生物信息学r语言热图第3页

基于R语言APSIM模型应用

随着数字农业和智慧农业的发展，基于过程的农业生产系统模型在模拟作物对气候变化的响应与适应、农田管理优化、作物品种和株型筛选、农田固碳和温室气体排放等领域扮演着越来越重要的作用。APSIM(AgriculturalProductionSystemssIMulator)模型是世界知名的作物生长模拟模型之一。APSIM模型有Classic和NextGeneration两个系列模型，能模拟几十种农作物、牧

PhyliciaFelicia·2024-02-19 16:51

R语言：改造corrgram包画复合型相关性热图

蟒茶·2024-02-19 14:05

R语言绘制热图

运用R语言绘制热图本文主要讲述绘制热图的两种方式，分别为利用pheatmap包和ggplot2包目录运用R语言绘制热图一、热图概念二、热图绘制方法1.利用pheatmap包2.利用ggplot2包一、概念热图是一种很常见的图

小潘的生信笔记·2024-02-19 14:05

利用R中的corrmorant包绘制精美的相关性热图

带我去滑雪·2024-02-19 14:32

还没秃头的程序猿-D·2024-02-19 14:02

R语言如何绘制相关性热图（14）

心有灵犀啦·2024-02-19 14:31

R代码和SPSS绘制相关性热图/矩阵的差别说明

博主在使用SPSS统计软件做pearson相关性分析的时候，发现用热图可视化可能效果会更好，于是，博主就去度娘了，然后用R代码绘制，但是发现做显著性的时候（P值检验），p值计算出来竟然不一样，惊呆了！!

初于青丝mc终于白发·2024-02-19 14:31

R语言corrplot相关性热图制作

梦剧场zjugis·2024-02-19 14:01

qq_27390023·2024-02-19 14:01

R语言linkET包绘制相关性组合网络热图

天桥下的卖艺者·2024-02-19 14:29

数据之帆·2024-02-19 14:57

陆小吉1212·2024-02-19 14:53

R语言基本数据管理学习

“数据是一件麻烦事——一件非常非常麻烦的事。《星际迷航》本章内容1.操纵日期和缺失值2.熟悉数据类型的转换3.变量的创建和重编码4.数据集的排序，合并与取子集5.选入和丢弃变量1.创建新变量x%%y为求余；x%/%y整数除法。5%/%2的结果为2。利用$符号，也可以为为数据框添加新的一列，eg:mydata$sumx2.变量的重编码将一个连续型变量修改为一组类别值将误编码的值替换为正确值基于一组分

超人快飞·2024-02-19 13:05

R语言|绘制曼哈顿图

曼哈顿图（manhattanPlot）是一种散点图，因形似曼哈顿摩天大楼而命名，常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP。曼哈顿图作为经典的可视化方式，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据，不仅可以展示数据全貌，又能快速找到目标基因或OTU，同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。小编今天给大家分享一下manhattanPlot的绘制方法，使用R的qqm

维凡生物·2024-02-19 13:06

RapidMiner缺失数据处理——去掉数据大量缺失的变量

和R语言相比，RapidMiner在数据处理方面要简单直观得多。虽然RapidMiner的功能可能不如R强大。

carlwu·2024-02-19 11:59

RapidMiner数据挖掘

根据KDnuggets在2011年的一次投票显示，从使用率来看该软件比之R语言还要略胜一筹。因为其具备GUI特性，所以很适合于数据挖掘的初学者入门。

arrow8071·2024-02-19 11:28

R语言课程论文-飞机失事数据可视化分析

数据来源：AirplaneCrashesSince1908(kaggle.com)代码参考：ExploringhistoricAirPlanecrashdata|Kaggle数据指标及其含义指标名含义Date事故发生日期(年-月-日)Time当地时间，24小时制，格式为hh:mmLocation事故发生的地点Operator航空公司或飞机的运营商Flight由飞机操作员指定的航班号Route事故前

talle2021·2024-02-19 11:45

代码+视频基于R语言进行K折交叉验证

我们在建立数据模型后通常希望在外部数据验证模型的检验能力。然而当没有外部数据可以验证的时候，交叉验证也不失为一种方法。交叉验验证（交叉验证，ＣＶ）则是一种评估模型泛化能力的方法，广泛应用中于数证据采挖掘和机器学习领域，在交叉验证通常将数据集分为两部分，一部分为训练集，用于建立预测模型；另一部分为测试集，用于测试该模型的泛化能力。在如何划分2个集合的问题上，统计学界提出了多种方法：简单交叉验证、留一

天桥下的卖艺者·2024-02-15 09:11

黑暗中工作的人脸识别技术

概述性说明热与视觉合成与现有基于可见光的面部识别系统的互操作性陆军研究人员开发了一种人工智能和机器学习技术，通过在低光照或夜间条件下拍摄人脸热图像产生可见的人脸图像。

飞猪share·2024-02-15 08:53

考研调剂：中医生命科学

科学网—考研调剂——欢迎研究生调剂到我们的招生专业方向“中西医结合基础”：中医药与肠道菌群、生物信息学等交叉学科-张成岗的博文http://blog.sciencenet.cn/home.php?

菌心说双脑论·2024-02-15 04:36

跟着Nature学作图：R语言ggplot2频率分布直方图

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure2c频率分布直

小明的数据分析笔记本·2024-02-15 04:29

ggplot2不能截断纵坐标肿么办

R语言实现数据和原图dfWarning:Removed1rowscontainingmissingvalues(position_stack).library(ggplot2)ggplot()+aes(

小洁忘了怎么分身·2024-02-15 01:02

R语言ggplot2绘图拟合曲线的置信区间边框变成虚线

https://stackoverflow.com/questions/57988682/how-to-remove-filled-area-on-se-when-plot-geom-smooth-in-ggplot2library(ggplot2)ggplot(data=mtcars,mapping=aes(x=wt,y=mpg))+geom_point(size=2)+geom_smooth(

小明的数据分析笔记本·2024-02-14 20:28

R语言学习之基本文字处理代码

...getwd()setwd("")is()rm()q()字符串的处理常用代码切割strsplit()子集substr()大小写toupper()tolower()文字连接paste()paste0()替代文字gsub()去除前后空格strtrim()举例strsplit("hello,world",",")substr("hello,world",start=2,stop=4)toupper(

佐博伊森·2024-02-14 17:26

R语言从拍摄照片生成色卡用于统计图

ok.pngex_2021-04-29_02-10-25.pngex_2021-04-29_02-13-55.png图片1.jpg微信图片_20210429013555.jpg#ThuApr2901:37:232021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.0.5forwindow10#[email protected]#个人笔记不负责任，拎了个梨.rs.restartR()requir

youmigo·2024-02-14 16:14

2020-04-07

）1.为什么学习linux大多数人用的是可视化界面，便捷的windows，linux用户量比较少，但是需要知道，linux的功能相当的强大，对于数据处理、程序运行方面的优势，那是其它的系统无法比拟的，生物信息学数据处理对电脑要求较高

liuyang2020·2024-02-14 15:21

matplotlib的colormap(颜色映射)

matplotlib中用来做热图的颜色映射有很多种，我们可以选择各种不同的颜色映射来做出符合我们预期的热图。

大海龟啦啦啦·2024-02-14 15:28

R语言入门学习笔记（2）

课程源代码：https://github.com/miwu8512/IntroToR视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=rPj5FsTRboE&list=PLBTcf4SwWEI9_kCOJ-1o-Jwr-_Qb6bkegLecture2数据集的结构和作图的主要变量1understandingthedataset1.1Vector向量Define:Vector

DC小白·2024-02-14 12:45

R语言作业-20题

1.安装包代码在https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/3-r-20-codes.R二.2、了解ExpressionSet对象，比如CLL包里面就有data(sCLLex)，找到它包含的元素，提取其表达矩阵(使用exprs函数)，查看其大小3、了解str,head,help函数，作用于第二步提取到的表达矩阵sup

鱼啸九天·2024-02-14 11:17

Python在生物信息学中的应用：有序字典

我们知道，通过{}创建的字典是无序的。如何创建有序字典呢？解决方案可以使用collections模块中的OrderedDict类。当对字典做迭代时，它会严格按照元素添加的顺序进行。例如：from collection import OrderedDictd=OrderedDict()d['1st'] = 1d['2nd'] = 2d['3rd'] = 3d['4th']=4forkeyind:

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-14 10:48

Python在生物信息学中的应用：同时对数据做转换和换算

我们需要调用一个换算（reduction）函数，例如sum()、min()、max()等，但首先得对数据做转换或筛选。解决方案一种优雅的方式能将数据换算和转换结合在一起，即在函数中使用生成器表达式。例如，要计算平方和，可以这样：nums=[1,2,3,4,5]s=sum(x*xforxinnums)更多的例子：#Determineifany.pyfilesexistinadirectoryimpo

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-14 10:48

Python在生物信息学中的应用：列表推导式

列表中有一些数据，我们想提取或删除某些值，该怎么办？解决方案最简单的方法是使用列表推导式（listcomprehension）。例如：>>>mylist=[1,4,-5,10,-7,2,3,-1]>>>[nforninmylistifn>0][1,4,10,2,3]>>>[nforninmylistifn>>列表推导式的使用需要注意其内存占用，当原始列表比较大时，其内存占用较高，可以使用生成器表达

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-14 10:47

【量化干货合集】你想要的，都在这里！

（以下很多策略均包含源码分享供参考，欢迎大家多多交流谈论）资料分享Python、研究报告、计量经济学、投资书籍、R语言等！

水哥哥123·2024-02-14 09:01

R语言的ggplot2画图去掉图例的灰色背景

R语言默认的图例如下library(ggplot2)ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+geom_point(aes(color=Species

小明的数据分析笔记本·2024-02-14 06:09

单细胞测序最好的教程（一）：质量控制

但是，其在国内的推广有两个不足：（一）全英文教程；（二）R语言与Python混合。二者限制了其在国内的推广

Starlitnightly·2024-02-14 06:18

Python版RNA-seq分析教程：DEseq2差异表达基因分析

在omicverse中，除了最简单的ttest外，在这里，我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。

Starlitnightly·2024-02-14 06:48

PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析

关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实

TS的美梦·2024-02-14 06:47

HMM 隐马尔可夫模型初学（一）

小贝学生信·2024-02-14 03:48

深入理解梯度加权类激活热图（Grad-CAM）

深入理解梯度加权类激活热图（Grad-CAM）项目背景与意义在深度学习领域，模型的预测能力往往是黑盒子，难以解释。

OverlordDuke·2024-02-14 02:12

横向柱状图

横向柱状图正负值分开，颜色区分标签：R语言f3cb8856-be9b-4e46-a8cc-97656aa14e56.png上面的示意图中我们要注意的问题：横向柱状图正负值区分颜色赋值画柱状图两侧柱子标签

假装自己90斤·2024-02-14 02:34

最长公共子序列(LCS)

最长公共子序列问题是一个经典的计算机科学问题，也是数据比较程序，比如Diff工具和生物信息学应用的基础。

·2024-02-13 23:57

跟着BMC genomics学作图：R语言ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图

image.png有读者在公众号留言问这个图的实现办法，今天的推文介绍一下这个图的R语言实现代码这个图示物种的进化树，热图展示的是kaks的值首先是进化树的数据image.pngnwk格式的树文件还有一个物种的分组文件

小明的数据分析笔记本·2024-02-13 22:30

R语言-dplyr包进行条件均值

实际处理数据中，我们往往需要将某变量分组进行运算，dplyr包中的group_by和summarise函数联合使用，会让code变得更简洁。library(dplyr)##读取tsv格式文件data%group_by(age)%>%summarise(friend_count_mean=mean(friend_count),friend_count_median=median(friend_cou

PriscillaBai·2024-02-13 13:27

R语言群组变量选择、组惩罚group lasso套索模型预测分析新生儿出生体重风险因素数据和交叉验证、可视化

原文链接：http://tecdat.cn/?p=25158原文出处：拓端数据部落公众号本文拟合具有分组惩罚的线性回归、GLM和Cox回归模型的正则化路径。这包括组选择方法，如组lasso套索、组MCP和组SCAD，以及双级选择方法，如组指数lasso、组MCP。还提供了进行交叉验证以及拟合后可视化、总结和预测的实用程序。本文提供了一些数据集的例子；涉及识别与低出生体重有关的风险因素。结果是连续测

·2024-02-13 13:46

论文阅读：《Deep Learning-Based Human Pose Estimation: A Survey》——Part 1：2D HPE

目录人体姿态识别概述论文框架HPE分类人体建模模型二维单人姿态估计回归方法目前发展优化基于热图的方法基于CNN的几个网络利用身体结构信息提供构建HPE网络视频序列中的人体姿态估计2D多人姿态识别方法自上而下自下而上

自信且放光芒66·2024-02-13 05:33

2022-07-15 R语言数据标准化笔记

需要对一个dataframe中的单独一列进行标准化，看看如何用R语言实现吧：#!

顽强的火锅·2024-02-13 05:34

R语言拆分测试集和训练集（1）

方法1：sample#拆分数据集#生成模拟数据集set.seed(5)data_mo<-data.frame(a1=rnorm(20,30,5),a2=rgamma(20,50,10),a3=rnorm(20,13,4),row.names=1:20)#1使用sampleset.seed(1)index<-sample(nrow(data_mo),nrow(data_mo)*0.7)indextr

weixin_49320263·2024-02-13 00:34

R语言分类回归决策树交互式修剪和更美观地可视化分析细胞图像分割数据集

视频：从决策树到随机森林：R语言信用卡违约分析信贷数据实例从决策树到随机森林：R语言信用卡违约分析信贷数据实例，时长10:11#绘

拓端研究室·2024-02-13 00:04

R语言逻辑回归logistic模型分析泰坦尼克titanic数据集预测生还情况

拓端研究室·2024-02-13 00:03

使用R语言建立回归模型并分割训练集和测试集

通过简单的回归实例，可以说明数据分割为训练集和测试集的必要性。以下先建立示例数据:set.seed(123)#设置随机种子x|t|)##(Intercept)-13.63231.6335-8.3454.63e-13***##x11.98010.716716.715<2e-16***##---##Signif.codes:0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'.'0.1''1####

环能jvav大师·2024-02-13 00:33

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