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自来水 -《10x程序员工作法》

虽然专栏名为"10x程序员工作法"，但同行业内的其他职场人士也能从中受益。有助于提升个人职业技能的专业性，并极大改善与上下游的协作关系。
夫礼者·2021-12-30 22:03

10X单细胞空间回顾之stlearn

今天我们还有复习一下stlearn，很棒的软件stSMEclusteringtutorial(空间平滑)stSMEisanovelnormalisationmethodimplementedinstLearnsoftware.It’sdesignedforspatialtranscriptomicsdataandutilisedtissueSpatiallocation,Morphology,,a
单细胞空间交响乐·2021-12-30 17:21

10X单细胞空间联合分析之再次解读cell2location

到了年根了，其实想总结一些之前的东西，其中cell2location很想再次分享一下，好好研读一下。Cell2location是一种有principledBayesianmodel，可以解析空间转录组数据中的fine-grained细胞类型，并创建不同组织的综合细胞图。Givencelltypeannotationforeachcell,thecorrespondingreferencecellt
单细胞空间交响乐·2021-12-30 13:35

10X单细胞揭示肿瘤浸润性T细胞的泛癌单细胞图谱

临近年底了，再过几天，就穷了一年了，不知道是不是该珍惜现在穷的日子，因为以后肯定会更穷的，。今天我们来分享一个T细胞方面的研究，当然主要还是针对肿瘤的，参考文章在Pan-cancersinglecelllandscapeoftumor-infiltratingTcells，2021年12月17号发表于science，值得我们深入探讨一下。图片.pngINTRODUCTION针对肿瘤特异性T细胞的癌
单细胞空间交响乐·2021-12-28 14:22

单细胞RNAseq常规分析流程（10X）

降维聚类，类型鉴定，差异分析近年来，单细胞测序的成本逐渐降低，使得大众研究从组织水平转移到单个细胞水平的分析成为可能。本文主要是简单介绍一下SingleCellRNAseq（ScRNA）分析的基本流程，适用于大多数单细胞数据的前期分析，旨在介绍分析的流程和用到的方法，具体细节还需要感兴趣的你们深入挖掘。主要分析流程原始数据处理细胞降维与聚类细胞类群鉴定基因差异表达分析基因功能注释，细胞通讯，通路差
QXPLUS·2021-12-27 17:36

10X单细胞分析揭示了肺癌抗 PD-1 治疗过程中前体耗竭 T 细胞的克隆复苏和扩增

hello，大家好，这一篇我们来看一下张泽民新发表的文章，Temporalsingle-celltracingrevealsclonalrevivalandexpansionofprecursorexhaustedTcellsduringanti-PD-1therapyinlungcancer，2021年12月23日发表于NatureCancer，我们来分享一下.先来简单总结一下全文肿瘤浸润T细胞
单细胞空间交响乐·2021-12-26 20:56

10X单核转录组 && 空间转录组揭示癌症相关成纤维细胞是宫颈鳞状细胞癌预后和治疗的潜在靶点

hello，大家好，这一篇我们要看一下单核转录组和空间转录组的联合分析，参考文章在TranscriptomicProfilingRevealsCancer-AssociatedFibroblastsasPotentialTargetsforthePrognosisandTreatmentofCervicalSquamousCellCarcinoma，其实最主要的目的就是在于了解单核转录组与空间转录
单细胞空间交响乐·2021-12-24 16:36

10X单细胞（10X空间转录组）之基因网络推断方法之间的优劣势

大家应该经常用SCENIC或者pySCENIC推断单细胞数据的基因网络吧，但是大家知道网络推断方法之间的算法和优劣势么，这一篇我们来分享一下推断基因网络调控的多方法比较，参考文章在IdentifyingstrengthsandweaknessesofmethodsforcomputationalnetworkinferencefromsinglecellRNA-seqdata，分享一下如何准确推断
单细胞空间交响乐·2021-12-20 17:29

10X单细胞空间联合表征肾细胞癌与其微环境

周五了，一周的收官之战，我们继续分享单细胞空间联合分析的内容，这一篇我们参考的文章在Multi-regionalcharacterisationofrenalcellcarcinomaandmicroenvironmentatsinglecellresolution，单细胞空间的联合分析已经运用到各种疾病肿瘤的研究。图片.png收集一下细胞markerCD3D,CD3G,andCD3E（T细胞）C
单细胞空间交响乐·2021-12-19 11:07

10X单细胞空间阐明基底细胞瘤与其微环境的相互作用和肿瘤生长机制

这一篇我们继续分享单细胞空间联合分析解决我们的生物学问题，这一次我们要分享的生物学问题是基底细胞瘤与其微环境的相互作用和肿瘤生长机制，当然了，一旦涉及微环境的研究，单细胞空间两种技术都是必需的，今天我们参考的文献在Single-cellanalysisofbasalcellcarcinomarevealsheatshockproteinspromotetumorgrowthinresponseto
单细胞空间交响乐·2021-12-14 11:27

10X空间转录组数据分析之空间临近通讯网络（DAGBagST）

hello，大家好，今天给大家分享一个很重要的空间转录组的分析内容，空间临近通讯网络，参考文献在Learningdirectedacyclicgraphsforligandsandreceptorsbasedonspatiallyresolvedtranscriptomicanalysisofovariancancer，非常好的方法，有助于建立通讯的空间结构网络，我们来看看如何做的。图片.pngA
单细胞空间交响乐·2021-12-12 11:07

10X单细胞、VDJ、空间转录组助力研究转移性黑色素瘤的免疫图谱

hello，大家好，今天我们继续分享单细胞空间的分析内容，不过我们今天重点放在免疫部分，参考文献在ResidentmemoryCD8+Tcellsinregionallymphnodesmediateimmunitytometastaticmelanoma，2021年9月发表于Immunity,IF37分，专门针对免疫研究的文章，我们今天来好好看看，看看作者是如何将单细胞转录组、VDJ、空间三项技
单细胞空间交响乐·2021-12-10 09:13

10X单细胞VDJ分析识别具有抗原特异性的TCR motif

这一篇继续学习一些免疫方面的内容，参考文献在GlobalanalysisofsharedTcellspecificitiesinhumannon-smallcelllungcancerenablesHLAinferenceandantigendiscovery，2021年3月发表于Immunity，，免疫是一门很深的学问，之前分享了很多了，但是还是盲区太多，看来免疫学作为一门专门的学科大类是有道理
单细胞空间交响乐·2021-12-09 15:04

seurat对象处理

seurat对象的处理是分析的一个难点，这里我根据我自己的理解整理了下常用的seurat对象处理的一些操作，有不足或者错误的地方希望大家指正~首先是从10X数据或者其他数据生成一个seurat对象（这里直接拷贝的官网的教程
myshu·2021-12-08 10:04

10X单细胞空间助力探索人类结直肠癌中空间组织的多细胞免疫中枢

hello，大家好，今天我们要继续分享一些单细胞空间在医学研究中的运用，参考文章在Spatiallyorganizedmulticellularimmunehubsinhumancolorectalcancer，2021年9月发表与杂志cell，顶级期刊，非常要借鉴价值，用到了非常多之前介绍的方法，包括单细胞技术，DSP空间技术，RNAscope等时下最热门的生物学技术，也有很多经典的分析方法，我
单细胞空间交响乐·2021-12-07 16:15

10X单细胞（单细胞转录组 & 单核转录组）空间联合分析解析独特且进化上保守的肝脏巨噬细胞生态位

hello，大家好，今天我们继续分享单细胞空间联合分析的文章，大家如果看我的文章也应该发现了，空间转录组越来越多的用来解释关键细胞类型的生态位，非常重要，关于生态位的问题，我之前分享了一篇，文章在10X
单细胞空间交响乐·2021-12-05 17:19

10X单细胞空间联合分析解析结肠癌肝转移时空免疫图谱

hello，又到周五，一周的收官之战，今天我们要继续分享单细胞空间联合分析的文章，参考文章在SpatiotemporalImmuneLandscapeofColorectalCancerLiverMetastasisatSingle-CellLevel，2021年8月发表于cancerdiscovery,IF17.40分，我们来看一下这一次运用单细胞空间联合技术给我们带来什么不一样的生物学分析内容
单细胞空间交响乐·2021-12-03 16:44

10X单细胞（10X空间转录组）scvelo动态模型导论

hello，大家好，今天我们要分享一个很难的数学理论，大家在用单细胞做velocyto的时候，如果用到的是scvelo，那么会有三种模式，列举如下：（1）稳态/确定性模型velocyto中使用稳态/确定性模型对RNA速率进行估计。在假定转录阶段(诱导和抑制)持续足够长的时间以达到稳态平衡的情况下，速率被量化为实际观测值如何偏离稳态平衡。平衡mRNA水平近似于在假定的上下分位数的稳定状态下的线性回归
Evil_Genius·2021-12-02 17:45

10X单细胞 & 10XATAC联合之调控网络分析（IReNA）

hello，大家好，这一篇给大家带来的是10X单细胞和10XATAC联合进行网络调控的分析，也很经典，参考的文献在IReNA:integratedregulatorynetworkanalysisofsingle-celltranscriptomes
单细胞空间交响乐·2021-11-30 17:12

酷家乐 x StarRocks ：家居SaaS独角兽如何实现数据分析全面升级，大幅降低平台成本

生产环境上使用StarRocks集群（10x物理机）替换了原有阿里云ADB集群和EM
·2021-11-30 15:48

10X空间转录组揭示植物C4和CAM两种光合系统共存之谜

hello，大家好，又是周六，该死的加班，不过也好，分享一点新的东西，就是10X空间转录组在植物研究方面的运用，其实无论是10X单细胞、10X空间转录组，都曾寄希望于植物的研究，单细胞前景仍然不是很明朗
单细胞空间交响乐·2021-11-28 09:12

技术 | 单细胞转录组测序之10x Genomics

10XGenomicsplatform10XGenomics是一个综合的单细胞测序技术平台，可以应用于多种单细胞测序上，包括Singlecellgeneexpression,SinglecellImmuneProfiling,SinglecellCNV,SinglecellATAC。这篇文章将主要简述10XGenomics在单细胞基因表达检测方面，也就是scRNA-seq上的应用。10XGenom
尘世中一个迷途小书僮·2021-11-27 15:23

10X空间转录组数据分析之空间注释（解卷积，STdeconvolve）

MIA用于单细胞和空间的联合分析10X单细胞和空间联合分析的方法---cell2location10X空间转录组和10X单细胞数据联合分析方法汇总10X单细胞空间联合分析之四----DSTG10X单细胞空间联合分析之三
单细胞空间交响乐·2021-11-16 09:27

生信 | scATAC-Seq数据获取（超快sra转fq）

部分代码参考自10xgenomics官网，但绝大多数代码融入了我自己的思考1、上游分析（软件安装+数据获取+callpeak）由于10X封装好了流程，所以软件安装和callpeak就很简单了，因此重要的就是如何获取数据
生信卷王·2021-11-09 17:31

10X空间转录组利用空间位置的个性化分析小结

10X空间转录组，空间位置带给了我们什么信息？
单细胞空间交响乐·2021-11-04 15:49

10X单细胞空间联合分析之十（RCTD）

hello,上一篇文章中，10X空间转录组数据分析之空间注释（解卷积，STdeconvolve）中提到了单细胞空间联合的分析方法，SPOTlight，RCTD，其中SPOTlight已经分享过了,今天加把劲
单细胞空间交响乐·2021-11-02 19:19

10X空间转录组空间高变基因联合组织区域识别之SpatialDE2

hello，大家好，又到周五了，今天给大家带来一个新的分析内容，空间高变基因联合算法推断区域识别的方法，SpatialDE2，文章在SpatialDE2:Fastandlocalizedvariancecomponentanalysisofspatialtranscriptomics,看到这个，大家首先联想到的是软件SpatialDE，其实这本身就是SpatialDE的升级版，关于SpatialD
单细胞空间交响乐·2021-10-29 12:36

10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank代码分享）

这一篇接上一篇，我们来分享Cellrank的基础分析代码，我们直接开始使用RNA速度和转录组学相似性来估计细胞-细胞转换概率。即使没有RNA速度信息，也可以应用CellRank（但还是推荐大家RNA速率和相似度方法联合使用）。加载importsysif"google.colab"insys.modules:!pipinstall-qgit+https://github.com/theislab/c
单细胞空间交响乐·2021-10-21 11:27

10X空间转录组空间高变基因分析之SPARK

hello，今天给大家分享一个检测空间高变基因的方法，分享这个内容的主要原因是下一篇我们要利用空间高变基因运用到我们的空间转录组分析，文献在Statisticalanalysisofspatialexpressionpatternsforspatiallyresolvedtranscriptomicstudies，naturemethod，IF27，软件在SPARK，不过最近作者推出了SPARK加
单细胞空间交响乐·2021-10-21 10:41

10X空间转录组数据分析之CNV事件的spatial landscape

hello，大家好，今天我们来分享一个新的内容，CNV事件的空间图谱，其中关于10X空间转录组进行CNV事件分析的内容，之前都分享过，文章在10X空间转录组数据分析之思路总结（针对肿瘤样本）、10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变
单细胞空间交响乐·2021-10-15 19:31

10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graph convolutional network）

hello，大家好，今天给大家分享10X空间转录组一个新的分析点，图卷积网络，关于这个，不知道大家对机器学习了解多少，希望认真做科研的人，能够好好学习一些数学方面的知识，对自己大有裨益。
单细胞空间交响乐·2021-10-14 11:00

10X单细胞（10X空间转录组）转录组 + VDJ联合分析（12）之scirpy

好吧，我们来继续一些转录组+VDJ的联合分析，今天分享的软件是scirpy，很多人应该用过，文章在Scirpy:AScanpyextensionforanalyzingsingle-cellT-cellreceptorsequencingdata,发表于Bioinformatics，影响因子7分，其实这个软件也是做了一些基础的联合分析，并不能分析的很深入，但还是很值得借鉴，方法还是很不错的。Ana
单细胞空间交响乐·2021-10-11 13:30

10X空间转录组的位点注释和临近通讯

hello，大家好，最近看一些文章，越来越多的空间转录组文章开始进行空间位点的细胞类型注释，如下图：图片.png图片.png也就是说，对单点的空间位置进行注释，看来这是一个趋势，当然之前也分享了很多注释的方法，包括单细胞的，空间的，等等，而我们今天分享的内容参考的文献是IdentificationofHSC/MPPexpansionunitsinfetalliverbysingle-cellspa
单细胞空间交响乐·2021-09-23 21:36

10X单细胞 & 10XVDJ 联合分析之PlatypusDB

hello，大家好，今天我们来分享一个10X单细胞和VDJ联合分析的方法，PlatypusDB，关于转录组和VDJ联合分析的方法，之前也分享了不少了，这篇文章参考于Platypus:anopen-accesssoftwareforintegratinglymphocytesingle-cellimmunerepertoireswithtranscriptomes
单细胞空间交响乐·2021-09-22 15:21

10X空间转录组数据分析之同型分数（细胞网络）和异型分数（临近网络）计算

hello，大家好，中秋结束了，不知道大家过的怎么样，假期结束了，我们又要开始工作了，今天我们来分享一个新的内容点，关于空间转录组的同型分数和异性分数计算，相对难一点，大家好好准备。关于R包STutility，不知道大家了解多少，这个包有很多值得学习的功能，今天介绍的两个就是这个R包的功能，当然，还有值得注意的一点就是这个R包的线性降维采用的是NMF，关于NMF也分享了很多了，大家可以多看看，多多
单细胞空间交响乐·2021-09-22 11:35

空间转录组第四讲：最详细的10x空间转录组summary网页报告解读

一般我们拿到10x空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是web_summary网页报告，因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好，不好的问题在哪里，数据到底能不能用等等。
夕颜00·2021-09-15 11:51

10X单细胞（10X空间转录组）BCR（TCR）数据分析之(10)changeo

hello，这一篇我们来对软件changeo进行补充，很多细节的内容，我们需要深入知道一下。首先第一个AIRRCommunityRearrangement，这个直译过来就是gene重排，我们来看一下OneoftheprimaryinitiativesoftheAdaptiveImmuneReceptorRepertoire(AIRR)Communityhasbeentodevelopasetofm
单细胞空间交响乐·2021-09-14 17:24

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(1)

hello，大家好，今天我们开一个新的专题，有关TCR数据分析的部分，这部分相对于转录组要难的多，我们今天来一个基础的，计算TCR的distance。有关TCRdist的知识，大家可以参考文献Quantifiablepredictivefeaturesdefineepitope-specificTcellreceptorrepertoires，IF49分（nature）。有关TCR的基础知识，大家
单细胞空间交响乐·2021-09-13 14:46

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之TCRdist3(6)neighbor graph analysis（CoNGA）

hello，大家好,今天我们继续，我们分享一个重要的分析方法，特别重要，转录组和TCR的联合分析，文献在LinkingTcellreceptorsequencetotranscriptionalprofileswithclonotypeneighborgraphanalysis(CoNGA)，影响因子54分（naturebiotechnology）.这一篇是原版文献。方法特别重要，我们这一次分享文
单细胞空间交响乐·2021-09-10 16:46

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist3(4)

前面已经说了很多的基础概念和分析算法，但是大家应该注意到了，前面的分析都限制在TCRαβ序列，分析还是具有一定的限制性，今天我们稍微做一下扩展，优化TCR分析距离的同时，分析γδTCRs,andat-scalecomputationwithsparsedatarepresentationsandparallelized,byte-compiledcode.文献在TCRmeta-clonotypes
单细胞空间交响乐·2021-09-10 07:09

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之寻找最佳的聚类数k

相信大家在分析数据的时候，都不太清楚聚多少个类算合理的，都是按照默认参数来分析数据，那么，今天，我来分享一个方法，帮助大家选择最好的k值。我们边分享代码，边介绍。文献在MultiK:anautomatedtooltodetermineoptimalclusternumbersinsingle-cellRNAsequencingdata,影响因子13分（GenomeBiology）简单看一下原理1、
单细胞空间交响乐·2021-09-07 09:36

10X单细胞空间联合分析之三----Spotlight

在我们之前的分享中，已经分享过很多的单细胞和空间联合分析的方法，有关Spotlight，之前也提到过，但是并没有很认真的对关注这个方法，这次的分享，就让我们来参透这个方法；这个软件目前已经发表，文献在SPOTlight:SeededNMFregressiontoDeconvoluteSpatialTranscriptomicsSpotswithSingle-CellTranscriptomes,发
单细胞空间交响乐·2021-09-03 17:32

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析之Inferring a spatial code of cell-cell interactions（cell2cell）

把核心放在第一句，Intercellulardistanceandinteractionsarenegativelycorrelated.hello，大家好，今天我们再来分享一个有关细胞通讯的内容，而且和细胞位置的空间相关联，文章在Inferringaspatialcodeofcell-cellinteractionsacrossawholeanimalbody，所以对细胞通讯的认识又更近了一层。
单细胞空间交响乐·2021-09-02 15:13

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之识别肿瘤细胞的CNV分析原理

hello，大家好，今天我们来总结单细胞数据识别肿瘤细胞的分析原理。其中单细胞识别肿瘤细胞最大的问题在于，reference，什么细胞作为reference，上皮细胞癌变，自然是正常的上皮细胞作为reference，但很多时候，光依靠单细胞数据我们我们无法区分恶性和非恶性的细胞类型，CNV判断也需要很精准的人为监督和数据分析，这一次，我们来分析一下识别恶性细胞的分析原理。这里要注意啊，一定要使用配
单细胞空间交响乐·2021-08-24 21:06

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之约束非负矩阵分解（cNMF）

hello，大家好，之前在文章10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF（非负矩阵分解）中介绍了NMF在单细胞数据分析中的运用，简单总结一下就是NMF算法的基本思想是将原始非负矩阵分解为两个非负矩阵的乘积从而对原始高维矩阵进行降维表示
单细胞空间交响乐·2021-08-19 17:23

2018-11-13

我曾经和我的学生讲过一个10X倍的视角。是什么意思呢？
三又君·2021-06-25 15:57

单细胞交响乐31-实战十四 10X HCA计划的38万骨髓细胞

刘小泽写于2020.7.22为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐4-归一化单细胞交响乐5-挑选高变化基因单细胞交响乐6-降维单细胞交响乐7-聚类分群单细胞交响乐8-marker基因检测单细胞交响乐9-细胞类型
刘小泽·2021-06-24 16:30

10X混合光变瞩目 OPPO Reno打造极致全域影像体验

4月10日，OPPO在上海正式了发布新系列Reno。OPPOReno作为“没有短板”全面的手机，性能非常强悍。该系列分为两个版本，旗舰版搭载骁龙855处理器和10倍光绪变焦，标准版搭载骁龙710处理器，全系标配索尼IMX586，4800万超清像素镜头、新一代光感屏幕指纹，VOOC3.0快充，4065mAh大电池，杜比全景声，Type-C接口，新增X轴线性马达等等，作为OPPO的全新旗舰，Reno可
评测狂想曲·2021-06-24 03:06

Windows 10X 看起来像 Chrome OS，我感到很荣幸

是的，Windows将近似Chromebook的界面用于10X，并且明显从Chromebook中复制了整体外观。但是，我们并不生气。事实上，我们所有人都感到很荣幸。
ChromeOSNews·2021-06-23 21:45

你到底想要什么样的umap/tsne图？

随着生物学背景知识的增加，单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了，这就要求我们提高绘图技能。
周运来就是我·2021-06-23 04:02
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