生物群落

r语言 转录本结构及丰度_New Phytologist | 植物营养获取策略驱动表层土壤微生物结构和功能...

本研究记录了波罗的海地区145个北方温带大陆地点的表土微生物群落，该地区在植被类型和营养特征上有很大的差异，例如菌根类型和共生固氮。
weixin_39653320·2022-02-26 07:40

PICRUSt2安装及对16s数据进行功能预测

它是最早被开发的基于16SrRNA基因序列预测微生物群落功能的工具，包括在线版（h
大轮寺鸠摩智·2022-02-09 18:07

奈曼旗文化沿革

蜿蜒雄壮的努鲁尔虎山脉孕育了热河生物群落，奔流不息的老哈河水积淀了古老华夏文明。兴隆洼文化、赵宝沟文化、红山文化、夏家店下层以及上层文化、富河文化在这里发源。
精彩奈曼活力呈现·2022-02-09 17:20

Paper-41 与红掌植物不同组织相关的微生物群落(Microbes and Environments, 2016 ) 2021-01-27

原文：BacterialCommunitiesAssociatedwithDifferentAnthuriumandraeanumL.PlantTissues作者：YohannaSarria-Guzmán作者单位：CONACYT-ColegiodePostgraduadosCampusCampeche,Champotón,Campeche,24450,Mexicodoi:10.1264/jsme2
RashidinAbdu·2022-02-03 15:08

韫玉国学第四讲 地大物博 物华天宝

比如茅台酒，同样的工艺技术在别的地方就生产不出同样的品种，与自然生态圈中特殊的微生物群落不同。正因为中国区域广大，几乎涵盖了所有的气候类型和所有的地理特征，所以物种品类繁盛。
冰蓝色的太阳·2021-10-28 18:11

图表复现|PRD地下水微生物群落的多样性分析文献

前言之前有小伙伴问道，能否复现一篇关于微生物多样性文献里的图片，今天小编给大家分享一下微生物分析相关的画图方法。这篇文献《DiversityandpredictivemetabolicpathwaysoftheprokaryoticmicrobialcommunityalongagroundwatersalinitygradientofthePearlRiverDelta,China》旨在研究珠三
维凡生物·2021-10-07 13:14

5种简单易学的生活方式，让你轻松远离癌症

以下是一些简单易学的生活方式，可以让你轻松保持健康活力：管理体内微生物群落“总的来说，50%的疾病风险是由于我们的选择，50%是由于我们的基因，”帕雷博士说。
文译世界·2021-06-24 01:14

Cell：野生鼠肠微生物菌群促进宿主健康并改善抗病性

开辟了了解肠道微生物群如何影响宿主生理学的一个机会来自马里兰州的野生小鼠是标准实验室小鼠品系的近亲野生小鼠和实验室小鼠的肠道微生物群差异显著野生小鼠肠道微生物群落可以被移植在实验室小鼠肠道微生物群落中并生存下去野生肠道微生物群可改善小鼠病毒感染和肿瘤发生机制
周运来就是我·2021-06-20 15:59

8坨穿越千年的便便，让哈佛科学家找到治疗糖尿病的线索 | Nature

从基因组信息中，他们发现2000年来人类的肠道微生物群落发生巨大变化！古粪样本中39%的古代微生物物种，是在现代人的
QbitAl·2021-06-11 12:51

第三章 微生物组数据统计分析简介

研究目的是了解宿主、遗传和环境因素形成微生物群落的机制。
ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:53

使用R分析16s扩增子α，β多样性

譬如，微生物群落多样性，样品间的微生物群落差异分析以及系统进化等。
你猜我菜不菜·2021-05-06 07:02

黄藏峪、天门寺一日游（10月7日）

皇藏峪也是收复外蒙古将领徐树铮的故里，是地球同纬度保存最完好的落叶阔叶林带，有森林面积3100多亩，146种树木，58种鸟类，基本上反映了淮北地区暖温带生物群落面貌。皇藏峪国家森林公园属
蚌埠阳光户外旅游·2021-05-02 20:07

预印 | R NetCoMi：利用微生物组数据构建网络和比较网络

NetworkConstructionandComparisonforMicrobiomeDatainR中文：RNetCoMi利用微生物组数据构建网络和比较时间：2020.7摘要：从高通量测序数据中估算微生物关联网络是一种常见的探索性数据分析方法，旨在了解微生物群落在其自然栖息地的复杂相互作用
胡童远·2021-04-18 22:00

Paper-19 人肠道丁酸产生菌生物合成维生素及其在人工合成的微生物群落中的微生物之间的交叉摄食Vitamin Biosynthesis by Human Gut Butyrate-Produ...

image.png研究内容：通过结合基因组序列分析和体外生长实验，研究了15株产丁酸肠道菌对8种b族维生素和蛋白产生氨基酸的需要量。重要结论：反刍动物科植物黑球杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)和变粒下体(Subdoligranulumvariabile)对大部分维生素和氨基酸色氨酸具有营养缺陷型。2.在Lachnospiraceae中，大多数种类为原生营养型，但生物素
RashidinAbdu·2021-04-18 00:18

50左右能买清香型，这6款好的白酒！

「黄盖的汾酒」首先推荐的就是黄盖汾，以当地优良地下水为酿造用水，以高粱、大麦和豌豆为制曲原料，接种微生物群落，分别制曲，混合使用，其口感醇厚、柔和爽净、酒体纯净回味悠长。
福天诚酒业·2021-04-13 05:44

土壤生态系统随时间的变化而变迁

因此，在给定的一片田地里的同一片土壤，在冬季和夏季，甚至是在一个阳光明媚的白天与寒风刺骨的晚上，二者相比较，所包含的生物群落也可能有所不同。例如，
小婧视野·2021-03-27 11:37

《维护生态平衡》教学反思

这一课主要起到了总结的作用，本单元的学习安排主要是这样：植物的发芽实验、生长条件的需求——动物对环境的选择——生态系统中的食物链与食物网——生态系统的认识与自己设计并制造一个小的生态系统——对我们的生态瓶的改进——认识生物群落自己提高环境保护的意识
鲜与酱de小妞·2020-10-16 21:31

阿里AI获NLP顶会比赛冠军，达摩院计划推出首个通才型AI医生

12月24日消息，在自然语言处理（NLP）领域顶级会议EMNLP2019上，阿里AI获得微生物群落信息抽取比赛（BBTask）“关系和实体联合抽取”任务冠军，相关技术已被用于搭建医疗领域通用知识图谱。
CSDN资讯·2020-09-10 10:01

Science Bulletin：绝对丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型

ScienceBulletin:基于绝对丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型2020年3月7日，ScienceBulletin在线发表中科院分子植物科学卓越创新中心/植物生理与生态研究所王二涛课题组及其合作团队完成的题为
刘永鑫Adam·2020-08-25 09:40

从3个方面分类污水类型，一起来涨知识吧~

污水是指各种废弃物等污染物质进入水域，超出了水体的自净和纳污能力，从而导致水体及其底泥的物理、化学性质和生物群落组成发生不良变化，破坏了水中固有的生态系统和水体的功能，从而降低水体使用价值的现象从污染成因划分自然污染
希洁化学·2020-08-20 14:39

宏基因组理论教程7挖掘微生物组生物标记

教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

宏基因组理论教程1宏基因组简介

教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表

猜你喜欢写在后面文章简介人类体内和植物根系都存在着数量庞大种类繁多的微生物群落（微生物组）。肠道微生物组随人类年龄的演化规律关系到人们的健康。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:30

多快好省的宏基因组研究技巧

高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析手段和软件算法也
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

扩增子、宏基因组测序问题集锦

在微生物群落多样性研究中，目前主要的技
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

微生物群落基于KEGG预测功能的丰度分布图绘制

功能预测在基于16SrRNA扩增子的研究中，因为了解微生物群落功能的需要，我们经常会使用一些软件工具对16SrRNA扩增子数据进行功能预测，比如PICRUSt2。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:26

SparCC的微生物网络构建示例

基于高通量测序的技术，例如16SrRNA分析，为阐明天然微生物群落的复杂结构提供了便利。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:25

R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图

例如下图是一个在扩增子测序微生物群落分析中常见的统计图类型，在测序公司给的报告中通常都有这么一张图。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:25

微生物组统计和可视化——phyloseq入门

phyloseq：使用R语言分析微生物群落(microbiomecensusdata)目前对微生物群落的分析有许多挑战：使用生态学，遗传学，系统发育学，网络分析等方法对不同类型的微生物群落数据进行整合，
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:24

SPIEC-EASI的微生物网络构建示例

微生物通常不是独立存在的，且微生物群落结构的变化与环境密切相关，传统关联网络的推理功能严重不足，因此需要新的统计工具确定潜在的机制。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:24

纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响

抗生素耐药性是当今世界日趋严重的健康威胁，仅在美国每年就可导致2万人死亡。而鉴定特定的抗生素抗性微生物是迅速和恰当治疗的关键。就算是在缺乏暴露的情况下，环境中的细菌也能够扮演抗性基因储备库的角色。随着气候变化和永冻土解融，抗生素抗性微生物可能以数倍的速率增长。来自美国阿拉斯加大学费尔班克斯分校的副教授DevinDrown结合使用纳米孔长读长MinION测序仪和自动文库制备仪VolTRAX来发掘未经
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:22

ANCOM：找出微生物群落中的差异物种

ANCOM可解析数据的基本结构，可用于比较两个或多个种群的微生物群落组成。其分析不依赖于数据的分布假设，可以在线性模型框架中实现，并消除了使用相对丰度带来的偏差，从而能够有效降低结果的假阳
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

如何用FAPROTAX预测微生物群落功能

前段时间卢瑟菌已经给大家普及了基于原核16SrDNA高通量测序结果对微生物群落功能或表型进行预测的四种方法——PICRUSt、Tax4Fun、FAPROTAX及BugBase（详细戳这里）。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:49

微生物组学与植物病害微生物防治

1.植物微生物群落的构成在自然界中无病症的植物都与大量的细菌，真菌，病毒以及原生动物等微生物共生，大家把这些微生物统称为植物微生物组。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

功能预测之Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

功能基因多样性研究概述

不知道各位从事或即将从事微生物群落功能生态学研究的大虾有没有留意到，通过功能基因扩增子测序技术研究微生物群落功能的文章，一般多会将测序获得的核酸序列通过特定软件翻译成氨基酸序列后，再进行聚类、组成、比较
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:47

mSystems：干旱对土壤微生物组的影响

文章目录干旱对土壤微生物组的影响摘要重要性主要结果图1.采样地图图2.平均土壤相对湿度与alpha多样性图3.未加权的UniFracPCoA图表1.最佳环境因子组合图4.阿塔卡马微生物群落的网络拓扑图图
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:39

微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

转载：https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的
weixin_33963594·2020-08-08 00:29

宏转录组学习笔记一

对宏转录组充满了好奇，有这样的比方说，宏基因组可以告诉我们这个微生物群落可能有什么样的功能（潜能），宏转录组就是告诉我们群落正在做什么，相比宏基因组的眉毛胡子一把抓，宏转录组是更针对当下的结果。
zd200572·2020-08-07 23:56

土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学

而且通过宏基因组学基因的功能只能预测微生物群落的潜在能力。而宏表型组整合了微生物组的基因潜力和对资源的利用，将会是下一个用于研
刘永鑫Adam·2020-08-07 23:22

微生物菌群宏基因组研究技术分享

高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析手段和软件算法也
谷禾牛博·2020-08-02 16:06

NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染

文章目录Nanopore宏基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染热心肠日报主要结果新方法的开发表1：常规医学培养结果和使用本流程宏基因组输出结果比对宏基因组流程优化图1宏基因组流程示意图确定检测极限模拟微生物群落检测优化检测流程表
刘永鑫Adam·2020-08-02 14:05

沙漠精灵伫立千年不只为了守护家园，还有爱的等待!

仅塔里木盆地胡杨面积就达20多万公顷，其中，塔里木胡杨保护区在新疆巴音郭楞蒙古自治州尉犁、轮台两县境内，属戈壁荒漠、大陆性荒漠、半荒漠生物群落的
旅游视点·2020-08-01 02:30

物联网系统的硬件有哪些威胁

物联网生态系统和地球上的任何生物群落一样，不断受到各种规模的威胁。
中琛物联平台·2020-07-30 13:52

赴镜湖萼花臂尾轮虫种群调研

由队长带队，我们在炎热的下午开始了我们的工作，实验的地点为安徽省芜湖市镜湖区镜湖，镜湖是中国东部地区典型的城市内富营养化水体，其水体的理化指标、水生生物群落具有较强的典型性。
墨之_e925·2020-07-15 16:18

为什么说普洱茶是发酵的产物？

对微生物来说，参与制做普洱茶也不仅仅局限于发酵过程，而是在发酵前，甚至是茶叶采摘前——最远可追溯土壤的分化，茶树的生长及一次次的发芽，它就已经存在，而且，不同的微生物群落分工有序。
5ebc5e57260e·2020-07-14 07:38

你绝对不知道的北极——美丽的北极苔原生态系统揭秘

苔原生物群落覆盖了地球上大约五分之一的土地，是世界上最大的生态系统之一，也是地球上最寒冷的生态系统，主要分布在北极圈内。年降水量也仅200毫米，加之干燥的风，都显示出了
图什么丫·2020-07-13 17:10

原来会陪伴你一生的竟是它

研究发现，有人的房间和没人的房间，里面的微生物群落是
春雨心理321·2020-07-12 17:29

宏基因组理论教程3PICRUSt功能预测

教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:15

16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:14
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