宏基因组第5页

R 绘制 GWAS 研究的 Manhattan 图

近几年，在宏基因组领域，尤其是差异OTU结合分类学结果，采用Manhattanplot展示有非常好的效果，倍受推崇。

BioIT爱好者·2022-03-21 05:17

R count函数_R最快且比dplyr最高效的大数据处理R包：tidyfst

随着扩增子的平稳，我逐渐转入宏基因组，软件更多，平台跨度更大，R语言显示出来很多弊端：数据处理过程不够快，无法快速读入，输出；近年来出现了许多工具解决这个问题，本着适合之前的习惯，我想通过da

weixin_39769703·2022-03-09 08:58

最后一周 | 微生物组-宏基因组分析(线上/线下同时开课，2021.1)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。

生信宝典·2022-03-03 07:58

微生物组-宏基因组分析第9期(报名直播课免费参加线下2020.10本年最后一期)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。

生信宝典·2022-03-03 07:27

IDMIL：一种无对齐可解释深度多实例学习：从宏基因组数据预测疾病

多示例学习MIL假设训练数据集中的每个数据是一个包(Bag)，每个包都是一个示例(instance)的集合，每个包都有一个训练标记，而包中的示例是没有标记的；如果包中至少存在一个正标记的示例，则包被赋予正标记；而对于一个有负标记的包，其中所有的示例均为负标记。包是由多个示例组成的，在多示例学习中，包带有类别标签而示例不带类别标签，最终的目的是给出对新的包的类别预测。如果一个包里面存在至少一个被分类

小小淘SD·2022-03-01 11:12

一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现

这么好的知识，当然希望和大家分享，故约稿陈博士在“宏基因组”发布一下他的经验，感谢陈博士的整理和分享。

生信宝典·2022-02-26 07:29

盘点宏转录组分析方法

如果说宏基因组能告诉我们微生物群，那么宏转录组则能告诉我们这些微生物，这有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物与环境、疾病、动植物等关系的机制。2.宏转录组分析从以G为单位的高

小白菜学生信·2022-02-22 03:52

COVID-19患者血清代谢小分子谱分析

——写在前面因为我的研究方向主要是宿主宏基因组及其代谢产物与宿主互作，所以关于COVID-19方面研究，我

Dayueban·2022-02-22 03:22

扩增子培训小结

扩增子分析扩增子分析，指的是对生物高度保守的DNA序列进行分析，鉴定生物的种类与含量的方法，是宏基因组学的研究方法之一。amplicon.jpg注：以下扩增子均指微生物16SrDNA片段。

见龙在田007er2770·2022-02-20 11:33

堆叠柱状图各成分连线画图的R脚本

18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化》。其中的图3基于堆叠柱状图，添加组间各成分连线，可以更容易的观察和比较组间的变化。

邱俊辉·2022-02-18 08:36

宏RNA测序去除宿主核糖体rRNA（一）-实验端去除

病毒宏基因组测序时，需从样本中提取总RNA核酸。总RNA中除含有病毒RNA核酸外，还包含宿主细胞转录RNA。

韩小早儿·2022-02-15 14:45

常用的生物信息学数据库（核酸，蛋白）

dUTPase[TIAB]Beijing[AD]2、GenBank核酸序列数据库一级核酸数据库包括：GenBank(NCBI)、ENA（EMBL）、DDBJ（NIJ)3、基因组数据库Ensemble4、微生物宏基因组数据库

吴涛_631b·2022-02-13 21:41

Nature | 2型糖尿病肠道微生物群的宏基因组关联研究

文章信息：标题：Ametagenome-wideassociationstudyofgutmicrobiotaintype2diabetes中文：2型糖尿病肠道微生物群的宏基因组关联研究杂志：Nature

小白菜学生信·2022-02-10 07:00

使用anvi'o进行宏基因组的组装和分箱

这部分教程来自HappyBellyBioinformatics网站,主要比较宏基因组的单样品组装和多样品联合组装这两种组装策略以及宏基因组数据的可视化。

你猜我菜不菜·2022-02-09 19:17

宏基因组—探秘肠道菌群与疾病作用机制

宏基因组测序可用于解析环境微生物的群落结构、物种组成、系统进化、基因功能和代谢网络等，已经广泛应用于肠道微生物的研究。一、构建人肠道微生物组的参考基因集宏基因组测

贝瑞科服·2022-02-07 09:41

宏基因组分析3-数据质量控制(trimmomatic)

trimmomatic安装trimmomatic是用JAVA编写的程序，将软件下载解压后就可直接使用cd/home/llt/softwarewgethttp://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zipunzipTrimmomatic-0.38.ziptrimmomatic使用trimm

nitrostarch·2022-02-05 23:35

宏基因组（mNGS）简介（一）——临床领域的应用场景

迄今为止，临床宏基因组学的应用场景包括以下几个方面：1、各种综合征和样本类型的传染病诊断2、患病和健康状态下的微生物组特征分析3、宿主转录学分析确定人类宿主对感染的反应特征4、肿瘤领域的应用包括鉴定肿瘤相关病毒及鉴定基因组整合位点

生信小书童·2022-01-29 18:29

shell-for循环处理宏基因组数据 - 2021-12-27

Megahit-宏基因组组装流程foriinXH*_1.fq.gz;doI=${i%_*}_2.fq.gzbase=${i%%_*}.megahitmegahit-1$i-2$I--k-list21,29,39,59,79,99,119,141

子春零六·2021-12-27 16:23

MetaPhlAn1宏基因组物种注释

导读1MetaPhlAn获得宏基因组物种和物种丰度2MetaPhlAn结果合并和可视化3GraPhlAn绘制进化树4LEfSe寻找分类biomarker并可视化5HUMAnN代谢分析bitbucket地址

小白菜学生信·2021-11-24 19:31

MetaPhlAn2宏基因组物种注释

导读上一篇介绍了MetaPhlAn：宏基因组微生物分类分析教程，这次来学习MetaPhlAn2的使用方法。

胡童远·2021-11-24 19:17

MetaPhlAn3宏基因组物种注释

相比version2，version3数据库拓了很多，还有3支持自建数据库了。Github:https://github.com/biobakery/MetaPhlAnManual:https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-3.0Wiki:https://github.com/biobakery/biobakery/wiki/met

小白菜学生信·2021-11-24 19:06

微生物群、宏基因组和微生物组的区别2021.7.31

二、宏基因组 宏基因组（Metagenom

R语言_茶味先生·2021-10-30 10:23

NCBI|16S原始数据上传

小编这两天为大家演示了宏基因组数据上传的操作，今天为大家演示16S数据上传的操作，供大家参考，而宏基因组和16S数据上传大同小异，最大的不同就是表格的填写，大家要仔细观察哦~第一步申请Biosample

维凡生物·2021-10-25 14:45

Kraken2+Bracken

1.简介Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。

生信记·2021-09-02 15:08

宏基因组标准流程--metaWRAP

1.metaWRAP简介[MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP"MetaWRAP")旨在成为一个易于使用的宏基因组数据分析软件包，从头到尾完成宏基因组分析的核心任务

哈皮大爱·2021-08-30 22:27

kraken软件操作手册

Kraken是2013年Wood提出的的宏基因组序列分类软件，能够快速对宏基因样品中的DNA序列进行分类，因此可以进行微生物检测。

stanford_strive·2021-06-27 17:33

如何在Rstudio终端运行table2itol脚本生成itol网站所需的进化树构建注释文件

(备注：此次学习和总结是站在《宏基因组》公众号这个巨人的肩膀上完成的，在此特别感谢)[1]第一步：下载table2itol.R脚本官方网站：https://github.co

Dayueban·2021-06-23 06:20

宏基因组分析软件概总

摘抄于：公众号见下https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3Mzc1MzczMA==&mid=2247484757&idx=1&sn=e812eb8622053b9b640dde80a555987b&chksm=eb1f36b8dc68bfae243d896ba8c7d6f522f47e347751030768ac1040ef490eab389a2733720b&s

Amy_Cui·2021-06-22 05:39

粪便DNA提取试剂的选择

随着肠道菌群宏基因组研究的兴起，研究者通过提取肠道全部微生物基因组DNA，构建宏基因组文库，对菌群多样性和功能活性、种群结构、协作关系、与肠道间关系、进化关系进行研究，可以进一步揭示人体与肠道菌群的相互关系

呆萌的大脸猫·2021-06-19 09:04

如何从NT/NR数据库中提取子库

最近做有关小鼠肠道微生物宏基因组，遇到两个问题，一是数据量太大，二是宿主污染严重。估计宿主污染至少80%左右，因而就想通过一些方法，例如kraken、bowtie等把宿主污染去除。

谷流觞·2021-06-14 17:28

R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

R、RStudio和ggplot2简介4.1R和RStudio简介citation("ggplo2")取包引用信息，RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。4.1.1安装R、RStudio和R包R提供一个基于命令行的统计框架，RStudio作为IDE，所有统计分析和图形可以使用它进行。4.1.2设置工作目录（略）4.1.3RStudio进行数据分析4.1.3.1RStud

zd200572·2021-06-13 13:56

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—功能预测分析方法描述

根据菌群代谢功能预测结果，我们一方面能一窥菌群功能谱的概貌，发挥菌群多样性组成谱测序性价比高的优势；另一方面也能帮助指导后续宏基因组Denovo鸟枪法测序的实验设计，更合理地筛选用于后续研究的样本。

JarySun·2021-06-11 01:33

[Metagenome-2]Remove the host sequence

对于宏基因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,我们最好先去除宿主基因组,然后方便做后续的分析.去除宿主基因组序列的方法,主要通过将reads

lanzinuo·2021-06-07 17:48

除了Pubmed，还有哪些实用的文献搜索网站

因为我是做宏基因组方向的，所以我今天要推荐的一些网站或者使用的例子都是与宏基因组相关的。当然，由于平时看的文献都是英文的，所以这里不介绍我们常用的

jlyq617·2021-06-06 20:14

第二章微生物组数据的结构和特点

2.1微生物组数据微生物组数据是通过16SrRNA基因测序和宏基因组测序产生的。生物信息学工具包括QIIME和MOTHUR。例如，在对原始序列进行预处理之后，有两种方式可用于生成可分析的微生物组数据。

ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:21

QUAST评估基因组组装质量

之后推出的metaquast可通过与closereference比较评估宏基因组组装质量。文章：文章1：QUAST:

胡童远·2021-05-24 16:30

2018-02-18

最近这几天在学习用R语言完成主成分分析，印象里在公众号分享的文章里看到过可视化主成分分析结果的包，通过微信的搜索功能找到了公众号宏基因组分享的文章ggbioplot-最好看的PCA作图。

小明的数据分析笔记本·2021-05-18 04:12

宏基因组功能注释（以COG为例）

Contigs/Scaffolds序列经基因预测、ORF开放阅读框识别（OpenReadingframe）和蛋白翻译之后，就可以进行功能注释分析了。我们将基因/蛋白序列在特定的数据库中搜索比对，从而完成功能注释分析。常用的功能数据库主要包括KEGG、EggNOG、GO、COG和CAZy等。功能注释就是我们拿到翻译的蛋白之后，与不同的功能（蛋白）数据库进行对比。至于选择哪种数据库要看研究者的目的以及

周运来就是我·2021-05-07 06:43

从CONCOCT入手理解宏基因组binning

文章会同步发表于本人github和githubhomepage目录宏基因组binning简介binning原理2.1.可用于binning的特征2.2.从哪些序列下手进行binning？

UnderStorm·2021-05-02 14:11

HUMAnN2 宏基因组分析 | 小白版

导读使用HUMAnN2（TheHMPUnifiedMetabolicAnalysisNetwork2）进行宏基因组学分析。

小白菜学生信·2021-04-25 11:55

WGCNA分析，简单全面的最新教程

第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。

生信宝典·2021-04-25 04:01

单端测序与双末端测序

该方式建库简单，操作步骤少，常用于小基因组、转录组、宏基因组测序。PE/MP测序也叫双向测序，是对一个长的序列测得其两端的序列。两端的序列形成”一对”，中间的

wangchuang2017·2021-04-22 01:00

转发：抗疫一个月后，新型肺炎背后“元凶”，终于现身。 2020-02-10！

据了解，攻关团队通过分析1000多份宏基因组样品，锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主，然后通过分子生物学检测，揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%。

送一轮明月给你·2021-04-21 22:52

晓佥·2021-04-20 04:08

宏基因组shotgun入门笔记

目录背景知识1.1.根据分析对象的分类1.2.三个基本数据处理问题1.3.一般分析流程1.4.比较宏基因组学的应用1.5.目前存在的技术问题实验设计2.1.几点指导意见2.2.测序平台的选择Metagenomeassembly

UnderStorm·2021-04-19 21:04

健康的人类微生物组

相比之下，人体微生物的宏基因组（微生物在我们体内的总DNA含量）变化更大，只有三分之一的组成基因存在于大多数健康个体中。所以要理解健康微生物组这些差异是重大的挑战。

谷禾健康·2021-04-18 02:35

R语言：两组数据关联分析，pheatmap热图和cytoscape网络图

宏基因组数据以KO-样品丰度表为例。代谢组数据以metabolite-样品丰度表为例。

小白菜学生信·2021-04-17 15:16

宏基因组病原体检测火起来后，我们访谈了这个行业的先行者

来源：动脉网作者：王世薇原文：https://xueqiu.com/6674356504/1321458432019年，宏基因组病原体检测彻底火了起来。

小白菜学生信·2021-04-14 00:23

如何计算宏基因组测序数据中来自于人基因组的污染？

KneadData是一款宏基因组测序数据质控的软件，其主要功能包括使用Trimmomatic对序列过滤和bowtie2比对至宿主基因组去除宿主序列。

斗战胜佛oh·2021-03-29 17:23

mac上安装taxa分析软件STAMP

STAMP是一款非常好用的宏基因组分析相关软件。最近想在mac上面安装，差点被搞疯了，还好最后解决了。

scdzzdw·2021-03-15 09:58

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