 11:26

Cell | “单细胞 + 时空组”分析人类肠道发育过程

Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution](https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31686-X)中文：”单细胞

·2023-06-24 05:57

从单细胞生物学到的长寿秘诀

在地球岩层深处有一种单细胞微生物，由于一直处于静止与不代谢状态，被发现激活后，依然可以存活，它们的寿命有几万年之久；而相反在岩层相对较浅处发现的更年轻一些的微生物，激活后却不能存活。

凉风习习__·2023-06-24 00:33

渐进式学习：如何用R和GO富集可视化捕捉生命的关键信号？

在这个领域，GO（GeneOntology）富集分析已成为一种常见的技术，用于识别在给定的基因集合中与特定生物过程和机制有关的基因集合，是研究生物信息学、基因组学和转录组学的重要方法之一[1,2]。

笑不语·2023-06-23 23:14

simspec：基于细胞簇谱系相似性整合单细胞数据

简介在单细胞数据分析中，如何对跨不同实验、条件、批次、时间点或其他技术因素的单细胞测序数据进行多样本整合仍然是一个重大的挑战。

Davey1220·2023-06-23 18:50

Elasticsearch：如何通过 3 个简单步骤从 Elastic 数据中删除个人身份信息

或者也许是呼叫中心转录？Elasticsearch凭借其在机

Elastic 中国社区官方博客·2023-06-23 12:57

还在找实时英语录音转写中文软件哪个好？

而语音转写技术的出现为我们提供了一种更加便捷高效的方式来转录语音内容。录音转写软件是一类创新工具，利用先进的语音识别和自然语言处理技术，能够将音频文件中的内容自动转录为文字。

Nightowls__·2023-06-23 11:04

机器学习识别肿瘤干性指数mRNAsi

2018年发表在Cell上面的一篇文章采用创新的单类逻辑回归(OCLR)机器学习算法，通过对干细胞转录组、甲基化组和转录因子结合位点的多平台分析，得到了两个独立的干性指数，其中mRNAsi可以反映干细胞的基因表达特征

博士苑·2023-06-23 10:46

践行者

从最开始的单细胞生物到多细胞生物，直到后来出现完整的生命个体，而后恐龙的消亡，人类的出现。

舒蔓_·2023-06-23 03:00

AI时代的三类人：探索掌握AIGC，引领未来的人才之路

我们只需要将录音通过语音识别转录后输入ChatGPT，再告诉它需要转化为某种风格的

叶锦鲤·2023-06-22 16:49

易基因｜m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下，由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。

易基因科技·2023-06-22 16:18

2022-10-28

Cell|复杂组织的单细胞空间表观基因组学成像原创存在一棵树图灵基因2022-10-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=66.850推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文开发了一种高通量单细胞染色质表观遗传修饰的成像方法

图灵基因·2023-06-22 15:37

网络药理学+转录组AD候选药物筛选纯生信分析套路

今天跟大家分享的是六月份发表在Bioinformatics杂志（IF：5.61）上的一篇通过对疾病相关基因和药物靶标进行网络分析，筛选出潜在药物，并根据其基因表达谱进一步过滤获得有效药物的文章。ScreeningnoveldrugcandidatesforAlzheimer’sdiseasebyanintegratednetworkandtranscriptomeanalysis通过整合的网络和转

概普生信·2023-06-22 14:40

scanpy单细胞分析流程

梳理一下scanpy单细胞分析流程（处理的是scRNA-seq）。

今晚月亮有点圆·2023-06-21 13:57

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-06-21 12:39

R语言结构方程模型（SEM）教程

详情点击链接：R语言结构方程模型（SEM）在生态学应用结构方程模型（SructuralEquationModel）是一种建立、估计和检验研究系统中多变量间因果关系的模型方法，它可以替代多元回归、因子分析

夏日恋雨·2023-06-21 10:28

人生

最近在看机智的医生生活，我就会想一些关于人的生命，人从母亲的肚子里出来，一切都是未知的，从零开始的，从无意识到有意识，从单细胞，变成一个独立完整的人，可是为什么这个世界有那么多的不同B站上有觉醒年代的混剪

噼里啪啦轰·2023-06-21 10:00

单细胞RNA-seq预处理工具比较分析（bioRxiv）

2020年2月2日，苏黎世大学MarkRobinson团队在预印本bioRxiv上发表题为pipeComp,ageneralframeworkfortheevaluationofcomputationalpipelines,revealsperformantsingle-cellRNA-seqpreprocessingtools的研究内容，并建立了一个评估框架pipeComp，评估包括过滤、dou

生信宝典·2023-06-20 21:36

生信学习——转录组测序分析的大致流程

转录组测序的分析流程大致可以分成三类，包括基因组比对（Genomemapping）、转录组比对（Transcriptomemapping）、转录组组装（Reference-freeassembly）有大牛写的很好

Lifelrving·2023-06-20 19:50

单细胞转录组高级分析五：GSEA与GSVA分析

以下文章来源于生信会客厅，作者Kinesin生信会客厅分享单细胞转录组、空间转录组、转录调控及微生物多样性的分析流程、代码及相关生信知识。

Seurat_·2023-06-20 10:51

问题与答案

为生物的诞生提供适宜的温度；机器人为什么什么都知道，因为它有芯片，插上芯片就什么都知道了；天为什么会有白天和黑夜，地球公转的缘故，生物是从低级到高级演化而来，从开始的单细胞生物到哺乳动物；世界万物都会消亡

晓秋傍晚声残月·2023-06-20 09:25

2019-06-22 因子分析（二）探索性因子分析

图1图2只是提取公因子仍然不能满足我们对于数据分析的要求，因此探寻因子背后的意义，变量中的结构就十分重要。这种对于因子意义的分析有两种功能：（1）探索性：评价问卷的结构效度；（2）验证性：解决多重共线性；寻找结构；适用条件：图3适用条件（1）不能完全两两没有相关公因子数量的确定图4筛选条件（1）不同行业标准不同（2）因子的可解释是更重要的，哪怕特征根小于1几个重要概念：（1）因子负荷：因子和变量的

6d1d91c78cfd·2023-06-19 21:33

《我包罗万象》

几个月后，单细胞到多细胞再到后来的低级植物，动物等等的出现。我们能在最深处的海沟处还依稀可以窥见它们到来的过程，是如此地漫长而又神奇。一个简单的细胞，也是一个世界，可以包罗万象。

窈芷汀兰·2023-06-19 20:06

因子分析——SPSS实例分析

【续上篇主成分分析】因子分析常用于通过可观测变量推断出其背后的公共因子（也称为隐变量），样本在公共因子上的取值变化影响其在可观测变量上的取值，因为一般公共因子的个数小于可观测变量的数目，所以因子分析也可以用来降维

九九jiujiu·2023-06-19 20:25

对应分析——SPSS实例分析

对应分析是R型因子分析和Q型因子分析的结合。本质是将列联表里面的频数数据作变换（通过降维的方法）以后，利用二维图的方式，简单直观的表示行变量和列变量之间的相关性，适合于多分类型变量的研究。

九九jiujiu·2023-06-19 20:25

主成分分析——SPSS实例分析

SPSS软件中主成分分析与因子分析均在“因子分析”模块中完成。因此，在SPSS数据表中录人以上数据后，依次点击“分析-降维-因子”进入“因子分析”对话框，然后将12个变量全部选入“变

九九jiujiu·2023-06-19 20:23

paddlespeech asr语音转录文字；sherpa 实时语音转录

1、paddlespeechasr语音转录文字参考：https://github.com/PaddlePaddle/PaddleSpeech安装后运行可能会numpy相关报错；可能是python和numpy

loong_XL·2023-06-19 20:08

单细胞 Drop-seq数据分析教程

Drop-seq是一种单细胞RNA测序技术，通过在微滴中捕获单个细胞并进行RNA扩增，从而获得单个细胞的转录组数据。该技术通过微滴分离单个细胞并将细胞裂解，随后在微滴中添

11的雾·2023-06-19 15:18

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。

·2023-06-19 10:43

DALS028-批次效应04-因子分析

title:DALS028-批次效应04-因子分析date:2019-08-2812:0:00type:"tags"tags:批次效应categories:DataAnalysisforthelifesciences

backup备份·2023-06-19 09:38

Seurat24节气之2雨水---resolution参数

道理你都懂，还是做不好单细胞。沉下心来，再看一遍道理。

Seurat_·2023-06-19 08:12

Day-3 单细胞转录组RCA分析揭示结直肠癌细胞异质性

热烈庆祝sci-hub合法化，这下大家可以自由自在使用了之前的单细胞转录组研究中，许多实验检测的肿瘤微环境分辨率不足，或者忽视了肿瘤与对应的正常样品的比较。

刘小泽·2023-06-19 07:22

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Luke Ewin·2023-06-19 02:25

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