转录组测序第4页

序列拼接和做完点突变后的序列比对

反向互补(ReverseComplement)-免费在线工具http://www.detaibio.com/sms2/rev_comp.html由于测序一次只测n个bp，不完整，所以需要把几次结果拼接起来才能看到完整的序列

很多个故事·2024-02-02 15:27

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。

爱基百客·2024-02-02 15:16

病原菌共感染研究思路

随着测序的发展，应用高通量转录组测序对于感染多种病原菌的研究也不断深入，今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用，希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考

爱基百客·2024-02-02 15:43

10X空间转录组数据分析之方法小结

今天我们来提炼一下10X空间转录组在文章中一些新的运用，文献在Thecellulararchitectureoftheantimicrobialresponsenetworkinhumanleprosygranulomas

单细胞空间交响乐·2024-02-01 20:59

单细胞转录组数据分析||用10X软件分析已发表的10X数据

---大师大师，我想学单细胞转录组数据分···要不先下载一个示例数据挖掘一下？单细胞是生命科学的一个里程碑事件，而单细胞转录组是这个里程碑的上冠花。

周运来就是我·2024-02-01 20:03

伟大的中国共产党

一个民族最深沉的追求，一定要在其薪火相传的民族精神中来进行基因测序。中华民族是热爱和平的民族，血液里没有侵略他人、称霸世界的基因。

白鸽123456·2024-02-01 19:15

NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记

SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:22

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

OTU的定义与解读----了解笔记

在16S测序中，OTU通常使用97%的identitythreshold。

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

一文搞懂RNA-seq的链特异性测序和非链特异性测序

1.测序方法两种建库方法对应两种测序方法：非链特异性测序方法（non-strandedRNA-seqprotocol）：得到的reads没有方向性，无法判断reads是属于GeneA还是属于Gen

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:27

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年**单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）**技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。

AIPuFu·2024-02-01 09:22

单细胞转录组数据分析的10大软件/流程

单细胞数据分析现在已经有上千个软件工具可供使用了，这为用户带来便利的同时也造成了选择困难。就像时间一样，一个表，没问题，但如果有两个表，时间还不一样，该信谁的呢？正好我们前面一篇文章介绍了这样一个开源数据库：https://www.scrna-tools.org/，里面收集了几乎所有的单细胞数据分析工具，我们在这个网站上通过工具的引用数排序，截取前10行结果，得到目前引用数最多，应用最广的10个单

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:21

iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

从近100名志愿者中提取3种类型的细胞，并分别进行WGS,WGBS,RNA_seq测序分析，将最终

生信修炼手册·2024-02-01 07:13

RPKM，FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客

RPKM，FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去，当您进行RNA测序时，您以RPKM（ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion

Seurat_Satija·2024-02-01 03:24

2021-12-27

NatRev丨癌症基因组测序数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文描述了癌症基因组生物信息学分析中涉及的主要步骤

图灵基因·2024-01-31 23:49

【Time Series】LSTM代码实战

二、算法原理长短期记忆网络（LSTM）是一种特殊的循环神经网络（RNN），用于处理和预测序列数据的时间依赖性。

BoostingIsm·2024-01-31 19:14

10X空间转录组基因相关性分析之schex（寻找空间细胞单元）

hello，今天分享一个重要的内容，在空间上寻求基因的相关性，当然，也可以利用这个方法寻找我们的空间细胞“单元”，我们来看看详细的分析。我们知道，空间分析中常见的是解析每个spot中的细胞数，这是往细了做。而临近的细胞放到一个bin中获得概览，不仅是在可视化方面，在数据集大了之后，这种分箱的操作可以减少维度。这种分析方法或可叫做spotbinning抑或是pseudospot。之所以产生这个联想是

单细胞空间交响乐·2024-01-31 17:35

单细胞转录组数据分析课件||9. Cell type identification in scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞转录组数据分析的一个分析点：细胞类型识别。

周运来就是我·2024-01-31 16:32

Seurat24式太极拳之9单鞭---用于sctransform的标准化值存储在哪里？

给定细胞中给定基因的正残基表明，与基因在种群和细胞测序深度中的平均表达相比，我们观察到的UMI比预期多，而负残基则相反。sctransfrom的结果存储在“SCT”分析中。您可以在我们的插图，命令备忘

Seurat_·2024-01-31 13:24

学习小组Day7 测序知识--yu

测序基本知识基本知识链接https://blog.csdn.net/leroylee7/article/details/112414577各代测序技术及原理测序原理NGS组学内容基础介绍链接https:

Iris09·2024-01-31 11:30

【细胞通讯】CellTalk

单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成，促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。

jjjscuedu·2024-01-31 10:13

运行picard遇到一个错误: "java.io.IOException: No space left on device"

这几天在跑重测序的流程，自己去年的这个时候整理过，之后在几个服务器上都跑过，没出现什么问题，然而又换了一个服务器之后在picard排序和标记(PCR)重复这两步频繁报错。

TOP生物信息·2024-01-31 10:55

精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及，现如今已经步入到“功能基因组学”（functionalgenomics)的时代。

生信石头·2024-01-31 04:39

【文献简报】-空间转录组学和原位测序研究联合研究阿尔兹海默症

空间转录组文章逐步进入爆发期，单细胞方向的未来是单细胞空间组学，这篇文章利用空间转录组（ST）和原位杂交测序（ISS）研究阿尔茨海默症。

六博说·2024-01-30 22:07

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--01

转录组和代谢组可以从大量转录组信息中发掘差异基因，快速判断核心调控网络和关键候选基因，阐述生物学机理。基因组结合转录组及代谢组，将系统的锁定关键通路中的基因和代谢物。

百迈客生物·2024-01-30 13:58

评估LLM在细胞数据上的实用性(4)-插补，模拟生成，涌现

由于看不见或无法测量的基因，对空间转录组数据进行插补。当前的空间插补方法在不同的数据集上没有表现出很强的性能（Optimizingxeniuminsitudatautility

tzc_fly·2024-01-30 13:27

超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势

Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志：GenomeBiology年份：2021从2016年开始，scRNA-tools数据库（https://www.scrna-tools.org/）不断收集单细胞转录组数据分析软件

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:16

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

KS科研分享与服务·2024-01-30 09:57

Fastp使用方法

fastp是一个速度非常快的测序数据质控软件，以下为软件参数的说明，根据github内容整理。

WuYankang·2024-01-30 07:11

生信技能树《GEO数据框挖掘》笔记

1.通读文献阅读及规律这一块儿主要就是在你感兴趣的文章里，找到其测序信息的GSE号，在GEO数据库中直接检索该文件号。2.了解GEO数据库比如我们对GSE42872这个测序结果比较感兴趣，我们现在GE

鹿枫堂·2024-01-30 04:14

干货分享| 多组学助力中国科学家发表多篇CNS

多组学联合研究从多分子层次出发，通过整合生物系统中基因组、转录组、蛋白质组、

ee00dc6faab7·2024-01-30 00:10

StatQuest学习笔记16——t-SNE

46节，它的主要内容是t-SNE，t-SNE是一种对复杂数据的降维分类方法，我最初知道这种方法是在接触质谱流式细胞仪CytoTOF的时候，当时的很多文献对细胞的分类方法都是采用t-SNE，现在很多单细胞测序类文章也会使用

backup备份·2024-01-29 19:33

[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释

后来高通量测序时代，又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-29 14:11

Seurat4.0：空间转录组与scRNA-seq参考整合

我认为需要自己写，那是一段异常艰难的时光。学，然后知不足。与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。数据可在此处作为已处理的Seurat对象下载，而原始计数矩阵可在DropViz网站上获得。ref<-readRDS("../data/mouse_hippocampus

Seurat_·2024-01-29 14:33

RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2

区别主要在于一个是计算芯片探针给出来的结果，而DESeq2是基于NGS测序结果中Readcounts来计算差异表达，根据输入数据的不同，我们对比一下做法。

90066456ace6·2024-01-29 12:48

无标题文章

二代测序数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明标签：_生信工具,_测序数据质控及评估二代测序数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明当我们拿到二代测序数据后，第一件事肯定就是要查看一下测序质量的好坏了

星空_2739·2024-01-29 08:36

反思录2021-08-01

今天事情安排得有点太多，临时又收到测序数据，有点焦头烂额，根本忙不过来。专注最重要的事情，少就是多。今日反思：给自己安排的事情偏多了，慢下来，专注。

考拉王的桉树·2024-01-28 20:49

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析迁移之scGCN

图片.png单细胞组学数据，例如转录组（scRNA-seq），表观组（scATAC-seq）记录了细胞间的分子水平的差异性和相互作用，使生物学家得以深入了解复杂生物生态系统的单个细胞组成部分。

单细胞空间交响乐·2024-01-27 21:29

NGS 数据mapping 算法简介

简介取得测序序列信息后，在有参考基因的情况下我们通过Mapping到参考基因组进行后续分析；没有则重头拼接序列。一般而言，基因组的组装将比readalignment消耗更多的计算资源。

茄子_0937·2024-01-27 20:06

使用OSCA进行eQTL分析

OSCA发表文献OSCA主要可以做以下几个事情：计算表观标记(或者基因表达)数据个体之间的表观组（转录组）的亲缘关系基于混合线性模型的方法检测DNA甲基化（或者基因表达）标记与复杂性状之间的关联(使用MOA

只看不写_nathan·2024-01-27 14:03

学习小组DAY7笔记--路超杰

思维导图高通量测序二代测序的专业名词flowcell：测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lanelane：测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置tile：每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的双端测序

Imimp·2024-01-27 01:24

【细胞通讯】LIANA

jjjscuedu·2024-01-26 13:01

一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程

转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。

纪伟讲测序·2024-01-26 12:20

单细胞＋空间转录组，这套思路够你用到2022！

裁尘的人儿·2024-01-26 10:24

2020-05-04 eigenMT

这种校正方法虽然准确，但对于大规模队列测序/大样本测序，需要数天到数周的高计算成本。与其相比，我们的方法减少了数量级的计算负担，同时保持了较高的精度。为了做到这一点，我们

程凉皮儿·2024-01-26 04:16

2022-06-23

单细胞RNA测序的研究表明，总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而，目前为止，还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期，美国安德森癌症中心

图灵基因·2024-01-25 21:45

WGVD：小麦基因组变异与选择信号数据库 | CNGBdb收录数据库推荐

随着完整的小麦参考基因组的发布以及下一代测序技术的发展，来自面包小麦及其祖先的大量基因组数据已经产生，并为小麦遗传学研究提供了基因组资源。

尐尐呅·2024-01-25 21:50

单细胞测序笔记1：数据读取

（一）准备工作我们先向R中安装如下包以确保准备工作的完成install.packages("BiocManager")BiocManager::install("mulltest")#似乎只有Bioc里面才能安装mulltestif(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install.packages("dpl

陈天白·2024-01-25 11:37

高分文章热门测序结果验证方法，解决你的选择困扰

随着测序技术的发展和应用的普及，研究者们在拿到大量的测序结果后，面临的困扰是怎样选择合适的结果验证策略。在这里，我们一起来了解一下高分文章中有哪些热门的验证方法吧，总有一种适合你。

ee00dc6faab7·2024-01-25 09:26

240124学习记录：查看/提取bam文件的reads

BAM文件（BinaryAlignment/Mapfile）是一种常用于存储测序数据的二进制格式。它主要用于存储DNA测序数据的比对（alignment）信息。

丁优雅ya·2024-01-25 05:22

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