生物信息学r语言热图第5页

第17期：又是一个全新的开始

#辣妈享瘦减脂营#第17期：预热图片发自App图片发自App下周才正式开营，小伙伴们都已经跃跃欲试了。

儿童营养师闫玲玲·2024-02-08 22:58

从列表中删除元素|自学生信Python（第十六天）

写在前面的话：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。

天明豆豆·2024-02-08 22:40

「转录组」从环境配置之conda

【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量

旮旯蜗牛_c299·2024-02-08 21:35

r语言svr模型_使用R语言建立一个决策树回归模型

决策树是一种简单但使用广泛的分类算法，根据目标变量的类型，决策树分为分类决策树(目标变量为因子型)与回归决策树(目标变量为连续数值型)。在这里，我们使用R建议一个回归决策树模型。决策树简单介绍对于一个分类问题，我们可能需要多个属性值来构建问题，通过回答这些问题(比如长度大于多少，宽度大于多少，重量大于多少)，有序地得到问题的答案，并重复问题到我们得到最后的分类，把上面的过程(问题、答案)有组织的组

weixin_39849888·2024-02-08 20:22

【R语言入门与数据分析-2】数据的读取与写入

使用过程中发现自己的R语言基础太差了，回头补课。P28-P33所学视频：https://www.bilibili.com/video/BV19x411X7C6?

森尼啊·2024-02-08 13:15

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2一次性画好多个饼状图

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b，很多个饼状图放到一起image.png最基本的想法就是单独画好多个饼状图，然后通过拼图实现，但是因为之前重复

小明的数据分析笔记本·2024-02-08 08:56

非约束排序1—概述（数量生态学：R语言的应用第五章）

非约束排序1—概述（数量生态学：R语言的应用第五章）在这之前我们已经学习了聚类分析，聚类分析的目的在于寻找数据的间断性，排序的目的就在于寻找数据的连续性（通过连续的排序轴展示数据的主要趋势）。

fafu生信小蘑菇·2024-02-08 07:20

生信绘图：在线绘制序列 Logo 图

它是由生物信息学领域中的生物学家TomSchneider和R.MichaelStephens在1990年首次引入的。序列Logo通过显示序列中每个位置上不同碱

Ningbo_JiaYT·2024-02-08 07:09

in r, 找出所有重复的元素，包括第一个 R语言｜如何筛选所有的重复行（包括第一行重复在内）

library(dplyr)data%group_by(type)%>%#根据你要筛选的列进行分组filter(duplicated(type)|n()!=1)%>%#将该列中有重复的行挑选出来ungroup()方法二#示例向量x<-c(1,2,3,2,4,5,5,6)#找出所有重复的元素（包括第一次出现的）duplicates<-duplicated(x)|duplicated(x,fromLa

生信小博士·2024-02-08 02:36

docker数据科学与spark镜像源与使用常见问题疑难解答

rocker/tidyverse:此镜像包含用于R语言的tidyverse数据科学包。jupyter/scipy-notebook:此镜像包含用于Python语言的SciPy科学计算库。rstudio

DreamNotOver·2024-02-08 01:16

46期生信第五天-一加一等于几

（6）表格在R语言中改名叫数据框_（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命

茶黄素·2024-02-08 00:34

跟着Nature Communications学作图：R语言ggtern包画三元相图（Ternary plots ）

论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.

小明的数据分析笔记本·2024-02-07 22:30

R语言入门笔记2.3

for循环for循环用于多次执行相似的代码。其基本语法如下：for(variableinsequence){#在每次迭代中执行的代码}其中：variable是一个变量，用于在每次迭代中存储序列中的当前元素。sequence是一个向量，可以是数字序列、字符序列或其他可迭代对象。在每次迭代中，variable会依次取sequence中的每个元素的值，然后执行for循环中的代码块。例1：>n=c(1,2

Mrji1995·2024-02-07 19:04

R语言入门笔记2.2

ifelse语句结构：ifelse(条件,表达式1,表达式2)#满足条件，则进入表达式1，否则为表达式2例1：>a=1>ifelse(a<0,"a小于0",ifelse(a==0,0,"a大于0"))[1]"a大于0"a=1-这行代码给变量a赋值为1。ifelse(a<0,"a小于0",ifelse(a==0,0,"a大于0"))-这是一个嵌套的ifelse语句。它的结构是ifelse(condi

Mrji1995·2024-02-07 19:03

R语言机器学习与临床预测模型35--分类回归树

本内容为【科研私家菜】R语言机器学习与临床预测模型系列课程R小盐准备介绍R语言机器学习与预测模型的学习笔记你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】[图片上传失败...

科研私家菜·2024-02-07 14:22

R语言基础语法

R语法1.赋值操作符号“a；表示将2赋值给a等于符号，表示方式：a=3；表示将3赋值给a2.输出变量cat()函数：cat('text',var)print()函数：print('text',var)3.变量的数据类型R属于动态类型语言，变量的数据类型取决于输入变量类型函数：class()a=1print(class(a))output:numeric4.查找变量查找所有变量，应使用ls()函数代

地平线上的背影·2024-02-07 10:06

理解生物信息学FASTA格式

在生物信息学中，FASTA格式是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。

陈佶1·2024-02-07 09:36

明天开课 | R语言专题班（直播：2023.9.9~9.10）

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制

茗创科技·2024-02-07 07:43

python小白入门单细胞分析scanpy

这里要注意一下，它和R语言的不同，Scanpy中的行为样本，列为基因

生信小博士·2024-02-07 03:01

双序列比对的多路径回溯，R语言

双序列比对的多路径回溯**这是双序列比对的多路径回溯的R语言实现，用类似linux系统中给用户赋权限的方法记录来源方向，感觉比列表储存来源方向好。

琅琊笑笑风·2024-02-07 03:19

R语言--12

数组（array）数组是k维的数据表。向量（n=1）,矩阵（n=2）,高维数组（n>=3）矩阵的生成及基本操作matrix(data=NA,nrow=1,ncol=1,byrow=FALSE,dimnames=NULL)：data可以为一个向量，nrow/ncol为指定生成的行数和列数，byrow:设定向量排布成指定的行数和列数时，按照行排列，默认是按列排布。dimnames:设定行名和列名。co

白猫警长ic·2024-02-06 19:02

Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]

关于Cytoscape，对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的，可能有的同学用这个软件作图是非常溜的，做出来的网络图也是十分的好看，“可玩性”很高，就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:28

R语言绘图教程 | 双侧条形图绘制教程

写在前面双侧条形图在我们的文章中也是比较常见的，那么这样的图形是如何绘制的呢？以及它使用的数据类型是什么呢？这些都是我们在绘制图形前需要掌握的，至少我们知道绘图的数据集如何准备，这样才踏出第一步。今天的教程，我们会从数据的准备，以及数据如何整理，以及结合自己的绘图过程中遇到问题是如何解决来进行讲解。PS：仅代表个人的观点，以及自己遇到此问题时自己的方法来进行说明。也许，这个并不会死唯一且最好的方法

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:56

R语言学习case12：ggplot 置信区间（多线型）

接上文：多条曲线R语言学习case11：ggplot置信区间（包含多子图）在ggplot2中，每个geom函数都接受一个映射参数。然而，并非每个美学属性都适用于每个geom。

早起CaiCai·2024-02-06 14:12

caTools一个奇特的工具集

R语言作为统计学一门语言，一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发，R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入，R语言的社区在迅速扩大成长。

Fens·2024-02-06 13:11

FigDraw 5. SCI 文章绘图之柱状图 (Barplot)

前两期简单介绍了R语言基础，比较简单粗略，然后介绍了R语言中表格的转换，因为现在绘图基本以及舍弃了基本绘图的方式，都会选择ggplot2来作图，这期SCI绘图介绍一下柱状图！

90066456ace6·2024-02-06 13:07

r语言中大小写c的区别吗,R语言大小写字母转换

JavaforLeetCode231PowerofTwopublicbooleanisPowerOfTwo(intn){if(n运行,打开运行窗口.2,输入cmd,打开命令行窗口.3,进入cmd,找到orpxllite.ocx和orTrueReuse.ocx的所在的目录4,输入以下命令:regsvr32&...Swift表视图动画教程:Drop-InCardshttp://www.ra

神秘巨星z·2024-02-06 12:16

代码+视频一步到位：手把手教你R语言竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证- 决策曲线

我们在既往文章《手把手教你使用R语言做竞争

天桥下的卖艺者·2024-02-06 12:45

R语言阈值效应函数cut.tab2.0版发布（支持线性回归、逻辑回归、cox回归，自定义拐点）

阈值效应和饱和效应是剂量-反应关系中常见的两种现象。阈值效应是指当某种物质的剂量达到一定高度时，才会对生物体产生影响，而低于这个剂量则不会产生影响。饱和效应是指当某种物质的剂量达到一定高度后，其影响不再随剂量的增加而增加，即产生饱和现象。这两种效应在药物、毒物、营养物质等剂量-反应关系中都有应用。接下来聊聊RCS阈值函数是干什么用的，随便抓一篇论文给大家看看，粉丝发给我的。L-shapedasso

天桥下的卖艺者·2024-02-06 12:44

免疫细胞丰度与基因表达量的相关性热图

小洁忘了怎么分身·2024-02-06 11:33

R语言：箱线图绘制（添加平均值趋势线）

之前我是比较喜欢使用origin进行绘图，但是绘制的图不太好看，并且需要进行不断调整，不太方便，所以开始使用R语言进行绘制。2.箱线图绘制2.1相关R包导入library(openxlsx)libr

Amyniez·2024-02-06 09:42

R语言学习case11：ggplot 置信区间（包含多子图）

ggplotGeometricobjectsHowarethesetwoplotssimilar?两个图都包含相同的x变量、相同的y变量，并且描述相同的数据。但是这两个图并不相同。每个图使用不同的可视化对象来表示数据。在ggplot2语法中，我们说它们使用不同的geoms。geom是绘图使用的几何对象，用于表示数据。人们通常通过绘图使用的geom类型来描述图表。例如，柱状图使用bargeoms，折

早起CaiCai·2024-02-06 09:10

2022-08-14

我想完善一下，会使用Linux，会使用R语言，学了转录组分析的流程和

佳奥·2024-02-06 09:00

R语言方差分析

医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。这是R语言和医学统计学的第2篇内容。主要是用R语言复现课本中的例子。

医学和生信笔记·2024-02-06 09:26

R语言专题班（直播：2023.8.4~8.6）

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制

茗创科技·2024-02-06 05:57

学习：StatQuest-Heatmap

Heatmapimage.png在RNA-seq中热图往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况（主要看上下表达），这个图就是个热图，横坐标表示不同样本，纵坐标表示基因。

小潤澤·2024-02-06 05:17

r语言svr模型_R建立SVR模型，并用遗传算法优化

刚刚尝试在建立了SVR模型之后，再用遗传算法优化SVR的cost和gamma参数，给大家分享下，有错误的欢迎指正~rm(list=ls())#loadpackagelibrary(stringr)library(dplyr)library(openxlsx)#readdatagaseread.xlsx("D:/3_analytic_case/1_gase_data_pred/原始数据.xlsx",

weixin_39760433·2024-02-05 23:30

R语言量化投资（1）

R是一门非常适合做数据的工具。不用关注时间复杂度多少，怎么把程序写漂亮。而是关注如何收集数据，提高数据质量，来解决实际的业务问题。跨界是一个很难的问题，因为不同背景的人进行沟通是一个非常困难的问题，尤其是金融行业和IT行业：一个封闭不愿意分享，一个开放崇尚开源；一种所有人都要为我服务，一种只专注自己感兴趣的事情。做跨学科的事情，你要了解项目管理的方法，产品设计的逻辑，数知识，机器学习知识，结合业务

Liam_ml·2024-02-05 20:41

RStudio环境熟悉与基本小技巧

如果你是一个新手，通过上一篇的内容我相信你已经把R语言环境安装好了。那么，你肯定迫切想写下自己的第一行R代码。那么，是在RGui、还是Rstudio环境呢？

大数据技术派·2024-02-05 18:30

R语言正则表达式（1）

基本规则如下：.任意字符[a-z]表示a-z任意一个小写字符[0-9]匹配所有数字字符[^0-9]匹配所有非数字字符^位于表达式开始表示匹配文本开始处，放在方括号内开始表示非方括号内的任一字符{3}表示前面的字符或表达式的重复3次|表示前后的表达式任选一个\\(\\)匹配括号()\d表示0-9\D表示非数字\s表示空白字符\S表示非空白字符\w表示字符（字母和数字）\W表示非字符\b以英文字母,数

weixin_49320263·2024-02-05 18:23

R语言提高效率的技巧方法（1）

1、批量导入包library(pacman)p_load("dplyr","survival")2、查看R包使用方法help(package="survival")3、查看R包内所有函数library("survival")all_functions<-ls("package:survival",pos=1)4、查看具体函数注释和用法db<-tools::Rd_db("dplyr")#获取R包内所

weixin_49320263·2024-02-05 18:21

R语言：pie3D绘制三维饼图

导读：前面画过二维饼图：R语言：pie绘制饼图，这次用plotrix包pie3D函数画三维的。

胡童远·2024-02-05 12:08

支持向量机

支持向量机在许多领域都有广泛的应用，如文本分类、图像识别、生物信息学、金融预测等。支持向量机的应用：（1）文本分类：支持向量机可以用于文本分类任务，如垃圾邮件过滤、情感分析、主题分类等。

小森( ﹡ˆoˆ﹡ )·2024-02-05 10:24

基迪奥的新书（基因表达调控-新组学技术介绍与应用）是否值得买？

--谈谈你入门生物信息学时遇到的那些坑先说答案，不值得买。相信很多朋友在新学一门技术时，会通过购入书籍、购买课程等手段来迅速地提高自己的知识储备，笔者也不例外。

浪子刀客·2024-02-05 08:41

Flutter语言开发的高仿抖音App源码

简介一款基于Flutter语言开发的高仿抖音App。初衷是用来学习Flutter跨平台技术，积累实战经验。开放出去是让更多的老铁们在技术的路上越走越远…老铁们喜欢的话，帮忙给个star，多谢！

专注移动开发·2024-02-05 07:15

取色器？配色器！TBtools又双叒叕更新了！

这些想法往往有两个命运：被吐槽~，如单个元件的交互，取色器等被Follower抄到他们的软件或网站~，如GUI特性，图例拖拽，掰弯的（即环化）热图等后者是一个好事。

生信石头·2024-02-05 01:52

详细流程安装Anaconda，开启AI第一步【Windows版】

AI时代来临，让我们开启Pytorch之旅第一步，安装AnacondaAnaconda：数据科学的利器Anaconda是一个开源的Python和R语言发行版，用于计算科学，特别是数据科学。

心安成长·2024-02-04 22:37

数据分析必备：掌握这个R语言基础包1%的功能让你事半功倍！（附代码）

本文介绍了utils包在R语言基础的用途。[导读]无论数据分析的目的是什么，将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。utils包是R语言的基础包之一。

数据派THU·2024-02-04 20:19

今天看到一个好玩的图之柱状图加自定义图

忘了今天在找什么答案时候，无意中看到下面这个图，而且用R语言还有好几种方法画法，于是我就搬过来了。

热衷组培的二货潜·2024-02-04 19:59

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