宏基因组第3页

为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

基因学苑·2023-08-27 08:44

宏基因组之基因组装

背景宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaffold。

凯凯何_Boy·2023-08-26 15:05

百趣代谢组学资讯:“二代和三代宏基因组+代谢组”三剑合璧，揭秘健康个体间的肠道菌群SV突变

近日，中国科学院微生物研究所研究员王军团队在NatureCommunications（IF=14.919）上发表了题为"Short-andlong-readmetagenomicsexpandindividualizedstructuralvariationsingutmicrobiomes"的论文。中国科学院微生物研究所王军研究员和动物所宋默识研究员为共同通讯作者；中国科学院微生物研究所助理研究

09eb862dd2cf·2023-08-26 09:26

宏基因组单样品vamb分箱，gtdb物种注释与建树

个人记录，其实很多文件夹的设置并不是那么合理。存放已有序列的文件夹./qc质控后的双端测序文件.fq.gz./当前文件夹，放.fa后缀的contig文件我的文件名编码是S1-1，S1-2这样的。文件夹./concatenate整理好的序列长度大于2000的./map放.mmi的索引文件./bam放.bam的比对文件./sort排序后的.bam文件./bins把所有的bin的.fa文件放在一个文件夹

江有枫xx·2023-08-25 07:57

Best practices for analysing microbiomes

比如对近期快速发展的精确序列变异(exactsequencevariants/ESV，详者注：目前更多使用ASV的名称)的方法替代传统基于聚类的OTU分析，整合宏基因组学和代谢组学的方法，组成型数据分析问题等方面的近期突破性的进展开展探讨

超人快飞·2023-08-24 21:18

宏基因组CAG、MGS、MLG以及Bin、MAG、Draft genome

宏基因组的Binning主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。除了Contig，宏基因组中还有一类序列信息，即Gene。

笺牒九州的怪咖·2023-08-21 22:03

五大数据库全方位注释，抗性宏基因组分析项目再次升级！

基于宏基因组测序的抗性基因分析是目前ARGs分析的重要手段，五大数据库全面注释分析，一网打尽ARGs、MRGs、BRGs、MGEs、致病菌注释。

SHANGHAILINGEN·2023-08-18 15:42

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2023.2)

课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分具体见：易生信培训改为长周期模式福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上

生信宝典·2023-08-13 05:47

这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本，涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

计算分析类型的研究，是能够比较容易实现可重复性的-只要分享代码和数据就可以（当然配置运行环境也需要一定的功底），如使用Rmarkdown或Bookdown或者Jupyternotebook等，像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的

生信宝典·2023-08-12 23:49

基于R做宏基因组结果的PCoA分析

写在前面因为公司给的PCA结果效果不佳，决定从中重新挑选部分样本进行再分析步骤表格结果预处理在属水平genus参考原本结果已有的PCA图，尽可能挑选距离较远且聚团的样本选取不同样本属水平的丰度数据，整理成逗号分隔的csv文件代码演示library(vegan)#计算bray距离library(ggplot2)library(tidyverse)library(ape)#pcoa分析##如果没装先i

twocanis·2023-08-12 15:06

基于R做宏基因组的进化树ClusterTree分析

写在前面同上一篇的PCoA分析，这个也是基于公司结果基础上的再次分析，重新挑选样本，在公司结果提供的csv结果表上进行删减，本地重新分析作图步骤表格预处理在公司给的ClusterTree的原始表格数据里选取要保留的样本，同样保存为逗号分隔的csv文件代码演示无色版install.packages('vegan')install.packages('dendextend')install.packa

twocanis·2023-08-12 15:34

宏基因组分析笔记之binning

一、宏基因组简介：reads→（根据overlap组装）→contig重叠群→（构建454paired-end库或illuminameta-paired库，组装）→scaffold→（binning）→

小王的学习杂记·2023-08-07 06:21

亚马逊云科技HPC解决方案，帮助浙江大学实现成本和科研任务的双丰收

AmazonWebServicesCloudCreditsforResearch）的多次支持下，运用亚马逊云科技的高性能计算和专属行业解决方案，浙江大学土壤学科研团队整体在2个月内，成功完成了土壤微生物宏基因组数据自动化处理

Discovering_·2023-08-04 12:44

宏基因组学是什么？16S 测序和宏基因组测序分析有哪些？

宏基因组学宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。

Seurat_Satija·2023-07-28 05:05

宏转录组方法_Cell：基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

在此研究中，作者呈现了来自全球126个采样站的187个宏转录组和370个宏基因组的综合数据集，并构建了一个包含4700万个基因的参考基因集，来研究全球海洋不同深度层的微生物群落的转录组。作者研究了

weixin_39917811·2023-07-22 12:01

宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

南哥塔罗占卜师·2023-07-22 12:30

NCBI|宏基因组原始数据上传

小编最近学习了关于NCBI数据上传的操作，今天给大家演示宏基因组原始数据上传NCBI的操作，宏基因组原始数据上传NCBI共分为三步，下面小编就为大家一一讲解吧！

维凡生物·2023-07-20 09:50

一文读懂基因富集分析：从小白到SCI

对于小编来讲，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，基因组可以算突变率、转录组可以算基因表达水平、表观组可以观察甲基化水平、蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度。

概普生信·2023-07-13 17:15

多快好省！硫元素循环分析内容又升级啦！

凌恩生物强势推出基于宏基因组的硫循环研究方案，构建了完整的硫循环循环模式图，对宏基因组数据进行深入挖掘，各部分结果图可直接用于文章发表，充分满足您对元素循环的各类个性化分析要求！

SHANGHAILINGEN·2023-06-21 23:35

宏基因组分箱软件metaWRAP报错记录与解决方法

最近学习微生物宏基因组分箱（binning），按官方文档安装metaWRAP，踩了一堆坑，记录一下报错及解决方法：1.metaWRAP安装安装教程及下载地址：GitHub-bxlab/metaWRAP:

ygyxl·2023-06-21 04:21

普氏分析在生信中的应用

在宏基因组测

jl老弟·2023-06-16 18:54

CheckV评估病毒序列

中文：checkv评估meta组装病毒基因组的完整性杂志：NatureBiotechnology时间：2020CheckV通过将序列与完整病毒基因组的大型数据库进行比较来估计完整性，其中包括从公开可用的宏基因组

小白菜学生信·2023-06-16 17:18

宏病毒组研究大放异彩！| 凌恩生物1-5月高分宏病毒组文章大盘点！

病毒宏基因组学能够检测病毒群落的DNA或RNA序列，了解病毒种类

SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

GUT|IF30+的联合分析文章：宏基因加代谢组

●代谢组学是基于LC-MS/MS液质联用技术对生物样本中的小分子代谢物进行定性和相对定量分析；●宏基因组-代谢组的联合分析可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性；●从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系

SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:52

科普：四大学术出版社

这篇文章年代稍微有点久了，一些实际内容也有些不一样了，但这不妨碍粗浅的了解一下：国际学术期刊的四大巨头(360doc.com)(67条消息)iMeta|宏基因组&生物信息期刊-创刊背景和简介_刘永鑫Adam

BI_wan·2023-05-19 14:31

shot-gun宏基因组：KneadData质控，Kraken2Bracken物种分类，HUMAnN3功能注释

导读第一次做宏基因组还是在2018年，现在2021很多软件数据库大更新，这里搭建目前比较受认可的流程，即用Kneaddata（trimmomaticbowtie2）kraken2humann3进行宏基因组数据基础分析

胡童远·2023-05-09 22:04

DNA甲基化组+转录组+宏基因组+16S研究思路

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期我们以一篇多组学研究揭示DNA甲基化在植物促生菌-植物-微生物互作关系中作用的文献案例来讲解多组学研究如何做，并对多组学研究分析方法和组学分子实验验证思路进行总结，一起来看看吧。2022年02月24日，南京农业大学沈振国和蒋建东教授团队合作在期刊《Microbiome》（IF:14.65/1区）发表了题为“Long-termeffe

易基因科技·2023-04-18 07:16

凌恩生物美文分享|基于宏基因组的氮循环分析内容重磅升级！

凌恩生物强势推出基于宏基因组的氮循环研究方案，构建了完整的氮循环循环模式图，对宏基因组数据进行深入挖掘，各部分结果图可直接用于文章发表，充分满足您对元素循环的各类个性化分析要求！

SHANGHAILINGEN·2023-04-14 14:14

宏基因组如何在动植物研究中一展神通

宏基因组测序技术可以挖掘99%不可培养的微生物，可用于解析环境微生物的群落结构、物种组成、系统进化、基因功能和代谢网络等。

贝瑞科服·2023-04-11 23:32

宏基因组之物种注释（基于nr库）

昨天下午捣鼓了一下宏基因组物种注释过程(基于nr库)，现在将整个流程记录一下。

凯凯何_Boy·2023-04-11 21:02

宏基因组学研究—宏基因组数据的假设检验

1.宏基因组数据假设检验介绍1.1假设检验在科研中的应用假设检验随着人类微生物研究从技术发展和基础科学发现向转化医学和环境研究的转变，统计假设检验的应用将变得越来越重要。

JarySun·2023-04-11 13:32

R语言分析微生物组数据代码示例大全

周运来就是我·2023-04-10 05:28

代谢组学如何结合16S 测序与宏基因组测序

而宏基因组与代谢组学的关联主要是其代谢通路与基因功能和代谢产物的关联。]1.过

苏可_7fe6·2023-04-09 12:52

肝癌代谢组学

Rhine3523·2023-04-07 13:39

扩增子、宏基因组、宏转录组，三大法宝玩转肠道微生物

俗话说，“遇事不决，量子力学；机制难寻，肠道菌群”。和研究物理学微观粒子的量子力学一样，我们肚子里面肠道菌群也是一个神奇的微观世界，里面包含约100万亿个微生物，有人体细胞总数的10倍之多，影响着宿主的饮食、疾病、以及生长发育等。面对数目如此庞大的肠道微生物，要使用哪些技术去了解其物种的组成，发挥的功能，以及对宿主的影响呢？下边，我们就为大家献上研究肠道微生物的“三大法宝”。存在哪些微生物——扩增

诺禾致源·2023-04-06 08:16

宏基因组学研究—纵向微生物组数据分析

1.宏基因组纵向数据的意义1.1纵向数据提供了更多的信息纵向数据从根本上比单点（End-point）数据提供了更多的信息，因为时间系列有两个特殊特征：（a）时间对样本施加了固有的、不可逆的排序；（b）样本具有时间函数的统计相关性

JarySun·2023-04-05 17:23

微生物生态学研究中的宏基因组工具

2021年2月，来自美国、荷兰、中国、挪威的多国研究团队在《CurrentOpinioninBiotechnology》发表综述，回顾了从宏基因组学的应用中收集到的关于微生物生命的新见解，以及促进探索复杂微生物群落多样性和功能的广泛分析工具

尐尐呅·2023-04-05 11:08

宏病毒组学 | 病毒宏基因组相关基金资助项目研究分析

病毒宏基因组学（Meta-virome）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle

易基因科技·2023-04-05 06:50

TaxonKit: 小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集

TaxonKit:小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集宏基因组按：NCBI物种分类注释信息格式复杂，存在层级不整齐、缺失、名称变动等问题，在使用中存在一定困难。

斗战胜佛oh·2023-04-04 02:25

NBT | 基于培养的1520人肠道细菌参考基因组

1,520referencegenomesfromcultivatedhumangutbacteriaenablefunctionalmicrobiomeanalyses中文：来自人肠道细菌的1520参考基因组促进功能宏基因组分析单位

小白菜学生信·2023-04-04 00:27

2019-07-25

如何估计宏基因组样本中的物种组成及丰度？答：宏基因组中的物种分类，一般用OTU(operationaltaxonomicunit),即可操作物种单元，来表示。

YX_Andrew·2023-04-03 21:46

Cell子刊：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关

文章目录CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关热心肠日报研究总结研究背景研究结果选择微生物组一致或者不一致的同卵双胞胎类病毒颗粒（VLPs）的鸟枪法宏基因组测序识别推定的细菌污染功能组成支持病毒在类病毒颗粒纯化中的富集病毒组是个体独特的微生物组具有一致性的双胞胎共享病毒类型在肠道病毒组中噬菌体占优势病毒多样性与微生物多样性相关

斗战胜佛oh·2023-04-02 13:43

Nature子刊|“二代+三代”宏基因组学揭示肠道微生物群的个性化结构变异

2022年，《Naturecommunications》期刊发表的“Short-andlong-readmetagenomicsexpandindividualizedstructuralvariationsingutmicrobiomes”研究论文中，通过建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装的新方法，表征了来自健康人类的数百个肠道微生物组中结构变异（SV）的精细遗传变异。研

凌恩生物·2023-04-01 12:30

NBT|人肠道菌培养组HBC

文章标题：Ahumangutbacterialgenomeandculturecollectionforimprovedmetagenomicanalyses译题：人肠道菌基因组和资源库改善宏基因组分析期刊

小白菜学生信·2023-03-30 18:10

扩增子和宏基因组分析实用指南 | 微生物组研究

来自中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国科学院大学、中国中医科学院等多家科研机构组成的科研团队在《Protein&Cell》发表了微生物组数据扩增子和宏基因组分析的实用指南。

尐尐呅·2023-03-26 13:38

【微生物系列专题】宏基因组分析流程及常见结果解读

【微生物系列专题】宏基因组分析流程及常见结果解读image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage

李时刻·2023-03-25 22:51

微生物组(16S rRNA)数据分析套件PMS尝鲜

前几日宏基因组公号上推送了《iMeta：青岛大学苏晓泉组开发跨平台可交互的微生物组分析套件PMS》一文，但软件中示例文件貌似是单端数据，于是想着拿手里一批已发表过的双端测序16S数据集尝试一番。

凯凯何_Boy·2023-03-22 12:34

R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记之ggplot2

4.3ggplot2简介4.3.1ggplot2和图形语法ggplot2可以用来创建优雅的图形，由于它的灵活，简洁和一致的接口，可以提供美丽、可直接用来发表的图形，吸引了许多用户，特别是科研领域的用户。ggplot2使用grid包来提供一系列的高水平的函数，并将其延伸为图形语法，即独立指定绘图组件，并将它们组合起来，以构建我们想要的任何图形显示。图形语法包含6个主要成分：data,transfor

zd200572·2023-03-20 18:22

宏病毒组学 | 病毒组组装软件如何选？

因此，对病毒宏基因组（virome）的研究在很大程度上依赖于短测序reads的从头组装来恢复组成和功能信息。宏基因组组装对于病毒组数据尤其具有挑战性，通常导致组装碎片化和病毒群落成员恢复不完全。今天我

易基因科技·2023-03-17 04:20

基因组学系列专栏

：基因组学简介(IntroductiontoGenomics)测序技术(Sequencingtechniques)序列组装(GenomeAssembly)基因组注释(Genomeannotation)宏基因组学

宇宙独一无二的我·2023-03-16 17:53

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