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测序
GWAS基因型文件介绍——VCF文件
基因型数据的获取方式有很多,例如基因芯片、简化基因组
测序
、全基因组重
测序
等。在人类中通过基因芯片获取的
测序
数据往往需要依靠千人基因组等参考进行填补,以形成全基因组覆盖性的位点密度。
李路飞
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2023-09-15 01:14
猜数游戏 rust解法
给定答案序列和猜
测序
列,统计有几个数字位置正确,有几个数字在两个序列都出现过但位置不对。输入包含多组数据。每组第一行是序列长度n,第二行是答案序列,接下来若干行是猜
测序
列。猜
测序
列全0时该组结束。
int8
·
2023-09-14 22:41
rust
游戏
rust
算法
预测多基因扰动的转录结果
作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器(GEARS,graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator),这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法,利用单细胞RNA
测序
数据来
tzc_fly
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2023-09-14 16:57
单细胞多组学分析
人工智能
基础知识——第三代
测序
技术
三、第三代
测序
技术一、单分子荧光
测序
1.1
测序
平台PacificBiosciences公司,简称为PacBio,这是目前为止,读长最长的下一代
测序
技术公司。
生信小工厂
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2023-09-14 12:10
生物学英文缩写
EST是ExpressedSequenceTag的缩写,意思是表达序列标签,指从一个随机选择的cDNA克隆,进行5’端和3’端单一次
测序
挑选出来获得的短的cDNA部分序列。
kekoukele777
·
2023-09-14 00:16
机器人操作——diffusion policy(2023)
/2303.04137.pdf项目地址:https://diffusion-policy.cs.columbia.edu单位:哥伦比亚大学创新点引入扩散模型(duffisionmodel),输入一段观
测序
列
千羽QY
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2023-09-13 19:40
机器人
深度学习
人工智能
地球生物基因组计划开启新阶段:从试点项目转向全面生产
测序
一项绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物生命基因组图谱的全球计划正在进入一个新阶段:从试点项目转向全面生产
测序
。
尐尐呅
·
2023-09-13 18:22
2018-10-14
测序
基本知识
1##一代
测序
sanger
测序
,双脱氧核苷酸ddNTP会结合所有位点,设置四个反应体系1-4,分别加入引物、DNA聚合酶、四种dNTP、一定比例的ddNTP(带有放射性标记)ddATP遇到了T位点,就结合并终止准确性高达
生信银河战舰
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2023-09-13 11:19
学习小组Day7笔记--温化玉
1.
测序
原理
测序
的世界:https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d22.
测序
类型2.1一代的Sanger
测序
仍然是金标准(低通量,高准确率)2.2二代
测序
(读长较短,高通量低成本
温化玉
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2023-09-13 10:43
生信分析 Cell详解|大规模单细胞转录组分析揭示COVID-19免疫学特征(张泽民团队力作!)
题目为“COVID-19immunefeaturesrevealedbyalarge-scalesinglecelltranscriptomeatlas”,文章第一作者和通讯作者中汇集了多名我国单细胞
测序
方面的顶尖专家
概普生信
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2023-09-13 09:12
【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构
单细胞RNA
测序
(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群,但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。
六博说
·
2023-09-13 08:00
2018-08-24
测序
的生物学和化学的技术背景今天的课程讲的都是
测序
的原理。是DNA如何从生物学信息一步步的到数字化信息的过程。生!信!image.png文件传输软件Filezilla这个软件看着就好使。
f95c0a53af97
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2023-09-13 06:54
学习小组Day7笔记--小明
生信第7天——
测序
知识学习内容怎么区分一二三代
测序
二代
测序
大体流程NGS组学都包括哪些分类1、
测序
过程和原理原理介绍视频:(https://share.weiyun.com/5qojuBY)密码:bxsry4
knightxm
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2023-09-13 02:38
10X单细胞(10X空间转录组)批次效应去除大盘点
最近在进行单细胞相关的数据的处理,由于样本是不同的病理时期的,料想它们在
测序
的时候也是不同步进行的,因此认为批次效应也肯定是存在的,但是之前一直没有详细分享过这方面的问题,在网上看了很多技术帖,有一点基础的了解
单细胞空间交响乐
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2023-09-12 14:59
如何利用R包Deseq2做差异基因绘制火山图?
rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/LSM
测序
总结/volcant/volcano
ShanSly
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2023-09-12 11:25
单细胞数据科学的十一个重大挑战
随着单细胞技术的成熟,人们得以在单细胞水平观摩生命现象了,在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在单细胞水平上应用一遍,其中最常见的就是
测序
技术。
周运来就是我
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2023-09-12 08:24
一文读懂10X单细胞上游分析软件cellranger
如何从庞大
测序
数据中获得单个细胞的表达谱成为数据解析的关键点。
Seurat_
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2023-09-12 05:58
果蝇胚胎单细胞转录组图谱
在这里,我们使用单细胞
测序
精确分期的胚胎,并设计了Dis
周运来就是我
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2023-09-11 19:23
单细胞分析---
测序
文库拆分 (Demultiplexing)
对于所有数据类型,”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列(cellbarcode)和UMI。如果提前知道加入的细胞条形码,比如数据来自基于PCR板的方案,只需要找到条形码并与条形码库作比对,归类于与之最相似的那个就可以(根据条形码的设计,一般允许最多1-2个错配)。这些数据通常在比对之前先做拆分,从而可以并行比对,提高效率。我们可以利用很多公开的脚本,可以拆分任何plate-
jjjscuedu
·
2023-09-11 11:00
RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq
MeRIP-seq(高通量
测序
法)作为m6A修饰的检测方法,其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在;能够明确每个基因的修饰水平,进行组与组之间比较等优势。
felix108
·
2023-09-11 06:20
7.25
上午企业的老师从实验室管理制度与安全培训、二代
测序
流程简介与实验素养两个模块为我们授课,下午我们终于真正的进入实验室并参与了实验的部分操作。
寒林_4c5c
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2023-09-11 03:34
[生信]单细胞
测序
数据分析的各类软件汇总
Github上有人收录了各类单细胞RNA
测序
的数据分析软件,包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
MC学公卫
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2023-09-11 02:54
SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)
immunarch的使命是使免疫
测序
数据分析尽可能轻松,帮助您专注于研究而不是编码。
桓峰基因
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2023-09-10 20:13
数据分析
数据挖掘
号外号外,桓峰基因单细胞生信分析免费培训课程即将开始,快来报名吧!
,目前整理出来的相关教程目录如下:Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅,述说单细胞
测序
的前世今生
桓峰基因
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2023-09-10 20:12
信息可视化
【现学现卖·综述】镰刀菌中的病毒
随着近年深度
测序
技术和组学的发展,寄生在镰刀菌中的病毒种类丰富了起来,它们与寄
乔伊nikkie
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2023-09-10 13:39
Pytorch-基于RNN的不同语种人名生成模型
其特有的循环概念及其最重要的结构——长短时记忆网络——使得它在处理和预
测序
列数据的问题上有着良好的表现。RNN是一种特殊的神经网络结构,它是根据"人的认知是基于过往的经验和记忆"这一观点提出的。
kaichu2
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2023-09-10 06:04
Pytorch深度学习
pytorch
人工智能
RNN
复现3:AD外周血的单细胞转录组与免疫组库分析
Single-CellRNASequencingofPeripheralBloodRevealsImmuneCellSignaturesinAlzheimer'sDiseasePMID:34447367|IF=7.561|FrontImmunol.2021Aug91、关于文章文献思路:作者对来自AD病人与Normal对照的外周血取样,同时进行单细胞转录组
测序
与单细胞免疫组库
测序
小贝学生信
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2023-09-09 15:03
群体遗传学习笔记:NGS结构变异检测原理
群体遗传学习笔记:NGS结构变异检测原理原创lakeseafly生信菜鸟团随着
测序
的成本越来越低,
测序
技术越发先进,除了研究单核苷酸多态性(SNP)。
天明豆豆
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2023-09-09 12:56
小王的RNA-seq傻瓜学习教程
后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端
测序
还是双端
测序
!!
pudding815
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2023-09-09 02:57
【动手学深度学习】--序列模型
文章目录序列模型1.序列数据2.统计工具3.自回归模型3.1马尔科夫假设3.2潜变量模型4.训练5.预
测序
列模型学习视频:序列模型【动手学深度学习v2】官方笔记:序列模型1.序列数据想象一下有人正在看网飞
小d<>
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2023-09-09 02:04
深度学习
深度学习
人工智能
病原宏基因组
测序
技术(有点乱)
病原宏基因组二代
测序
(mNGS),是不基于培养,直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA,利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能,可广泛分析
晓佥
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2023-09-09 01:50
转录组
测序
数据分析
.2016.095#materials进行bulkRNA-seq数据分析首先进行原始数据的下载,当然因为文章中已经有了链接进行数据的下载,因此直接使用wget命令就能完成所需数据的下载,但是也要学会基本的
测序
数据
柴本
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2023-09-08 20:26
重
测序
分析(11)群体进化分析之structure分析
Structure分析Structure分析使用了与进化树和PCA截然不同的算法,所以能够解决后两者不能解决的问题。先预设群体由若干亚群(k=n)构成,通过模拟算法找出在k=n的情况下,最合理的样本分类方法。最后再根据每次模拟的最大似然值,找出最适用这群体的K值。反映遗传变异在物种或群体的分布,推断群体数目,判断某个体属于哪个群体,基于不同算法的分析软件有STRUCTURE、ADMIXTURE、f
Bioinfor生信云
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2023-09-08 19:22
Duplicate产生原因
Dup背景高通量
测序
检验流程可分为“实验室操作”(又称为“湿实验”)和“生物信息学分析”(又称“干实验”)两部分。
笺牒九州的怪咖
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2023-09-08 10:10
【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重
测序
比对结果
写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化,因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例,介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。一.下载下载链接如下:https://software.broadinstitute.org/software/igv/download和一般的软件下载情况类似,不同的是,需要在电脑上安装JAVA,这个应该难不倒各位看官老爷,因此不再赘述。二.
巩翔宇Ibrahimovic
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2023-09-08 06:32
一个完整的WGS变异检测snakemake流程详解
写在前边的话 在此要感谢碱基矿工,第一次做全外显子
测序
的变异检测时便是参考了他写的教程,当时的GATK还是3.8版本,而现在已经是4.1了。
BioGou
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2023-09-08 04:38
人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位(一)
本文作者通过人体肺组织单细胞RNA
测序
数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2,同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。
玫姝儿
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2023-09-08 02:14
实用干货|如何开始单细胞
测序
数据分析
随着方法的改进和
测序
成本的降低,产出数据集的大小正在迅速增加,当前的瓶颈仍然是如何对单细胞实验产生的丰富信息进行分析。
百奥益康
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2023-09-07 22:09
单细胞
测序
在发育生物学的应用
通过将记录信息与单细胞转录组
测序
数据的整合,研究人员概述了不同组织类型之间的基本发育过程,并揭示了胚外和胚胎来源的内胚层细胞几乎完全的转录趋同。
today_is_geqi
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2023-09-07 10:34
使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析
Palantir是一种对单细胞
测序
数据进行分化发育轨迹推断的算法,于2019年发表在NatureBiotechnology上。
Davey1220
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2023-09-07 07:40
生信分析学习笔记 - RNAseq (五) HISAT2回帖及评估
某RNAseq分析流程HISAT2简介HISAT2是将下一代
测序
读段结果基于图比对到一组基因组(graph-base
班朱朱UP
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2023-09-06 06:47
【单细胞】单细胞数据的批次效应
举几个场景:不同样本同一样本的生物学重复同一样本的技术重复同一样本在同一个实验室由同一团队在不同时间点处理同一细胞系/植物组织在不同实验室不同建库策略,10X平台,Drop-seq,SMART2-seq不同
测序
平台
jjjscuedu
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2023-09-06 04:13
细胞发育学—小胶质细胞_Science
2020年1-3月供推荐56篇单细胞领域高分文章(2020年一季度·单细胞文献速递56篇)序号:2020-123编者按:单细胞转录组
测序
揭示人类胎儿小胶质细胞的发育过程人类胎儿小胶质细胞在发育早期就具有体内平衡的免疫传感特性
安哥生个信
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2023-09-06 04:31
“完美”的
测序
技术会出现吗?
大家好,今天我们跟大家讨论的话题是“完美”的
测序
技术,既然讨论“完美”,那么就要先确定几个衡量完美的主要标准,这里我根据自己的理解给出了四个,并从技术层面,根据重要程度进行了排序:1.尽可能保真>2.尽可能完整
基因Share
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2023-09-05 20:31
2021-03-19佛手瓜组学研究
为了加强对它的遗传研究,我们使用纳米孔第三代
测序
结合Hi-C数据组装了一个chayote基因组草图。
八段锦1134
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2023-09-05 13:10
日更-《未来呼啸而来》-05
力量3:更多的非货币化2001年,那时对整个人类进行基因
测序
需要9个月,1亿美元的成本。如今,Illumina公司仅需1小时100美元,速度提高了6480倍,成本降了100万倍。
liumw1203
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2023-09-05 11:54
测序
结果峰图分析&物种鉴定方法1.0
#ITSATCATTA|→→→←←←GACCTCA|AATCA#LSUTAACAAGG|TCCCC→→→←←←GAAGAAGCC|笨办法,仅供参考,后续会有更新!!ITSITS5(正向)ITS4(反向)序列较短,一般可不用进行序列反向互补和序列比对,若出现套峰则要进行序列反向互补和序列比对。用snapgene打开ab1文件,用记事本打开seq文件。如下峰图,其碱基序列可直接使用如下峰图(双峰叠加)
zq_Shen
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2023-09-04 22:40
windows
数学建模--时间序列预测模型的七种经典算法的Python实现
目录1.开篇版权提示2.时间序列介绍3.项目数据处理4.项目数据划分+可视化5.时间预
测序
列经典算法1:朴素法6.时间预
测序
列经典算法2:简单平均法7.时间预
测序
列经典算法3:移动平均法8.时间预
测序
列经典算法
Danceful_YJ
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2023-09-04 16:32
数学建模
数学建模
python
生信学习小组-Day7 - 三三
关键词
测序
,Sanger,NGS今日笔记
测序
知识更多资料
测序
发展史:https://mp.weixin.qq.com/s/GReWY8yq7O_xVnajknrHZQ
测序
的世界:https://www.jianshu.com
三三鹅_
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2023-09-04 11:33
重
测序
专题(一)| 一文了解
测序
技术的发展
全基因组重
测序
(Whole-genomere-sequencing),就是对已有参考基因组的物种个体进行再次
测序
。它可以对单独个体,也可以对群体进行研究。
爱基百客
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2023-09-04 06:34
全基因组重测序
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