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生物信息学r语言热图
第17期:又是一个全新的开始
#辣妈享瘦减脂营#第17期:预
热图
片发自App图片发自App下周才正式开营,小伙伴们都已经跃跃欲试了。
儿童营养师闫玲玲
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2024-02-08 22:58
从列表中删除元素|自学生信Python(第十六天)
写在前面的话:本人是一枚生物学的学生,由于对
生物信息学
特别感兴趣,于是想自学
生物信息学
(新手莫怪)。
天明豆豆
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2024-02-08 22:40
最新1区9+非肿瘤纯生信,逻辑清晰易懂,机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊,抓紧上车!
研究概述:本研究首先使用
R语言
在三个
生信小课堂
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2024-02-08 22:54
「转录组」从环境配置之conda
【
生物信息学
频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本,包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量
旮旯蜗牛_c299
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2024-02-08 21:35
r语言
svr模型_使用
R语言
建立一个决策树回归模型
决策树是一种简单但使用广泛的分类算法,根据目标变量的类型,决策树分为分类决策树(目标变量为因子型)与回归决策树(目标变量为连续数值型)。在这里,我们使用R建议一个回归决策树模型。决策树简单介绍对于一个分类问题,我们可能需要多个属性值来构建问题,通过回答这些问题(比如长度大于多少,宽度大于多少,重量大于多少),有序地得到问题的答案,并重复问题到我们得到最后的分类,把上面的过程(问题、答案)有组织的组
weixin_39849888
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2024-02-08 20:22
r语言svr模型
【
R语言
入门与数据分析-2】 数据的读取与写入
使用过程中发现自己的
R语言
基础太差了,回头补课。P28-P33所学视频:https://www.bilibili.com/video/BV19x411X7C6?
森尼啊
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2024-02-08 13:15
跟着Nature Genetics 学画图:
R语言
ggplot2一次性画好多个饼状图
今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b,很多个饼状图放到一起image.png最基本的想法就是单独画好多个饼状图,然后通过拼图实现,但是因为之前重复
小明的数据分析笔记本
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2024-02-08 08:56
非约束排序1—概述 (数量生态学:
R语言
的应用第五章)
非约束排序1—概述(数量生态学:
R语言
的应用第五章)在这之前我们已经学习了聚类分析,聚类分析的目的在于寻找数据的间断性,排序的目的就在于寻找数据的连续性(通过连续的排序轴展示数据的主要趋势)。
fafu生信小蘑菇
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2024-02-08 07:20
生信绘图:在线绘制 序列 Logo 图
它是由
生物信息学
领域中的生物学家TomSchneider和R.MichaelStephens在1990年首次引入的。序列Logo通过显示序列中每个位置上不同碱
Ningbo_JiaYT
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2024-02-08 07:09
统计绘图
生物信息学
R
学习方法
in r, 找出所有重复的元素,包括第一个
R语言
|如何筛选所有的重复行(包括第一行重复在内)
library(dplyr)data%group_by(type)%>%#根据你要筛选的列进行分组filter(duplicated(type)|n()!=1)%>%#将该列中有重复的行挑选出来ungroup()方法二#示例向量x<-c(1,2,3,2,4,5,5,6)#找出所有重复的元素(包括第一次出现的)duplicates<-duplicated(x)|duplicated(x,fromLa
生信小博士
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2024-02-08 02:36
r语言
开发语言
docker数据科学与spark镜像源与使用常见问题疑难解答
rocker/tidyverse:此镜像包含用于
R语言
的tidyverse数据科学包。jupyter/scipy-notebook:此镜像包含用于Python语言的SciPy科学计算库。rstudio
DreamNotOver
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2024-02-08 01:16
eureka
java
spring
cloud
46期生信第五天-一加一等于几
(6)表格在
R语言
中改名叫数据框_(7)别只复制代码,要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时,除了百度/谷歌搜索以外,用这个命
茶黄素
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2024-02-08 00:34
跟着Nature Communications学作图:
R语言
ggtern包画三元相图(Ternary plots )
论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.
小明的数据分析笔记本
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2024-02-07 22:30
R语言
入门笔记2.3
for循环for循环用于多次执行相似的代码。其基本语法如下:for(variableinsequence){#在每次迭代中执行的代码}其中:variable是一个变量,用于在每次迭代中存储序列中的当前元素。sequence是一个向量,可以是数字序列、字符序列或其他可迭代对象。在每次迭代中,variable会依次取sequence中的每个元素的值,然后执行for循环中的代码块。例1:>n=c(1,2
Mrji1995
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2024-02-07 19:04
笔记
R语言
入门笔记2.2
ifelse语句结构:ifelse(条件,表达式1,表达式2)#满足条件,则进入表达式1,否则为表达式2例1:>a=1>ifelse(a<0,"a小于0",ifelse(a==0,0,"a大于0"))[1]"a大于0"a=1-这行代码给变量a赋值为1。ifelse(a<0,"a小于0",ifelse(a==0,0,"a大于0"))-这是一个嵌套的ifelse语句。它的结构是ifelse(condi
Mrji1995
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2024-02-07 19:03
r语言
笔记
开发语言
R语言
机器学习与临床预测模型35--分类回归树
本内容为【科研私家菜】
R语言
机器学习与临床预测模型系列课程R小盐准备介绍
R语言
机器学习与预测模型的学习笔记你想要的
R语言
学习资料都在这里,快来收藏关注【科研私家菜】[图片上传失败...
科研私家菜
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2024-02-07 14:22
R语言
基础语法
R语法1.赋值操作符号“a;表示将2赋值给a等于符号,表示方式:a=3;表示将3赋值给a2.输出变量cat()函数:cat('text',var)print()函数:print('text',var)3.变量的数据类型R属于动态类型语言,变量的数据类型取决于输入变量类型函数:class()a=1print(class(a))output:numeric4.查找变量查找所有变量,应使用ls()函数代
地平线上的背影
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2024-02-07 10:06
理解
生物信息学
FASTA格式
在
生物信息学
中,FASTA格式是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。
陈佶1
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2024-02-07 09:36
明天开课 |
R语言
专题班(直播:2023.9.9~9.10)
茗创科技专注于脑科学,涵盖(EEG/ERP,fMRI,结构像,DTI,ASL,FNIRS)等,欢迎留言讨论及转发推荐,也欢迎了解茗创科技的脑科学课程,数据处理服务及脑科学工作站销售业务,可添加我们的工程师(微信号MCKJ-zhouyi或17373158786)咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制
茗创科技
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2024-02-07 07:43
python小白入门单细胞分析scanpy
这里要注意一下,它和
R语言
的不同,Scanpy中的行为样本,列为基因
生信小博士
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2024-02-07 03:01
scanpy
python
开发语言
双序列比对的多路径回溯,
R语言
双序列比对的多路径回溯**这是双序列比对的多路径回溯的
R语言
实现,用类似linux系统中给用户赋权限的方法记录来源方向,感觉比列表储存来源方向好。
琅琊笑笑风
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2024-02-07 03:19
R语言
--12
数组(array)数组是k维的数据表。向量(n=1),矩阵(n=2),高维数组(n>=3)矩阵的生成及基本操作matrix(data=NA,nrow=1,ncol=1,byrow=FALSE,dimnames=NULL):data可以为一个向量,nrow/ncol为指定生成的行数和列数,byrow:设定向量排布成指定的行数和列数时,按照行排列,默认是按列排布。dimnames:设定行名和列名。co
白猫警长ic
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2024-02-06 19:02
Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]
关于Cytoscape,对于做组学或
生物信息学
的同学基本是陌生的,可能有的同学用这个软件作图是非常溜的,做出来的网络图也是十分的好看,“可玩性”很高,就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图
小杜的生信筆記
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2024-02-06 18:28
R语言精美图形绘制教程
数据分析
Cytoscape
网络图
富集分析
信息可视化
生物信息学
r语言
R语言
绘图教程 | 双侧条形图绘制教程
写在前面双侧条形图在我们的文章中也是比较常见的,那么这样的图形是如何绘制的呢?以及它使用的数据类型是什么呢?这些都是我们在绘制图形前需要掌握的,至少我们知道绘图的数据集如何准备,这样才踏出第一步。今天的教程,我们会从数据的准备,以及数据如何整理,以及结合自己的绘图过程中遇到问题是如何解决来进行讲解。PS:仅代表个人的观点,以及自己遇到此问题时自己的方法来进行说明。也许,这个并不会死唯一且最好的方法
小杜的生信筆記
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2024-02-06 18:56
R语言精美图形绘制教程
r语言
双侧条形图
条形图
R语言绘图
R语言
学习case12:ggplot 置信区间(多线型)
接上文:多条曲线
R语言
学习case11:ggplot置信区间(包含多子图)在ggplot2中,每个geom函数都接受一个映射参数。然而,并非每个美学属性都适用于每个geom。
早起CaiCai
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2024-02-06 14:12
R语言
r语言
学习
开发语言
数据可视化
数据分析
caTools一个奇特的工具集
R语言
作为统计学一门语言,一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发,
R语言
变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入,
R语言
的社区在迅速扩大成长。
Fens
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2024-02-06 13:11
r语言
人工智能
java
FigDraw 5. SCI 文章绘图之柱状图 (Barplot)
前两期简单介绍了
R语言
基础,比较简单粗略,然后介绍了
R语言
中表格的转换,因为现在绘图基本以及舍弃了基本绘图的方式,都会选择ggplot2来作图,这期SCI绘图介绍一下柱状图!
90066456ace6
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2024-02-06 13:07
r语言
中大小写c的区别吗,
R语言
大小写字母转换
JavaforLeetCode231PowerofTwopublicbooleanisPowerOfTwo(intn){if(n运行,打开运行窗口.2,输入cmd,打开命令行窗口.3,进入cmd,找到orpxllite.ocx和orTrueReuse.ocx的所在的目录4,输入以下命令:regsvr32&...Swift表视图动画教程:Drop-InCardshttp://www.ra
神秘巨星z
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2024-02-06 12:16
r语言中大小写c的区别吗
代码+视频一步到位:手把手教你
R语言
竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证- 决策曲线
我们在既往文章《手把手教你使用
R语言
做竞争
天桥下的卖艺者
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2024-02-06 12:45
R语言
代码+视频系列
r语言
R语言
阈值效应函数cut.tab2.0版发布(支持线性回归、逻辑回归、cox回归,自定义拐点)
阈值效应和饱和效应是剂量-反应关系中常见的两种现象。阈值效应是指当某种物质的剂量达到一定高度时,才会对生物体产生影响,而低于这个剂量则不会产生影响。饱和效应是指当某种物质的剂量达到一定高度后,其影响不再随剂量的增加而增加,即产生饱和现象。这两种效应在药物、毒物、营养物质等剂量-反应关系中都有应用。接下来聊聊RCS阈值函数是干什么用的,随便抓一篇论文给大家看看,粉丝发给我的。L-shapedasso
天桥下的卖艺者
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2024-02-06 12:44
R语言
我写的R包
回归
r语言
线性回归
免疫细胞丰度与基因表达量的相关性
热图
1.目的要把免疫细胞与某些基因计算相关性,并画出
热图
,例如(图)2.思路其实就是把完整的相关性矩阵切出一部分,像这样只拿左上角或者右下角来画
热图
就好啦。
小洁忘了怎么分身
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2024-02-06 11:33
R语言
:箱线图绘制(添加平均值趋势线)
之前我是比较喜欢使用origin进行绘图,但是绘制的图不太好看,并且需要进行不断调整,不太方便,所以开始使用
R语言
进行绘制。2.箱线图绘制2.1相关R包导入library(openxlsx)libr
Amyniez
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2024-02-06 09:42
R语言
r语言
python
开发语言
经验分享
GIS
ggplot2
R语言
学习case11:ggplot 置信区间(包含多子图)
ggplotGeometricobjectsHowarethesetwoplotssimilar?两个图都包含相同的x变量、相同的y变量,并且描述相同的数据。但是这两个图并不相同。每个图使用不同的可视化对象来表示数据。在ggplot2语法中,我们说它们使用不同的geoms。geom是绘图使用的几何对象,用于表示数据。人们通常通过绘图使用的geom类型来描述图表。例如,柱状图使用bargeoms,折
早起CaiCai
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2024-02-06 09:10
R语言
r语言
学习
开发语言
数据分析
数据可视化
2022-08-14
我想完善一下,会使用Linux,会使用
R语言
,学了转录组分析的流程和
佳奥
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2024-02-06 09:00
R语言
方差分析
医学和生信笔记,专注
R语言
在临床医学中的使用,
R语言
数据分析和可视化。这是
R语言
和医学统计学的第2篇内容。主要是用
R语言
复现课本中的例子。
医学和生信笔记
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2024-02-06 09:26
R语言
专题班(直播:2023.8.4~8.6)
茗创科技专注于脑科学,涵盖(EEG/ERP,fMRI,结构像,DTI,ASL,FNIRS)等,欢迎留言讨论及转发推荐,也欢迎了解茗创科技的脑科学课程,数据处理服务及脑科学工作站销售业务,可添加我们的工程师(微信号MCKJ-zhouyi或17373158786)咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制
茗创科技
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2024-02-06 05:57
学习:StatQuest-Heatmap
Heatmapimage.png在RNA-seq中
热图
往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况(主要看上下表达),这个图就是个
热图
,横坐标表示不同样本,纵坐标表示基因。
小潤澤
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2024-02-06 05:17
r语言
svr模型_R建立SVR模型,并用遗传算法优化
刚刚尝试在建立了SVR模型之后,再用遗传算法优化SVR的cost和gamma参数,给大家分享下,有错误的欢迎指正~rm(list=ls())#loadpackagelibrary(stringr)library(dplyr)library(openxlsx)#readdatagaseread.xlsx("D:/3_analytic_case/1_gase_data_pred/原始数据.xlsx",
weixin_39760433
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2024-02-05 23:30
r语言svr模型
R语言
量化投资(1)
R是一门非常适合做数据的工具。不用关注时间复杂度多少,怎么把程序写漂亮。而是关注如何收集数据,提高数据质量,来解决实际的业务问题。跨界是一个很难的问题,因为不同背景的人进行沟通是一个非常困难的问题,尤其是金融行业和IT行业:一个封闭不愿意分享,一个开放崇尚开源;一种所有人都要为我服务,一种只专注自己感兴趣的事情。做跨学科的事情,你要了解项目管理的方法,产品设计的逻辑,数知识,机器学习知识,结合业务
Liam_ml
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2024-02-05 20:41
RStudio环境熟悉与基本小技巧
如果你是一个新手,通过上一篇的内容我相信你已经把
R语言
环境安装好了。那么,你肯定迫切想写下自己的第一行R代码。那么,是在RGui、还是Rstudio环境呢?
大数据技术派
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2024-02-05 18:30
R语言
正则表达式(1)
基本规则如下:.任意字符[a-z]表示a-z任意一个小写字符[0-9]匹配所有数字字符[^0-9]匹配所有非数字字符^位于表达式开始表示匹配文本开始处,放在方括号内开始表示非方括号内的任一字符{3}表示前面的字符或表达式的重复3次|表示前后的表达式任选一个\\(\\)匹配括号()\d表示0-9\D表示非数字\s表示空白字符\S表示非空白字符\w表示字符(字母和数字)\W表示非字符\b以英文字母,数
weixin_49320263
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2024-02-05 18:23
常用方法
正则表达式
R语言
提高效率的技巧方法(1)
1、批量导入包library(pacman)p_load("dplyr","survival")2、查看R包使用方法help(package="survival")3、查看R包内所有函数library("survival")all_functions<-ls("package:survival",pos=1)4、查看具体函数注释和用法db<-tools::Rd_db("dplyr")#获取R包内所
weixin_49320263
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2024-02-05 18:21
常用方法
r语言
开发语言
R语言
:pie3D绘制三维饼图
导读:前面画过二维饼图:
R语言
:pie绘制饼图,这次用plotrix包pie3D函数画三维的。
胡童远
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2024-02-05 12:08
支持向量机
支持向量机在许多领域都有广泛的应用,如文本分类、图像识别、
生物信息学
、金融预测等。支持向量机的应用:(1)文本分类:支持向量机可以用于文本分类任务,如垃圾邮件过滤、情感分析、主题分类等。
小森( ﹡ˆoˆ﹡ )
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2024-02-05 10:24
机器学习算法
支持向量机
算法
机器学习
基迪奥的新书(基因表达调控-新组学技术介绍与应用)是否值得买?
--谈谈你入门
生物信息学
时遇到的那些坑先说答案,不值得买。相信很多朋友在新学一门技术时,会通过购入书籍、购买课程等手段来迅速地提高自己的知识储备,笔者也不例外。
浪子刀客
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2024-02-05 08:41
Flutte
r语言
开发的高仿抖音App源码
简介一款基于Flutte
r语言
开发的高仿抖音App。初衷是用来学习Flutter跨平台技术,积累实战经验。开放出去是让更多的老铁们在技术的路上越走越远…老铁们喜欢的话,帮忙给个star,多谢!
专注移动开发
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2024-02-05 07:15
Flutter
Flutter仿抖音App源码
flutter
取色器?配色器!TBtools又双叒叕更新了!
这些想法往往有两个命运:被吐槽~,如单个元件的交互,取色器等被Follower抄到他们的软件或网站~,如GUI特性,图例拖拽,掰弯的(即环化)
热图
等后者是一个好事。
生信石头
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2024-02-05 01:52
详细流程安装Anaconda,开启AI第一步【Windows版】
AI时代来临,让我们开启Pytorch之旅第一步,安装AnacondaAnaconda:数据科学的利器Anaconda是一个开源的Python和
R语言
发行版,用于计算科学,特别是数据科学。
心安成长
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2024-02-04 22:37
Python工具
人工智能
python
数据分析必备:掌握这个
R语言
基础包1%的功能让你事半功倍!(附代码)
本文介绍了utils包在
R语言
基础的用途。[导读]无论数据分析的目的是什么,将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。utils包是
R语言
的基础包之一。
数据派THU
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2024-02-04 20:19
今天看到一个好玩的图之柱状图加自定义图
忘了今天在找什么答案时候,无意中看到下面这个图,而且用
R语言
还有好几种方法画法,于是我就搬过来了。
热衷组培的二货潜
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2024-02-04 19:59
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