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单细胞
批量差异分析 批量findmarkers
各个
单细胞
亚群独立在两个分组做差异分析-腾讯云开发者社区-腾讯云(tencent.com)Idents(sce)=paste0('c',sce$group)table(Idents(sce))degs=
Young.Dr
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2023-10-03 06:56
前端
javascript
html
Seurat24节气之1立春---merge合并多组
单细胞
数据
道理你都懂,还是做不好
单细胞
。沉下心来,再看一遍道理。
Seurat_
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2023-10-03 03:19
单细胞
转录组学生物标志物和靶点挖掘的新方法
单细胞
转录组学(sc-RNAseq)研究,可以更加有效的解释组织的异质性,从单个细胞分辨率来解释更多bulk水平上难以解释的生物学问题。已经广泛用于肿瘤异质性、细胞发育、免疫微环境等课题研究。
felix108
·
2023-10-03 00:46
2022-05-04
2.消炎杀菌功效:多酚类化合物具有消炎的效果,再经由实验发现,儿茶素类能与
单细胞
的细菌结合,使蛋白质凝固沉淀,藉此抑制和消灭病原菌。
聂帅_cc72
·
2023-10-02 22:53
19.4.19上海交大
单细胞
论坛学习
刘小泽整理于2019.4.19+4.26有幸参加了4.19的上海交大
单细胞
论坛,下面简单记录了一下会议内容
单细胞
测序技术探索人类胚胎发育-汤富酬教授简介:汤老师课题组主要围绕人类早期胚胎发育、多能干细胞的自我更新能力和多能性调控的分子机理
刘小泽
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2023-10-02 19:08
第一次用scanpy分析
单细胞
数据
InMay2017,thisstartedoutasademonstrationthatScanpywouldallowtoreproducemostofSeurat’sguidedclusteringtutorial(Satijaetal.,2015).WegratefullyacknowledgeSeurat’sauthorsforthetutorial!Inthemeanwhile,weha
Seurat_Satija
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2023-10-02 16:17
单细胞
转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data
本文介绍了
单细胞
转录组数据分析非常重要的一步:数据质控。数据质控应当引起我们的注意,数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。数据质控的几个方向:低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别,细胞碎片,批次效应等。
周运来就是我
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2023-10-02 09:23
2022-01-08
NatureCancer|时序
单细胞
追踪揭示抗PD-1免疫治疗在肺癌中的作用机制原创风不止步图灵基因2022-01-0813:52收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:风不止步推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:以PD
图灵基因
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2023-10-01 16:14
Nature重磅综述:
单细胞
测序技术在癌症免疫治疗领域的应用
本文阐述了使用以scRNA-seq为主的
单细胞
分析技术取得的进展,特别是在肿瘤临床治疗、免疫疗法方面,讨论了
概普生信
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2023-10-01 14:54
02.认识Seurat对象
关于Seurat对象的构建请参考:01.
单细胞
入门-Seurat对象创建Seurat对象结构及信息存储我们使用seurat官方pbm3k数据集作为示例,强烈建议直接阅读官方文档说明,有构建-整合拆分-质控全套流程和代码
科研小徐
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2023-10-01 10:13
“harmony”整合不同平台的
单细胞
数据之旅
LandscapandDynamicsofSingleImmuneCellsinHepatocellularCarcinoma》,为了同时整合两类数据(包括SMART-seq2和10X)(Hemberg-lab
单细胞
转录组数据分析
生信宝典
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2023-10-01 09:09
单细胞
108篇文献解读之14---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer
|文章题目:ATargetableEGFR-DependentTumor-InitiatingPrograminBreastCancer中文题目:乳腺癌EGFR靶向依赖的肿瘤启动程序发表期刊:cellreports发表时间:2017.10影响因子:8.032[图片上传失败...(image-2455af-1621337002656)]前言基底细胞样型乳腺癌(basal-likesubtypebre
Seurat_Satija
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2023-10-01 07:26
单细胞
测序-scRNA的测序基础
单细胞
测序(single-cellsequencing),顾名思义就是能从单个细胞中获取遗传信息的测序技术。
单细胞
测序技术为什么近来大火,那么它能帮科研工作者能解决哪些问题?
作图丫
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2023-10-01 06:00
公开数据库纯生信:铁死亡联合
单细胞
RNA-seq和bulk RNA-seq强势回归
之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪,铁死亡常规分析的文章基本都已发表,但是铁死亡热度依然没有减退,小编也一直在寻找铁死亡新思路出,这不,FrontImmunol(Q2,IF=7.561)铁死亡bulkRNA+scRNA分析的新思路就见刊了,bulkRNA+scRNA的分析也是近来的趋势,单独分析bulkRNA毕竟太过片面。公开数据库纯生信铁死亡bulkRNA+scRNA方案铁死亡激活评分模型有助
概普生信
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2023-10-01 03:30
ggplot做对角线火山图---与
单细胞
差异基因可视化更配哦
2、让火山图躺下来:倾斜45°的火山图3、跟着Cell学
单细胞
转录组分析(八):
单细胞
转录组差异基因分析及多组结果可视化4、ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因但是最近在做
单细胞
差异基因可视化火山图的时候
KS科研分享与服务
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2023-10-01 02:16
2022-08-13
NatureCancer|肿瘤相关成纤维细胞的
单细胞
分析原创骄阳似我图灵基因2022-08-1310:09发表于浙江收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:23.177推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:
图灵基因
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2023-09-30 14:01
2022-07-20
Nature|
单细胞
测序揭示核染色体的位置决定了分离错误的频率原创骄阳似我图灵基因2022-07-2007:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制语音朗读本文音频:00:0009:48撰文:骄阳似我
图灵基因
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2023-09-30 13:03
10X
单细胞
(10X空间转录组)多组学(RNA + ATAC)推断Velovyto(MultiVelo)
hello,大家好,今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto,大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的,其实,对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息,多组学推断更加准确一点,参考的文献在Single-cellmulti-omicvelocityinfersdynamicanddecoupledgeneregulation,非常棒的文章,我们先来分享文章,最后看看示例代码
单细胞空间交响乐
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2023-09-30 11:44
GPU版scanpy (rapids)实践 | 大型
单细胞
数据分析利器
作者:ahworld链接:GPU版scanpy(rapids)实践|大型
单细胞
数据分析利器来源:微信公众号-seqyuan著作权归作者所有,任何形式的转载都请联系作者。
seqyuan
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2023-09-30 10:49
风是海里的鱼
它们都是自由的,明明是个
单细胞
得动物,却活的那么开心,你想过没有,去过自己的生活。什么生活,什么社会。心理学说,人的心理分为三种,本我自我超我。
风是海里的鱼
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2023-09-30 05:34
再来日更
我一直自认为是个
单细胞
动物,一个时期只能专注做一件事。比如我考国考期间,基本业余时间全部都用在备考上了。现在在考证这个事情上暂告一段落。现在,重新开始参加这个活动,希望能持之以恒耕耘心情。
爱读书的冰冰
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2023-09-30 05:55
文献(2): 综述_癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性【建议收藏】
上一个
单细胞
课题做了一些关于CAF的工作,当时就参考了这一篇综述。细胞亚群的解读算是
单细胞
课题中耗时耗力的内容,非免疫细胞更是如此,因为非免疫细胞的文献比免疫细胞少多了。
TOP生物信息
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2023-09-29 23:49
单细胞
测序CITE-seq cell hashing
Cellhashing是一种在
单细胞
rna测序平台上实现样本多线程和超负载的方法,由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室合作开发。
KK_f2d5
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2023-09-29 22:08
单细胞
聚类---浅析监督学习与无监督学习
单细胞
转录组分析在线性降维后通常要进行聚类,使用到机器学习的常用方法,主要分为有监督学习[supervisedlearning]和无监督学习unsupervisedlearning。
云养江停
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2023-09-29 08:53
深度学习中Dropout原理解析(10X
单细胞
和10X空间转录组)
1.Dropout简介1.1Dropout出现的原因在机器学习的模型中,如果模型的参数太多,而训练样本又太少,训练出来的模型很容易产生过拟合的现象。在训练神经网络的时候经常会遇到过拟合的问题,过拟合具体表现在:模型在训练数据上损失函数较小,预测准确率较高;但是在测试数据上损失函数比较大,预测准确率较低。过拟合是很多机器学习的通病。如果模型过拟合,那么得到的模型几乎不能用。为了解决过拟合问题,一般会
单细胞空间交响乐
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2023-09-29 03:07
生物进化论与互联网商业变革
我们都知道地球上的生命,从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物,从原核生物进化为真核
单细胞
生物,然后按照不同方向发展,出现了真菌界、植物界和动物界。
马少的简书
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2023-09-29 02:37
Paper_3: 正常输卵管上皮细胞的
单细胞
测序揭示了浆液性卵巢癌的非遗传异质性
Highlights利用输卵管上皮细胞(FTE)的亚型定义了浆液性卵巢癌(SOC)的分子分型FTE细胞在
单细胞
水平上的整体描述鉴定了6种分子亚型的细胞类群在1700个高级浆液性卵巢癌(HGSOC)的肿瘤
TOP生物信息
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2023-09-29 00:06
iTALK---
单细胞
受配体互作分析及可视化(详细版教程)
今天我们说一说另外一种---iTALK,iTALK也在很多文章中出现过,原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点,第一是可以比较差异受配体,第二是可视化比较好,我们可以借用借用它的函数,让自己的结果更加完美!详细版注释代码以及使用的数据已上传QQ群文件,更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务!iTALK的文章连接如下:https://www.biorxiv.org/content/10
KS科研分享与服务
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2023-09-28 23:55
SCS【1】今天开启
单细胞
之旅,述说
单细胞
测序的前世今生
点击关注,桓峰基因桓峰基因生物信息分析,SCI文章撰写及生物信息基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你123篇原创内容-->公众号今天开启
单细胞
之旅,
单细胞
其实我也算接触较早的项目
90066456ace6
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2023-09-28 20:33
2020-03-20 人心脏发育过程中全器官的基因表达和细胞图谱
image.png一句话总结:利用空间转录方法在
单细胞
分辨率下探索人类心脏发育的基因表达图景,以构建一个3D器官范围的图谱。
程凉皮儿
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2023-09-28 18:20
单细胞
多组学揭示新冠后遗症的免疫学特征
许多新冠患者会出现COVID-19相关的急性后遗症(post-acutesequelaeofCOVID-19,PASC),常见的如记忆丧失、胃肠痛、疲劳、嗅觉丧失、呼吸障碍等,甚至出现哮喘、心血管疾病等严重病症。近两年,新冠后遗症越来越受到关注,然而相关联的免疫系统的变化仍不清楚。2022年3月,由美国西雅图系统生物学研究所JamesR.Heath联合多家单位在Cell上发表题为《Multiple
中科新生命
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2023-09-28 15:16
单细胞
ATAC和RNA测序的结合分析
这篇文章就是采用ATAC-seq和RNA-seq的
单细胞
检测方法,对恩杂鲁胺(一种抗癌药物)的早期治疗反应和耐药性模型进行研究。方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是
概普生信
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2023-09-28 12:36
5+
单细胞
+脂质代谢+预后模型+实验
今天给同学们分享一篇5+
单细胞
+脂质代谢+预后模型+实验的生信文章“Single-celltranscriptomeanalysisrevealsthemetabolicchangesandtheprognosticvalueofmalignanthepatocytesubpopulationsandpredictnewtherapeuticagentsforhepatocellularcarci
生信风暴
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2023-09-28 08:36
零知识证明
scmap:
单细胞
RNA-seq数据跨数据集的投影
随着越来越多的scRNA-seq数据集可用,对它们进行比较是关键。主要的应用程序是比较不同实验室收集的具有相似生物学来源的数据集,以确保注释和分析是一致的。此外,随着大量的参考数据集,如人类细胞图谱(HCA)的出现,一个重要的应用将是将来自新样本(如来自疾病组织)的细胞投射到参考数据集上,以表征组成的差异,或检测新的细胞类型。scmap是一种将细胞从scRNA-seq实验投射到不同实验中识别的细胞
周运来就是我
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2023-09-27 21:59
单细胞
测序+免疫,还可以这样做!
近些年,免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点,
单细胞
测序也是越来越受欢迎,这篇文章就很好的将二者进行了结合,从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。
概普生信
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2023-09-27 16:30
环境决定论在现实主义文学中的表现
环境决定论是有其科学依据,细胞学说,即所有的动物植物都由
单细胞
分裂而来;进化论提出所有的物种皆由进化而来,都是“物竞天择,适者生存”的自然环境选择的结果。
2c47874080e2
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2023-09-27 12:04
读书笔记 | 在病毒中生存
细菌是
单细胞
微生物。虽然每个细菌只有一个细胞,但是由于细菌的数量极大,因此加起来的细胞总数也很惊人。噬菌体病毒的外形看起来像小型的阿波罗着陆舱,上面的“正舱”(即病毒的头部)
梦里依稀风铃
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2023-09-27 01:59
10X
单细胞
基础+个性化合集1
昨晚还是看了世界杯,日本队确实值得尊重今天我想来一篇关于
单细胞
分析的合集,包括以下内容
单细胞
基础分析之单样本分析篇
单细胞
基础分析之多样本整合篇
单细胞
个性化分析之细胞注释篇
单细胞
个性化分析之轨迹分析篇
单细胞
个性化分析之细胞通讯篇
单细胞
个性化分析之
单细胞空间交响乐
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2023-09-26 11:06
序幕:投票
比如此刻的外星人还是在爬行动物阶段就像一只蜥蜴或者还只是
单细胞
生物。在这些小朋友们中的一大部分都会选择有外星生命,只有为数不多的还在坚持外星上没有任何生物哪怕只是一个细菌。
一站博物
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2023-09-26 06:23
CNS图表复现---人人都能学会的
单细胞
聚类分群注释
这个数据集GSE129516,就是拿到了如下所示的数据文件:图片GEO下载的我首先读取了一个文件,看了看,就是表达矩阵,所以直接CreateSeuratObject即可,都省去了3个文件的组合命令。图片表达矩阵例子首先批量读取每个10x样品的表达矩阵保证当前工作目录下面有后缀是matrices.csv.gz的文件,就是前面下载的6个文件:rm(list=ls())options(stringsAs
Seurat_
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2023-09-26 06:14
单细胞
水平胚胎发育的染色质动态
参考文章是:Thecis-regulatorydynamicsofembryonicdevelopmentatsingle-cellresolution概述
单细胞
水平的发育谱系调控机制:Hereweinvestigatethedynamicsofchromatinregulatorylandscapesduringembryogenesisatsingle-cellresolution
Shaoqian_Ma
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2023-09-26 01:00
在线平台如何做
单细胞
测序分析全套?有它so easy!
在线工具也能追上
单细胞
作者:白介素2
单细胞
测序技术是一个越来越Popular的技术,这不前两天还有小伙伴来找白介素同学,说是老板想分析
单细胞
测序的数据,喜欢追热点,让他们去学R语言,然后小伙伴自然是懵逼
医科研
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2023-09-25 23:24
单细胞
& 空间整合去批次方法比较(2)
作者,追风少年i开头先放一张marker表,供大家参考markerlist这一篇内容很简单接上一篇,上一篇文章
单细胞
&空间整合去批次方法比较介绍了以下几种方法整合去批次的代码CCAmergeSCTmerge
单细胞空间交响乐
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2023-09-25 22:21
mtSC:整合多参考数据集进行
单细胞
亚群注释
说在前面在
单细胞
数据分析流程中,细胞亚群注释的准确性一直都是重中之重,生信宝库在之前的推文:一文解决
单细胞
亚群注释的所有问题中,已经介绍了解决
单细胞
亚群注释常见问题的一些方法,并且给出了Immugent
生信宝库
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2023-09-25 21:57
JSTA:将空间转录组原始数据转换成
单细胞
水平空间表达谱的专用工具
然而其需要使用图像分割算法将图像分割成细胞,将RNA检测转换为空间
单细胞
数据。把mRNA分配给细胞仍然是一个具有挑战性的问题,会大大影响组合FISH方法的整体准确性。
尐尐呅
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2023-09-25 21:26
好记性不如烂笔头
所以很多笔记都不够系统,因此我想要对自己的博士课题(主要是
单细胞
测序方面)的学习做一个详细的记录与总结,不仅是为了分享,更重要的是记录过程中加强对方法的系统理解以及方便以后的知识回顾。
好风凭借力
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2023-09-25 19:56
骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径
MappingDistinctBoneMarrowNichePopulationsandTheirDifferentiationPaths骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径MSCGeneVisualization文章信息介绍的文章利用
单细胞
转录组分析骨髓龛中不同细胞类群间的关联及其分化轨迹中不同的转录调控因子的功能
天涯清水
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2023-09-25 13:45
代码分析 |
单细胞
转录组质控详解
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析(重磅综述:三万字长文读懂
单细胞
生信宝典
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2023-09-25 08:00
SCENIC
单细胞
转录因子分析原理
1.简介SCENIC(single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering)是一个基于共表达和motif分析,计算
单细胞
转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法
Seurat_Satija
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2023-09-25 08:51
2021-09-07
NatBiotech|迁移学习将
单细胞
数据映射到参考图集原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=54.904推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、研究人员介绍了一种深度学习策略
图灵基因
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2023-09-25 03:55
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