转录组测序第7页

2022-03-07

NatComm|胃癌4种分子亚型32基因特征的开发和验证原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制佛罗里达州梅奥诊所癌症中心的科学家们表示，最近的一项研究正在验证使用基因组测序来预测胃癌患者从化疗或免疫治疗中获益的可能性

图灵基因·2024-01-13 07:16

机器学习中的隐马尔可夫模型及Python实现示例

隐马尔可夫模型（HMM）是一种统计模型，用于描述观测序列和隐藏状态序列之间的概率关系。它通常用于生成观测值的底层系统或过程未知或隐藏的情况，因此它被称为“隐马尔可夫模型”。

python收藏家·2024-01-13 04:40

bismark 识别甲基化位点-比对篇

我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试，命令如下bismarkhg19_bismark_db/test_data.fastq-otest第一个参数为bismark_genome_preparation

生信修炼手册·2024-01-13 04:11

基因组编码区的注释

UTR区准确性较低同源预测(homology-basedprediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测

loooop·2024-01-13 03:18

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油!image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org/GO(geneontology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)所建立的数据库，旨在建立一个适

猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

创业与人体-06 用表观遗传学重新认识进化

1.表观遗传学在2000年的时候六国的科学家合作完成了人类基因组测序，在这之后科学家们逐渐发现原来的基因遗传理论并不能很好人类遗传中出现的种种现象，于是沃丁顿的获得性遗传

零翼彼方·2024-01-12 16:15

空间转录组文章精析-第一期黑色素瘤遗传异质性

本期，我们一起来分析一下2018年发表在CancerResearch（2019年该杂志最新影响因子为8.378）上的一篇由瑞典皇家理工学院发表的关于皮肤恶性黑色素瘤的文章。文章题目：SpatiallyResolvedTranscriptomicsEnablesDissectionofGeneticHeterogeneityinStageIIICutaneousMalignantMelanoma空间

我爱工作_工作使我快乐·2024-01-12 10:02

bismark_methylation_extractor提取甲基化信号的问题

运行到这里遇到一个巨坑sambambaimage.pngimage.pngbismarkerroimage.pngbismarkDNA甲基化测序比对-bisulfite-seqimage.png好吧本来想将两个

热衷组培的二货潜·2024-01-12 09:38

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

写在前边虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

写在前边虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM

把常用的函数写成了几个包，方便之后使用，bioquest包括三个子包tl、pl、st分别是常用的工具包括dataframe的处理、画图、字符串处理。genekit包括提取tcga数据、基因名转换、格式转换、差异分析等的函数。sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek

恩喜玛生物·2024-01-12 08:25

2018-04-10---关于FastQ和FastA（转载）

一、关于FastqFASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。

天秤座的机器狗·2024-01-12 08:27

学习小组Day7笔记--李富烨

测序知识.png

李富_83a0·2024-01-12 02:29

单细胞测序初学者指南

自我们在科学的早期阶段就被告知，我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此，如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因，并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识，我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难，还因为细胞在不断变化，不断适应。因此，基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念，很难理解，但非常有

11的雾·2024-01-12 00:48

噬菌体

噬菌体的宿主预测：利用细菌的spacers和自己宏基因组测序得到的序列，细菌的spacers建立blast索引，然后使用blastn参数：blastn-short-e1e-5进行比对。

宏病毒组·2024-01-11 18:00

学习小组Day7笔记--会平

今天主要学习测序的基础知识。内容包括一二三代测序的特点、二代测序大体流程以及NGS组学的粗略分类。这是今天的学习内容思维导图。Day7.png生信星球对一二三代测序的特点及区别的列表区分，一目了然。

会平_c24e·2024-01-11 18:39

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

利用PacBio数据检测DNA修饰

以PacBio为代表的三代测序公司开发的第三代测序技术既可以直接测得DNA碱基序列，又可以测得其碱基上的修饰。SMRT(Single-MoleculeReal-Time)测序即单分子实时测序。

浩渺予怀·2024-01-11 16:42

10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX

hello，大家好，其实之前已经给大家已经分享过很多空间基因共表达模式的文章，今天给大家介绍一个新的方法，用于评断在组织中不同空间位置或细胞类型的基因-基因共表达的表征能够描绘空间共调节模式，而不是标准的差异单基因分析，参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics，非常棒的文章，很适合用于分析空间转录

单细胞空间交响乐·2024-01-11 15:06

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？

科研小行星·2024-01-11 15:56

CUTANA™ pAG-Tn5 for CUT&Tag

与ChIP-seq相比，CUT&Tag在降低细胞需求量和测序深度的信噪比方面进行了显著改进。

Neobioscience·2024-01-11 07:16

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞RNA测序已经已经成为分析细胞特异性和分解组织为细胞类型

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

【现代遗传学原理-基因和基因组学】

一、基本概念基因组学：研究基因组结构、功能及表达产物的学科，包括测序、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学：研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:46

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

重测序获取基因编辑植物T-DNA插入位点

早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享，毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折，一方面是自觉实力有限，怕误人子弟，一方面是有点空闲时间就想偷个懒。个人是希望做到干湿结合全面发展的，如果不想两边都学个半吊子，那必然得付出双倍努力了。我目前主要做俩物种，异源多倍体油菜和同源多倍体马铃薯，方向涉及多组学分析、细胞遗传和基因编辑。回归正题，基因编辑过的作物会有载体序

CallumZhao·2024-01-10 05:50

二代测序基础知识

二代测序基础知识二代测序基础概念（这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的）FQ数据格式高通量测序(如IlluminaHiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(BaseCalling

点滴生信·2024-01-10 05:57

10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）

今天我们要继续空间转录组的分析内容，还是主要研究细胞在空间位置上的相互作用，参考文章在Decodingfunctionalcel

单细胞空间交响乐·2024-01-10 01:29

全面解读｜“小”产品，“大”能量的 BSA 性状定位

对亲本和子代混池进行建库测序，检测SNP，根据亲本间纯和差异的位点，计算子代池的index值，进而挑选差异较大的位点。图1BSA原理图群体的选择根据群体的形成

ee00dc6faab7·2024-01-10 00:10

数据的质量控制软件 | FastQC

拿到二代测序数据后，首先要查看一下测序质量如何，以评估该测序数据是否满能够进行后续的生信分析。这里介绍一款常用的二代测序数据质量评估软件，FastQC。

生信师姐·2024-01-09 23:12

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。密苏里大学许东教授和俄亥俄州立大学马勤教授的团队发表在NatureCommunications上的一篇文章“scGNNisanovelgraphneuralnetworkframeworkforsingle-cellRNA-Seqanalyses”。单细胞RNA测

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

如何快速查找物种间对应的同源基因

1.基于NCBIHomoloGene数据库查找物种间对应的同源基因NCBIHomoloGene数据库收集了部分已经完成基因组测序物种的同源基因数据。数据库现包含21个物种，共44233组同源基

JeremyL·2024-01-09 19:29

RNA-seq，Ribo-seq数据分析（上）

TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献，从GEO数据库下载原始测序文件

1yon·2024-01-09 18:21

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

零代码差异表达分析工具：GEO2R

☞GEO数据库数据检索方法（一）☞GEO数据库数据检索方法（二）☞GEO数据库数据页面介绍（三）在GEO数据库里面收录了各种各样的数据，不仅有芯片数据也有测序数据。

生信交流平台·2024-01-09 07:04

单细胞转录组数据分析||界面版数据分析工具简介

今天，卑微小王为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。也许您在入门单细胞的时候有思考过这个问题:我应该选择哪种技术来做呢？数据分析平台如何选择呢？是学习编程还是用在线的工具呢？

周运来就是我·2024-01-09 03:13

2022-12-06

重测序SNP分析------二代测序数据检测；SNPcalling；SNP过滤；遗传多样性分析；PCA分析；群体遗传结构分析；系统进化分析；QTL连锁不平衡分析；GWAS全基因组关联分析（关键基因挖掘）

王钦_ce33·2024-01-08 16:01

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对

javen_spring·2024-01-08 15:16

医学术语中的panel到底是什么意思

去查背景资料，简直大吃一惊：panel这个词竟然直接当中文用了，如下图：panelin中文1.pngpanelin中文2.png基因测序领域的panel似乎没有对应的中文翻译，连圈内人也会心生疑问。

易渔_·2024-01-07 22:23

IGV 自定义Reads 颜色

目的IGV经常被用于可视化检查NGS测序数据，尤其提供给人直观的突变信息，大量应用于肿瘤诊断行业以及NGS的科研领域中。

茄子_0937·2024-01-07 16:51

2021-11-14

NatMed|空间转录组学分析单细胞分辨率图谱原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=28.547推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了SpaGCN，一种图卷积网络方法，其可通过图卷积从相邻点聚合每个点的基因表达

图灵基因·2024-01-07 16:58

10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---

单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

宏基因组组装神器-MEGAHIT使用及常见问题

文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏基因组测序获得海量短片段测序数据，这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列，如何恢复出这些微生物基因组序列，基因组组装成为至关重要的一步

Neptuneyut·2024-01-07 12:15

纯二代测序从头组装基因组(基础版）

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。

wangchuang2017·2024-01-07 12:15

iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具MetaTrass...

点击蓝字关注我们MetaTrass：基于共标签测序数据的人类肠道微生物高质量宏基因组组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15

生信宝典·2024-01-07 12:45

链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用

链读测序（Linked-readsequencing）通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起，能够消除其中的一些错读，从而改进宏基因组组装。

谷禾牛博·2024-01-07 12:44

原创||宏基因组干货分享专题———组装

就是一个微生物群落里面的全部DNA被提取出来，然后被随机进行剪断、测序，得到一系列短序列；把这些短的序列拼接成连续的长序列过程就叫组装。简单点说就是从短序列拼接

bioDeep·2024-01-07 12:44

宏基因组序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法

介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具，它可以将高通量测序数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本，专门用于组装多样性的无参考基因组。

小果运维·2024-01-07 12:14

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