生物信息学ATAC 第28页

coltron

python2.7/site-packages/coltroncoltron-eENCFF906WKZ_peaks_AllEnhancers.table.txt-bENCLB080OEI.sort.bam-SACC_atac.bed-gHG19

清晨起床满满正能量_Go·2020-01-08 06:52

临床生物信息学中的GWAS分析

今天要分享的是一本合集ClinicalBioinformatics临床生物信息学实验指南中的第五章BioinformaticsChallengesinGenome-WideAssociationStudies

rapunzel0103·2020-01-08 06:42

【r<-生信|芯片分析】Bioconductor分析基因芯片数据

然后新的链接是：https://www.shixiangwang.top/post/2017-10-09-microarray-data-analysis/参考学习《R语言与Bioconductor——生物信息学应用

王诗翔·2020-01-08 06:55

【生信课程】03-序列比较-山东大学-生物信息学

序列比较认识序列FASTA格式，第一行是一个大于号“>”开头，后面紧接注释信息序列相似性相似的序列》相似的结构》相似的功能image.png一致度如果两个序列长度相同，那么它们的一致度可以暂时定义为它们对应位置上相同的残基数目占总长度的百分比。例：上下相同的碱基为2，序列长度为4，则一致度为：2/4=2相似度如果两个序列长度相同，那么它们的相似度可以暂时定义为他们对应位置上相似的残基与相同的残基的

leadingsci·2020-01-07 23:34

MACS2文档学习

文档链接：https://github.com/taoliu/MACS/MACS2是ChIP-Seq、ATAC-Seq、DNAsel-Seq等分析中callpeaks的常用软件。

六六_ryx·2020-01-05 16:17

蛋白质组学的生物信息学

科研喵·2020-01-05 01:05

该如何自学入门生物信息学-解螺旋的矿工

前几天在知乎上，我看到了这么一个问题“如何自学生物信息学？”，看了一圈回答后，发现很多答主自己也是初学者，可能都还在摸索中，回答也没有真正抓到重点。

酷睿_1991·2020-01-04 09:53

想申请美国博士的看过来！

MrGiovanniEmail:[email protected]周纵苇1993年，浙江绍兴人2012-2016大连理工大学计算机科学与技术本科2016-2017美国梅奥诊所研究员2017-Now美国亚利桑那州立大学，生物信息学博士写在前面

MrGiovanni·2020-01-03 18:42

生命科学中的若干哲学问题（上）

钟扬教授生命科学中的若干哲学问题（上）钟扬教授2016.12.17钟扬教授、植物学与生物信息学博士生导师、复旦大学研究生院院长、复旦生命科学学院教授、长江学者。

欧阳夏花·2020-01-03 11:36

手把手教你学生信系列（一）-- Linux系统安装

0.前言写在前面的话：之前我写过怎么配置Linux当时选择了ArchLinux作为工作环境的主OS，本文主要从服务器的角度手把手教大家从Linux系统安装，到生物信息学分析环境的搭建，进而入门生物信息学

正踪大米饭儿·2020-01-03 10:25

如何学习生信

什么是bioinformatician如何你想成为一名生信人，那么至少你需要了解什么叫做生物信息学。否者，朝着错误的方向再努力也是白费劲。什么是生物信息学呢？

徐洲更hoptop·2020-01-03 03:51

生物信息学基础

lncRNA:长链非编码RNA（LongNoncodingRNA，LncRNA）指的是长度在200nt以上、不编码蛋白、但参与细胞内多种生物学过程的RNA分子。人类基因组计划研究发现只有3%的基因组序列是编码蛋白质的基因，而占人基因组62%的序列转录为lncRNA，这一结论提示非编码区域可能通过表达lncRNA，活跃地参与到生物学功能的调控中。在过去的十几年中，科学家们已经相继发现，lncRNA参

wangprince2017·2020-01-01 13:03

#基因组干货# 生物信息学文本处理大杂烩(一)

文本处理是生物信息学中的一个重要步骤，但我一般是不太关心数据结构，也不关心使用什么方法什么语言，只要能将文件中的信息快狠准的提取出来就行了，毕竟精力有限，数据的生物学意义远比数据提取方法重要。

生信杂谈·2020-01-01 09:52

《现代分子生物学》-朱玉贤版-阅读笔记

由于我本身是学计算机的，现在以及未来的研究方向主要是生物信息学。

Honglei_Ren·2019-12-31 12:34

动态规划-上台阶

92https://juejin.im/post/5a29d52cf265da43333e4da7动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的

studywithallofyou·2019-12-30 20:00

Ray钱·2019-12-30 06:13

[ 生信者们建议看看 1 ] Ming Tang: 我为生物信息学/数据科学课程选择的书籍/ URL

此文已经过原作者同意转载（我原封不动的转了~转了~），我就不翻译了，欢迎转发大佬博客给想要学习的人。哈哈，真的是我膜拜的对象大佬。不服？点击这里一些简介BioinformaticsscientistatHarvardFASinformaticsworkingonsingle-cellRNAseqandsingle-cellATAC.Careaboutreproducibleresearchando

二货潜·2019-12-28 23:04

[感受]那些年在生信路上所经历的彷徨-写于2016年

这篇文是我在2016年本科期间突然有感，写的一篇感受文，坐标：福建医科大学生物信息学实验室。

郑宝童·2019-12-28 20:07

重磅丨钟扬：基因进化中的哲学思考上

▲钟扬教授在复旦哲学大会上演讲课程即笔记文章即风光主题：《基因进化中的哲学思考》主讲：钟扬教授（复旦大学研究生院长、植物学与生物信息学博士生导师、复旦生命科学学院教授、长江学者）活动：“2016复旦哲学大会

复旦大学哲学课堂·2019-12-28 19:01

申请基金必备，近几年火起来的circRNA干货送给你（下）

通过微阵列分析细胞系中circRNAs的表达谱，寻找一些显著表达的circRNAs，或通过高通量测序或芯片结合RT-qPCR验证筛选出感兴趣的circRNA，包含二代测序建库和RNA深度生物信息学分析。

华联科生物·2019-12-28 09:25

1.5 细胞、基因、双螺旋、蛋白质、遗传信息：触动上帝的封印

生物医学有许多的分支学科和专业领域：分子生物学，生物化学，生物技术，细胞生物学胚胎学，纳米生物技术，生物工程，实验室医学生物学，细胞遗传学，遗传学，基因疗法生物信息学，生物统计学，系统生物学，微生物学，

sooogooo·2019-12-28 07:19

Bioinformatics Data Skills

第十章使用序列数据生物信息学的核心问题之一是处理大量的（通常定义糟糕或模糊）文件格式。久而久之，一些特定的简单的人类可读的格式成为了事实上的标准。-彼得·科克等,2010年好的程序员知道怎样写程序。

yangliunk1987·2019-12-27 15:56

Light AWS: 一份简短的亚马逊云EC2教程

最近云计算越来越火，生物信息学专业出生的我前段时间也使用了一下亚马逊云AWS其中的一个服务，云上的服务器，EC2。这里以教程的形式和大家分享一下我的学习路径。这是一份系列教程，一共7篇。

罗登RodenLuo·2019-12-27 06:44

2019-12-26 Biostar Handbook DAY2

3.生物信息学方法的validity取决于数据的unknowncharacteristic。4.即使考虑到这些规则，生物学也总是比你想象的要复杂。

王子威PtaYoth·2019-12-27 02:52

第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC

1.学习目标讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法用ChIPQC产生质量统计报告鉴定低质量数据的来源概览图AdditionalQualityMetricsforChIP-seqdataENCODE评估数据质量采用多种指标，如前面已经讨论过的链相关的指标NSC和RSC。这一节将会讨论评估信号分布的其他指标。NOTE：这里给出的评估指标只是反映数据质量的好坏，符合阈值的并不意味着实验是成功的，不符

六六_ryx·2019-12-27 00:27

Python groupby

Enhancer_TCGA_ATAC_1000.bed图片.png#-*-coding:utf-8-*-"""CreatedonTueApr1619:38:322019@author:Administrator

清晨起床满满正能量_Go·2019-12-26 04:34

作为一个BI，为什么我要做IT的事情

……21世纪是生命科学的世纪，生命科学历史上一一发展起来的分子生物学、基因组学、生物信息学就是生命科学发展的见证。哦，对了，生物信息学你们还没听过吧。

BFX山姆大叔·2019-12-26 00:10

生物信息学数据库及在线工具汇总（更新）

核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）是指美国国立生物技术信息中心EMBL[https://www.ebi.ac.uk/ena]欧洲分子生物学实验室EMBL（TheEuropeanMolecularBiologyLaboratory）DDBJ[ht

白墨石·2019-12-25 16:22

关于 ATAC-seq，你需要知道的6点知识

ATAC-seq已然成为表观遗传研究的利器，关于ATAC-seq，我们可能需要知道以下几件事情：1.何为ATAC-Seq？

华联科生物·2019-12-25 16:25

String：蛋白互作网络(PPI)分析数据库

它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。

南博屹生物医学·2019-12-25 13:24

10月30日 shell 逐行读取文件的三种方式

学习笔记做生物信息学分析，经常要提取得到文件中某几行的数据，那么如何把文件内容一行一行地读取出来了呢？参考：http://www.jb51.net/article/48830.htm#!

小郑的学习笔记·2019-12-24 02:26

第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq简介ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是2013年由斯坦福大学WilliamJ.Greenleaf

六六_ryx·2019-12-23 23:35

一些来自导师的科研经验整理

个人简介：大家好，我是2018Fall的UCIrvine(加州大学尔湾分校)的一名Ph.D学生，本科计算机背景，主要从事计算系统生物学、生物信息学、表观遗传、胚胎发育、癌症、机器学习等方面的研究。

Honglei_Ren·2019-12-23 19:54

《生物信息学课程导引》阅读笔记

原书名为：《生物信息学课程导引-生物信息学研究生暑期学校讲义》，是一本张学工写的英文版的生物信息学的入门书籍，涵盖了众多生物信息学的入门知识。

Honglei_Ren·2019-12-23 06:20

机器学习在生物信息学中的应用

recapMachinelearningmethodsgeneral-purposeapproachestolearnfunctionalrelationshipsfromdatawithouttheneedtodefinethemaprioriAdvantagederivepredictivemodelswithouttheneedforstrongassumptionsaboutunderly

思考问题的熊·2019-12-23 05:47

分析现代序列文件

FSATA格式是一个古老的格式了，现在生物信息学从业者更多地使用的是FASTQ格式。首先，我们先来获取我们此次要分析的FASTQ文件。

兰宇轩·2019-12-23 03:23

LeetCode 1160. 拼写单词 java

示例:输入:words=["cat","bt","hat","tree"],chars="atac

烛火的咆哮·2019-12-23 02:17

2019-01-07

20.SIW/SNF主要调控染色质对转录因子的可接近性，而PBAF属于SIW/SNF，因此该研究使用ATAC-seq评估了Pbrm1缺陷型细胞系在有和没有IFNγ处理的情况下，与对照组细胞相比24h的染色质可接近性

Mingyan_C·2019-12-22 22:28

将个人笔记本改造成Linux简易服务器

利用自己大学期间用了四年多的旧电脑，彻底删去原先很不稳定的win8.1系统，安装上了Ubuntu系统，经过改造成为一台性能优良的Linux服务器，并可以和自己现在正在使用的个人电脑Win10系统互补搭配使用，主要承担一些生物信息学数据分析的任务

莫讠·2019-12-22 17:37

老司机辣评 | 基因组测序，三代测序和二代测序哪个更好？

德国慕尼黑工业大学生物信息学博士。互联网医疗中国会特约研究员，中国康复技术转化及发展促进会精准医学与肿瘤康复专业委员会副秘书长。

基因空间·2019-12-22 12:50

Ubuntu在Windows下的安装（如何安装双系统）

生物信息学的大部分工作是在Linux系统下完成的，所以，掌握Linux系统的使用方法是生物信息学工作者的必备技能。

AT猪师兄·2019-12-22 07:45

2019-05-18 南繁作物水稻玉米转基因快检试纸条

本研究针对目前南繁主要作物水稻和玉米上应用最为广泛的Bt和Bar这2种植物外源基因，综合利用生物信息学与计算机预测和模拟蛋白质功能，与不同抗原位点的多重测试与比较，以及优化载体与表达系统，从而获得稳定高

乐活导师·2019-12-21 15:39

中山大学丁俊军课题组（干细胞表观）诚招生物信息学副教授、研究员及博士后

中山大学医学院干细胞和再生医学平台依托于中山大学教育部干细胞与组织工程重点实验室，与中山医各附属医院联系紧密为转化医学研究提供优越条件，PI由国家杰出青年科学基金获得者、青年千人计划获得者担任，科研经费充足、科研条件优越。本课题组PI为中组部青年千人，团队现招募成员数名（薪酬优厚、无明确教学任务可申请各类科研项目，优秀研究员和博士后在聘期结束后或聘期内可直接内部申报学校的教授/副教授位置，比外部招

生信札记·2019-12-21 13:20

如何写个生信软件之百家谈

已开源的工具：configr、BioInstaller、iseq、ngstk生信技能：两年生物信息学习和实践经验，熟练使用Adobe的系列工具（PS/AI/PR/AE,本科以

沈梦圆1993·2019-12-20 20:59

一天一点命令行之 ls

从今天起，生物信息学公共账号将每天讲解一个命令行的最实用的使用方法，和大家一起探究命令行的神奇！

亮亮就是亮·2019-12-20 06:59

怎样使用R语言制作一份高大上的简历

作为一名生物信息学家，我们当然可以通过编程的方式去解决这个问题。今天就和大家分享一下前几天在

lakeseafly·2019-12-19 23:12

GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）

许多读者也纷纷在后台留言反馈这个问题，特别是在我写了如何入门生物信息学的文章之后情况尤甚。

黄树嘉·2019-12-19 20:41

Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库

在生物信息学中，对于基因功能的挖掘，通常的做法就是利用GO和KEGG等功能数据库，但是这些数据库中都是蛋白编码基因的功能，为了利用这些数据库中的信息，我们需要在lncRNA与mRNA之间建立起联系，常见的思路有以下几种通过

生信修炼手册·2019-12-19 13:11

生物信息学数据库分类整理

生物与计算机的结合让生物进入大数据时代，为方便管理各种生物数据，科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库，并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效果。在此将常用数据库按照以下分类方式大致整理了一下，也方便检索。1.Metadatabases元数据库，合并不同来源的相关数据以更新的或更加方便的形式提供新的数据，通俗的讲就是数据库的数据库，代表性的数据库主要有以下几个：Co

生信义博·2019-12-18 14:04

R语言画网络图

networkD3原文生信菜鸟团基础知识：网络图是为了展示数据与数据之间的联系，在生物信息学领域，一般是基因直接的相互作用关系，或者通路之间的联系！

生信技能树·2019-12-17 10:42

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