生物信息学ATAC

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南

HarvardFASInformatics出品的ATAC-seq测序指南github链接：harvardinformatics/ATAC-seq参考文献：ATAC-seq:AMethodforAssayingChromatinAccessibilityGenome-WideATAC-seq
天地本宽·2020-02-23 00:32

搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列

在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5，NexteraDNALibraryPreparationKit，比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。
Runuply·2020-02-22 14:54

生物信息学共线性分析软件MCScanX的小白安装手册

2019年6月20日20:44------------------------------一、linux系统的选择：由于目的不是为了折腾系统相关的美化，所以选择ubuntu和centos之一。我是用的是ubuntukylin，是ubuntu的中国定制版，较为美观。由于cpu是6200U，为双核四线程64位处理器，所以下载了64位系统（https://www.ubuntukylin.com/down
WalkingLemon·2020-02-22 07:15

BBQ（生信基础问题1-5问 ）：illumina测序初探

先放上前面5个BBQ的问题：一：生物信息学100个基础问题——第1题FASTQ与FASTA二：生物信息学100个基础问题——第2题测序技术初探三：生物信息学100个基础问题——第3题Il
liu_ll·2020-02-21 23:29

Python 入门之文件操作（一）

文件读写在日常的生物信息学分析中，我们一般都是直接面对一些文件进行操作的，比如测序数据fastq文件，在比如比对结果bam或者sam文件，还有gtf或者gff3格
正踪大米饭儿·2020-02-21 08:47

conda与bioconda解决生信软件安装困扰

原本是为了解决Python模块安装的依赖问题，然而可能是无心栽柳柳成荫，conda目前已经超越了其最初目的而存在，可以解决大多数软件的安装和配置，包括各种本身与python毫无关系的包，也就涵盖了，我们大多数的生物信息学软件
生信札记·2020-02-20 04:26

北京金准 招聘

关于我们北京金准基因科技有限责任公司以二代测序技术和生物信息学分析技术为依托，专注于单基因遗传病基因检测。公司核心团队成员均为海外留学归国人员或大型企业高层管理人员。
精准基因HR·2020-02-19 20:39

序列比较中ClustalW和BLAST的区别

序列比对是生物信息学研究中一种常见且经典的手段。经过多年的发展，序列比对也诞生了很多种方法，这篇文章选择讨论的是两种比较常见的序列比对方法，选择哪种比对方法也是科研中容易踩坑的一个点。
LeoinUSA·2020-02-19 15:38

Linux下生物信息学软件的选择

引入生信分析，第一步最重要的是了解自己用的是什么系统（64or32orLinux版本），该用什么软件。1）软件选择网上的教程很多，注意安装最新版本的软件，查看最新版本，并注意修改安装命令。2）软件各版本区别（可能遇到的情况）：1.binary是编译好的二进制文件，可以直接使用，2.source是还没编译过的源代码，需要自行编译。3.rpm包在红帽LINUX、SUSE、Fedora可以直接进行安装，
风槿如画_7847·2020-02-18 05:58

开篇词|从工程师到管理者，我的思考与实践

我毕业于中国科技大学少年班，后来在美国莱斯大学攻读计算机硕士和博士学位，期间共发表国际论文十余篇，主要涉及的领域为程序语言设计和生物信息学的大数据分析。
残剑·2020-02-17 13:32

刘如银乐土获肿瘤体细胞突变NGS检测满分

日前，卫生部临床检验中心发布了《全国肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分析室间质量评价调查活动结果报告》，公布了本次室间质量评价的最新结果。北京乐土医学检验实验室在本次室间质评中获得满分！
刘如银·2020-02-16 12:20

基因告诉我什么

作为一个热衷于生物信息学的初学者，当看到可以花850（原价999，用了一张150的优惠券）对自己做一次microassay（基因芯片）的时候，立刻产生了极大的兴趣，于是在清明前下单，然后清明后通过唾液采取送去了我的样本
徐洲更hoptop·2020-02-15 17:01

【生信训练营-2】初识Bioconductor

如果把生物信息学分析比作一场战斗，那么Bioconductor（简称BioC）无疑是我们的一支王牌主力部队。这支神秘之师究竟有怎样的战斗力？今天我们就来一探究竟。
Rapp·2020-02-15 17:17

Day9-生信人的20个R语言习题-2019-06-18-未完

R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域
天涯清水·2020-02-14 20:35

计算机开放电子书归档 2018（4）

生物信息学讲义：结构信息部分（龚海鹏）Gitee下载Github下载SourceForge下载码农翻身全年文章精华2016Gitee下载Github下载SourceForge下载码农翻身全年文章精华2017Gitee
布客飞龙·2020-02-14 17:57

bedtools 用法大全

bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！
生信技能树·2020-02-14 15:17

给学徒的ATAC-seq数据实战

给学徒的ATAC-seq数据实战本次给学徒讲解的文章是:Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
生信技能树·2020-02-14 04:07

姐姐 9.19.16

匆匆去学校，然后边加热培养基边看生物信息学的ppt和家庭作业，因为和Angie约好了下午一点的时候一起学习，不能脑袋空空的去啊！
最佳姐妹·2020-02-14 00:41

如何下载TCGA数据/TCGA数据下载小教程

TCGA的全称是TheCancerGenomeAtlas,这个项目始于2005年，它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌症有关的基因突变。
Cherie_Lee·2020-02-13 20:01

ATAC-seq分析练习

这篇文章来练习一下ATAC-seq分析。ATAC-seq和CHIP-seq的分析非常相似，CHIP-seq检测的是抗体结合的DNA序列；而ATAC-seq检测的是“易接近”的DNA序列。
生信start_site·2020-02-13 15:12

诺禾致源电话面试

我导师的生物信息学学的很好的啊不知道面试结果怎么样，希望可以通过吧，阿门！手上目前已有4份offer，两份广州的两份深圳的。但是感觉不是很满意很满意的那种，想找的更喜欢的工作。所以还要继续在投。
纤纤手破新橙·2020-02-13 03:21

#基因组干货#生物信息学文本处理大杂烩(四)

今天讲对于基因注释.gtf格式文件进行操作。人类基因组注释文件在测序分析中作为非常重要的组装参照物，并且在其中包含了几乎人类基因组所有的基本信息，我们从GENCODE(https://www.gencodegenes.org/)下载gtf格式的注释文件，这里下载hg19版本的gtf文件：#使用wget命令下载注释文件：wget-c-t0ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/genc
生信杂谈·2020-02-12 23:18

如何快速入门生信

生物信息学是近些年快速发展起来的一门交叉学科，之所以交叉，是因为该学科领域的研究人员需要掌握计算机，数学，生物学等相关领域的基本知识与技能。
不可积函数·2020-02-12 20:00

武汉新型肺炎冠状病毒2019-nCoV与SARS的比较及其生物信息学分析

写在前面【后补的小恳请】20号左右有几位学术败类蹭着热点，用着别人辛辛苦苦得到的数据，辜负了共享者为控制疫情节省时间提高效率的初衷，大搞噱头，发国难论文。我虽然是女生，但“千古文人侠客梦”，没有学临床，没法上前线，只希望写这篇科普为大家分辨什么是国之柱石，哪些是国之禄蠹。所以原文难免言辞太激烈了，请谅解。现在疫情越来越严重，好友告诉我，战时发泄情绪没有任何作用，我们应该做更有意义的事情。我查了很多
佳期如梦你也是·2020-02-11 08:01

使用bioconda配置自己的生物信息学环境

如果有了新的机器，那么要给新的机器安装好常见的生物信息学软件才能开始做数据分析，这个时候的自动化配置就可以用bioconda来解决。
生信技能树·2020-02-11 05:50

别人的生物信息学专家是这样的，你拖后腿了吗 菲比

内容翻译过来大概是这样的：生物信息学是计算机在生物数据管理中的应用。生物信息学使用计算机来存储，处理，分析，管理和检索大量的生物和基因组数据。当应用于人类时，生物信息学用于支持基于基因的药物发现。
华康基因·2020-02-11 05:58

生物信息学习 之 Perl 脚本 -- 提取 lncRNA

脚本功能如说明所示：可以根据参考gtf文件对stringtie--merge的结果文件进行过滤筛选新的lncRNA。#!/usr/bin/perl-wusestrict;##thisprogramcanfetchthatnonereferencegtffilefromstringtiemergedresult##andfilterthatoverlapedwithknowtranscriptins
正踪大米饭儿·2020-02-11 04:50

利用动态规划（DP）进行全局比对（一）

在此将通过实例来浅显的探讨一下动态规划的思想以及在早期的生物信息学中如何应用动态规划进行全局比对。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-11 04:15

写在前面-生信小白的自述

生物信息学，显然一门与生物和计算机都有密切关系的交叉学科。一个
猪猪头看世界·2020-02-10 20:47

#基因组干货#生物信息学文本处理大杂烩(三)

这次讲awk的数组及使用awk中数组叫做关联数组(associativearrays)，因为下标可以是数字也可以是字符串。awk中的数组不必提前声明，也不必声明大小，直接赋值就行。#可以用数值作数组索引(下标)Tarray[1]=“chengmo”Tarray[2]=“800927”#可以用字符串作数组索引(下标)Tarray[“first”]=“cheng”Tarray[“last”]=”mo”
生信杂谈·2020-02-10 14:44

【Bioconductor系列】Bioconductor的地基--IRanges

Bioconductor的地基--IRangesBioconductor是一个开源项目，包括许多R生物信息学包。
徐洲更hoptop·2020-02-10 05:18

医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境

肿瘤内刺激树突状细胞(SDC)在刺激细胞毒性T细胞和诱导抗肿瘤免疫反应中起着重要的作用。了解调节它们在肿瘤微环境(TME)中的丰度的机制可以揭示新的治疗机会。作者发现，在人黑色素瘤中，SDC的丰度与细胞因子FLT3LG基因的瘤内表达有关。FLT3LG主要由淋巴细胞产生，尤其是小鼠和人类肿瘤中的自然杀伤(NK)细胞。在小鼠TME中，NK细胞与SDC形成稳定的结合，小鼠NK细胞的遗传和细胞消融表明：F
木林老师·2020-02-09 21:04

武汉肺炎追踪一：新型冠状病毒的时间生物信息学分析（2020年1月23日）

什么是时间生物信息学？如果你看到这个标题有些费解的话，那么小编想说：其实，我也是。因为这个词是小编自创的。为什么要自创？
montreal_sxr·2020-02-09 19:32

1. Introduction

现阶段，我觉得应该要加上基因组学和基本的生物信息学。3大课程的
KXie·2020-02-09 17:48

【收藏版】机器学习：用R做线性回归的原理及代码实现

微信公众号：生物信息学习笔者邀请您，先思考：1线性回归是什么？2线性回归怎么应用？本文解释了如何在R中运行线性回归。本教程将介绍线性回归的假设以及如果假设不满足如何处理。
gtt儿_生物信息学习·2020-02-09 15:17

RNA-seq小考核

按照我们带领10万人入门生物信息学的经验来看，RNA-seq基础数据分析无疑是最适合初学者的，我们划分好了8个部分：[link]https://mp.weixin.qq.com/s/UudD1ZhKaFPvwugUBL7z3A
mayoneday·2020-02-09 08:03

#基因组干货# 生物信息学文本处理大杂烩(二)

今天继续将对于bed格式文件的处理：#######上次讲了用bedtools的randomBed创建随机bed文件，这次还是先创建一个1000行，每个区域大小为400bp的bed文件：#使用randomBed创建bed文件：randomBed-seed2-n1000-l400-g./hg19.chrom_24.sizes>./a.bed#查看前10行：heada.bed这次我们想把正链和负链的提出
生信杂谈·2020-02-08 08:57

给学徒的ATAC-seq数据实战

给学徒的ATAC-seq数据实战本次给学徒讲解的文章是:Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
生信技能树·2020-02-07 19:50

生物信息学数据分析生信技能树免费做了

生物信息学数据分析免费做，活动大扩散生信菜鸟团欢迎所有生信技能树、生信菜鸟团的朋友分享这个生物信息学数据分析免费做活动，让你提前体验到数据分析的魅力，希望这样，你能完成我2020学习主旋律，B站74小时免费教学视频为你领路的学习
天涯清水·2020-02-07 19:15

NCBI

目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库，包括：PubMed,PubMedCentral,a
oddxix·2020-02-07 08:29

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习收
生信宝典·2020-02-07 03:11

利用动态规划（DP）进行全局比对（二）

在本文将简要的介绍早期生物信息学中是如何利用动态规划方法来进行序列比对的。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-06 06:13

Super useful!! #实用的单行命令合集

里面很多单行命令行非常实用，快速简单地解决了我日常所遇到的生物信息学数据处理问题(没有这些单行命令，我往往要通过自己写脚本或者借用其它工具来解决日常的生物信息学数据处理)。
lakeseafly·2020-02-06 03:45

燃石医学上云，为百万患者的生命而努力

燃石医学专注于肿瘤患者个体化治疗指导，以二代测序及医学生物信息学为核心，常规肿瘤分子病理检测为基石，致力于打造肿瘤个体化治疗临床检测服务及科研一站式解决方案。
阿里云官网·2020-02-05 16:40

数据库汇总

前言做数据分析常常会需要用到参考基因组和注释文件，还会需要分析公共数据，了解常见的生物信息学数据库资源也是非常有必要的！
oddxix·2020-02-05 10:50

解读GEO数据存放规律及下载，一文就够-转自生信技能树

解读GEO数据存放规律及下载，一文就够原创jimmy生信技能树-----解读GEO数据存放规律及下载，一文就够-做生物信息学分析的朋友应该是对GEO数据库耳熟能详了，总会用到公共数据库的，而GEO数据库则是首选
天涯清水·2020-02-05 08:41

ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程

放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频)数据来源的文章：Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
二货潜·2020-02-05 06:27

新型冠状病毒来自HIV病毒改造？ 生物学者：“风马牛不相及”

记者：赵孟“高山介绍，这一发现最初来自南开大学数学学院阮吉寿教授，“而且也是因为忙中出错才发现的，正常生物信息学分析不会想到用新型冠状病毒与HIV去做比较。””
界面·2020-02-03 00:00

黑白之间——京华大学投毒案

信息安全与大数据研究院生物信息学1701作者:佘皓援陈璐(湖南师范大学)时间:2018年地点:京华大学一寝室人物:杨正宇:寝室成员，官二代，为人骄横李楠:寝室成员，与杨正宇有过节苏伟:寝室成员，寒门学子
青树湖樱·2020-02-02 02:34

研发新冠病毒疫苗，高性能计算“显身手”

使用生物信息学找到病毒来源对病毒进行基因测序，并利用测序结果，采用生物信息学的方法来比对和查找，找到病毒来源以及传播的最大概率宿主。这其中，
itwriter·2020-01-30 11:00
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