生物群落

R语言应用之生物群落数据统计分析、贝叶斯方法、多元数据统计分析生态环境应用

目录①R语言生物群落数据统计分析与典型案例实践应用②R语言贝叶斯方法在生态环境领域中的高阶技术应用③R语言多元数据统计分析在生态环境中的实践应用【特色】：1、原理深入浅出的讲解，强调原理的重要性；2、技巧方法讲解
小艳加油·2023-04-18 23:33

凌恩生物文献分享|微刊：三代全长16s扩增子——环境多样性研究的明星

高精准鉴定，使“种”水平实现了大幅提升；PCR扩增无GC偏好性再加上V1-V9全区域测序，使数据更准确更真实的还原微生物群落结构。口说无凭，让我们来看一些三代全长扩增子的优秀
SHANGHAILINGEN·2023-04-14 14:16

【案例实践】R语言多元数据统计分析在生态环境中的实践应用

查看原文>>>R语言生物群落分析绘图、多元统计分析、CMIP6、遥感碳储量、GEE林业、InVEST等生态环境领域研究中常常面对众多的不同类型的数据或变量，当要同时分析多个因变量（y）时需要用到多元统计分析
吹翻书页的风·2023-04-08 23:00

html用颜色区分不同区间数据_微生物群落研究怎么用好散点图？

作为β多样性分析的核心，PCoA、NMDS等降维分析结果通常使用散点图进行展示。如图1，在二维平面上以若干个点表示样本，不同颜色区分不同分组，通过同组样本点间的距离判断组内样本重复性，通过组间样本点距离判断分组间数据差异程度。散点图同样有许多可调整参数，使用这些高阶参数能够更清晰直观地展示结果数据。图1散点图示例外围连线当我们的样本点较多的时候，逐个观察每个点并分析组内与组间距离非常的麻烦，不利于
钛媒体APP·2023-04-08 13:41

微生物生态学研究中的宏基因组工具

2021年2月，来自美国、荷兰、中国、挪威的多国研究团队在《CurrentOpinioninBiotechnology》发表综述，回顾了从宏基因组学的应用中收集到的关于微生物生命的新见解，以及促进探索复杂微生物群落多样性和功能的广泛分析工具
尐尐呅·2023-04-05 11:08

宏病毒组学 | 纽约市废水系统宏病毒组初探

研究简介噬菌体是迄今为止所研究的所有微生物群落中大量的成员，通过与其细菌宿主的相互作用影响微生物群落。尽管噬菌体在功能上很重要，而且无处不在，但与细菌相比，它们在城市环境中的探索还不够充分。
易基因科技·2023-04-05 06:30

Paper-20 人体肠道细菌的营养偏好揭示了它们的代谢特性Nutritional preferences of human gut bacteria reveal their metaboli...

image.png主要内容与发现：细菌代谢在肠道微生物群落生态学和宿主-微生物群落相互作用中起着重要作用。然而，大多数肠道细菌的新陈代谢能力仍然是未知的。
RashidinAbdu·2023-04-03 19:07

Paper-48 代谢组学在人体肠道菌群研究中所面临的挑战（International Journal of Medical Microbiology ,Mini Review, 2016） 2...

我们肠道中的微生物群落发挥着多种功能，对人类健康和疾病产生巨大影响。在元组学学科中，肠道微生物组是
RashidinAbdu·2023-04-03 15:40

8. 群落结构差异显著性

非参数置换的多变量方差分析(ANONIS)、相似性分析(ANOSIM)和多反应置换法(MRPP)常被用来评估不同采样点之间微生物群落组成差异的显著性。
吴十三和小可爱的札记·2023-04-03 05:19

R语言生物群落数据统计分析与绘图

：《R语言基础》、《tidyverse数据清洗》、《多元统计分析》、《随机森林模型》、《回归及混合效应模型》、《结构方程模型》、《统计结果作图》七合一版本R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析
xiao5kou4chang6kai4·2023-04-02 19:05

文献阅读2.1.1 基因组结构预测微生物群落中的代谢物动力学（中文翻译版）

基因组结构预测微生物群落中的代谢物动力学#这篇Cell文献，笔者个人觉得很抽象，本质是笔者比较菜，很多细节理解不了。只能勉强翻译凑合着看了。
龙star180·2023-03-29 19:40

R语言多元数据统计分析、R语言生物群落（生态）数据统计分析、R语言贝叶斯方法

生态环境领域研究中常常面对众多的不同类型的数据或变量，当要同时分析多个因变量（y）时需要用到多元统计分析（multivariatestatisticalanalysis）。多元统计分析内容丰富，应用广泛，是非常重要和实用的多元数据分析方法和统计工具，其中分类(classification)/分组（grouping）和梯度（gradient）/排序（ordination）分析是多元统计分析的核心内容
Mr.靳靳477302280·2023-03-29 18:53

R语言生物群落数据统计分析

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
PhyliciaFelicia·2023-03-29 17:06

产品的阶段

个体价值个体粘性群体粘性生态粘性背后对应的公司阶段，可以叫：项目型公司产品型公司平台型公司生态型公司为了理解这几个阶段的不同，也可以参考自然界生物圈的四层结构，并做一个对应：生物个体，即单个生物体；生物种群，即多个同种个体的合集；生物群落
iamsujie·2023-03-18 10:17

第九章 多变量群落分析1

微生物群落研究的主要目标是比较不同群落的组成(β多样性)。在第6章介绍了β多样性，并举例说明了如何计算β多样性指数。得到β多样性指数后，可以对其进行统计分析。
ZMQ要加油呀·2023-03-17 05:38

宏病毒组学 | 病毒组组装软件如何选？

自然界微生物群落中的病毒组分在驱动细菌多样性、促进养分转化和形成群落组成方面发挥着重要作用。尽管它们很重要，但绝大多数病毒序列注释较差，特别是未知组成复杂的环境样本，与参考数据库几乎没有太高的同源性。
易基因科技·2023-03-17 04:20

科研快报|二代加三代扩增子测序探究苏铁植物根部复杂微生物群落组成

背景介绍苏铁俗称铁树，是地球上现存最古老的活化石植物，也是种子植物中最原始的种群。我国是世界上苏铁植物资源最丰富的国家之一，本文对我国的特有种德保苏铁（Cycasdebaoensis）和仙湖苏铁（Cycasfairylakea）的两种根型：正常根和珊瑚状根，利用PacBio三代测序技术，开展全长16S测序，同时针对根部真菌群落，基于NGS测序平台开展ITS的测序研究，深入探究两种模式苏铁植物根部微
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

凌恩客户文献|宏基因组binning解析中国浓味白酒窖泥微生物群落MAGs和代谢潜力

近期，凌恩生物客户四川农业大学在《FoodResearchInternational》（IF=6.475）期刊发表题为“MetagenomeandanalysisofmetabolicpotentialofthemicrobialcommunityinpitmudusedforChinesestrong-flavorliquorproduction”的研究论文。通过宏基因组binning解析了中国
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:24

凌恩客户文献|《ISME》解析土壤侵蚀对微生物群落结构以及网络功能复杂性影响

土壤侵蚀会导致土地退化，但侵蚀对土壤微生物群落和多种土壤功能的影响仍不清楚，这阻碍了我们评估侵蚀对土壤生态系统真正的影响能力以及恢复侵蚀环境的能力。
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:23

三代全长扩增子——微生物多样性HiFi 3.0时代全面来袭！

微生物群落研究中，扩增子测序技术就是针对微生物中具有物种特异性序列进行测序。
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:52

PICRUSt2功能预测分析

16S高通量测序的群落数据分析中,更深层次的数据挖掘是很重要的一环,但是微生物群落标记基因测序的一个局限性就在于它无法提供有关采样群落功能组成的信息。所以我们引入了功能预测分析.
微基生物·2023-02-07 11:23

组织样本微生物检测介绍

对于组织样本中的微生物的早期研究主要采用传统的分离培养方法，来识别和描述微生物群落的组成和多样性。传统方法的局限性使研究者难以正确全面地阐明微生物的群落结构和多样性特点。
微基生物·2023-02-07 11:22

宏基因组生信分析方法介绍

随着高通量技术的发展，宏基因组学（metagenomics）已经成为研究微生物群落物种及功能的前沿科学，在肠道微生物、环境微生物等研究领域具有广泛应用。
微基生物·2023-02-07 11:21

第七章 微生物组数据的探索性分析.1

微生物群落组成的研究方法可以分为两大类：分类多样性分析和微生物群落组成的多元分析。多变量分析包括各种多变量技术，如聚类和(无约束和有约束的)排序，以及各组之间的假设检验差异。
ZMQ要加油呀·2023-02-07 00:22

重磅微生物新技术分享 | 高通量微生物单细胞基因组技术&2bRAD-M简化宏基因组技术...

当前，解析微生物群落的物种构成主要依赖于扩增子测序和宏基因组测序。然而，扩增子测序存在扩增偏好、脱靶、分辨率低等问题，宏基因组测序对样本DNA质量要求高，且通常无法解析菌株水平的基因组。
刘永鑫Adam·2023-01-29 20:40

Tax4Fun2 16s扩增子群落功能预测 使用小结

Tax4Fun2是一个基于16SrRNA数据集预测微生物群落功能的R包，是Tax4Fun的升级版本。
leoxiaobei·2023-01-28 20:42

基因组代谢网络（GEMS）与全基因组模型从入门到实践系列-----（2）文献案例详细讲解

加入反应4）统计参与反应的通路与代谢物5）结果汇总6）计算结果5.中文注释后完整代码6.运行常见问题后续更新0前言说明0前言说明本系列内容说明：本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列
热力学负一定理·2023-01-14 22:36

影响因子14.65：16S全长测序+低丰度简化菌群，提供根腐病防控新视角

植物招募的保护性微生物群落中通常包含一些低丰度的类群，其作用尚不清楚。
SHANGHAILINGEN·2023-01-12 08:50

黄海冷水区微生物群落的季节演替及温度响应模式

期刊：AppliedandEnvironmentalMicrobiology影响因子：5.005发表时间：2022样本类型：水体客户单位：中国海洋大学凌恩客户中国海洋大学发表在《AppliedandEnvironmentalMicrobiology》上的文章“SeasonalSuccessionandTemperatureResponsePatternofaMicrobialCommunityin
SHANGHAILINGEN·2022-12-30 04:16

肠道菌群失调是II型糖尿病和炎症性肠病的标志物

目前对肠道微生物群对疾病因果关系的贡献的理解仍然有限，这主要是由于微生物群落结构的异质性、疾
谷禾牛博·2022-12-30 04:14

nmds与mds的区别_常见分析方法 | PCA、PCoA和NMDS有什么区别？

|撰文：阿拉雷回想当年，刚踏足科研领域，心中豪气万丈，幻想着努力发发发paper，从此走上人生巅峰......但当拿到微生物群落研究报告时却瞬间傻了眼，PCA、PCoA、NMDS、CCA、RDA各种长的差不多
白富美妖姐·2022-12-24 10:33

R语言生物群落数据统计分析应用

原文>>>R语言生物群落数据统计分析应用R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
年华往事·2022-12-23 09:56

R语言生物群落数据统计分析

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
WangYan2022·2022-12-23 09:52

R统计-微生物群落结构差异分析及结果解读

期间微生信生物公众号发布了微生物群落分析的详细流程。感觉写的详细，跟我这种已经转了1年半行的确实不一样。虽然......,但是我还是想把硕士期间的笔记整理出来，就当是青春的记录了。
木舟笔记·2022-12-23 01:08

Sloan中性群落模型(NCM)推断群落构建原理及其R实现

目录1.中性理论原理介绍2.R语言实现3.参考文献4.其它推断群落构建的方法5.测试文件与R代码及运行效果  许多SCI文章都使用了一种叫NCM的方法来对微生物群落构建（中性理论or生态位理论？）
道阻且长1994·2022-12-20 07:38

蜜蜂遗传学在社会传播中塑造肠道微生物群的菌株结构

虽然微生物群落相对稳定，但已
代谢组学相关资讯分享·2022-12-18 11:14

这可能是结构方程建模（SEM） 详细的文章了 点赞收藏

比如实际情况下，微生物群落多样性可能即受到温度，也受到降雨的影响，同时还受到养分（比如氮和碳）
Mrrunsen·2022-12-11 04:27

简单手段发IF=7+文章：磷酸三苯酯对鲤鱼的毒性作用及肠道微生物群落影响

研究背景磷酸三苯基酯（TPHP）是一种有机磷阻燃剂，它通过挥发以及溶解分散到环境中，并通过食物链富集生物体，对生态系统产生不可避免的负面影响。已发现TPHP可以引起组织病变，干扰脂质代谢，并降低免疫力。鱼类可能通过不同的机制摄入TPHP，如呼吸，皮肤和食物链。凌恩生物客户曲阜师范大学王仁君团队近期在《Chemosphere》(IF=7.086)发表“Toxiceffectoftriphenylph
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:26

扩增子分析全面升级！加量不加价，数据更多新玩法

微生物是一类以分解代谢为主的生物类群，在微生物群落研究中，扩增子一直是了解微生物群落构成及分布的重要手段。基于markergene的扩增子测序可以反映系统中的微生物多样性的组成。
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:55

详解结构方程模型、路径分析方法

一、简介微生物群落研究逐渐从单一的群落结构研究转向分析群落与环境因素的关联互作机制研究当中，典型的环境因子分析方法有CCA/RDA、互作网络图、VPA分析等，这些分析能帮助我们逐一比较待选的环境因子与微生物群落数据间的关联性
sta@ma@brain·2022-11-27 10:36

利用metaphlan2结果计算alpha多样性

利用metaphlan2结果计算alpha多样性前期回顾结果展示格式转化什么是α多样性什么是Shannon指数Shannon指数如何计算前期回顾MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒
大尾猫·2022-11-26 21:08

CMR（IF=50.129）重磅综述|肠-脑轴新疗法：肠道菌群如何影响人类神经系统疾病

这些微生物群落在免疫系统、中枢神经系统和GIT系统的成熟和发育中发挥着核心作用，并且还负责基本的代谢途径。
SHANGHAILINGEN·2022-11-26 08:04

遥感影像云检测-云检测数据集信息及下载

常用云检测数据集信息及下载1.LandSat7云量评估数据集2.LandSat8-Biome生物群落云量评估数据集3.LandSat8-38Cloud数据集4.高分系列-GF1-WHU遥感影像云数据集5
HheeFish·2022-11-19 18:52

生物群落数据分析最常用的统计方法：回归和混合效应模型、多元统计分析技术及结构方程等数量分析方法

原文>>>R语言生物群落数据统计分析应用R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
吹翻书页的风·2022-11-19 02:01

全球土地利用数据ESRI 10m Land Cover 2020 in GEE（Google Earth Engine）

该地图由深度学习模型生成，该模型使用超过50亿个手工标记的Sentinel-2像素进行训练，从20,000多个站点中采样分布于世界所有主要生物群落。数据引用：Karra,Kontgis,etal.
此星光明·2022-11-16 18:32

文献阅读2.1 基因组结构预测微生物群落中的代谢物动力学

Genomicstructurepredictsmetabolitedynamicsinmicrobialcommunities基因组结构预测微生物群落中的代谢物动力学cell(66.850/Q1)HighlightsMetabolitefluxesinmicrobialcommunitiesarepredictablefromindividualgenotypes
龙star180·2022-10-20 11:07

基于R语言的微生物群落组成多样性分析——α多样性及其可视化

对于许多做微生物的同学来说，基于高通量测序的16S扩增子测序是对细菌群落组成及多样性进行分析的重要手段。细菌的16SrDNA全长约1500bp，由V1-V9九个可变区和若干保守区组成，而16S扩增子测序的原理就是通过对细菌的16SrDNA基因上的可变区域进行扩增，然后利用变异区域的差异来对不同菌属的细菌进行分类鉴定。16S扩增子测序结束后，我们会拿到测序的原始序列，然后经过拼接、质控等一系列流程后
科研那点事儿·2022-07-08 08:36

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基于微生物成员之间相互关系的网络推断分析(networkanalysis)也是微生物群落分析的一种常见手段(FaustandRaes,2012)。
维凡生物·2022-07-07 12:10

2022-05-13因果关系的类型和复杂系统

从生物体的呼吸系统，消化系统，血液循环系统，神经系统，到生物群落，生态系统，再到人类社会的教育系统，医疗系统，宏观经济系统等等。时至今日，用整体的方法去
Thinker·2022-05-13 21:57

微生物多样性确保在不断变化的环境条件下维持功能性微生物群落

García-García,N.,Tamames,J.,Linz,A.M.etal.Microdiversityensuresthemaintenanceoffunctionalmicrobialcommunitiesunderchangingenvironmentalconditions.ISMEJ13,2969–2983(2019).https://doi.org/10.1038/s41396
671998·2022-05-09 18:28
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