转录组测序第5页

空间转录组细胞类型的spot distance-based analyses，距离分析

最近发表的一篇关于空间转录组的文章《Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentats

单细胞空间交响乐·2024-01-25 00:08

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--02

本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”（A.chinensis）的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解

百迈客生物·2024-01-24 23:12

深度学习-循环神经网络-RNN实现股价预测-LSTM自动生成文本

序列模型（SequenceModel）基于文本内容及其前后信息进行预测基于目标不同时刻状态进行预测基于数据历史信息进行预测序列模型：输入或者输出中包含有序列数据的模型突出数据的前后序列关系两大特点：输入

小旺不正经·2024-01-24 16:55

10X空间转录组Visium:基本概念

2019年12月3日10X空间转录组Visium流程发布了，不再是Comingsoon...。流程打包SpaceRanger软件里面，感兴趣的小伙伴可以安装下来学习了，自带了数据集，还奉送了代码。

周运来就是我·2024-01-24 15:48

【R>>Mfuzz】时间序列分析

时间序列分析：对不同时间点（状态）转录组或蛋白表达谱数据，进行模糊c均值聚类（fuzzyc-meansclustering,FCM），找出具有相似表达模式的基因或蛋白并聚类。

高大石头·2024-01-24 14:30

基因组评估软件gaep

基因组组装评估指标基因组评估软件geap，overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代测序以及转录组测序数据

花生学生信·2024-01-24 08:17

Day17

今天有一件高兴的事:拿去测序的样本全部质检合格，明天交完上机检测表就可以测序了，两周左右就能拿到结果。加油！不负韶

Lucky_笑·2024-01-24 06:11

学习小组Day7笔记--WX

测序知识特别鸣谢：@公众号：生信星球豆豆&花花老习惯，先来张思维导图~Day7-测序知识再补充些Illumina二代测序技术中涉及到的名词~flowcell：测序反应的载体/容器，1个flowcell有

xiaoxiaomiya·2024-01-24 04:29

10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较

hello，大家好，这一次给大家分享一下有关各个通讯软件之间的结果是否具有一致性，当然，做细胞通讯的软件非常多了，我也分享了很多，但是分享不是目的，用起来才是我们的终极目的，哪个软件该用，软件哪个好，优劣势都是什么，今天我们就来看一下。ComparisonofResourcesandMethodstoinferCell-CellCommunicationfromSingle-cellRNAData

单细胞空间交响乐·2024-01-24 00:08

2021-11-26

丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析，从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态；通过测序将免疫细胞的单细胞

图灵基因·2024-01-23 22:41

数模---灰色预测模型python代码模板

data,num_prediction):"""GM(1,1)灰色预测模型:paramdata:原始数据序列(一维NumPy数组):paramnum_prediction:需要预测的步数:return:预测序列

Faelan.·2024-01-23 21:31

难过的2021年尾

这几天感觉心情就像过山车一样，突然一下西安的疫情紧张起来了，通过官方报道是巴基斯坦境外输入，东莞的确诊和西安确诊者基因链测序一样。

转角遇到你·2024-01-23 19:40

南京疫情之感

南京市疾控中心副主任丁洁27日通报，本轮南京发生的疫情中，一直在对病例进行基因测序，从完成的病例看，结果显示为德尔塔毒株。

ddc9033275cf·2024-01-23 16:40

Linux系统下TASSEL5.0的安装及使用

之前做SSR标记和简化测序都是用的桌面化的TASSEL进行运算，对于做关联分析的初学者非常简单，十分好入门。

种地的pele·2024-01-23 16:57

TensorFlow框架(6)之RNN循环神经网络详解

RNN的主要用途是处理和预测序列数据。全连接的前馈神经网络和卷积神经网络模型中，网络结构都是从输入层到隐藏层再到输出层，层与层之间是全连接或部分连接的，但每层之间的节点是无连接的。

AI小白龙*·2024-01-23 15:06

2021-12-02

Nature|人原肠胚的单细胞转录组学特征原创huacishu图灵基因2021-12-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=49.960推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者分析了一个在自愿终止妊娠后被捐赠用于研究的人类胚胎

图灵基因·2024-01-23 15:02

如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

我们知道一般做表达谱数据分析之前，第一步就是对我们的表达矩阵进行标准化（归一化），去除由于测序深度，或者荧光强度不均一等原因造成的表达差异。

生信交流平台·2024-01-23 15:26

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie

xuzhougeng·2024-01-23 14:16

一文解决单细胞亚群注释的所有问题

单细胞测序技术是近十年最火爆的生物学技术之一，它赋予

生信宝库·2024-01-23 09:42

3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study

它是一种针对全转录组关联分析的方法，旨在通过比较转录本3'端适配器的使用情况，来研究基因表达水平与特定表型或疾病状态之间的关系。

m1chiru·2024-01-23 09:23

标准化方法

转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段，再将reads比对到参考基因组上，并对读序定量，因而最初的表达矩阵是读序数。那么，当需要对样本进行差异分析时，就必须考虑影响读序数的几个因素。

新欣enjoy·2024-01-23 02:43

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita

陆沙·2024-01-23 00:50

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之绘图

下面这张图，大家不陌生吧，一般是用Velocyto做出来的。图片.png今天我们借助别人的数据，用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图，从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。首先是Seurat的二维降维结果（这次我们作为范例啊，这个聚类结果，真的让我一口老血吐出来了，大家分析的时候可要认真分析啊）。MK_cell_clusters_UMAP.png包括二位聚类的坐标文件图片

单细胞空间交响乐·2024-01-22 23:47

【科研集市】一文带你读懂Hi-C（附高分文献汇总）

High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获（Chromosomeconformationcapture,3C）技术，以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术

d5c9c866171f·2024-01-22 22:29

7-1 堆栈操作合法性 (10分)

输入格式:输入第一行给出两个正整数N和M，其中N是待测序列的个数，M（≤50）是堆栈的最大容量。随后N行，每行中给出一个仅由S和X构成的序列

超好的小白·2024-01-22 21:01

津恩一家亲，携手抗疫情

当晚，天津疾控对其中两名确诊病例新冠病毒全基因组测序确认为奥密克戎变异株。这也是中国本土新冠疫情（香港、台湾地区除外）中，首次与新冠奥密克戎变异株正面交锋。这20个阳

精进的医生·2024-01-22 21:41

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

当进行元基因组学研究时，研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段

WDPLA·2024-01-22 15:18

linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。

WDPLA·2024-01-22 15:47

Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000)

#在宏基因组/宏转录组数据进行组装后，常需要去除短片段，筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中，您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。

WDPLA·2024-01-22 15:17

宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读

#rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件，数据结果表现优秀。mataSPAdes更适用于宏基因组组装，宏转录组组转推荐rnaSPAdes。

WDPLA·2024-01-22 15:16

CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏基因组定位

但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度测序、数据质量差以及变量

Neobioscience·2024-01-22 11:14

单细胞测序3 丨丨构建文库

上期分享了单细胞测序2丨丨细胞捕获&cDNA扩增，主要介绍了单细胞测序第二环节--基因表达实验流程：GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞测序的第三环节--文库构建。

知之为知之不知否·2024-01-22 10:02

转录组测序1-测序原始数据说明

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。

纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

一个完整的转录组测序项目大概分为以下三个阶段：体内：mRNA生成阶段。转录生成mRNA前体，再经过转录后加工形成成熟的mRNA。体外：建库测序阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究？

肿瘤基因组和转录组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具，但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去，临床诊断依赖于基于抗体的检测策略，但这些方法有一定的局限性。

尐尐呅·2024-01-22 04:38

时空组专辑数据库文献详解 | ZESTA：斑马鱼胚胎发育时空图谱

研究人员首次绘制了斑马鱼胚胎早期发育的时空转录组图谱，构建了在组织空间维度上的发育轨迹。此研究能够直观地

尐尐呅·2024-01-22 03:46

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成

番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

高通量测序数据质控神器Trimmomatic

简介高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。

kongxx·2024-01-21 15:56

04高通量测序-R实现主成分分析

R实现主成分分析如何使用prcomp()函数来做PCA如何使用基础图形和ggplot2绘制PCA图如何确定每个主成分占多少变动如何检查载荷得分（LoadingScores），以确定哪些变量对图表有最大的影响。构建数据集首先，让我们生成一个可以在演示中使用的假数据集。#我们将用10个样本制作一个数据矩阵，在每个样本中测量100个基因data.matrixstr(pca)Listof5$sdev:nu

不到7不改名·2024-01-21 12:35

在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不

维凡生物·2024-01-21 10:05

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

本研究测序组装了香蕉B基

百迈客生物·2024-01-21 08:08

10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA

在空间转录组之前，我们可以利用单细胞数据进行推断CNA，用到的软件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我们这里就不详细叙说了，大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata

单细胞空间交响乐·2024-01-20 18:15

WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT

背景低深度全基因组测序（sWGS），主要通过覆盖深度的方法（DOC）检测CNV。

茄子_0937·2024-01-20 16:45

全球单细胞测序平台介绍

2009年，单细胞测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来，10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。

生物医学小站·2024-01-20 07:54

【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish

前言：nanopolish是开源的综合性分析软件，集成了非常多的三代测序数据分析小工具。

卡布达b1·2024-01-20 02:44

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-01-20 01:01

scRNA-seq Course 学习

对scRNA-seq的介绍scRNA-seq是对单个细胞进行测序分析，便于研究单个细胞水平的问题，例如：鉴定细胞类型，鉴定细胞基因表达差异，细胞反应的差异，单个细胞内部的基因表达调控。

劳工小朋友·2024-01-20 01:29

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

经常分析单细胞数据的同学都知道，10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中，这些文件共同描述了单细胞测序数据。

我是胡锦州·2024-01-20 01:27

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

其实就是把某个测序样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改，使用Perl中的substr来进行单个位点修改，把坐标按照从后往前的顺序，而不是从前到后。

dulunar·2024-01-20 01:58

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