生物信息学ATAC

论文阅读 | DeepDrawing: A Deep Learning Approach to Graph Drawing

QianwenWang,WeiweiCui,TengfeiMaandHuaminQu本文发表于VIS2019,来自于香港科技大学的可视化小组(屈华民教授领导)的研究1.简介图数据广泛用于各个领域，例如生物信息学
basasuya·2019-09-22 20:00

PyTorch专栏开篇

这些深度学习框架被应用于计算机视觉、语音识别、自然语言处理与生物信息学等领域，并获取了极好的效果。
磐创 AI·2019-08-30 21:26

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects
雨念_3b86·2019-08-29 16:23

来谈谈动态规划

引用段维基动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解
公子政·2019-08-19 00:00

统计学回顾（精华目录收藏）（statquest+协和八+ NGSHotpot）

如果不学统计学，那么你就不可能看懂下面这图，生物信息学领域耳熟能详的生存分析，主成分分析，差异分析你都无法理解。i
土豆学生信·2019-08-14 17:42

统计学回顾（精华目录收藏）（statquest+协和八+ NGSHotpot）

如果不学统计学，那么你就不可能看懂下面这图，生物信息学领域耳熟能详的生存分析，主成分分析，差异分析你都无法理解。i
土豆学生信·2019-08-14 17:42

「生信基础课」初学者入门Linux最少必要的知识点

为什么要学习Linux如果你要学习生物信息学，那么你一定要学会使用Linux。这是因为，绝大部分的生信软件都需
xuzhougeng·2019-08-07 13:19

采访感悟

采访时间：2019年7月31日星期三采访地点：安徽微分基因科技有限公司三楼会议室采访人：杨梦蝶被采访人：聂志超（微分基因生物信息学专家）杨：老师，您好。
赢韶涵·2019-08-06 22:10

分子生物学

分子生物学研究以下四个方面内容：DNA重组技术，基因表达调控，生物大分子结构与功能，基因组，功能基因组与生物信息学。第二章染色体和DNA图片发自App图片发自App染色
操控者·2019-07-31 15:38

从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第1节 测序技术

黄树嘉写了WGS系列的文章，堪称教材级别的生物信息学习材料。我们将陆续转载给大家。大家也可以关注公众号解螺旋的矿工。
基因学苑·2019-07-27 10:10

医学生物信息学文献第6期：CXCR3趋化因子系统在肿瘤内的活性是抗PD-1治 疗有效性的必要条件

这一期给大家带来一篇今年刚刚发immunity上的文章。CXCR3趋化因子系统在肿瘤内的活性是抗PD-1治疗有效性的必要条件。文章整体内容PD-1-PD-L1通路抑制是肿瘤免疫治疗的重要手段，然而，目前仅有部分人群能从抗PD-1治疗中获益。因此，我们需要进一步明确PD-1抑制剂介导CD8+T细胞抗肿瘤应荅增强的机制，以扩大PD-1抑制剂的有效人群。有研究表明，在抗PD-1中，细胞因子与肿瘤微环境中
木林老师·2019-07-23 20:00

四大生物信息学分析常用工具

上期我们给大家介绍过一些基因组测序技术，随着测序技术的发展及其方法不断改进，这的确大大降低基因组测序的成本。有了新颖的测序技术，各式各样的生信分析工具就接踵而至。大家常用哪些生信工具挖掘数据呢？是否觉得用了生信工具做数据，会比做传统实验的效率更高呢？今天小编为你介绍常用的生信分析工具，这对你撰写研究方案和SCI文章写作很有帮助哦！1.solQTL（了解分析茄科、菊科的表型和基因型）http://s
南博屹生物医学·2019-07-19 18:49

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net
DrKu·2019-07-17 15:37

50强人工智能面试问题与解答

人工智能可用于许多领域，如计算，语音识别，生物信息学，人形机器人，计算机软件，空间和航空等。4）哪种
架构师小秘圈·2019-07-14 11:59

暑期培训日记0707

关键词：难，量与质，肥胖原因，认知水平今天上的是霍颖异老师的生物信息学，这是一门分子生物和计算机的交叉学科，老师介绍了当下最前沿的生物研究方向，同时也介绍了众多数据库的基本知识及其应用……一天的课上下来
登登的世外桃源·2019-07-08 07:15

生物信息发文章哪家强

如果想在生物信息学专业杂志上发一篇不用做任何具体生物信息分析的文章，应该怎么做？最近发表在Bioinformatics的一篇文章或许可以给你一点思路。
思考问题的熊·2019-06-28 08:57

数据挖掘算法———常用关联算法总结

关联算法在科学数据分析、雷达信号分选、分类设计、捆绑销售、生物信息学、医疗诊断及网页挖掘等领域成果颇丰。典型的关联算法包括Aprior算法、FP-G（Frequentpatte
.NY&XX·2019-06-26 23:01

文献阅读-190621- ATAC-seq和转录组拼接相关新方法

aHiddenMarkovModeleRforATAC-seqDOI(url):https://doi.org/10.1093/nar/gkz533杂志：NucleicAcidsResearch发表日期：14June2019关键点本文利用ATAC-seq
思考问题的熊·2019-06-24 10:47

文献阅读-190621- ATAC-seq和转录组拼接相关新方法

aHiddenMarkovModeleRforATAC-seqDOI(url):https://doi.org/10.1093/nar/gkz533杂志：NucleicAcidsResearch发表日期：14June2019关键点本文利用ATAC-seq
思考问题的熊·2019-06-24 10:47

肝细胞癌异常甲基化差异表达基因及通路的生物信息学分析

原文题目：Bioinformaticsanalysisofaberrantlymethylateddifferentiallyexpressedgenesandpathwaysinhepatocellularcarcinoma背景：1.肝细胞癌(HCC)是最常见的肝癌类型，是世界范围内主要的侵袭性恶性肿瘤之一，是导致癌症相关死亡的第三大原因。2.肿瘤表观遗传学被认为是基因表达的遗传修饰，包括DNA
Forest_Lee·2019-06-22 19:48

基因家族分析全套软件

基因家族生物信息学分析（1）基因家族分析概述旁系同源基因基因家族可通过基因复制进行物种特异性扩增，主要有染色体片段复制、串联复制和反转录子转座等三种形式，可能导致功能丢失、获得新功能和亚功能化。
陈洪瑜·2019-06-20 18:20

基因家族分析全套软件

基因家族生物信息学分析（1）基因家族分析概述旁系同源基因基因家族可通过基因复制进行物种特异性扩增，主要有染色体片段复制、串联复制和反转录子转座等三种形式，可能导致功能丢失、获得新功能和亚功能化。
陈洪瑜·2019-06-20 18:20

ATAC-seq简介

以下内容来自知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355真核生物的DNA并不裸露在外面，而是与组蛋白相结合，即DNA缠绕在组蛋白上（即形成核小体），形成念珠状结构。然后，进一步折叠，压缩，并在其他架构蛋白的辅助作用下，形成染色体。DNA复制时，DNA需要先从核小体上解下，即打开染色质，这部分开放的染色质叫开放染色质（openchromatin）。而染色质一旦打开
zypiner·2019-06-20 15:00

生物大数据：一场生物信息学与大数据的精彩碰撞

与传统的倾向于劳动密集型的医疗保健不同，新兴的医疗模式是知识驱动型和数据密集型。在大健康领域，大数据被推上行业制高点的同时，生物信息分析开始大放异彩，靠生物信息分析和大数据称雄称霸的基因测序一度成为市场热点。基因测序技术从一代到二代、三代的技术升级，见证了基因检测服务从实验室走向市场商用的整个历程。在整个基因检测产业链上，上游市场的测序仪和试剂耗材被illumina、ThermoFisher等寡头
Bainuo_jiankang·2019-06-19 16:28

「文献01」ATAC-pipe: ATAC-seq分析的工具包

日期：2019年1月6日——2019-Week1分类：「工具」题目：ATAC-pipe:generalanalysisofgenome-widechromatinaccessibilityDOI:10.1093
六六_ryx·2019-06-08 14:04

生物信息学

一、生物信息学研究方向：1.序列比对：BLAST算法、FASTA算法。2.蛋白质比对。
晓佥·2019-05-30 10:48

正则匹配入门

文章摘自欧剑虹老师的《生物信息学生R入门教程》，可以作为学习正则表达的入门。原文排版更佳！
土豆学生信·2019-05-26 19:26

正则匹配入门

文章摘自欧剑虹老师的《生物信息学生R入门教程》，可以作为学习正则表达的入门。原文排版更佳！
土豆学生信·2019-05-26 19:26

【数据科学系列】基于Python的Web应用框架Dash-Dash Bio Components快速入门

DashBioComponentsDashBio是一套生物信息学组件，可以更简单地分析和可视化生物信息学数据，并在Dash应用程序中与它们进行交互。
Allen Moore·2019-05-26 16:31

fasta和fastq格式文件的shell小练习-解答

fasta和fastq格式文件的shell小练习原文链接这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
天涯清水·2019-05-16 16:18

推荐一个牛逼的生物信息Python库——Dash Bio

翻译|Lemonbit来源|Plotly译文出品|Python数据之道推荐一个牛逼的生物信息Python库-DashBioDashBio是一个免费的开源Python库，用于生物信息学和药物开发应用。
Python大本营·2019-05-12 10:10

bioRxiv-高通量单细胞染色质图谱研究人体免疫细胞发育和肿瘤内T细胞衰竭

Massivelyparallelsingle-cellchromatinlandscapesofhumanimmunecelldevelopmentandintratumoralTcellexhaustion期刊：biorxiv日期：April18,2019  单细胞领域伴随着单细胞分离建库等技术的发展，不少优质实验室也产出了大量的高水平文章，对于新型的ATAC-seq
基因侦探·2019-04-26 21:58

三月week3文献阅读2：Chromatin organization is a major influence on regional mutation rates in human canc...

生物信息学方法：使用公共数据中的癌症变异、表观遗传等数据，发现紧密染色质与变异频率相关，回归模型的R^2能解释55%的变异差异。主要使用相关性、热图、线性回归等分析。亮
米妮爱分享·2019-04-25 11:24

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习构建表达矩阵
生信宝典·2019-04-22 17:10

动态规划和摩尔投票法

动态规划维基百科对动态规划（Dynamicprogramming，简称DP）的定义是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法
牛牛_sean·2019-04-16 00:00

Loupe Cell Browser ATAC教程翻译-Part2

仅供学术交流，严禁转载及商用！原内容来自于10XGenomics官方支持文档。使用PeakViewer分析差异可接近性-AnalyzingDifferentialAccessibilitywiththePeakViewerNOTE:Thissectionpresumesyou'vecreatedcelltypeclustersintheIdentifyingCellTypestutorialsec
Cerasus_sp·2019-04-03 12:16

利用graphviz来将dot转成pdf的树状图的方法

它在网络，生物信息学，软件工程，数据库和网页设计，机器学习以及其他技术领域的可视化界面中具有重要的应用。
暖暖6588·2019-04-02 12:15

「文献08」转录因子足迹分析+启动子处染色质可及性与基因表达不一定成正相关

IdentificationoftranscriptionfactorbindingsitesusingATAC-seqDOI:10.1186/s13059-019-1642-2杂志/日期：GenomeBiol.,26Feb2019关键词：ATAC-seq
六六_ryx·2019-04-01 23:01

编辑距离（edit distance）

DNA也可以用A、C、G和T组成的字符串表示，因此编辑距离也可以用在生物信息学中，判断两个DNA的相似程度。Unix下的diff及
你今天作业做了吗·2019-03-31 12:49

有关ATAC-seq

ATAC-seq使用改造后的Tn5转座酶，并将转座DNA设计为测序接头，这样通过“剪切”和
Eva旭旭·2019-03-28 18:34

生物信息学3：微生物基因组学常用软件安装

一、Linux安装软件的常用方法：（1）将可执行程序加入环境变量一些软件包内包含的是可执行程序，不需要进行编译，这类程序可以在软件目录中通过终端“./主程序名”命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的“zshrc”、“bashrc”以及/etc目录下的“profile”。（2）创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下可以视为方法一的另一种实
了尘兰若·2019-03-27 16:46

一篇免疫相关生物信息学文章（与Treg-enriched肿瘤患者临床预后相关的免疫基因表达特征）

今天剖析一篇文章题目为（IdentificationofanimmunegeneexpressionsignatureassociatedwithfavorableclinicalfeaturesinTreg-enrichedpatienttumorsamples）文章题目要充分理解这篇文章，需要三篇补充材料参考文献17：Charoentong,P.etal.Pan-cancerimmunogen
陈宇乔·2019-03-25 21:32

Single cell genomic day 2019||Overview of sci-RNA-seq

Comprehensivesingle-celltranscriptionalprofilingofamulticellularorganismsci-RNA-seq什么是「ATAC-seq技术」？
周运来就是我·2019-03-24 10:28

常用生物信息学分析在线网址

生物信息学分析和作图是科研狗们的必备技能。近几年，随着数据类型的增多，excel、SPSS等常用软件已经不能满足科研需求了。R语言以其方便、快捷的优势，迅速获得许多编程技术不好的科研狗的青睐。
林学老歌·2019-03-21 12:12

领域内文献资料新消息（生信、表观，190316更新）

涉及的领域主要是生物信息学、计算生物学和表观遗传学，同时会关注机器学习、统计、干细胞生物学、发育生物学、遗传学、精准医学等方向。
台式计算机·2019-03-16 09:28

ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程

放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频)数据来源的文章：Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
热衷组培的二货潜·2019-03-15 16:32

高分文章不用愁，Hi-C技术带你飞

利用高通量测序技术，结合生物信息学分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，构建染色体跨度单体型，同时捕获不同基因座位上之间的空间交互信息，获得高分辨率的染色质三维结构信息，并能开发调控基因的
黄晶_id·2019-02-27 21:04

富足

生物技术和生物信息学、计算系统、网络和传感器、人工智能、机器人科学、数字化制造、医学、纳米材料和纳米技术。好奇、恐惧、创造财富的欲望以及追求人生的意义，是人类创新的四大推动力。
刘晓_ccdf·2019-02-27 08:22

如何让BLAST返回最优的一个搜索结果，看看你没有有进坑

如果你要学习生物信息学，那么有一个信条一定要记住，不要盲目相信软件的输出结果，多多检查。
xuzhougeng·2019-02-18 10:52

一张思维导图帮你看懂核酸的结构与功能

接下来我将给大家介绍一些生物信息学的主要概念，重点介绍核酸的结构与功能。生物信息学是啥？关于生物信息学的定义并没有统一的概念，不同的生物学家对它的定义不同，目前的生物信息学主要是研究生物大分子。
青盐_qingyan·2019-02-15 19:21
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