宏基因组

如何构建kraken2个性化数据库

kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？
谷流觞·2021-02-04 10:19

病原微生物笔记-Taxonomy 分类流程解决⽅方案

Taxonomy分类流程解决⽅方案1.使⽤用Kraken2对其中的微⽣生物进⾏行行物种注释.Kraken2是⼀一个基于k-mer算法的⾼高精度宏基因组序列列分类软件，能够快速的将测序reads进⾏行行物种分类
XuningFan·2021-01-19 00:56

r语言rank降序_常见排序分析方法及R语言实现

它们对物种(或基因、功能)的分析具有重要作用，因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。以上分析本质上都属于排序分析(Ordinationanalysis)。
HRGO·2021-01-16 08:37

宏基因组公众号4年精华文章目录，收藏贴(2021.1更新)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台
刘永鑫Adam·2021-01-01 07:00

群落多样性之Alpha多样性（一）

宏基因组，是不是就是很“宏”的基因组？……答案很统一：必须是啊！这可以总结出一套理解生物学概念的方法，就是顾名思义。
布莱特杨·2020-12-28 16:33

微生物组数据学习笔记

Metagenome宏基因组：狭义仅指宏基因组测序分析基因组和功能基因，广义泛指研究微生物组的学科。
曲凉不见·2020-12-10 14:38

宏基因组 + 宏转录组分析工具：HUMAnN

导读HUMAnN（全称HMPUnifiedMetabolicAnalysisNetwork）最早由CurtisHuttenhower团队针对HMP项目开发的一款可对宏基因组/宏转录组测序数据进行物种分类分析和功能
胡童远·2020-11-07 15:21

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.11)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！
刘永鑫Adam·2020-11-05 07:00

宏基因组数据分析：差异分析（LEfSe安装使用及LDA score计算）

文章目录导读原理LDAscore计算安装分析文件输入格式数据格式转换lefse分析绘制lefse结果图绘制特征条形图绘制系统发育树图参考资料导读LEfSe（LineardiscriminantanalysisEffectSize）通过将用于统计显着性的标准检验与编码生物一致性和效果相关性的检验相结合，确定最有可能解释类别之间差异的特征。LEfSe分析可以实现多个分组之间的比较，还进行分组比较的内部
__dys__·2020-10-14 20:48

Meta组装小课题2:GapCloser

宏基因组复杂样品基因组的组装（无参考基因组）什么是Gap以及它是怎样产生的Gap：序列中未确定的区域，通常用N或n表示。
周运来就是我·2020-10-09 23:37

MEGAN6安装及使用的问题

最近接手了一个宏基因组项目，做了一段时间，已构建群体的基因丰度集，其间遇到的种种问题暂且不表。本以为接着就可以进行结构和功能注释，忙活了半个月终于可以有可视化的结果了。
NICE_AGIS·2020-10-09 13:52

综述 | 临床微生物学实验室中的mNGS：走向成熟之路

来源：微生态译者：陈佩佩原文：https://mp.weixin.qq.com/s/lQni2FMTqK6faKb6auVmsw综述信息：综述框架：摘要：新一代宏基因组测序（mNGS）正在越来越多地应用于临床实验室进行无差别的微生物培养与独立诊断
胡童远·2020-10-06 17:53

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.10)

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刘永鑫Adam·2020-10-01 07:00

最后1天|宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
刘永鑫Adam·2020-09-15 06:34

最后3天|宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

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刘永鑫Adam·2020-09-15 06:33

最后一周 | 微生物组-宏基因组分析第8期(报名直播课免费参加线下2020.7)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
刘永鑫Adam·2020-09-15 06:33

16S扩增子分析 | 05 Alpha和Beta多样性分析

利用宏基因组、16SrRNA测序等高通量测序技术分析微生物群体结构的时候，常见的有α和β多样性两个指标。Alpha多样性分析Alpha多样性主要反映样本内多样性。
小虎牙儿·2020-09-15 06:21

微生物组-宏基因组分析第8期 (报名直播课免费参加线下课2020.7，最后一周)

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
生信宝典·2020-09-15 05:30

写在博一下学期伊始

老板寒假给安排宏基因组组装的两个小工作还在初始阶段，但最近这十天也没闲着。这周一（2月13日）上午，老板叫过去聊师兄的课题，顺带问了一嘴组装的事情。
lmenjoy·2020-09-15 01:43

Microbiome：微生物组研究中优化方法和规避误区

本网对Markdown排版支持差，请跳转至“宏基因组”公众号阅读；微生物组研究中优化方法和规避误区2017年五月发表在Microbiome上的综述，对于老司机会有很多共鸣，对于新人更要必读，少走弯路。
刘永鑫Adam·2020-09-14 16:16

宏基因组合种树第285期，胡杨专车

宏基因组蚂蚁森林公益合种团队。现诚招队友，带你3000~5000g能量种10~20万能量大树，每天浇水一千，每种树循环种。
刘永鑫Adam·2020-09-14 16:16

drep：微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战

在微生物分离培养、分箱中获得的大量的基因组、宏基因组拼接的基因组(MAG)，如何确定到底有多少种非冗余的细菌基因组呢?
刘永鑫Adam·2020-09-14 16:15

宏基因组云讲堂第2期由刘永鑫主持，特邀王金锋副研分享“Gut：用时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程”9月16日晚8点开讲！...

为促进我国宏基因组研究领域的学术交流和技术分享，推动微生物组领域的发展，“宏基因组”公众号联合国内外优秀人才组织“易生信-宏基因组积微学术论坛”，与同行在线交流文章经验、分享研究思路、共享实验和分析技术
刘永鑫Adam·2020-09-14 16:43

宏基因组公众号2017年发展简史和十大热文盘点

回顾2017年，是宏基因组公众号从无到有的一年。从一人独行，到多人分享，更是我个人成长最大的一年，也同样是很多朋友事业再上新台阶的一年。
刘永鑫Adam·2020-09-10 21:47

宏基因组物种分类、组装、分箱方法

导读BriefingsinBioinformatics2017年的一篇文章罗列了宏基因组物种分类、组装、分箱绝大多数方法，值得参考。
胡童远·2020-09-03 15:33

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.9)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！
刘永鑫Adam·2020-09-01 07:00

2018-04-17宏基因组实战qiime2-201802（三）去除引物和Barcode

这一步我也是走了很多弯路啊，之前没有去掉引物和barcode，所以跑程序经常断掉。我还在论坛发了一个帖子询问https://forum.qiime2.org/t/self-consistency-loop-terminated-before-convergence-an-error-was-encountered-while-running-dada2-in-r-return-code-1/353
小郑的学习笔记·2020-08-26 23:41

扩增子图表解读5火山图：差异OTU的数量及变化规律

作者:刘永鑫日期：2017-7-1阅读时长：10min背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛
刘永鑫Adam·2020-08-25 17:52

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程(中国总代理)

中文帮助文档(USEARCHChinesemanual)USEARCH官方英文主页：http://www.drive5.com/usearch/本站经USEARCH作者RobertEdgar授权，由《宏基因组
刘永鑫Adam·2020-08-25 09:07

科学问题

population的进化群落结构的驱动因素解释（群落的进化）生态系统的进化（宏基因组测序）模拟深海环境，温度变化，环境恶化对深海生态系统的影响，预测是终极目的。
随心佛·2020-08-22 19:21

当宏基因组遇见宏蛋白组

众所周知，目前研究宏基因组最常用方法的是扩增子、和全基因组测序。虽然方法简单高效，但缺点也是显示易见的。
周运来就是我·2020-08-22 13:42

病原体-宏基因组测序

Laboratoryvalidationofaclinicalmetagenomicsequencingassayforpathogendetectionincerebrospinalfluid脑脊液中病原体检测的临床宏基因组测序测定法的实验室验证简述
呆呆聊生信·2020-08-22 10:31

ggtree美颜进化树-宏基因组扩增子

上周四转载了微生态的《一文读懂进化树》，五天阅读人数已经2500+，而且有还多人留言求美化教程，今天将发放福利第一弹，Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。软件原文GYu,DKSmith,HZhu,YGuan,TTYLam.ggtree:anRpackageforvisualizationandannotationofphylogenetictreeswiththeircovariate
刘永鑫Adam·2020-08-21 23:14

新冠状肺炎疫情背后的元凶，终于现身了

据了解，攻关团队通过分析1000多份宏基因组样品，锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主，然后通过分子生物学检测，揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%。
悟道修行·2020-08-19 15:26

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180901)

征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面旧文删除友军文章汇总推荐欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

扩增子统计绘图1箱线图：Alpha多样性

本网对Markdown排版支持较差，对格式不满意的用户请跳转至或“宏基因组”公众号阅读；写在前面优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环王等。
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

宏基因组/微生物组杂志简介及2020最新影响因子

2020年6月29日，2019年度的影响因子发布了，各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。作为本领域的专业公众号，每年都会借此机会系统介绍一下本领域的杂志，为同行文献阅读、文章投稿的杂志选择、以及毕业升职加薪助力。祝大家2020都能实现自己的一个小目标，集齐CNS或子刊！后台回复影响因子，获得2020最新完整版影响因子总表，同时还整理了微生物领域、生物技术与应用微生物领域、环境科学、以及精选本领
刘永鑫Adam·2020-08-16 16:50

图形化生物软件专题（4）：MEGAN

编者荐语：MEGAN是一款非常优秀的物种分类工具，配合DIAMOND比对，可以完成完整的物种分类鉴定工作，并可以完成很多可视化的工作，本来想系统介绍一下，发现宏基因组公众号已经有非常好的教程，这里引用过来分享给大家
基因学苑·2020-08-13 23:19

学习全基因组测序数据分析2：FASTA和FASTQ

虽然本平台只关注宏基因组领域，但此系列文章知识体系完善、干货满满，是值得每位专门从事二代测序数据分析人员必读材料。欢迎大家关注公众号解螺旋的矿工。
刘永鑫Adam·2020-08-11 14:45

Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法

[email protected]#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具
minus_yao·2020-08-10 18:09

用RDA进行微生物环境因子分析

本文首先发布于“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，Β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。
猴头菇5518·2020-08-08 01:22

宏基因组分析流程

分析步骤宏基因组IlluminaHiseqPE150/250测序fastx进行原始序列统计==平台==Seqprep和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含
猴头菇5518·2020-08-08 01:22

宏基因组学习笔记1

第一章宏基因组数据的生物信息分析这章的内容基本上是概论和综述，不过读读同样有收获的，毕竟大牛写的书，认知还是比我水平高很多的。
zd200572·2020-08-08 01:11

Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼

文章目录宏基因组学物种分类工具评测日报摘要主要结果图1.从宏基因组样本到物种组成图2.评估分类表现的重要指标表1.分类器评估指标汇总图3.评估AUPR得分图4.评估L2距离图5.种水平分类比例图6.在ATCC
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS

文章目录宏基因组二、三代测序混合组装软件OPERA-MS热心肠日报摘要主要结果图1.OPERA-MS工作流程图图2.宏基因组数据混合组装基因组评测图3.组装虚拟肠道微生物组图4.移动元件和与人肠道微生物组中宿主物种的关联总结
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集

文章目录牛瘤胃微生物组的参考基因组集热心肠日报摘要主要结果图1.来自牛瘤胃4,941个末培养和Hungate系列基因组的进化树图2.末培养基因组与Hungate和发表数据比较图3.Illumina和nonopare宏基因组装统计数据比较图
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

Microbiome：微生物组名词定义

文章目录微生物组相关词汇定义作者摘要Microbiota微生物群Metataxonomics宏分类组Metagenome宏基因组Microbiome微生物组Metabolomics代谢组学Metabonomics
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展

文章目录微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展微生物比较基因组代谢途径致病机制次级代谢产物噬菌体操纵子/复制起点预测基因组可视化宏基因组多序列比对Reference猜你喜欢写在后面微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展原标题
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！

文章目录微生物培养基的前世过氧化氢的产生导致许多微生物不能生长实验设计具体实验方法三种不同环境样品分离培养实验非培养高通量测序与分离培养结果比较总结**References:**猜你喜欢写在后面本文“宏基因组
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

SourceTracker—微生物来源分析

目前在宏基因组平台累计过万人次，热心肠平台首发阅读7600+，科学网加精置顶阅读6500+，三大平台阅读人数超过2.5万余次。还没有仔细学习的，赶快读两遍吧！
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31
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