生物信息学ATAC

「文献08」转录因子足迹分析+启动子处染色质可及性与基因表达不一定成正相关

IdentificationoftranscriptionfactorbindingsitesusingATAC-seqDOI:10.1186/s13059-019-1642-2杂志/日期：GenomeBiol.,26Feb2019关键词：ATAC-seq
六六_ryx·2019-04-01 23:01

编辑距离（edit distance）

DNA也可以用A、C、G和T组成的字符串表示，因此编辑距离也可以用在生物信息学中，判断两个DNA的相似程度。Unix下的diff及
你今天作业做了吗·2019-03-31 12:49

有关ATAC-seq

ATAC-seq使用改造后的Tn5转座酶，并将转座DNA设计为测序接头，这样通过“剪切”和
Eva旭旭·2019-03-28 18:34

生物信息学3：微生物基因组学常用软件安装

一、Linux安装软件的常用方法：（1）将可执行程序加入环境变量一些软件包内包含的是可执行程序，不需要进行编译，这类程序可以在软件目录中通过终端“./主程序名”命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的“zshrc”、“bashrc”以及/etc目录下的“profile”。（2）创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下可以视为方法一的另一种实
了尘兰若·2019-03-27 16:46

一篇免疫相关生物信息学文章（与Treg-enriched肿瘤患者临床预后相关的免疫基因表达特征）

今天剖析一篇文章题目为（IdentificationofanimmunegeneexpressionsignatureassociatedwithfavorableclinicalfeaturesinTreg-enrichedpatienttumorsamples）文章题目要充分理解这篇文章，需要三篇补充材料参考文献17：Charoentong,P.etal.Pan-cancerimmunogen
陈宇乔·2019-03-25 21:32

Single cell genomic day 2019||Overview of sci-RNA-seq

Comprehensivesingle-celltranscriptionalprofilingofamulticellularorganismsci-RNA-seq什么是「ATAC-seq技术」？
周运来就是我·2019-03-24 10:28

常用生物信息学分析在线网址

生物信息学分析和作图是科研狗们的必备技能。近几年，随着数据类型的增多，excel、SPSS等常用软件已经不能满足科研需求了。R语言以其方便、快捷的优势，迅速获得许多编程技术不好的科研狗的青睐。
林学老歌·2019-03-21 12:12

领域内文献资料新消息（生信、表观，190316更新）

涉及的领域主要是生物信息学、计算生物学和表观遗传学，同时会关注机器学习、统计、干细胞生物学、发育生物学、遗传学、精准医学等方向。
台式计算机·2019-03-16 09:28

ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程

放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频)数据来源的文章：Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
热衷组培的二货潜·2019-03-15 16:32

高分文章不用愁，Hi-C技术带你飞

利用高通量测序技术，结合生物信息学分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，构建染色体跨度单体型，同时捕获不同基因座位上之间的空间交互信息，获得高分辨率的染色质三维结构信息，并能开发调控基因的
黄晶_id·2019-02-27 21:04

富足

生物技术和生物信息学、计算系统、网络和传感器、人工智能、机器人科学、数字化制造、医学、纳米材料和纳米技术。好奇、恐惧、创造财富的欲望以及追求人生的意义，是人类创新的四大推动力。
刘晓_ccdf·2019-02-27 08:22

如何让BLAST返回最优的一个搜索结果，看看你没有有进坑

如果你要学习生物信息学，那么有一个信条一定要记住，不要盲目相信软件的输出结果，多多检查。
xuzhougeng·2019-02-18 10:52

一张思维导图帮你看懂核酸的结构与功能

接下来我将给大家介绍一些生物信息学的主要概念，重点介绍核酸的结构与功能。生物信息学是啥？关于生物信息学的定义并没有统一的概念，不同的生物学家对它的定义不同，目前的生物信息学主要是研究生物大分子。
青盐_qingyan·2019-02-15 19:21

一张思维导图帮你看懂核酸的结构与功能

接下来我将给大家介绍一些生物信息学的主要概念，重点介绍核酸的结构与功能。生物信息学是啥？关于生物信息学的定义并没有统一的概念，不同的生物学家对它的定义不同，目前的生物信息学主要是研究生物大分子。
青盐_qingyan·2019-02-15 19:21

软件版本过低，更换软件源相关问题

当我在进行生物信息学分析的时候，需要使用samtools这个软件的附带软件bcftools来进行文件格式的转换，首先我通过sudoaptinstallsamtools安装了samtools这个软件，但是当我使用
BioLearner·2019-02-13 09:56

第一篇：RNA-Seq analysis in MeV

该文刊登的期刊是Bioinformatics，属于生物信息学中的顶级期刊，影响因子5~6分。作者介绍2本文引用次数为不是很多，但是该文章的作者有一篇文章引用次数达到1400次。
Yeyuntian·2019-02-05 22:14

如何拿到 KEGG数据库的 hsa04650 Natural killer cell mediated cytotoxicity这个通路的所有基因名字

KEGG是了解高级功能和生物系统（如细胞、生物和生态系统），从分子水平信息，尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源，由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于
湖红点鲑·2019-01-30 23:45

fasta和fastq格式文件的shell小练习

FASTA:在生物信息学中，FASTA格式是一种用于记录核酸序列或肽序列的文本格式，其中的核酸或氨基酸均以单个字母编码呈现。该格式同时还允许在序列之前定义名称和编写注释。
看远方的星·2019-01-22 21:59

Ubuntu下安装R

R集成平台拥有非常的多的R包，使得很多数据处理变得异常的简洁，是生物信息学习者最常用的软件。
莫讠·2019-01-18 15:29

DL笔记：常见深度学习框架Theano、TensorFlow、Keras、Caffe/Caffe2、MXNet、CNTK、PyTorch对比

这些深度学习框架被应用于计算机视觉、语音识别、自然语言处理与生物信息学等领域，并获取了极好的
炊烟袅袅岁月情·2019-01-15 16:01

分享 AI 圣经 PRML《模式识别与机器学习》百度云链接

许多领域的学生和研究者都可以用到它，包括机器学习，统计学，计算机科学，信号处理，计算机视觉，数据挖掘和生物信息学等。PRML内容十分丰富，共有14章的内容
资料分享客栈·2019-01-02 14:35

[MATLAB]MATLAB工具箱介绍

类别MATLABSimulink的5G工具箱航空航天集装箱航空航天工具箱天线工具箱音频系统工具箱自动驾驶系统工具箱生物信息学工具箱通讯工具箱计算机视觉系统工具箱控制系统工具箱曲线拟合工具箱数据采集工具箱数据库工具箱
KernStarc·2018-12-31 09:21

ChAMP包学习(4)

9.GeneSetEnrichmentAnalysis基因集富集分析是生物信息学研究的重要环节。
一路向前_莫问前程_前程似锦·2018-12-11 21:33

生物信息学基础——基因表达过程

生物信息学基础——基因表达过程2016年11月15日19:10:55vickyleexy阅读数：799遗传信息(DNA)→转录→mRNA→翻译→蛋白质分子**转录翻译名词解释CDS与ORF的联系与区别图解转录在
wangprince2017·2018-12-08 16:28

生物信息学1：虚拟机 & Bio-linux安装与配置

前言：大家按照步骤从头看到尾，末尾有常见错误解决办法，如果有其他问题，大家先看错误提示，根据提示自行百度，很多问题都可以得到解决，实在解决不了的可以问我，谢谢！找我远程的，先下载一个teamviewer，账号密码发我QQ！一、虚拟机安装（VMware）（1）下载VMware32位系统请下载VMware10（2）安装VMware：根据提示安装即可。许可证（来自https://www.nocmd.co
了尘兰若·2018-11-27 10:52

迁移学习详解

迁移学习可应用于多个领域：解决标注数据稀缺性非平稳泛化误差分析自然语言处理计算机视觉医疗健康和生物信息学迁移学习基本概念：迁移学习是较大的研究领域，广义的迁移学习涉及多种学习框架，如多任务学习、领域适配
manjhOK·2018-11-20 17:07

Week25 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-02

Week24—人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-01上篇文章首先回顾了ATAC-seq方法的原理和优点，以及与其他研究染色质可及性方法的比较，然后介绍了这篇文章的主要结果和亮点，以及提供的数据资源。
六六_ryx·2018-11-18 21:10

matlab toolbox总结

matlab工具箱总数极其庞大，涵盖了数学、统计、仿真、电子、生物信息学、金融、测试等各个方面。再加上其自带的help系统，功能十分强大。因此它的应用十分广泛。
I_am_a_coder_coder·2018-11-08 17:26

生物信息学名词解释（待完善）

易混淆名词gene：基因genome：基因组genomic：基因组的；染色体组的genomics：基因组学gentic：遗传的；基因的；起源的genotype：基因型genotyping：基因分型人类基因组计划(humangenomeproject,HGP)四图谱geneticmap：遗传图谱/连锁图谱physicalmap：物理图谱sequencemap：序列图谱genemap：基因图谱三大组学
Biofantasy·2018-11-04 23:31

生信咖啡厅简介

顾客定位：对生物信息学感兴趣的生物背景研究生或工作人员；有一定计算机背景并在犹豫是否踏入生信领域的圈外人员。
静绚·2018-09-28 08:05

我的矩阵分析学习安排

我始终相信好的生物信息学家，数学和计算机也要十分优秀（算法软件数据库开发
Candlelight_yujia·2018-09-13 17:19

2018_08_10_生活记录_关于我和这个博客的说明

首先自我介绍一下：自己本科是生物信息学专业目前在UCAS读研自己很喜欢计算机、数学、统计，所以---未来的发展方向---就是侧重与算法数学统计在生物大数据方面的应用，以及相应软件工具开发所以本博客定位：
Candlelight_yujia·2018-08-23 00:33

师生探讨得新知

2018年7月20日，团队全体成员在微分基因会议室与李河南老师讨论生物信息学，进行实验室参观活动。李河南老师为成员讲解了生物信息学的广义和狭义定义，并介绍了学习生物信息所必需的技能。
参错·2018-07-20 22:43

离别总总：纪念钟扬教授

遥远的陌生人“2017年9月11日，复旦大学植物学与生物信息学博士生导师钟扬教授应邀为我校2017级研究生做“如何提高科研论文的写作水平暨研究生学术诚信教育”的主题报告”。
梨墨花香·2018-07-16 15:39

0054-【linux系统】-shell的并行运行工具——Parallel

这在生物信息学中尤其有用，在生物信息学中，我们常常希望在大量文件上运行完全相同的命令。GNU并行有大量的文档，可以
leadingsci·2018-06-23 22:06

python——k-means聚类（余弦距离，用轮廓系数确定聚类系数K）

用scikit-learn进行k-means聚类，默认使用欧式距离，为了用余弦距离作为度量，找了一个在生物信息学里比较常用的库：Biopython。
chenxjhit·2018-05-14 23:41

[笔记]python对FASTA文件的处理

这学期选了生信的选修课—perl/python在生物信息学中的应用把结课作业的代码整理出来主要是python对FASTA文件的读取和数据处理FASTA文件数据处理FASTA文件读取：只含一个基因序列将FASTA
Cccrush·2018-04-27 19:06

人生第一篇生物信息学博客

这虽然不是人生的第一篇博客，但却是踏入生物信息学领域后的第一篇博客。先说说我自己吧。93年生人，在基督教信徒眼中最神圣的节日出生。
tommyhechina·2018-04-20 16:43

一篇深度学习论文背后的大规模在线协作

2016年夏季，生物信息学教授AnthonyGitter和CaseyGreene发表了一篇关于深度学习的生物医学应用的论文，该论文致力于研究一个热门的新型人工智能领域：模仿人类大脑的神经网络。
阿里云云栖社区·2018-04-17 00:00

生物信息入门基础

一、生物信息学背景生物信息学是一门生物学和计算机学的交叉学科。在国内，生物学教授在研究生物学的同时能自如应用计算机科学的少之又少。
初阳_l·2018-04-01 21:11

【机器学习】数据降维—主成分分析（PCA）

常用领域：股票交易市场数据的探索性分析和信号去噪、生物信息学领域的基因组和基因表达水平数据分析PCA可以基于特征之间的关系识别
ChenVast·2018-02-02 10:27

【机器学习】数据降维—主成分分析（PCA）

常用领域：股票交易市场数据的探索性分析和信号去噪、生物信息学领域的基因组和基因表达水平数据分析PCA可以基于特征之间的关系识别
ChenVast·2018-02-02 10:27

如何使用deeptools处理BAM数据

如何使用deeptools处理BAM数据总体介绍deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq,ChIP-seq,MNase-seq,ATAC-seq等高通量数据。
xuzhougeng·2018-01-18 18:17

【生信课程】02生物数据库-山东大学-生物信息学

生物数据库一级核酸数据库NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/EBIDDBJinsdchttp://www.insdc.org/由三大数据库集合资源，共同维护。示例：搜索原核生物dUTPase基因，输入“X01714”到Nucleotide数据库=Genbank数据库；基因的名字唯一一个，版本号有多个（更新时间，不同数据库）https://www.ncbi.nlm.ni
leadingsci·2018-01-01 22:15

我的生信之路 ----- 开篇

关于生物信息学我已经说不清是热爱还是讨厌。身边大神比比皆是。而我是一个靠自学不断挣扎的小白。一开始，别说装软件。我就连什么是Linux系统都搞不清楚。所以我几乎是从装系统开始一点一点，自己一个人探索。
Bettrry·2017-12-20 12:26

肠道菌群失调，炎症、肥胖、癌症都会来！

近年来，肠道菌群平衡成为医学、生物学、生物信息学等研究领域的研究热点。
力量女侠·2017-12-17 16:17

肠道菌群失调，炎症、肥胖、癌症都会来！

近年来，肠道菌群平衡成为医学、生物学、生物信息学等研究领域的研究热点。
力量女侠·2017-12-17 16:17

SVM分类算法的基本理论问题

SVM技术在解决小样本、非线性及高维度的模式识别问题中表现出许多优势，在许多领域，如文本分类、图像识别、生物信息学等领域中得到了成功的应用。2.SVM的发展SV
杨航JAVA·2017-12-14 13:52

Biostar学习第一周笔记

如“为什么学习生物信息学”这篇笔记所言，“二十一世纪是生命科学的世纪”，随着基因测序技术以及多种组学（其中包括基因组、蛋白质组等）技术的不断发展，生物数据迅速增长，对于这些数据的解读却已进入瓶颈期。
天地本宽·2017-12-11 04:23

卑尔根记事3------特隆赫姆

此次会议是由NORBIS（Thenationalresearchschoolinbioinformatics,biostatisticsandsystemsbiology）组织的面向挪威的生物信息学、生物统计学
向左向右向前向后·2017-12-04 04:26
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