宏基因组第2页

植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？

期刊《Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候

felix108·2023-12-01 07:01

【现学现卖】宏基因组数据与深度学习

一些研究中，测序样品很多是采集于环境或者寄主的某个组织，包含多种微生物的基因组，又称为宏基因组。

乔伊nikkie·2023-11-30 13:34

metawrap宏基因组数据处理流程（亲测有用）

1.metaWRAP简介MetaWRAP旨在成为一个易于使用的宏基因组数据分析软件包，从头到尾完成宏基因组分析的核心任务：序列质量控制、组装、可视化、分类分析、提取基因组草图（又称分箱binning）和功能注释

不锈铁·2023-11-27 21:44

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（1）

“文献阅读”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning摘要：病毒宏基因组数据增长快速，

乔伊nikkie·2023-11-24 02:57

Kraken2安装与数据库构建2022-01-02

Kraken2是一款快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序数据以及序列是否有污染。

土雕艺术家·2023-11-23 08:28

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（2）

文献阅读”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning接上文：【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析

乔伊nikkie·2023-11-23 01:56

宏基因组 - (1)基因预测与基因相对丰度的计算

-3.仅作笔记使用我所用到的所有脚本可以+Q840842906索简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～注明来意，请实名学校+名字-2.两组样品，目的是通过宏基因组找到两组间的差异以及差异的成因-

深山夕照深秋雨OvO·2023-11-17 16:22

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

宏基因组分析项目再创新，汞元素循环

汞（Hg）是一种具有强烈神经毒性的元素，其单质以及多种化合物都有不同程度的毒性，会造成慢性中毒。汞是一种全球性污染物，大气中的汞可通过干湿沉降进入地表水和土壤，环境因素的变化可导致汞的转化。从无机汞转化而来的甲基汞（MeHg）可通过食物链进行生物积累，对人类健康构成威胁。微生物活动在汞生物地球化学循环中发挥关键作用，例如，merA基因编码的汞还原酶能够将Hg²﹢还原为HgO。已有研究表明[1]，即

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:54

手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组

Neptuneyut·2023-11-10 03:53

宏基因组知识点

为了克服传统纯培养技术的不足，研究者们发展了宏基因组学的研究方法，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

斗战胜佛oh·2023-11-03 21:32

基因组denovo测序与meta联合分析

已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。

花生学生信·2023-10-30 11:19

202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream

MetaPhlAn4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。

小果运维·2023-10-29 11:03

在线作图|你不知道的绘制带聚类树的堆叠柱状图的方法

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。imageQue

维凡生物·2023-10-28 23:28

2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析

exportPHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/condaactivatephyloflashforidin`ls/nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64/metacleandata/*.filtered.fq1.gz`doid=${id/*\//}id=${id/.filtered.fq

dashan1928·2023-10-28 19:00

宏基因组，代谢组：高分文章中物种与代谢物相关性热图是怎么画的？

微生物多组学贯穿分析策略十分丰富：如常见的16s与宏基因组贯穿分析，可以验证物种的特征、丰富功能的探究；而16s与代谢组的贯穿分析思路同样常见于高分文章中，通过16s探究不同处理/环境下菌群的物种组成变化

Seurat_Satija·2023-10-26 15:49

宏基因组学研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱

1.高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息；利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解

JarySun·2023-10-26 09:10

了尘兰若的小坑上线啦

边玩边学，对，博客主要是生信文，微生物基因组，比较基因组，功能基因组，扩增子，宏基因组等都有所涉猎。边想，边编程，边分析，边记录是我的范儿。

了尘兰若·2023-10-23 17:29

组间差异分析神器-STAMP | 分析技能

在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（只能用于两组之间的差异比较）、LEfSe、秩和检验等。

斗战胜佛oh·2023-10-23 15:27

生信工作流框架搭建 | 从零开始入门指南 - 00工作流之华山论剑

导语小白生信工程师一枚，写这样的系列其实是个大工程，出发点很简单，工作是宏基因组相关，我司长期使用的流程pipeline是用perl脚本封装的，流程监控、代码维护不是非常方便。

郑二狗·2023-10-18 09:08

一文理清常见的基因富集分析

前言对于很多小伙伴来说，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，即在基因组层面可以算突变率差异，转录组层面可以算基因表达水平差异，表观组可以观察甲基化水平差异，蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度差异，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度

生信宝库·2023-10-16 13:51

中国科学家获得最大冰川微生物组的基因组和基因目录

兰州大学为第一单位）在NatureBiotechnology在线发表题为“Agenomeandgenecatalogofglaciermicrobiomes”的研究论文，该研究通过对来自21个西藏冰川的85个宏基因组和

笺牒九州的怪咖·2023-10-16 01:49

产品升级！全球尺度下原核基因组关键基因共进化无标题

微生物是群落型的生存方式，高通量测序时代到来后，掀起了针对微生物群落整体研究的高潮，比如基于功能基因/16S/ITS/扩增子、宏基因组等进行群落多样性分析。

SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

基于R和gephi做宏基因组与代谢组等多组学联合network相关性网络图

写在前面拿到多组学的数据后一直在找合适的方法将二者进行关联，比如我这里是三种体液的代谢组与一种体液的宏基因组。

twocanis·2023-10-14 13:50

宏基因组研究工具 | 小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)

近日，来自德国的研究人员在《CellReports》杂志发布了一个宏基因组研究的综合资源：小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)，为宏基因组研究提供高度集成的数据资源，并促进分类学、功能学以及小鼠肠道和其他生态系统群落结构的深入探索

尐尐呅·2023-10-14 07:27

Microbiome：国内科研团队揭示中国汉族人群皮肤微生物组特征

杂志上发表文章“Characterizationofthehumanskinresistomeandidentificationoftwomicrobiotacutotypes”，揭示中国汉族人群皮肤微生态宏基因组特征

尐尐呅·2023-10-12 22:44

宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结

首先需要说明一点，我做的是菌株层面(StrainLevel)的数据分析，Strainlevel是Specieslevel的下一层级的分类；而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容，主要包括三块：SNPCalling

Candle_light·2023-10-10 18:10

BLAST本地比对太慢，不怕用diamond

在宏基因组学研究中，又或者你准备做大规模的系统进化的相关研究等等，需要分析了数百万个序列的reads，以确定来自环境的微生物样品的功能或分类学含量，找出对应reads同源的物种。

lakeseafly·2023-10-01 18:30

宏基因组数据资源 | Nature子刊发表来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据集

2020年7月，由欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）领导的国际合作研究团队在《NatureBiotechnology》发表了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源：统一的人类胃肠道基因组（UHGG）和人类胃肠道蛋白质（UHGP）目录，包括4,644个肠道微生物的204,938个非冗余基因组以及625,255,473个蛋白全长序列。“这个庞大的目录是微生物组研究的里程碑，

尐尐呅·2023-09-29 17:14

singlem,一款可以使用marker基因进行宏基因组reads分类的软件

最近偶然从一篇PNAs的文章，看到作者不仅进行了16SrRNA测序，而且通过marker基因和宏基因组bins同时计算了群落结构，对比三者发现，菌群结构相似。

谷流觞·2023-09-29 07:02

Mash: 使用MinHash快速估算基因距离

MASH能用于聚类NCBIRefSeq中所有的基因组，基于组装或者它的reads的实时的基因组聚类，聚类大量的宏基因组数据集。该工具最终发表在GenomeBiology上。工具下载与基本使用Git

lakeseafly·2023-09-27 23:41

基于宏基因组的功能挖掘：碳水化合物活性酶（CAZymes）注释

基于宏基因组数据，可以通过NR数据库进行物种注释，还可以进行功能挖掘，比如通过KEGG数据库来挖掘代谢通路、根据COG注释结果对蛋白进行功能归类，通过CAzyme可以得到碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息

SHANGHAILINGEN·2023-09-26 18:59

Nature子刊｜Binning宏基因组+单菌验证

题目：ISME｜宏基因组binning研究揭示土壤微生物群协同互作二甲基砷脱甲基机制期刊：TheISMEJournal影响

SHANGHAILINGEN·2023-09-26 18:28

基于R的linkET包qcorrplot可视化Mantel test相关性网络热图分析correlation heatmap

写在前面需求是对瘤胃宏基因组结果鉴定到的差异菌株与表观指标、瘤胃代谢组、血清代谢组、牛奶代谢组中有差异的部分进行关联分析，效果图如下：数据准备逗号分隔的csv格式文件，两个表格，一个是每个样本对应的表观指标数据

twocanis·2023-09-26 17:41

基于R做宏基因组进化树+丰度柱状图TreeBar带聚类树的堆叠柱形图

写在前面同之前一样，重分析需要所以自己找了各路代码借鉴学习，详情请参考R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图，实操效果如下：步骤表格预处理选取不同样本属水平的物种丰度图（绝对和相对水平都可以，相对画出来是齐的，绝对的bar是不齐的）。Top10丰度外的类群合并为Others。这里注意，用本篇代码时，表格选择csv/txt等格式文件一定要是制表符分隔的，不然会报错重复名或者没有多出的行分组信息代码演示#装包

twocanis·2023-09-24 11:45

宏基因组做在线组间差异Anosim分析与结果解读

写在前面需求是返回的结果每组样本数量比较多，但组间差异不明显，挑出来重分析。详情请参考[组间差异分析：Anosim]([组间差异分析：Anosim-知乎(zhihu.com))，当然亲测更简便的方法可以借助云平台工具：步骤表格准备不同样本属水平的丰度表分组信息表云平台分析上传云平台结果分析与下载，这个很快调整：pdf格式拖进AI里改色结果解读**图形解读：**盒型图纵轴表示距离排名，横轴betwe

twocanis·2023-09-24 11:13

WildCARD_data数据预处理时报错：'utf-8' codec can't decode byte 0x8b in position 1

在使用CARD数据库时，针对宏基因组数据，需要另外下载WildCARD_data，下载完成后需对数据进行预处理，才可以使用。

轻枫柳曳1208·2023-09-24 07:20

微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组?

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp

唯问生物·2023-09-23 07:53

宏基因组介绍

宏基因组基本概念自然界中存在数量巨大、种类繁多的微生物，人类目前仅分离培养了其中很小的一部分。

斗战胜佛oh·2023-09-22 10:26

宏基因组bining-concoct中的报错解决

1.安装中的报错1.1.安装完基本的依赖环境和python包后，运行pythonsetup.pyinstall报如下错误./c-concoct/c_vbgmm_fit.c:12:28:fatalerror:gsl/gsl_vector.h:Nosuchfileordirectory解决办法：第一，在自己的home目录下查找是否存在gslfind-namegsl_vector.h#假设返回结果的路径

xdli009·2023-09-20 13:32

16S rDNA测序和宏基因组测序区别

16S测序和宏基因组测序区别测序原理不同16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。

有梦想的阿杨·2023-09-16 22:24

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp

科研小行星·2023-09-16 22:53

病原宏基因组测序技术（有点乱）

病原宏基因组二代测序（mNGS），是不基于培养，直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能，可广泛分析

晓佥·2023-09-09 01:50

【现学现卖·文献】病毒宏基因组分析相关文献（1）

一、污水中病毒组最近在看一些病毒宏基因组的论文。前几篇可能看得认真和全面一点，写得也会多，后面的论文方法什么的应该大同小异，就只总结流程图和“小异”。

乔伊nikkie·2023-09-05 04:47

好书推荐——病毒宏基因组学：方法和指南

今天给大家介绍一部病毒宏基因组学方法与指南，该书详细介绍了不同类型样

SYSU星空·2023-09-04 01:55

Cell | 超深度宏基因组！复原消失的肠道微生物

为了理解工业化生活方式引起的微生物组变化，需要结合高深度的宏基因组测序来研究原始人(Hadza)微生物功能、生长动力学和扩散模式。

SHANGHAILINGEN·2023-09-01 18:05

单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用

作者，EvilGenius新的一周，主要这周开始世界杯开赛了，看比赛的时间多了一点，个人喜欢德国队，不知道大家对世界杯有没有兴趣。今天的文章我们来分享一点新的内容。文章在Effectoftheintratumoralmicrobiotaonspatialandcellularheterogeneityincancer导读：肿瘤相关菌群是人类癌症类型肿瘤微环境的固有组成部分。迄今为止，肿瘤内宿主-微

单细胞空间交响乐·2023-08-31 21:21

科研文献|通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生素耐药性基因的迁移率和细菌宿主

ecipheringthemobilityandbacterialhostsofantibioticresistancegenesunderantibioticselectionpressurebymetagenomicassemblyandbinningapproaches****译名：通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生素耐药性基因的迁移率和

维凡生物·2023-08-30 11:14

代谢组学和宏基因组学研究不同添加剂对青贮品质的影响

microbialcommunitiesandantibioticresistancegenesinhigh-moisturesweetcornkernelsilage发表期刊：BioresourceTechnology影响因子：9.642百趣生物提供服务：代谢组学+宏基因组研究背景人口增长

09eb862dd2cf·2023-08-30 00:17

推荐频道

宏基因组