2019/1/29Workingwithgetopt()https://cis.technikum-wien.at/documents/bel/1/prg/semesterplan/tasks/content/getopt.html1/3Workingwithgetopt()Thefunctiongetopt()allowstoimplementprogramswithcommand-linear

字符串操作函数（1）字符合并:paste()>paste("abc","bc",sep="-")#将abc和bc以指定的分隔符-连接[1]"abc-bc"（2）字符串大小写转换:toupper(),tolower()>toupper('aBcd')[1]"ABCD">tolower(c('aB','cd'))[1]"ab""cd">toupper('jan')=='JAN'[1]TRUE(3)返回

在ggplot2程序包的加持下，R语言可以做出非常漂亮的统计图出来。然而大家是否会有这样的体会，为了做出理想的图片，需要不停的调整作图的参数，包括颜色，字体大小，字体格式，注释的位置，非常麻烦。

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5]head(iris)查看数据前6行的信息step4：画图展示plot2<-ggplot(iris,aes(Sepal.Width))+theme_minimal(base_size=12)+ge

R语言--字符串处理一、正则表达式（regex）：用于描述/匹配一个文本集合的表达式1、所有英文字母、数字和很多可显示的字符本身就是正则表达式，用于匹配它们自己。

在网上偶然间发现的一个R语言ggplot2做数据可视化的实例，提供数据和代码，今天的推文把代码拆解一下实例数据下载链接https://www.kaggle.com/berkeleyearth/climate-change-earth-surface-temperature-data

Rstudio是一款非常优秀的集成开发环境，也是目前R语言使用中最佳的使用环境。Rstudio具有非常多的功能，熟练使用一些快捷键会极大的提高工作效率，这里面我们精选10个常用快捷键分享给大家。

VScode：一款界面简单的代码编辑器；RStudio:R语言的IDE，包含代码编辑器，运行，绘图窗口等；Texmaker：Latex编译器（编辑+编译），界面简单，个人认为比TexStudio好用。

Packagetaxlistversion0.2.4Description从taxlist对象中检索槽taxonRelations的内容，或者用新的数据帧替换它。Usagetaxon_relations(taxlist,...)##S3methodforclass'taxlist'taxon_relations(taxlist,...)taxon_relations(taxlist,...)<-v

Packagetaxlistversion0.2.4Description分类列表对象中的slottaxonTraits包含分类单元概念的属性(例如功能特征)。这些函数适用于分类表中性状信息的替换、检索和追加。Usagetaxon_traits(taxlist,...)##S3methodforclass'taxlist'taxon_traits(taxlist,...)taxon_traits(

Packagetaxlistversion0.2.4Description将Turboveg2数据库中的物种列表导入到taxlist对象中。在内部调用函数read.dbf()和df2taxlist()。Usagetv2taxlist(taxlist,tv_home=tv.home(),...)Arguments参数【taxlist】：在Turboveg中指示物种列表名称的字符值。参数【tv_hom

前面给大家简单介绍了做PCA分析并绘图的R包factoextra☞【R语言】factoextra生成发表级PCA主成分分析图（一）主要讲了如何展示样本的主成分分析结果，即样本在新的空间中的分布情况，便于查看样本分群的结果

Packagetaxlistversion0.2.4Descriptiontaxlist对象的子集将通过逻辑操作或模式匹配来完成。子集可以引用包含在插槽taxonNames、taxonRelations或taxonTraits中的信息。Usage##S4methodforsignature'taxlist'subset(x,subset,slot="names",keep_children=FAL

Packagetaxlistversion0.2.4Description分类法分类可以包含在taxonRelations插槽提供的信息中的taxlist对象中。然而，对于统计分析来说，将这些信息插入到插槽taxonTraits中可能更方便。Usagetax2traits(object,...)##S3methodforclass'taxlist'tax2traits(object,get_nam

Packagetaxlistversion0.2.4Description检索或替换类taxlist对象中的槽taxonViews。Usagetaxon_views(taxlist,...)##S3methodforclass'taxlist'taxon_views(taxlist,...)taxon_views(taxlist,...)Title1234FloraofTropicalEastAf

本篇不说理论，直接以R语言的lung数据集为例进行介绍。

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5]head(iris)查看数据前6行的信息step4：利用ggplot工具包绘图plot3<-ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+them

记录一下痛失的超级轻松的数据分析实习（线上），hr问我有没有相关经历，我说我会用jupyterbook进行数据导入，清洗，可视化，特征工程，建模，python学和用的比较多，然后hr问我会不会R，我直接蒙了，它招募里面明明是写python和R会一款即可，我没接触过R啊，自然就实话实说了，结果。。。当然是寄了~算了反正个人感觉是和python差不多，但是能记住多少就得看我脑子了，我简单自学一下吧，下

大家好，今天继续录制视频介绍R语言的pheatmap包画热图的小例子，今天就是实现下面这幅图B站视频链接https://www.bilibili.com/video/BV1HA411E7gMimage.png

本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--使用OmicCircos包--绘制基因圈图教程网址：教程可以查看OmicCircos帮助文档也可以（OmicCircos_vignette.pdf(bioconductor.org

FIT5145Assignment3Semester2,2019Due:Monday30thSeptember2019,11:55pmHandinRequirements:1)PleasehandinaPDFfilecontainingyouranswerstoallthequestions,numberedcorrespondingly.●YoucanuseWordorotherwordproc

信息绝对秘密的是黑色系统，灰色系统介于两者之间关联分析即系统的分析因素包含多种因素的系统中，哪些因素是主要的，哪些因素是次要的，哪些因素影响大，哪些因素影响小，哪些需要发展，哪些需要抑制……现有因素分析的量化方法，大都是数理统计法

友情提示：一定要有R语言的基础，建议学习生信技能树的《生信人这样这样学R语言》之后（最好再把中级20题做完），再来学习本系列视频！总的来说，理解了R语言中级20题之后，这一块的内容学起来就轻松了很多。

R语言rayrender包，light发光材料#ThuJul0101:55:372021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.1forwindow10#[email protected]#个人笔记不负责任

列表向量的元素要求是同类型，列表则可以组合不同类型的元素。>j=list(name="Joe",salary=55000,union=T)#包含等字符串，数字等>j$name[1]"Joe"$salary[1]55000$union[1]TRUE>students=list(names=c("Tom","Ammy","BioInfoCloud"),ID=c(1,2,3))>students$nam

今天在使用R绘制风险三联图时，我跟着教程的命令输进去，R确不断报错，教程的命令如下：fit<-cph(Surv(time,status)~ANLN+CENPA+GPR182+BCO2,LIRI)#使用数据中的ANLN、CENPA、GPR182和BCO2四个基因的表达值构建COX比例风险模型我跟着输进去，结果出错了，Errorineval(predvars,data,callenv)：没有发现XXX

浅谈二分类回归模型COX回归分析不少见，但是简单异性的以二分类结局进行的回归分析更多，由于研究设计的研究便行，也是初次投稿的小白们比较理想的选择对象，二者的过程基本相似，但所用函数略有区别，从浅到深，先以二分类结局的Logistic回归为例，讲解一下案例数据说明有一组102例患者，来分析6个变量（old+bedriddentime+EN+Probiotics+Albumin+Antibacteri

前言：经验之谈继续上次的话题（R语言绘制列线图构建（以二分类Logistic为例）超详细-CSDN博客），基于Logistic回归模型构建的列线图之后，一般都是要进行模型验证的。

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5]head(iris)查看数据前6行的信息step4：利用ggplot工具包绘图plot1<-ggplot(iris,aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width))+them

折线图添加误差线是非常常用的一种可视化方法，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2作图的代码。

小编推测提问者是想问“使用R语言绘图时怎么把不同的图形绘制在同一个坐标系中”。那么这个问题的本质上其实是进行图形叠加。

桑基图作为相对复杂的图表种类，平时很少用到，不仅仅是因为它的引用场景相对狭窄，另一方面则是制作难度相对较大，门槛较高。不过针对第一个问题，如果你能很好地理解自己所涉及到的业务数据结构及想要表达和呈现的维度信息，那么关键时刻使用桑基图确实会让你的报告锦上添花。桑基图用于表达流量分布于结构对比，最初的发明者使用它来呈现能量的流动与分布。百度百科给了桑基图相对完善的解释：桑基图(Sankeydiagra

你知道如何使用R语言绘制桑基图吗？小锐当然知道啦，并且教你绘制酷炫的桑基图。

它能够有效地揭示两组随机变量之间的相互(线性依赖)关系例如研究生入学考试成绩与本科阶段一些主要课程成绩的相关性将研究两组变量的相关性问题转化为研究两个变量的相关性问题此类相关为典型相关#2分类：总体典型相关样本典型相关3R语言提供的计算函数

Shiny是R里面一个非常出名的包，有了它，可以用R语言方便开发交互式web应用。

检索关键字：R语言三维3d3DR语言三维图像R语言3D模型R语言立体图像三维体积计算微信截图_20200903095506.png微信截图_20200903100834.png微信截图_20200903101830

查看EGL对应的OpenGL版本，发现版本过低，没有使用openglshader语言；查看显卡型号：lspci|grepVGA查看使用的是哪个版本的OpenGLDRI_PRIME=1glxinfo|grep"OpenGLrenderer

聚类实例step1：计算距离dist(x,method="euclidean")step2:聚类hclust(d,method="complete")step3:cutree函数进行分支>df1#注意输入的数据框的结构，每行为一个样本，计算样本间两两间的距离heightweightBMItom1807523.14815cindy1655821.30395jimmy1757223.51020sam1

Packagetaxlistversion0.2.4Description在撰写关于生物多样性的文章时，可以使用名称自动插入到文件中，包括学名不同元素的典型斜体格式。函数print_name既可以应用于Markdown文档，也可以应用于图形。在Rmarkdown文档中，使用*Cyperuspapyrus*L.插入格式化的物种名称。Usageprint_name(object,...)##S3met

Packagetaxlistversion0.2.4Description这是一系列功能，旨在快速编码替换，既作为内部功能，也用于处理存储在向量和数据帧中的信息的工作流中。此类函数在处理存储在taxlist对象中的功能特征时特别有用。replace_x（）用于替换向量中的值。replace_idx（）通过匹配索引或条件来更改向量中的值。函数replace_na（）的工作方式与replace_idx

Packagetaxlistversion0.2.4Description为数据库中的新元素创建标识符。id_solver()方法将比较一组标识符并修改第二个标识符以避免重复的id。Usageid_generator(len,minvalue=1,nchar=10,mode=c("numeric","character"),...)id_solver(insert,to,suffix=c("num

今天的学习内容是R语言的基本数据结构：Day5学习内容.png在这些数据类型里，我们主要学习的是向量与数据框这两种。

基础数据结构image.pngapply族函数概述apply族函数是R语言数据处理的一组核心函数，它们对array（包括vector、matrix）、dataframe或list按照元素或元素构成的子集合进行迭代

rWCVP：世界维管植物名录的R包介绍1.参照github安装与简单例子1.1安装rWCVP1.2安装rWCVPdata1.3github的例子2.rWCVP原始文献阅读2.1前言（背景）2.2功能概要2.2.1名称匹配（wcvp_match_names(),wcvp_match_exact(),wcvp_match_fuzzy()）2.2.2匹配后名称解析2.2.3空间整合和分布映射（wcvp_

Packagetaxlistversion0.2.4Description分类层次结构可以设置为taxlist对象中的级别，按从低到高的顺序排列。在taxlist对象中为特定分类概念添加分类级别。此外，概念限制的变化可能涉及其分类层次结构的变化。Usagelevels(x)##S3methodforclass'taxlist'levels(x)levels(x)<-value##S3replace

Packagetaxlistversion0.2.4Description将分类概念合并为单个taxlist对象。Usagemerge_taxa(object,...)##S3methodforclass'taxlist'merge_taxa(object,concepts,level,print_output=FALSE,...)Arguments参数【object】：taxlist对象。参数【

Packagetaxlistversion0.2.4Description将taxlist对象打印分类层次结构（等级和父子关系）输出为缩进列表。Usageindented_list(object,...)##S4methodforsignature'taxlist'indented_list(object,filter,keep_children=TRUE,keep_parents=TRUE,ra

文章目录前言双因子方差分析数学模型主效应分析交互效应分析正态性检验绘制3个品种产量数据合并后的正态Q-Q图（数据：example8_2）练习前言本篇将继续介绍方差分析的知识。双因子方差分析考虑两个类别自变量对数值因变量影响的方差分析称为双因子方差分析（two-wayanalysisofvariance）（分析两个因子(因子A和因子B)对实验结果的影响）分析时有两种情形：只考虑两个因子对因变量的单独

Packagetaxlistversion0.2.4Description字符向量中提供的名称将使用函数stringsim（）与存储在类taxlist对象中的插槽taxonNames中的名称进行比较。Usagematch_names(x,object,...)##S4methodforsignature'character,character'match_names(x,object,UsageI

文章目录前言例题例题一例题二例题三例题四例题五例题六例题七总结前言本篇介绍的是有关方差知识的题目介绍。例题例题一（数据：exercise7_3.RData）为研究上市公司对其股价波动的关注程度，一家研究机构对在主板、中小板和创业板上市的190家公司进行了调查，得到如下数据：检验上市公司的类型对股价波动的关注程度是否独立。（α=0.05）解：提出假设：H0:上市公司的类型对股价波动的关注程度是独立的