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10X单细胞通讯分析之scMLnet（配受体与TF，差异基因（靶基因）网络通讯分析）

hi各位，今天周五了，要开会的关系，没有那么多时间准备分享文献了，但是我很想和大家分享这个方法，类似于多组学分析，配受体与TF分析联合起来的网络分析结果，非常有价值（配体，受体，靶基因，TF多层网络结构，非常赞），我们今天就不分享文献了，多关注一下代码,文章在Inferringmicroenvironmentalregulationofgeneexpressionfromsingle-cellRN

艾文燕君·2021-06-22 19:57

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10XGenomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。

易基因科技·2021-06-20 14:24

10X单细胞（空间转录组）数据整合分析批次矫正之liger

各位童鞋，大家好，又到周一了，今天我们来分享一下一个批次矫正的方法-----liger，在这个之前呢，我分享过Seurat多样本整合去批次的原理，文章在Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函数解析，分享了一些去批次的软件，文章在批次效应,单细胞数据用Harmony算法进行批次矫正,今天我们来分享另外一个批次去除的方法，liger，文章在Single-CellMulti-

艾文燕君·2021-06-20 08:42

基于10x Genomics单细胞测序技术解析新冠肺炎患者康复期血液免疫细胞图谱

文章名称：ImmuneCellProfilingofCOVID-19PatientsintheRecoveryStagebySingle-CellSequencing发表期刊：medRxiv发表单位：第二军医大学国家肝癌科学中心、中山大学中山眼科中心、军事科学院军事医学研究院和北京贝瑞和康生物技术有限公司等发表时间：2020年3月27日应用技术：10xGenomics单细胞5’转录组+V(D)J研

贝瑞科服·2021-06-19 19:18

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet

hello，大家好，今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet，这个软件最大特点就是预测配体活性，所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使用，从而达到最好的通讯分析效果，文章在NicheNet:modelingintercellularcommunicationbylinkingligandstotargetgenes，2019年12月发表于naturemeth

艾文燕君·2021-06-15 10:15

诺禾10x单细胞转录组---分析方案大放送

诺禾致源·2021-06-12 07:23

Seurat使用教程（v3.0）

Seurat是一个分析单细胞转录组数据的R包，用于QC，分析和探索单细胞RNA-seq数据，相关资料如下：参考教程测试数据具体流程如下：graphTDA[安装Seurat包]-->|加载Seurat包|B(读入10X

xianmao123·2021-06-11 14:20

9. Palindrome Number

x):""":typex:int:rtype:bool"""ifx==0:returnTrueelifx%10==0:returnFalserev=0whilex>0:rev=rev*10+x%10x

chaowwwww·2021-06-07 04:30

【2019年10X中文研讨会】如何使用 10x Genomics技术成功运行单细胞免疫分析(VDJ)实验

免疫组库（ImmuneRepertoire，IR）是指某个个体在任何特定时间点其循环系统中所有功能多样性B淋巴细胞和T淋巴细胞的总和。T细胞和B细胞分别介导机体的细胞免疫和体液免疫应答，分别通过其表面的T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）来识别和结合抗原，进而发挥功能清除病原体或体内肿瘤细胞。免疫组库高通量测序是通过多重PCR或SMARTRACE法扩增TCR/BCR全长或CDR3区序列（主要

周运来就是我·2021-06-06 02:36

10X单细胞（10X空间转录组）数据降噪分析（Imputation）之SAVER-X

hello，大家好，今天给大家分享一个用于10X单细胞数据降噪的分析软件，SAVER-X，其实这个软件的前身是SAVER，关于SAVER的文章在SAVER:geneexpressionrecoveryforsingle-cellRNAsequencing

单细胞空间交响乐·2021-06-01 17:43

极客日报第128期：字节跳动联合创始人张一鸣将卸任 CEO；微信“拍一拍”新增“炸一炸”功能；微软终止 Windows 10X 开发

一分钟速览新闻点！字节跳动联合创始人张一鸣将卸任CEO爱奇艺CEO称会费涨价是行业必然趋势微信“拍一拍”新增“炸一炸”功能华为正式进军显示器市场，面向办公和游戏场景飞书发布4.0版本暂不考虑盈利华为欲入股极狐汽车，未来双方将联手推4-5款HI版自动驾驶车型微软：终止Windows10X开发，部分功能将下放取代亚马逊：Shein在美成为安装最多的购物应用苹果正在开发升级版MacPro，或具备32个C

极客日报·2021-05-20 09:31

10X空间转录组细胞通讯之stlearn（寻找区域交流热点中心）

这也是未来发展的趋势，好了，我们开始今天的分享，10X空间转录组之区域交流中心。其中关于10X空间转录组的细胞通讯分析，之前的文章都分享过，大家可以参考10X空间

单细胞空间交响乐·2021-05-11 16:01

10X空间转录组（10X单细胞）之论细胞通讯空间分布的重要性

今天要给大家分享的是关于细胞通讯分析空间分布分析的重要性，我们先从10X单细胞分析细胞通讯这块开始，慢慢介绍关于细胞通讯的空间认识。

单细胞空间交响乐·2021-05-06 22:45

tensorflow rnn

importtensorflowastfimportnumpyasnpfromtensorflow.examples.tutorials.mnistimportinput_datamnist=input_data.read_data_sets('/tmp/',one_hot=True)chunk_size=28chunk_n=28rnn_size=256n_output_layer=10X

Do_More·2021-05-06 09:25

10X genomics 数据hybrid组装

10xgenomics的官方denovo组装软件是supernova，同时还有其他野生组装软件，如ARCS，fragscaffARCSScaffoldgenomesequenceassembliesusing10xGenomicsdata###ARCS+LINKS官方组装流程#-fAssembledSequencestofurtherscaffold(Multi-Fastaformat),即其他软

涤生生·2021-05-02 15:03

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CytoTalk（从头构建信号转导网络）

其实关于细胞通讯的软件已经分享了很多了，每个软件都有其特点和优劣势，这里列举出来，大家有兴趣的可以参考10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析CellCh

单细胞空间交响乐·2021-04-30 15:27

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）VECTOR之文献分享

hello，昨天我们分享了VECTOR的示例代码，文章在10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之VECTOR,2020年8月发表于CellReports，对于其原理，我们还是需要认真总结一下的

单细胞空间交响乐·2021-04-28 10:39

10X单细胞精选文章 | 手把手教你用Marker基因定义细胞亚群

拿到单细胞转录组分析结果后，很多老师不清楚下一步应该怎么做，由于不同的研究目的关注的细胞类型也不一样，一般基本分析结果中的细胞聚类是基于细胞间的表达相似情况进行的，并标记为cluster0,1,2……n；因此，对于单细胞转录组的分析结果，第一步也是非常重要的一步就是对聚类的cluster进行细胞亚型鉴定。一般情况下，我们根据亚群上调表达的基因进行细胞亚型鉴定，基本分析结果中也展示了每个亚群差异倍数

OmicStudio·2021-04-24 00:47

单细胞上游软件cellranger从头说

对于我们的10x数据上游分析，主要靠cellranger拆分bcl安装bcl2fastq这是它的官网：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software

小潤澤·2021-04-22 16:41

贝叶斯分类器(10X单细胞和10X空间转录组的基础算法)

image.png贝叶斯分类器，即是以贝叶斯决策理论为基础的分类器，什么是贝叶斯决策理论呢？贝叶斯决策论1统计推断中的贝叶斯学派和频率学派贝叶斯决策论是贝叶斯学派关于统计推断（根据已有资料或者说数据，对未知问题作出判断）的理论，要理解贝叶斯理论，就不得不和他的“老对手”——频率学派（经典学派）一起聊。首先我们看看统计推断的问题是什么。statisticalinference是学统计的目的,即根据样

单细胞空间交响乐·2021-04-19 09:47

10X单细胞云工具 | Marker基因可视化（附视频）

别担心，联川“10X单细胞数据分析-Marker基因可视化”云工具上线了，听说可以同时绘制基因表达tSNE图，基因表达小提琴图，基因表达DotPlot图及亚群分类tSNE图哦，满足各种绘制需求，还免费，

OmicStudio·2021-04-17 17:32

10X单细胞轨迹分析（拟时分析）之cytotrace

当然，关于轨迹分析的方法之前分享过很多了，比如单细胞数据拟时分析之VIA（我的优势你们比不了）,10X单细胞

单细胞空间交响乐·2021-04-14 12:37

EfficientNetV2：更小，更快，更好的EfficientNet

”因公众号更改了推送规则，记得读完点“在看”~下次AI公园的新文章就能及时出现在您的订阅列表中作者：MostafaIbrahim编译：ronghuaiyang导读相比于之前的SOTA，训练速度快了5~10x

ronghuaiyang·2021-04-12 10:00

RPKM, FPKM, TPM

假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。测序覆盖度（coverage）是指测序获得的序列占整个基因组的比例。指的是基因组上至少被检测到1次的区域，占整个基因组的比例。由

林枫bioinfo·2021-03-31 03:48

10X空间转录组通讯分析章节3

细胞与细胞之间的通讯其实是一个很深的课题，今天我们来分享一下一个新的10X空间转录组细胞通讯的一个方法，分享代码的同时，我们要深入了解其原理和算法。

单细胞空间交响乐·2021-03-12 09:23

Python 实现反转整数的案例(很容易懂的那种)

=0:n2=x%10x=x//10tra=tra

·2021-03-10 22:56

10X单细胞、10X空间转录组和三代全长联合分析的文章（文献分享）

Aspatiallyresolvedbrainregion-andcelltypespecificisoformatlasofthepostnatalmousebrain,文献的地址在这里,这篇文献于2021年发表于NC，其实的精髓在于运用了三种单细胞技术，10X

单细胞空间交响乐·2021-03-02 16:45

微软 Win 10X 系统的深度体验

创誉代码转自：太平洋电脑网在Build2019开发者大会上，微软曾经发布过一款操作系统。这款系统类似于Win10，却又和Win10有着很多不同之处。比如它是双屏界面，能够很方便地实现某些特殊操作。整个系统没有菜单，采用的是和Android、iOS相类似的启动抽屉。此外它的UI也颇为引人注目，很好地解决了现版Win10中UI不统一的问题……But！这货跳票了，而且跳得很彻底，连御用设备Surface

·2021-02-19 20:18

10X空间转录组做细胞通讯的打开方式

10X空间转录组这项技术出现的时间也有了1年多之久，很多分析的思路也已经有了比较深的认识，但是对于细胞通讯而言，无论是发表的文章，还是个人分析，都还是需要很多的探索，今天我们就来分享一下关于10X空间转录组做细胞通讯的个性化思路

单细胞空间交响乐·2021-02-07 19:48

一文学会 | 采用Seurat3对10X Genomics示例数据进行单细胞测序数据分析

摘要：从https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz处下载得到2700个PBMC细胞测序数据，采用Seurat（v3.1.0）程序包进行分析。详细介绍见https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_t

yingyonghui·2021-02-05 11:13

Windows 10X细节浮出水面：任务栏居中、全新启动动画，将搭载全新开始菜单、动态壁纸

经过一年的折腾和几个月的沉默，Windows10X终于完成并准备“发布到生产厂商(RTM)”版本，这意味着它已经开始要进入新的笔记本电脑。现在，有外媒编辑就第一时间展示了Windows10X的新细节，比如全新的开始菜单，之所以说它新，第一，任务栏图标默认是居中的，除了固定的应用程序，任务栏还可以显示最近启动的应用程序，类似于Android和iOS手机。开始菜单改为“Launcher”Win10X最

代码100分·2021-01-23 21:26

读书笔记 - Zero to One

理论上大致有四种方式建立自己的垄断：拥有10x的技术形成网络边际效应(networkeffects)经济规模壁垒(scaleofeconomics)品牌：不过没有一家科技公司可以只靠品牌的根据这四种方式

xiaozhi239·2021-01-17 07:00

单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分

相信大家已经知道了cellhashing与普通10X转录组的差异，以及使用cellranger得到表达矩阵。

TOP生物信息·2020-12-30 19:07

重学python【matplotlib】

encoding:utf-8-*-importnumpyasnpimportpandasaspdimportmatplotlib.pyplotaspltimportseabornassns#散点图#数据准备N=10x

信小呆·2020-12-28 00:35

空间转录组第八讲：万字长文教你不写代码如何挖掘自己的数据

LoupeBrowser是10xgenomics专门开发的用于10x相关产品可视化的工具，它其实可以完成很大部分的数据挖掘工作，而且操作简单，自

邓老师呦·2020-12-23 09:31

吐槽weex的列表组件

Sean·2020-12-12 03:42

Matlab 将for循环转换为parfor循环

forx=0:0.1:1fork=2:10x(k)=x(k-1)+k;endxend为了加速代码，尝试将for循环转换为parfor循环。注意这段代码会产生错误。

Winds_Up·2020-12-03 11:04

【单细胞工具】-FIRM-整合多平台单细胞数据新算法

然而，使用不同的scRNA-seq技术平台(包括流行的SMART-Seq2(SS2)和10X平台)收集的数据集很难进行比较，因为它们是异构的。每个平台都有独特的优势，这些数据集的整

六博说·2020-11-24 17:03

2020-11-08 SRA上那些奇怪的10x Genomics数据

写这个记录的缘由，是我在生信技能树上看到这样一篇文章：生信技能树-文章的最高境界-让人无法重复出来？？？在《Single-cellanalysesrevealincreasedintratumoralheterogeneityaftertheonsetoftherapyresistanceinsmall-celllungcancer》这篇文章中，作者将10xGenomics单细胞测序的数据上传到了

Yuchen_Li·2020-11-09 01:58

NumPy-排序搜索计数集合

importnumpyasnpx=np.random.randint(1,10,10)print(x)[2262642316]x=np.random.rand(5,5)*10x=np.around(x,

_Carpediem·2020-10-30 00:48

红米10x和荣耀x10哪个好

同样如此，非常硬朗的沉稳风格；我用的红米手机就是活动时8折抢购的点击开抢https://www.xiaomi.com荣耀x10更多使用感受和评价：https://www.huawei.com/x10红米10X

m0_51290176·2020-10-11 17:30

红米10x和华为nova6se哪个好

m0_51290176·2020-10-10 18:52

红米10x和小米10青春版哪个好

红米10X采用的是三星AMOLED屏幕，通过了HDR10+的认证，支持阳光屏，夜光屏，护眼模式。

m0_51392343·2020-10-10 17:24

红米10x和红米9哪个好

Redmi9和Redmi10X都是采用的全面屏设计，屏幕尺寸也都是6.53英寸，不同的是，Redmi9为水滴屏设计，而Redmi10X则是挖孔屏设计。红米手机爆降600这活动太给力了点击开抢https://www.xiaomi.com从机身背部来看，两款手机的辨识度也是比较高的，Redmi9后置镜头采用的是类似于RedmiK30系列的圆形设计，而Redmi10X则是采用的矩阵设计。红米9的微距镜头

m0_51392343·2020-10-10 17:59

红米10x和红米k30i的区别

Redmik30i（5G）的手机尺寸为165.3x76.6x8.79mm，重量208g，颜色有时光独白，深海微光；Redmi10x手机尺寸为164.16x75.75x8.99mm，重量205g，机身颜色为凝夜紫，深海蓝，胧月金，星露白。红米手机爆降800这活动太给力了机会不容错过点击开抢https://www.xiaomi.comRedmik30i的屏幕大小为6.67英寸，Redmi10x为6.5

m0_51392343·2020-10-10 17:49

红米10x和红米k30pro哪个好

外观方面，Redmi10X采用6.57英寸AMOLED屏幕，分辨率为2400*1080像素，支持HDR10+，同时最高支持120Hz屏幕刷新率；红米k30pro采用6.67英寸AMOLED全面屏（20:9），分辨率为2340x1080像素，支持90HZ刷新率。红米手机爆降600这活动太给力了机会不容错过https://www.xiaomi.com摄像方面，Redmi10X是4800万主摄＋800万

m0_51392343·2020-10-10 17:23

红米10X和红米k30哪个好

红米10X采用6.57英寸AMOLEDMini水滴全面屏，分辨率为2400×1080，支持阳光屏，夜光屏，护眼模式。

m0_51392343·2020-10-10 17:06

红米10x和红米k305g极速版哪个好

红米10x采用的是水滴屏设计，而k30极速版使用的是更丑的双发孔屏，如果非要对比的话我还是觉得水滴屏的设计更好看一点。

m0_51380603·2020-10-10 15:45

Windows 10X将在明年推出，或将取代Win10

10月5日消息，据消息人士的说法，微软计划在2021年上半年交付Windows10X，首批单屏Windows10XPC也将在2021年第二季度或春季上市。为了给Windows10X的发布腾出空间，微软似乎也在考虑对其Windows10升级周期进行更改。在2022年上半年，我们将看到Windows10X的首次重大更新，该更新将增加对双屏硬件的支持，例如SurfaceNeo和LenovoThinkPa

科技美学·2020-10-05 00:00

取代Win10 消息称Windows 10X将在明年推出

本月，微软发布Surface的新品（全新配置SurfaceProX、全新的SurfaceLaptopGo）后，偷偷做了一个小调整，直接从官网上删除了SurfaceNeo字样，这也意味着这款产品被无限推迟。事实上，SurfaceNeo推迟的原因，还是跟它搭载的Windows10X有关，因为该系统的开发进度已经严重落后微软既定计划，至于何时能推出依然遥遥无期。10月5日消息，据外媒援引消息人士的说法，

TechWeb·2020-10-05 00:00

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