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10x 程序员工作法 - 划重点 | “综合运用”主题内容的全盘回顾

1.应用场景主要用于针对程序员工作法的综合运用.2.学习/操作1.文档阅读划重点|“综合运用”主题内容的全盘回顾-极客时间2.整理输出原文你好，我是郑晔。又到了我们划重点的时间了，因为篇幅关系，“综合运用”这个模块最为短小精悍。在这个模块中，我们把前面学到的各种知识综合起来，运用在实际的工作场景中，让你知道这些内容并不是一个个孤立的实践，在实际工作中，唯有将它们结合起来，才能发挥最大功效。重点复习

穿素白衫的少年·2022-07-13 11:34

10X空间转录组的边界转换效应

作者，追风少年ihello，又是新的一周，2022的下半年，疫情虽然没有完全过去，但是基本已经控制住，对于我们而言，艰难的2022是必须熬过去的砍，没有撤退可言，希望我们无论遇到什么，都能优雅的说一声，咖啡里的糖放多了~~~~今天我们继续空间转录组的分析内容，关于空间边界效应转换的内容。其实在文章ComprehensiveAnalysisofSpatialArchitectureinPrimary

单细胞空间交响乐·2022-07-11 14:31

scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder

10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）：根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。

Hayley笔记·2022-07-01 10:33

文献学习021--[sc]单细胞测序揭示心梗后的心脏免疫动态变化

TemporalImmuneCompositionintheHeartbySingle-CellRNASequencingafterMIFig1A：分选了sham和MI后d3(急性炎症期)，d7(急性炎症期)和d14小鼠(重构期)心脏中的免疫细胞，进行了10x

Hayley笔记·2022-06-30 09:35

优秀程序员的开发效率是普通程序员的 10 倍，那么如何提升呢？

成为10x程序员是很多程序员的追求。但工作产出并不只是由写代码的效率决定的，一些不恰当工作方法很大程度上影响着你的产出。在接下来的这段时间里，我希望通过这个专栏和你一起探讨，作为一个程序员，

普通网友·2022-06-24 11:12

10X单细胞空间联合分析远端肺图谱

作者，追风少年i~hello，周三了，时间很快，夏至已过，今年差不多过半，距离30岁的自己，也越来越近了，现在的自己想对30岁的自己说一句话，无论遇到什么，希望都可以坦然面对。今天我们继续单细胞空间联合分析，多积累积累经验，文章在Humandistallungmapsandlineagehierarchiesrevealabipotentprogenitor,2022年4月发表于nature，非常

单细胞空间交响乐·2022-06-22 19:01

10X空间转录组之构建邻域通讯网络

作者，追风少年ihello，大家好，新的一周，这是今年的第25周，几乎一半了，不知道大家挣到钱了没有？？或者有了对象没有？？？今天我们来学习构建空间邻域通讯，看下图：空间邻域通讯构建我们首先要来学习一个很重要的只是，那就是细胞的niche，这个我之前提到了很多了，Theniche，orcellmicroenvironment，isacriticaldeterminantoftheregenerat

单细胞空间交响乐·2022-06-13 14:25

2022.04.13【读书笔记】|10X单细胞转录组分析流程介绍

文章目录摘要课程目录流程分析软件基础分析流程数据质控测序统计细胞过滤表达定量聚类分群数据合并批次效应MNN矫正CCA矫正harmony矫正细胞过滤亚群聚类高变基因筛选与PCA分析聚类可视化亚群鉴定(关键，耗时最久)标记基因亚群定义特征分析频率统计亚群特征表达基因个性数据挖掘瞬时状态细胞演化细胞关联小结摘要本次笔记是基迪奥单细胞课程第二章，根据课件以及上课老师的情况来看，比之前的美格和菲沙都要好一些

穆易青·2022-06-12 19:35

10w+细胞数的项目Seurat分析很慢，我推荐你scanpy

并且，根据10X官方的介绍，今年下半年预期会

菌小落·2022-06-12 19:59

10X空间转录组的注释流派

作者，追风少年i~高考第二天，去看了一下在今天高考的数学卷子，惊奇的发现最后的压轴题自己还会做，，大家不妨试一试，题在下面图片.png以前学数学的时候总是觉得生活中根本用不到，买菜根本不用计算log，就算做了数学老师，好像也就停留在纸面上，到底有什么用，想象不到~~~时至今日做了生物信息，才发现当初的自己井底之蛙，单细胞空间数据处理运用到了庞大的数学知识，什么各种检验，均一化、标准化、降维、聚类等

单细胞空间交响乐·2022-06-08 17:44

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节

hello，大家好，今天是周天，虽然是休息，但是今天是MSI世界赛，边看比赛，抽空给大家分享一个小小的知识，那就是通讯中的小小的知识，来源是CellChat的文献Inferenceandanalysisofcell-cellcommunicationusingCellChat，知识是什么呢，就是关于通讯的空间临近性。核心总结空间相邻的细胞类型应该比空间遥远的细胞具有更强的细胞间通信CellChat

单细胞空间交响乐·2022-06-02 09:57

10X空间转录组之免疫组库分析

时至今日，空间转录组已经取得了极大的研究成果，无论是10X空间转录组还是BGI的Stereo-seq，在研究组织发育图谱和疾病方面都起到了至关重要的作用。

单细胞空间交响乐·2022-05-12 18:24

写代码就能成为软件工程师？这可不是同一件事

有人说，只要会写代码即可；也有人说，“10x编码者”必然是一位软件工程师；还有人说，只要熟悉各种软件开发原则就能满足这一岗位的需求。实则，想成为一个资深软件工程师，需要永葆学习的热情。

CSDN资讯·2022-04-29 09:52

10X单细胞（10X空间转录组）单细胞与单核的数据比对区别

hello，周四了，马上五一放假了，不知道大家有没有想去的地方，可恶的疫情，喜欢的人都不让见了~~~~。今天我们学习一个小知识，那就是单细胞数据和单核数据比对上的区别，之前在分析项目中，因为信息的不及时，很多单核数据当成普通的转录组进行分析了，当然结果有问题，然后换回单核比对程序，基因数和细胞数就有了明显的提升，这个是为什么？？有人说单核很多都是未剪切的片段，所以要计算内含子，但这种解释流于表面，

单细胞空间交响乐·2022-04-28 11:00

10X空间转录组分析之空间模式与共定位

hello，大家好，又是周五，一周又将过去了，时间总是匆匆，片刻不停留，我们唯一能做的，就是在时间流逝的过程中，留下点印记，虽然我们穷，找不下对象，但是过的开心也是成功~~~~今天我们来学习一个很好的分析点，空间基因表达模式与共定位（共定位可以是细胞类型的共定位，也可以是配受体的共定位），参考的文章是Scalableandmodel-freedetectionofspatialpatternsan

单细胞空间交响乐·2022-04-22 11:50

10X单细胞联合eQTL信息揭示细胞类型特异性分子和遗传与lupus的关联

今天我们继续分享一下单细胞和eQTL的联合分析，上一篇关于这个的联合分析在利用10X单细胞eQTL定位确定自身免疫性疾病的细胞类型特异性基因控制，这一篇要分享单细胞联合eQTL揭示细胞类型特异性分子和遗传与

单细胞空间交响乐·2022-04-18 14:38

scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图

1.数据准备用10x数据做scVelo，输入数据分2部分:Seurat分析后的数据:聚类、基因、细胞信息。

RedStones·2022-04-15 14:49

10X单（核）细胞空间联合分析揭示宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境

hello，周三了，又是新的一周，但是内心29周岁而立之年的焦虑始终挥之不去，甚至害怕孤独终身的感觉，，阿甘正传有一句台词，“你以后想成为什么样的人？”“什么意思，难道我以后就不能成为我自己了吗？”，希望大家都能成为内心的自己。好了，又到了我们单细胞空间联合分析的时间了，今天分享的文献在Single-nucleusRNASequencingandSpatialTranscriptomicsReve

单细胞空间交响乐·2022-03-23 14:56

10X单细胞转录组、单细胞核转录组、VDJ、空间转录组联合分析识别人肺组织的免疫细胞生态位

hello，大家好，雾霾天就适合写写东西，放松一下，今天我们来分享一下运用10X空间转录组识别免疫细胞生态位的内容，关于空间转录组识别生态位的内容，我也分享了很多了，欢迎大家多多交流，今天分享的文章在Aspatialmulti-omicsatlasofthehumanlungrevealsanovelimmunecellsurvivalniche

单细胞空间交响乐·2022-03-20 14:24

10X单细胞（10X空间转录组）细胞组成变化分析之scCODA

hello，又是周五了，比较忙，没有更，但是29周岁而立之年的焦虑还一直在，不知道怎么做才能缓解，好了，这一篇我们要分享一个新的方法，aBayesianmodelforcompositionalsingle-celldataanalysis，分享的文章在scCODAisaBayesianmodelforcompositionalsingle-celldataanalysis，2021年12月发表于

单细胞空间交响乐·2022-03-18 15:19

Python绘制散点图的教程详解

少废话，直接上代码importmatplotlib.pyplotaspltimportnumpyasnp#1.首先是导入包，创建数据n=10x=np.random.rand(n)*2#随机产生10个0~

·2022-03-16 17:36

10X单细胞空间联合分析方法汇总及算法总结

hello，又是周一，新的开始，今天是二月二十八日，对于台湾同胞来说是一个沉重的日子，时间很快，快到我们毫无感觉就到了30岁，而立之年，这一篇我们进行一下汇总，对单细胞空间联合分析的软件进行一下系统性的总结，同时参考了一篇文章，Acomprehensivecomparisononcelltypecompositioninferenceforspatialtranscriptomicsdata,是一

单细胞空间交响乐·2022-03-15 14:31

10X单细胞（10X空间转录组）分析之学习和可视化抽象细胞特征和数据分组（Multiscale PHATE）

hello，周三了，一周的最黄金事件，时间很快，需要珍惜，功夫熊猫里面有一句台词，放弃，不放弃；做面条，不做面条。你患得患失，太在意从前，又太担心将来。有句话说的好：昨天是段历史，明天是个谜团，而今天是天赐的礼物。像珍惜礼物那样珍惜今天。今天给大家分享一种可以在所有粒度级别上学习和可视化抽象细胞特征和数据分组的方法----MultiscalePHATE，文章在MultiscalePHATEiden

单细胞空间交响乐·2022-03-09 15:23

10X单细胞 & ATAC 研究揭示人类妇科恶性肿瘤的多组学单细胞图谱

hello，大家好，今天是个好日子，女神节，什么是女神呢？我百度了一下，意思指对女性的神明或至尊的称谓，特指神话传说中的女性至高者。后来引申为善良、纯洁、高素质、气质脱俗以及容貌美的女性。在现代社会，女神常用来定义男性心目中喜爱，但还未成为真正恋爱对象的女生，那么女孩子们，你们是不是女神，看来还是取决于男性的内心啊，~~~~今天我们来分享一篇关于女性的研究文章，妇科恶性肿瘤的研究内容，文章在Amu

单细胞空间交响乐·2022-03-08 13:23

10X单细胞空间联合分析揭示了受不同基质细胞群调节的follicle发育

hello，大家好，我这个loser又来了，又是单细胞空间联合，不知道大家的单细胞空间数据分析的怎么样了？？？发文章了没？？？今天我们分享的文献在Temporalandspatialdynamicsmappingrevealsfollicledevelopmentregulatedbydifferentstromalcellpopulations，希望有朝一日，我也可以成为知识的创造者~~~~im

单细胞空间交响乐·2022-03-06 14:18

10X单细胞空间（RNA、ATAC、Spatial）联合分析剖析类风湿关节炎中炎症相关滑膜成纤维细胞的异质性及其驱动因素

又是周五，一周又将过去，时间总是匆匆，半刻不会停留，很想挽留，但是却没有方法，很多时候不希望时间就这么悄悄溜走，只好在时间的道路留下一些标记，回头看时，知道自己曾经来过今天又是单细胞空间占据身心的一天，分享的文献在HeterogeneityofInflammation-associatedSynovialFibroblastsinRheumatoidArthritisandItsDrivers，单

单细胞空间交响乐·2022-03-04 11:48

2022空间转录组分析01：stLearn CCI分析教程数据说明

此教程数据在：10X官网image-20220222115359259.pngimage-20220222115542672.pngspac

_十三·2022-03-03 21:04

10X空间转录组数据分析梳理

hello，周四了，时间怎么过的这么快呢？？我的记忆还停留在刚过完年拔充电线的那一刻，时间啊，慢些吧，想静静的感受一下生活的美好，虽然生活总是打击我们，但我们还是要拥抱生活，最近看了个日剧，其中有这么一句话，什么可以代表我们的人生？是房子？财富？地位？女人？这些虽然很好，但代表不了我们的人生，真正代表我们人生的，是你为了追求理想不断付出的努力过程，过程很痛苦，所以随时有人放弃，过程也很快乐，因为并

单细胞空间交响乐·2022-03-03 15:08

10X单细胞通讯分析之ICELLNET

今天我们来分享一下新的10X单细胞通讯分析的方法，名字是ICELLNET，文章在Dissectionofintercellularcommunicationusingthetranscriptome-basedframeworkICELLNET

追风少年i·2022-02-21 07:57

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析CellChat之多样本通讯差异分析

hello，各位好，之前呢，我们分享了Cellchat的文章内容，方法，以及单样本分析案例，文章在10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CellChat，这次我们来分享一下Cellchat分析多样本通讯差异的分析过程

追风少年i·2022-02-21 04:05

单细胞免疫组库数据分析||Seurat整合单细胞转录组与VDJ数据

在做10X单细胞免疫组库分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘转录组，那么怎样才能把两者结合到一起呢？今天我们尝试用我们的趁手工具做一下整合分析。

周运来就是我·2022-02-20 07:05

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之cluster是否包含有意义的subcluster（SIGMA）

hello，大家好，今天我们来分享一个实用的方法，SIGMA，这个方法是用来做什么的呢？？就是说我们对一个样本进行初次聚类之后，很多时候我们需要对一个cluster再分群看看，是否一个cluster内部也具有异质性，从而挖掘有意义的新的细胞类型，那如何判断一个cluster是否值得再分群分析呢？？这个软件可以辅助我们来分析一下，文章在Aclusterabilitymeasureforsingle-

追风少年i·2022-02-20 04:42

单细胞交响乐29-实战十二 10X 小鼠嵌合体胚胎

刘小泽写于2020.7.21为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐4-归一化单细胞交响乐5-挑选高变化基因单细胞交响乐6-降维单细胞交响乐7-聚类分群单细胞交响乐8-marker基因检测单细胞交响乐9-细胞类型

刘小泽·2022-02-19 23:21

10X单细胞（10X空间转录组）富集分析GSEA、GSVA算法回顾

又是周五，又一周即将过去，人生总会失去很多东西，但是，想到自己的初心，会明白很多的事情。好了，这一篇我们来简单回顾一下常用的富集分析方法GSEA、GSVA的分析算法原理，如有不准确之处，希望大家指出，共同进步。期待有缘人的相逢GSEA部分GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA，基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与给定按照一定分类标准的基因表（可以是某个功能相

单细胞空间交响乐·2022-02-18 10:54

10X单细胞揭示晚期肾细胞癌免疫治疗期间的肿瘤和免疫重编程

工作已经进入了正轨，10X单细胞空间似乎永远在路上，但是慢慢研究的风向开始起了变化，单细胞空间都不再满足于对组织的研究，而是要靠向临床，运用单细胞空间技术对临床进行指导，今天分享的文献在Tumorandimmunereprogrammingduringimmunotherapyinadvancedrenalcellcarcinoma

单细胞空间交响乐·2022-02-17 17:30

如何成为 10 倍软件工程师

10x工程师是事实，最好的工程师比普通工程师好10倍。就像一支单人军队一样，他们自己提供的价值比一支初级工程师团队加起

张飞洪[厦门]·2022-02-17 09:00

10X单细胞空间解析淋巴干细胞相互作用调节肠道干细胞活性

今天给大家分享10X单细胞空间解析肠道干细胞的生理调控，一旦涉及到组织有序性的调控分析，10X单细胞空间必须联合才可以真正达到认识问题的目的，文章在Alymphatic-stemcellinteractomeregulatesintestinalstemcellactiv

单细胞空间交响乐·2022-02-14 15:00

单细胞交响乐30-实战十三 10X 小鼠乳腺上皮细胞

刘小泽写于2020.7.21为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐4-归一化单细胞交响乐5-挑选高变化基因单细胞交响乐6-降维单细胞交响乐7-聚类分群单细胞交响乐8-marker基因检测单细胞交响乐9-细胞类型

刘小泽·2022-02-12 12:56

跟着Bioconductor一步一步学习scRNA（一）

/workflows/html/simpleSingleCell.html题目就叫“step-by-step”，最喜欢这么系统的学习了，并且它涵盖了主流的几个R包，主流的两个平台smart-seq2和10X

天涯清水·2022-02-12 06:27

人鳞状细胞癌成分和空间结构的多峰分析（空间转录组与单细胞文章）

目前10X空间转录组已经有了很多的意向，但是对于空间转录组的带给我们的位置信息想要告诉我们什么样的结果，仍缺乏引导，如何运用空间转录组，更多需要我们自己的摸索和一些文献带给我们一些思路，今天我们来分享一篇空间转录组文章

追风少年i·2022-02-08 21:22

单细胞分析seurat包学习笔记1

该Read10X函数从10X读取cellranger管道的输出，返回唯一分

麒麟991·2022-02-08 18:12

【10X空间转录组Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空间转录组结果的代码实操

Geekero·2022-02-08 12:46

Java 泛型

假如有这样的一个需求，需要一个类来表示坐标，但是坐标的数据类型可以是整数、小数、字符串，如：x=10、y=10x=12.88、y=129.65x="东京180度"、y="北纬210度"针对不同的数据类型

彭空空·2022-02-08 11:09

Seurat学习与使用（一）

上篇介绍了单细胞rna-seq分析的第一个步骤——数据质控和定量（10X单细胞测序之cellranger介绍）。接下来将介绍下第二个步骤——细胞质控、聚类及差异分析。

小胡子老爷·2022-02-07 14:39

SpatialDB引发的10x技术原理的探究

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst引言单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的出现极大的推动了现代细胞和分子生物学的发展。scRNA-seq可以覆盖RNA-seq数据中的大量细胞子集，提供单个细胞的转录组信息，从而揭示细胞间的异质性。但当scRNA-seq应用于某些组织或系统研究时，就丢失了至关重要的空间位置信息。而单细胞空间转录组技术可以同时进行单细胞转录组测序并记录组织细胞的空间

生信阿拉丁·2022-02-07 03:29

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（三）：Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq

这三个数据集均来自10Xgenomics测序平台产生的数据，可以直接在10x官网下载使用。

Davey1220·2022-02-05 20:17

10X单细胞空间揭示developing human pancreas

hello，新年过完了，大家相亲成功了没？？成功了的留个言，恭喜一下你~~~~，反正我是失败了~~~~，好了，新的一年又要开始了，新的征程等着我们，单细胞空间的研究永远在路上，今天给大家分享的文献在Singlecelltranscriptomicandspatiallandscapesofthedevelopinghumanpancreas，无论遇到什么，一定要相信自己，只是运气不好，绝不是自己才

单细胞空间交响乐·2022-02-05 19:16

单细胞交响乐21-实战四批量处理并整合多个10X PBMC数据

刘小泽写于2020.7.19为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐4-归一化单细胞交响乐5-挑选高变化基因单细胞交响乐6-降维单细胞交响乐7-聚类分群单细胞交响乐8-marker基因检测单细胞交响乐9-细胞类型

刘小泽·2022-02-03 06:24

10X单细胞（10X空间转录组）分析回顾之harmony的各种运用（联合NMF和python的harmonypy）

隔离的第八天，孤独的情绪渐渐消散了，音乐，朋友，亲情，还有游戏，果然让心情会变好很多，有位圣贤说过，其实人过的快不快乐，并不是说我们拥有了房子，车子，还有和喜欢的姑娘在一起，而是良好的人际关系，好了，这一篇我来详细分享一下harmony的各种用法，包括harmony与Seurat的联合使用，harmony与NMF的联合使用，以及python版本的harmonypy的运用，我们一一来分享，希望大家有

单细胞空间交响乐·2022-01-17 12:21

10X单细胞空间数据分析之表征细胞状态和生态型（EcoTyper）

隔离的第三天，一个人的日子总是很难熬，没办法，孤独总是常伴我身，今天我们分享的文献在Atlasofclinicallydistinctcellstatesandecosystemsacrosshumansolidtumors,2021年10月发表于cell，其中文章中开发了一种表征细胞状态和生态型的分析方法，EcoTyper，我们就来一探究竟image核心：无论是正常组织还是肿瘤发生，绝不是单一细

单细胞空间交响乐·2022-01-12 16:09

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