转录组测序第3页

Seurat - 聚类教程 (1)

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。

冷冻工厂·2024-02-09 09:38

一二三代测序技术总结

1、第一代测序技术概述：用的是1975年由Sanger和Coulson开创的链终止法或者是1976-1977年由Maxam和Gilbert发明的化学法（链降解）。

sunlight_yy·2024-02-09 07:00

RPKM,FPKM,and TPM

,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:测序仪深度

Seurat_·2024-02-09 03:17

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-02-09 01:56

单细胞转录组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化

1.Seurat包的安装及数据的准备1.1加载需要的包和数据if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Seurat")library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-d

青青青山·2024-02-08 23:32

「转录组」从环境配置之conda

image.png什么是condaconda：开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。系统：适用Linux，OSX和Windows。For：为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量

旮旯蜗牛_c299·2024-02-08 21:35

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通

ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

R统计绘图 - 柱状图

39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)中提到了较多堆积柱状图的

生信宝典·2024-02-08 01:35

嗜酸乳杆菌NCFM

20世纪70年代，北卡罗来纳州立大学从人体粪便中最先分离出LactobacillusacidophilusNCFM，它是唯一一株进行了基因测序和注释的嗜酸乳杆菌。

营养科普·2024-02-07 21:10

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq数据的准确比对是一个具有挑战性但尚未解决的问题，因为转录结构不连续，读取长度相对较短且测序技术的通量不断提高

sunlight_yy·2024-02-07 14:29

Q30与Phred值

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。

新欣enjoy·2024-02-07 10:57

2021-12-10

前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=53.242推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：这篇文章介绍了诱导多能干细胞(iPSC)存在线粒体单核苷酸变异(mtSNV)，近年来的单细胞分析表明，相同的诱导多能干细胞单个细胞之间的转录组存在差异

图灵基因·2024-02-07 08:30

前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。

尐尐呅·2024-02-07 08:31

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2024-02-07 03:31

bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate

第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来，结束我们的测序原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。

RachaelRiggs·2024-02-07 00:53

谷歌终究还是没忍住，把特朗普扯得淡给辟谣了。

拒绝使用世卫组织的测序试剂盒，坚持自主创新；迟迟不下放检测权利，所有检测都需要FDA批准通过。

d724eb5603f7·2024-02-06 22:04

10X单细胞（10X空间转录组）多种通讯软件联合分析之liana

hello，今天我们分享一个简单的，将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起，分析我们的单细胞数据，直接看看代码部分注意一个名词，cell-cellcommunication(CCC)，细胞通讯的软件方法很多了，thesemethodsandresourcesareusuallyinafixedcombinationofatoolanditscorrespondingresource,butinpr

单细胞空间交响乐·2024-02-06 21:15

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR

图灵基因·2024-02-06 20:51

PCA图

首先，要准备好要分析的转录组数据。

呼啦啦可爱的Sherry雪莉·2024-02-06 17:39

给我们点赞

恭喜上海基因检测中心成立，主要针对人体基因测序，染色体遗传筛查，生命密码解析，我们的理念是揭开神秘生命密码，通过科学健康的方式让你健康活到140岁，需要了解定制的朋友可以详细了解我们！图片发自App

茗莘·2024-02-06 13:12

2022-08-14

我想完善一下，会使用Linux，会使用R语言，学了转录组分析的流程和

佳奥·2024-02-06 09:00

谈谈数次生信线下活动的收获和体会

http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份，共进行了5次培训研讨活动，内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列

生信宝典·2024-02-06 08:48

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。

ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的基因组、转录组特征

HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes

TOP生物信息·2024-02-05 23:47

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access

医学小白学生信·2024-02-05 15:35

14岁的男孩说想学生信，应该给予哪些指导？

前言随着高通量测序技术的发展，越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。

生信宝典·2024-02-05 06:57

2023-04-07

重测序分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代测序数据变异检测的软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。

小谷头·2024-02-05 00:49

2022-08-25

NatMethods|细胞级表达图谱匹配测序和病理图像，发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐

图灵基因·2024-02-04 23:21

小麦基因组测序研究进展

3/15本期作者：大胖丫最近几年，麦类作物基因组学发展迅速，物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究，同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。今天跟大家分享的这篇文章来自于TheCropJournal杂志，题目是“Currentadvancesingenomesequencingofcommonwheatanditsancestralspecies(10.

Neal_Bio·2024-02-04 20:11

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组denovo测序时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，这些结果会直接影响我们后续测序的数据量及估计组装难度。

吕强强学生信·2024-02-04 18:45

GWAS:网页版的基因型填充（genotype imputation）

当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。

橙子牛奶糖·2024-02-04 10:33

一个中国并发癌症家系的全外显子组测序研究

PMID:31452746PMCID:PMC6676670DOI:10.3892/ol.2019.10573摘要癌症是中国的主要死亡原因之一，并且由于其发病率和死亡率不断上升，对公众健康构成威胁。并发癌症定义为同一个体的一个或多个器官同时或连续发生≥2个原发性恶性肿瘤；然而，并发病例很少见，而且研究很少。本研究招募了一个呈现多例并发癌症病例的中国家庭，并对一个未受影响的个体和两个受影响的个体进行了

亦是旅人呐·2024-02-04 03:25

高通量测序介绍

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志

基因组分析·2024-02-03 23:19

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。

单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！

切瓜少年·2024-02-03 20:37

2014突破性科学技术：超隐私智能手机

杂志每年5月份必出的精品专栏，每年杂志的编辑和作者都会为全球的读者提供当年最火热、最具突破和创新精神的科学技术，比如智能手表、记忆植入体、层叠制造工艺（3D打印）、超级电网、临时社交媒体、胎儿产前基因测序

雅然风懿·2024-02-03 16:52

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的转录组流程

dicklim·2024-02-03 15:13

NLP_统计语言模型的发展历程

其中，词向量表示的学习为语言模型提供了更高质量的输入信息（词向量表示）1948年，著名的N-Gram模型诞生，思路是基于前N-1个项目来预测序列中的第N个项目，所谓的“项目”，就是词或者短语。

you_are_my_sunshine*·2024-02-03 10:58

第31周-乳腺癌病人的转移瘤多点采样测序看异质性

乳腺癌病人的转移瘤多点采样测序看异质性于2017年发表在NatureCommunications杂志，标题是：Phylogeneticanalysisofmetastaticprogressioninbreastcancerusingsomaticmutationsandcopynumberaberrations

小梦游仙境·2024-02-03 06:29

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学，v.1.2.0）将原始测序数据转换为

科研菜鸟·2024-02-03 05:20

学习小组Day7——宣Xuanan

因为课题就是做转录组测序的，所以基础知识有一些了解，接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析：使用fastqc进行质量分析，这是一款Java软件，支持多线程。

宣Xuanan·2024-02-03 05:04

EVM 对预测结果进行整合

从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，EVidenceModeler(EVM)可以对上述结果进整合软件安装wget-4https://github.com/EVidenceModeler/

斩毛毛·2024-02-03 03:52

一、二、三、四代测序技术原理详解

测序技术是基因组学的核心技术，上期的推送【LAI：基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实，测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念：“生命是序列的”和“生命是数据的”。

生信空间·2024-02-02 22:24

了解和绘制火山图

首先，什么是火山图火山图是转录组分析中经常能够见到的一类统计图，常用于反映差异表达基因概况。例如肿瘤组织与正常组织相比，那些基因存在过表达或被抑制，可以是编码基因、蛋白表达水平，也可以

纪伟讲测序·2024-02-02 21:39

测序数据文件中MD5是个啥？不要无视我的存在！

测序公司在释放原始数据的目录下都会有一个MD5文件，对于不太了解MD5的老师，可能会直接忽略这个文件。实际上这个文件还是很有必要的。那MD5到底是干嘛的呢？

组学大讲堂·2024-02-02 17:03

生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)

该教程的总结随机测序生信技术的进步，研究者已经开发了许多基于SNP数据的基因渗入分析方法和流程。其中包括最出名的ABBA-BABAtest，该方法使用所谓的D统计量来评估物种的基因渗入程度。

lakeseafly·2024-02-02 16:51

FFPE 损伤简述

主要是，经过福尔马林处理之后，细胞中的DNA会发生破裂，损伤，交联，造成测序结果的假阳性较多。具体结论FFPE样本，随着保存时间的增加和缓冲溶液的PH降低，DNA的破碎情况会加剧；破

茄子_0937·2024-02-02 16:06

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