生物信息学ATAC

生物统计——离散/连续型随机变量与常见分布

本文是对孟浩巍生物信息学入门课：学习生信你需要了解的统计学课程的学习。即将开始新的PhDlife，乘着暑期时间充裕，再重新回顾学习下生物信息的底层知识——生物统计学。
Dawn_天鹏·2019-12-15 23:26

通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作4

基本每步代码都有结果，需要比较的进行了整合2.原文中的软件都下载最新版本3.原文中有少量代码是错误的，这里进行了修正4.对于需要的一些知识背景，在这里进行了注释或链接到他人博客一共4部分通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作
Y大宽·2019-12-15 12:46

HMMRATAC检测ATAC数据的开放性

比如，DNase-seq，FAIRE-seq和ATAC-seq，其中ATACA-seq方法试验技术简单、快捷、重复性好，得到了极大的发展和使用。
浩渺予怀·2019-12-15 11:33

开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

官网：https://cdk.github.ioCDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。
AspirinCode·2019-12-15 08:22

通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作3

基本每步代码都有结果，需要比较的进行了整合2.原文中的软件都下载最新版本3.原文中有少量代码是错误的，这里进行了修正4.对于需要的一些知识背景，在这里进行了注释或链接到他人博客一共4部分通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作
Y大宽·2019-12-15 07:38

如何快速自学生物信息学

为了不让大家再走我之前自学生信时候踩过的坑，走过的弯路，将一些比较重要的入门书籍，网站和后续的学习渠道总结如下，供大家参考。目录统计学系统操作编程语言生物学学习渠道统计学StatQuest生物统计学视频，包含统计学基础和生信所涉及的统计学概念，作者力图用可视化并结合有意思的例子来让统计学菜鸟尽快熟悉内部原理。作者是国外的大神，所以他的教程是全英文，在YouTube上首发。后来国内的B站UP取得作者
白墨石·2019-12-14 18:27

GEO数据挖掘生物信息文章解读（直肠癌）

这里含有海量的公开的免费的数据，我们可以利用这些数据借助生物信息学工具再次挖掘这些数据，发表SCI论文。下面介绍一篇2019年发表的GEO数据挖掘套路文章。文献
组学大讲堂·2019-12-14 02:32

生物信息学-1-BASIC

pairendpairend是直接在DNA两端假设接头进行双向测序，插入片段长度较短Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在“两端”的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量matepairmatepair测序的DNA文库是将很长的DNA进行环化，环化的接口处连接识别序列，然后打断，富
Waste_Land·2019-12-14 01:21

生信笔记收藏汇总

目录：生信分析该如何自学入门生物信息学数据下载从GEO数据库下载得到表达矩阵一文就够解读GEO数据存放规律及下载，一文就够解读SRA数据库规
王诗翔·2019-12-14 01:27

Cell编辑给你的投稿建议

微信公众号：生物信息学习image近日小编听了Cell编辑的报告，介绍了其杂志社的审稿过程以及一些小建议，整理分享给大家。
gtt儿_生物信息学习·2019-12-13 07:32

老大哔哩哔哩-chip_seq视频

chip-seq参考的资料-三个链接总结目录一不小心就把ChIP-seq数据分析教程给写完了一个系列第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析（本系列完结，内附目录）给学徒ChIP-seq
小梦游仙境·2019-12-13 05:12

变异vcf文件可视化神器

相信大家对这个软件肯定再再再熟悉不过了，毕竟它就是每个人接触学习生物信息学一开始都会使用到的工具。相信通过这么一类比大家大概也知道VariantQC是拿来干嘛的了。
lakeseafly·2019-12-12 13:43

生物统计——假设检验

本文是对孟浩巍生物信息学入门课：学习生信你需要了解的统计学课程的学习。
Dawn_天鹏·2019-12-12 05:40

第3篇：用MACS2软件call peaks

学习目标：学会用MACS2callpeaks理解MACS2callpeaks的结果PeakCallingPeakcalling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域
六六_ryx·2019-12-12 05:14

Linux学习总结

官方解释：Linux优点：1.批量；2.高效；3.多用户实际解释：90%生物信息学软件均在Linux上运行，不得不用，不得不学。
猫叽先森·2019-12-09 10:24

【生信技能树】fa和fq格式文件的shell小练习

【生信技能树】fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
猫叽先森·2019-12-09 10:04

常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)

前言在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。
天涯清水·2019-12-08 06:15

基因组注释详解

基因组注释(Genomeannotation)是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因和其他结构高通量注释，是当前研究的一个热点。
haifeng1924·2019-12-08 05:46

作业1 浅谈生物信息学认知

刚开始入门生物信息学时，觉得自己无所不知；现在，越学越觉得自己什么都不知道。生物信息学涉猎繁多，我主要的工作是对微生物扩增子测序数据进行分析。
周通棒棒棒·2019-12-07 19:10

[ 生信者们建议看看 2 ] 孟叔（孟浩巍）: 如何自学生物信息学？

入群方式可以通过在知乎购买知乎Live加群，加群验证信息在生物信息学知乎Live的最最最下面，购买地址：https://www.zhihu.com/lives/users/d75e3cc0c84c322ae56d2e010e4d8e9e
二货潜·2019-12-07 10:01

生物信息学公开课推荐

班上UCSD同学推荐的他自己上过的Bioinformatics课（他们是Pevzner教授亲自给他们讲，还要上机，整体上了9个月左右），以下是公开课视频(youtube)，侧重于对生物信息学算法的理解。
Honglei_Ren·2019-12-07 01:15

生物信息学GEO数据库下载数据

1、打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）2、搜索框输入需要查找得数据GSExxxxx3、找到需要下载得数据4、点击SRA5、选择sendto：createfile6、打开表格找到download拿到地址在shellwget下载即可可以写一个小循环```foriin`seqxxxx``dowget-cxxxxxxdone```
不吃醋的佳伟杜·2019-12-07 00:04

APLS：表观数据简化可视化工具（必备）

产生可用发表的可视化文件，主要针对全基因组表观基因组学数据，例如ChIP-seq，ATAC-seq等。
二货潜·2019-12-06 13:55

生物信息常用工具和网站

生物信息学常用工具fastq格式相关SRAtoolkitSRA数据库下载公用数据时的工具https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Trace
思考问题的熊·2019-12-02 03:08

如果你需要我回答你的问题

我的生物信息学技能基本上都是自学的，在刚开始的阶段我也和大部分的人一样，会遇到很多问题，然后想着去一些群里提问希望得到解答，当然结果也是和大部分人的一样，问题不会得到答案。
徐洲更hoptop·2019-12-02 02:40

应该学生物信息学的N个理由——来自科学网薛宇教授博文

应该学生物信息学的N个理由——来自科学网薛宇教授博文http://blog.sciencenet.cn/blog-404304-883906.html今年三月底与众好友在华农开“第二届国际•华中地区生物信息学研讨会
Honglei_Ren·2019-11-30 22:32

生物信息学

Ubuntu下安装Genymotion安卓模拟器打开终端，输入以下命令：sudoapt-getinstallvirtualbox{未按虚拟机的}上面这一句是安装虚拟机软件Virtualbox，没有安装这个软件不能够使用Genymotion软件。下载文件{百度有资源，先注册一个帐号}打开下载，看到刚下载的文件后，打开终端再输入chmod+xgenymotion-2.2.2_x64.bin（赋予执行权
Redshape·2019-11-30 06:56

生物信息学

ubuntu的安装安装地址：ubuntuhttp://cn.ubuntu.com/download/制作一个u盘启动盘，拷入U盘根据提示安装（分区http://m.blog.csdn.net/zhangxiangweide/article/details/74779652）安装好后重启http://m.blog.csdn.net/demonliuhui/article/details/774835
Redshape·2019-11-28 04:02

自学生信Python（第六天）|如何计算中位数？

本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。
天明豆豆·2019-11-20 11:32

自学生信Python（第二天）|计算出两点之间的距离

计算出两点之间的距离日常旁白：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。
天明豆豆·2019-11-20 11:38

自学生信Python（第一天）|计算ATP水解的吉布斯自由能

自学生信Python（第一天）|计算ATP水解的吉布斯自由能本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。
天明豆豆·2019-11-20 11:36

从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第2节 FASTA和FASTQ

序列在WGS数据的分析过程中，我们会接触到许多生物信息学/基因组学领域所特有的数据文件和它们特殊的格式，在这一节中将要介绍的FASTA和FASTQ便是其中之一二。
黄树嘉·2019-11-08 16:05

Linux3天培训总结

后续还有付出更多去练习1.R语言要做的作业，先附上链接，方便查找今晚继续练习linux哈，最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题
小梦游仙境·2019-11-08 10:39

华大生物信息分析员认证课程

课程目录1.新一代测序技术原理课程介绍2.LINUX操作基础课程介绍3.Perl编程在生物信息学中的应用课程介绍4.统计学在信息分析中的应用课程介绍误差和大数据数据科学时代概率论基础回顾数理统计概要5.
无言89·2019-11-06 01:35

方便的 Bash 终端技巧大集合

几年前我从事生物信息学方面的研究工作。对那些简单的bash命令感到惊讶，他们比我的枯燥脚本快很多。通过学习命令行的快捷方式和脚本帮助我节省了很多时间。
Charlie_Jade·2019-11-05 09:57

【爱考宝典】2020年湖南大学医学考研介绍、参考书目、分数线、报录比汇总

现拥有生命科学系、生物医学工程系、本科实验中心和学生创新创业指导中心，并设有分子医学与肿瘤学研究所、植物与微生物学研究所、病原生物学与免疫学研究所、神经生物学研究所、生物纳米与组织工程学研究所和生物信息学研究
爱考宝典袁老师·2019-11-05 00:16

2015目标

500题5.对系统设计php语言和工作使用框架达到完全理解熟悉程度.6.组建自己的团队,开发维护一个用户5000左右的产品学习:1.前端相关(可根据设计图构建页面)2.C和python相关3.数据处理4.生物信息学相关生活行为性格
logokey·2019-11-04 12:24

老司机辣评 |删除记忆基因被发现，离抹去痛苦记忆又近一步

生物科班出身，后专攻生物信息学，已不下十年。
基因空间·2019-11-02 19:29

蛋白质亚细胞定位分析

如果能利用生物信息学手段基于一些算法如机器学习等开发的方法进行亚细胞定位预测分析辅助于实验，这样就能省时省力节约成本。这里以本
亮亮就是亮·2019-11-01 19:51

姐姐 12.8.16

同时生物信息学老师发来了考试题的提要，告诉我们需要注意什么，于是果断决定不想去和韩国妹妹一起学习了，她太笨了根本帮不了我，一跟她说我不去了她就慌了，使劲开始讨好我，说让我看她的答案说让我去跟她一起吃饭。
最佳姐妹·2019-11-01 16:46

[每日一专业]报考不迷茫

图片发自App理学门类-生物科学类-生物信息学专业，授予学位：理学或工学学士。要求化学、生物成绩好。职业兴趣要求：研究型、现实型、常规型。要求动手能力强。
赢才教育蒲老师·2019-11-01 07:38

生物学信息学札记-阅读笔记

生物学信息学札记教程地址：http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant第一章生物信息学通论第一节生物信息与生物信息学一、迅速膨胀的生物信息初级数据库：由实验获得的大量核酸序列和三维结构数据二级数据库
Honglei_Ren·2019-10-31 15:19

一个高杂合真菌基因组组装脚本（改代码版）

其是对某一物种进行高通量测序，利用高性能计算平台和生物信息学方法，在不依赖于参考基因组的情况下进行组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。
IMC小达人·2019-10-31 11:56

半道出家

在研二时期由于做计算模拟接触了本校生科院一个做生信的师姐，硕士发了4篇一区的大神，她教会了我基本的linux知识，生物信息学也是从
桂洁_4949·2019-10-31 04:40

生物信息类期刊全集大全

计算生物学，生物信息学，计算生物信息学杂志期刊BMCBioinformaticsBMCGenomicsBMCSystemBiologyBMCsubsBRIEFINGSINBIOINFORMATICSBioinformaticsCOMPUTATIONALBIOLOGYANDCHEMISTRYCellandsubsCurrentBioinformaticsEvolutionaryBioinformat
emanlee·2019-10-25 09:00

2019-10-13-周末班-表观调控技术day1-2

//mubu.com/doc/38y7pmgzLgChIP-seq学徒第4周，ChIP-seq数据分析实战训练https://mubu.com/doc/11taEb9ZYgATAC-seq学徒第5周-ATAC-seq
程凉皮儿·2019-10-13 21:28

Circular RNA的产生机制、功能及RNA-seq数据鉴定方法

推荐关注微信公众号：AIPuFuBio，和使用免费生物信息学资源和工具AIPuFu：http://www.aipufu.com。
AIPuFu·2019-10-02 21:00

一文搞懂基因融合（gene fusion）的定义、产生机制及鉴定方法

欢迎关注微信公众号：AIPuFuBio和使用生物信息学平台AIPuFu：www.aipufu.com。
AIPuFu·2019-10-01 14:00

Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/BWpy3F-nEKXCdVXmY3GYZg当然还有更多R语言，生物信息学相关知识。。。
生信补给站·2019-09-25 09:00

Python开发WebService系列教程之REST,web.py,eurasia,Django

在Bioinformatics(生物信息学)领域，WebService是很重要的一种数据交换技术，未来必将更加重要。
·2019-09-23 18:42
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