转录组测序第6页

10X空间转录组-----空间高变基因检测之SpatialDE

今天我们来学习一下简单的基础知识，空间高变基因，之前呢，已经分享过Seurat内置的方法计算高变基因，文章在10X空间转录组之基因的空间表达模式，其实有关10X空间转录组计算空间层面的高变基因，还有有很多值得挖掘的分析内容

单细胞空间交响乐·2024-01-20 00:17

学习小组Day7笔记--Monomania

2020年4月20日Day7：测序知识今天学习的主题是测序的相关知识，主要是测序技术的历史、高通量测序的分类以及一些相关的测序基础知识。学习资料有点多，感觉一时半会儿也不能全部理解，得多看看总结总结。

Just_Monomania·2024-01-19 18:46

GenTree：基因进化和功能分析

转录组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。蛋白质组调用了HPM。群体数据调用了GWASdb2,PopHuman。详细信息见下图。Mo21ot.md.jpg这个网站的使用方式很简单。

橙子牛奶糖·2024-01-19 16:36

ceRNA：一种全新的基因表达调控模式

它代表了一种全新的基因表达调控模式，相比miRNA调控网络，ceRNA调控网络更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、编码基因的假基因、长链非编码RNA和miRNA等，它为科研工作者提供一个全新的视角进行转录组研究

Seurat_Satija·2024-01-19 08:51

《基因的名义》读书笔记

这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等

TOP生物信息·2024-01-19 07:26

不做WB或免疫组化，也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐

其利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达

尐尐呅·2024-01-19 00:30

听书《基因革命》

听书《基因革命》，可以基因测序，进一步了解自己。

梦幻剑晖·2024-01-18 23:40

时间序列数据的季节性检测

时间序列分析是统计学和数据科学的一个基本研究领域，它为理解和预测序列数据中的模式提供了一个强大的框架。特别是时间序列数据，它捕获连续时间间隔内的信息，使分析师能够揭示趋势，季节性模式和其他时间依赖性。

python收藏家·2024-01-18 20:22

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加，当然这种情况又是必须的，因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况，那么今天就给大家带来一种方法，设置二维colorbar，以下图为例：图片.png图上展示的就是

单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

纯生信分析套路甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一

音十千寻·2024-01-18 13:04

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

Tiger Z·2024-01-18 12:30

工智能基础知识总结--隐马尔可夫模型

隐马尔可夫模型的定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔科夫链随机生成不可检测的状态随机序列（状态序列），再由各个状态生成一个观测而产生观测随机序列（观测序列）。

北航程序员小C·2024-01-18 12:54

第一篇新冠单细胞文献！|解读

我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读，基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析，而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞转录组分析，是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献

生信宝典·2024-01-18 07:04

无参转录组起步

刘小泽写于19.2.1发觉好久没写了，果然临近过年事情比较多，最近重新开始无参转录组。

刘小泽·2024-01-18 06:46

如何用转录组数据定量肿瘤浸润免疫细胞

有哪些方法可以用于评判肿瘤免疫浸润ToolTypeMethodCelltypesCodeavailabilityCellMixReferencesTIminerMPrerankedGSEADifferentgenesetswith31[10],28[11],and64celltypes[12]http://icbi.i-med.ac.at/software/timiner/timiner.shtm

王子狐·2024-01-18 01:06

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。

生信大碗·2024-01-18 00:53

生物信息百Jia软件（21）：hisat2

基因学苑Q群：32798724编者按现在的软件更新实在太快了，光是转录组用来比对的软件就有很多，bowtie，tophat，star，现在又有hisat以及hisat2，这款软件居然不叫tophat3。

基因学苑·2024-01-17 21:53

vcf文件提取SNP位点

测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的

Wei_Sun·2024-01-17 18:45

小白使用GSEA的注意事项

经过不断的试错，我终于找到了目前看过最好的GSEA教程，在细节之处非常贴心，小心心送给你～传送门：ChevyXu的高通量测序数据处理学习记录（三）：Path

墨墨如·2024-01-17 15:26

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。

生信宝典·2024-01-17 09:34

单细胞转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析

前言最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制

恩喜玛生物·2024-01-16 23:07

2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活

在这里，我们使用单细胞多组学分析，从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化，这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本，这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。

一只小脑斧·2024-01-16 20:43

易基因：表观遗传学和表观转录组修饰在植物金属和准金属暴露中的作用 | 抗逆综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。非必需金属（non-essentialmetal）和准金属（metalloid，也称类金属）对土壤的污染是全球许多地区面临的严重问题。这些非必需金属和准金属对影响作物产量和人类健康的所有生物体均有毒性。作物暴露于高浓度的这些金属中会导致矿物质稳态失调、光合作用效率降低、细胞分裂抑制、氧化应激、基因毒性影响，以及随后的生长阻碍。植物可以激

易基因科技·2024-01-16 13:53

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。众所周知，衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移，肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DNA甲基化变化如何介导衰老对肝再生的不利影响呢？2023年02月13日，美国德克萨斯农工健康科学中心Ro

易基因科技·2024-01-16 13:52

Cell｜易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面！

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日，《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心，中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头，题为《Livebirthofchimericmonkeywithhighcontributionfromembryonicstemce

易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选

01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面（cell/IF64.5）02、oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物

易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

测序技术进步允许大规模同时分析病毒感染的多个方面，为植物-病毒互作的分子机制产生新的见解。然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱

易基因科技·2024-01-16 13:21

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

爱基百客作为一家专注于测序服务的公司，我们在这一年里经历了许多挑战，也取得了令人鼓舞的成绩。前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！

爱基百客·2024-01-16 12:40

根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

群体结构分析

对群体结构和亲缘关系进行评估以确定使用的统计模型和获得相应的矩阵评估内容（遗传上差异过大应剔除，相似性高的保留其一）Structure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR……当然，对于重测序应用的最多的还是

滴滴_54f1·2024-01-16 07:10

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容，就是RNAVelocyto如何在空间数据上的运用，发育不仅仅是细胞的转变，更重要的是，空间位置上的变化，我们多么希望在空间转录组上直接同时体现细胞的发育进程和位置变化

单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法

HipMer介绍HipMer是一个基因组组装软件，它特别为高性能计算环境设计，旨在处理大规模的DNA测序数据集。

小果运维·2024-01-16 06:54

生物信息学之序列比对

AIzealot无·2024-01-16 02:02

文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用

文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊：Cell发表时间：2021年1月影响因子：41.582应用领域：人（肠道）肠道是人体最大的屏障器官，可与肠道菌群共生，协调营养需求和免疫。多种相互关联的细胞类型构成了成熟的肠道及其独特的形态，但是

ee00dc6faab7·2024-01-16 00:03

生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查

在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmers方法。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。

学术程稻属·2024-01-15 20:34

外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%

从外泌体中分离出的miRNAs的测序在识别新的疾病生物标志物方面具有很大的潜力，但外泌体的RNA数量较低，阻碍了充分的分析和定量。

_十三·2024-01-15 19:08

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来1=originalLouvainalgorithm（原始Louvain算法）2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement（具有多级细化的Louvain算

单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

来自SRA的转录组数据，很多文章方法描述简单，无法判断是否为链特异性数据，导致在mapping和rawreadscount时参数不知如何选择。

生信助手·2024-01-15 07:29

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴

作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组测序，分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变，评估相同

科研菌·2024-01-15 00:02

细菌16S rRNA基因测序平台比较

1.细菌16SrRNA基因测序平台介绍1.1Roche454测序平台罗氏454测序系统是454生命科学公司推出的454测序技术，是基于焦磷酸测序法的高通量测序系统，开创了第二代测序技术的先河。

JarySun·2024-01-14 21:48

2016《Cell Research》全基因组重测序研究狗的驯化起源

动物经过了漫长的驯化和文明交流过程，它们的样子跟其祖先相比，发生了太多的变化，早已无从分辨。然而，我们依然可以从它们的基因组DNA中找到其驯化迁徙的痕迹，探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中，基因组DNA一代一代地传递下来，它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。然而，基因组DNA又不是一成不变地传递，每一代甚至每一个个体都会发生突变。因而，随着时间的推移，后代的个体中DNA会

iBioinformatics·2024-01-14 21:26

13.时间序列数据分析

利用implut时间序列数据分析的部分综述https://www.jianshu.com/p/94520ce07c95转录组时间序列数据处理（软件中利用的一些模型和计算差异基因的方法）https://www.jianshu.com

夏大希·2024-01-14 21:17

使用深度学习开发癌症复发风险分层模型，可改善早期发现和推进早期干预（IF5+)

DeepLearning-BasedMulti-OmicsIntegrationRobustlyPredictsRelapseinProstateCancer基于深度学习的多组学整合有力地预测了前列腺癌的复发情况发表期刊：FrontOncol发表日期：2022Jun23DOI:10.3389/fonc.2022.893424期刊相关信息一、背景随着芯片和测序等先进技术在生物医学领域的发展和应用

生信学霸·2024-01-13 17:13

10X空间转录组Visium || 空间位置校准

SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢？

周运来就是我·2024-01-13 13:38

绘制Cell文章中SNP的地理分布图

转自：https://mp.weixin.qq.com/s/F20F_Mn_8etC7dhVXGm46g1.RICESNP的使用由中国农科院作科所牵头的这项3000份栽培稻的测序工作(「Genomicvariationin3,010diverseaccessionsofAsiancultivatedrice

生信师姐·2024-01-13 12:30

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

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