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10X单细胞（10X空间转录组）转录组 & VDJ 联合分析（15）之CoNGA

hello,大家好，又是周五，一周的收官之战，今天我们需要复习一下CoNGA，实在是太重要了，我们今天也要详细复习一下，关于10X单细胞和10XVDJ的联合分析的分享文章，我都列在这里，供大家参考和借鉴

Evil_Genius·2023-04-04 01:54

10X单细胞（10X空间转录组）整合分析批次处理之细节（harmony）

hello，下半年开始，我们也要开始新的工作了，今天我们需要解决的问题有两个。（1）细胞亚群细分的时候仍然要分开样本去除批次效应？？？harmony（2）harmony算法是不是刚才是整合分析就用，还是说再分群再用？？？其实就是涉及到harmony整合分析的问题。首先第一个问题，再分群批次去除的问题。我们做肿瘤研究的单细胞数据，一般来说会选择初步很粗狂的定义大的细胞亚群，比如我常用的第一次分群是通

Evil_Genius·2023-04-04 01:25

易基因 | 单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium? — 技术解读

应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10XGenomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。

易基因科技·2023-04-03 18:53

10X单细胞轨迹分析之回顾

清明节了，放假期间好好放松一下自己，但是我仍然记得大学老师说过的一句话，放假休息的同时，总结过去，展望以后，所以说假期是一个承前启后的时间段，今天我们不讲新的东西，而是回顾一下单细胞轨迹分析的一些内容。第一部分，降维，图片.png第一页其实在说明为什么我们数据分析的时候为什么先要用PCA降维，PCA降维到50-100维)2F`BYVAHQ9C6DRLPAG5LYU.png这一页讲了tSNE降维的原

Evil_Genius·2023-04-03 01:19

10x Genomics单细胞全长转录组测序

敢问目前最火的转录组研究技术是什么？我想回答一定是单细胞转录组测序（scRNA-seq）和全长转录组测序（Iso-Seq）。由于其各自的优势，近几年scRNA-seq和Iso-Seq在转录组研究中大放异彩。那么有没有比二者更火的转录组研究技术呢？当然有，那就是即将为大家介绍的新产品—10xGenomics单细胞全长转录组测序（10xscIso-Seq），该产品同时结合scRNA-seq和Iso-S

贝瑞科服·2023-04-01 22:28

10X单细胞空间联合分析之六(依据每个spot的细胞数量进行单细胞空间联合分析)----Tangram

今天我们来分享一个新的10X单细胞空间联合分析的方法----Tangram，一定要注意这个软件的优势，这里强调一下，根据染色图片推断每个spot拥有细胞核的数量，从而得到每个spot的细胞量，根据这个前提进行

Evil_Genius·2023-04-01 14:49

RNAvelocity系列教程4：velocyto.R的使用教程

RNA注释这里以inDrop实验数据举例，spliced/unspliced的RNA可以通过：1.使用dropEst输出管道生成类似10X的bam文件：~/dropEst/build/dropest-m-F-LeiEIBA-orun1

Seurat_Satija·2023-04-01 12:10

10X单细胞空间构建肿瘤细胞状态和微环境的相互作用

hello，新的一周，周一是开始，不知道大家感觉2022年初怎么样呢？？？是不是觉得很不错？？？不过我工作了几年领悟了一个道理，那就是干什么事情都要低调，别张扬，做好自己的事情，就是对自己最大的负责。好了，我们要继续单细胞空间的联合分析了，文章在Recurrenceofcancercellstatesacrossdiversetumorsandtheirinteractionswiththemic

Evil_Genius·2023-04-01 11:49

10X单细胞10X空间转录组降维分析之PCA轴的秘密

今天我们来深入探讨一下有关PCA轴的秘密，有关高维数据进行PCA线性降维的的分析原理我之前分享过，文章在单细胞PCA分析的降维原理，而看过我分享的文章10X单细胞（空间转录组）数据整合分析批次矫正之liger

Evil_Genius·2023-04-01 03:02

10X单细胞空间联合分析揭示肺纤维化后的B细胞和上皮细胞的免疫反应

这一篇我们继续分析单细胞空间联合分析的文章，参考文章在Immunoglobulin-producingAT2-likecellssecreteIgAintotheextracellularmatrixinpulmonaryfibrosis，肺纤维化后免疫细胞反应的变化，其实越来越多的文章显示，单细胞空间的研究，更多注重于组织与免疫之间的关系。图片.pngAbstractPulmonaryfibro

Evil_Genius·2023-03-31 22:14

[技术杂谈]小米手机如何将锁屏快捷方式放桌面

小米10x亲测目前还有效。小米手机锁屏常见的是手机屏幕自动熄灭锁屏和电源键锁屏，除了这两种方式外还可以通过使用小部件快速锁屏。

FL1623863129·2023-03-29 13:03

10X空间转录组Visium与单细胞转录组整合分析

Spatialmappingofcelltypesbyintegrationoftranscriptomicsdata众所周知，目前的空间转录组技术还没有达到单细胞水平，所以还不能叫做空间单细胞转录组技术。以10XVisium为例，每个spots中的细胞数量在10的某个领域内：空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，这些捕获探针的Poly-T尾可以结合RNA分子的Poly-A尾。这些阵列的排列顺

周运来就是我·2023-03-29 05:25

10X单细胞联合10X空间转录组解析血管炎病变

hello，大家好，今天我们来继续分享10X单细胞和10X空间转录组联合分析解析疾病机制的研究，相信大家都已经看到了，转录组的时空表达越来越成为生物学研究的利器，参考的文章在NLRP3InflammasomeMediatesImmune-StromalInteractionsinVasculitis

Evil_Genius·2023-03-28 19:55

10X单细胞和10X空间转录组联合分析文章分享

各位同学，大家好，今天我们来分享一篇新的10X单细胞和10X空间转录组联合分析文章，文章在这里Spatiotemporalsingle-cellRNAsequencing1ofdevelopingheartsrevealsinterplaybetweencellulardifferentiationandmorphogenesis

Evil_Genius·2023-03-26 22:57

10X单细胞、单核、空间转录组揭示肿瘤-微环境的空间结构与调控网络

hello，大家好，今天我们继续来分享关于10X空间转录组在肿瘤方面的研究，其实也和大家分享过很多次了，强调肿瘤正常边界的重要医学意义，而如果实现这个，就必须借助空间转录组技术来实现相应的研究，今天我们参考的文献在

Evil_Genius·2023-03-26 04:52

10X单细胞（10X空间转录组）批次去除（整合）分析之Scanorama

hello，大家好，今天我们来分享一下scanpy做整合分析的一个方法---Scanorama，关于这个方法，相信用过scanpy做数据分析的同学应该都不陌生，今天我们来分享一下，因为这个方法，在特定的情况下，效果最好。文献在Efficientintegrationofheterogeneoussingle-celltranscriptomesusingScanorama，2019年发表于Natu

Evil_Genius·2023-03-26 02:59

10X单细胞空间联合分析揭示了前列腺肿瘤微环境的异质性

hello，周四了，这是第399篇文章，不知不觉中，已经写了很多了，但是前进的脚步是不能停止的，感觉自己要进入下一个阶段了，因为不能仅仅局限于分享别人的内容，要提升自己，就需要自己来合作发文章了。今天我们继续分享单细胞空间联合分析的方法文章，在Integratedsingle-cellandspatialtranscriptomicanalysesunraveltheheterogeneityof

Evil_Genius·2023-03-24 19:23

空间转录组-如何手动选择区域

1、从10x官网下载并安装LoupeBrowser2、打开LoupeBrowser，导入loupe文件，loupe文件为cellranger分析结果，一般名为cloupe.clo

大魔王鱼鱼鱼·2023-03-22 13:16

10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析回顾之CopyKAT

hello，大家好，隔离的第六天，一个人的日子总是很难熬，孤独的时候，还是很希望大家多与我交流交流单细胞空间的内容，以此来排解孤独的情绪，今天周六，我们不讲新的内容，回顾一下推断CNV的分析软件CopyCAT，之前呢，分享过一次，文章在copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor），这一篇我们来回顾一下这个软件，包括算法和示例代码。单细胞转录组分析广泛用于研究

Evil_Genius·2023-03-22 12:08

10x数据热图绘制之指定图例上下限

10x错误信息最近处理10x数据，需要把已有的亚群合并，然后绘制目标基因的热图~朴实~无华~枯燥~处理完成之后，需要调整亚群绘制顺序，基因的顺序OK~我改~onemomentlater......

dasdadf·2023-03-22 12:24

10X空间转录组重点分析合集3

之前总结过两篇，放在这里，希望大家一起学习，多多交流10X空间转录组重点分析合集210X空间转录组重点分析合集这一篇合集包括的内容如下：一些内容是总结，另外一些是运用场景。

Evil_Genius·2023-03-22 08:41

走进单细胞10X genomics

看个简介的视频吧从了解10Xgenomics开始陈巍学基因：http://www.iqiyi.com/w_19rvim699t.html，内容大致如下：10X芯片测序每一列孔对应一个样本1：放样本序列2

Amy_Cui·2023-03-21 21:57

再多一分钟

下了班到了市区，赶上末班公交10X,上车那司机就说让我坐前面，然后开始跟我攀谈起来，同样都是穿着制服的人，应该看着会萌生出特别的亲近感吧。

菲是这样·2023-03-21 06:53

为什么不能通过 GATK 的 PL 直接计算基因型剂量（Genotype dosage）

有时候我们需要在项目中用基因型剂量来代替基因型（Genotype），特别是进行低深度（<10x）数据的全基因组关联分析（GWAS）时，就经常会做这个转换。

黄树嘉·2023-03-21 00:47

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之转录因子的分析方法与解读

作者，追风少年i最近呢，收到了很多粉丝的提问，其实关于多样本通讯分析比较的内容我已经在单细胞个性化分析之多样本细胞通讯比较篇一文中详细说明，还有一个提问较多的问题就是关于SCENIC的分析内容解读，听了很多客户的意见，我发现很多人都无法掌握SCENIC该如何运用，分析完的结果也不知道有哪些用处，该如何解读，其实关于SCENIC，我已经写了一下代码文，这一篇带大家来进行如何解读和文章中的运用。首先思

Evil_Genius·2023-03-19 02:59

scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element

scTE介绍背景：采用scTE对10X单细胞测序数据进行TE定量，再倒入Seurat进行下游分析。Jiekai实验室，2021年3月发表在自然通讯杂志。

Ternq8·2023-03-18 10:33

10X单细胞scanpy bbknn算法做多样本，不同批次整合

参考：http://events.jianshu.io/p/d855ee1a121fscanpy做10X单细胞多样本整合与Seurat差别比较大，很多学者喜欢使用seurat来进行整合，但实际情况是基于

云养江停·2023-03-17 14:31

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF（非负矩阵分解）

今天我们来学习一个简单的数学内容，NMFNMF算法简介NMF是什么？图片非负矩阵分解(Non-negativeMatrixFactorization,NMF)本质上说是一种矩阵分解的方法，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够寻找到一个非负矩阵W和一个非负矩阵H，使得V≈W*H成立，从而将一个非负的矩阵分解为左右两个非负矩阵的乘积。NMF的特点？NMF最重要的特点是非负性约束。矩阵分解的方法

Evil_Genius·2023-03-17 02:56

Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor

一本超全的单细胞下游数据分析教程，包括10X、CEL-seq、Smart-seq对应的分析案例，强烈推荐https://osca.bioconductor.org/index.html最近在准备研究生招生的夏令营面试和英语考试

Shaoqian_Ma·2023-03-14 10:02

Cell Ranger教程资料整理（初）

1使用cellranger拆分10X单细胞转录组原始数据比较详细，从头开始讲的2实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据3实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵

只唱情歌看不到·2023-03-14 08:17

关于文集《Single_Cell》拆分的说明

其主要内容有：Seurat教程scanpy教程空间数据分析免疫组库数据分析细胞通讯细胞类型鉴定公开课的ppt（以及其他单细胞课件）ATAC相关10X文档综述文章个人写的《XXX在单细胞数据分析中的应用》

周运来就是我·2023-03-13 07:58

10X单细胞空间联合分析研究损伤后适应性免疫细胞介导的毛囊再生

最近大家不知道怎么样了，看到了疫情结束的曙光了，北京租个房子真的贵，劝退能力太强了，o(∩_∩)o。这一篇分享单细胞空间联合分析的知识，关于损伤后的毛囊再生，文章在Spatialanchorofadaptiveimmunecellaroundbiomaterialsmediatedlarge-scalewoundregeneration,看看单细胞空间联合分析带来的分析内容Abstract一般来说

Evil_Genius·2023-03-12 10:21

10X空间转录组分析之转录组信息 & 空间位置的联合分析（SEDR）

hello，大家好，今天给大家继续分享10X空间转录组的分析，其实之前分享的内容已经多次强调过空间转录组一定要转录组信息和空间位置联合进行分析，大家可以参考之前我的文章10X空间转录组空间高变基因联合组织区域识别之

Evil_Genius·2023-03-12 01:31

10X单细胞（10X空间转录组）22种基因差异分析方法汇总

hello，大家好，抓住这一周最后的小尾巴，给大家汇总一下我们单细胞数据寻找差异基因的22种方法，之前我分享的一篇文章10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总给大家汇总了各种基因集打分方法的汇总

Evil_Genius·2023-03-11 21:45

答读者问(6)：单细胞TPM矩阵如何分析？

三、10X的单细胞转录组数据的标准化需要考虑基因长度吗？先来看看第3个小问题10X的单细胞转录组数据的标准化需要考虑基因长度吗？答案是不需要。

TOP生物信息·2023-03-11 16:12

10X单细胞空间联合分析探索上皮可塑性和先天免疫激活促进呼吸道病毒感染后的肺组织重塑

hello，大家好，又是周一，新的开始，今天我们要继续分享单细胞空间联合分析的内容，增进自己的理解，参考文章在EpithelialPlasticityandInnateImmuneActivationPromoteLungTissueRemodelingfollowingRespiratoryViralInfection，利用单细胞空间技术来解析肺上皮细胞的可塑性，我们来看看具体如何运用的。图片.

Evil_Genius·2023-03-11 12:35

10X单细胞转录组与10X单细胞ATAC联合分析之Seurat

hello，大家好，这是第一次和大家分享有关10X单细胞和10XATAC的联合分析，我们这一次来深入看一下10X单细胞和10XATAC的联合分析方法（Seurat）。

Evil_Genius·2023-03-10 12:19

跟我一样“宁信度，勿自信”的举手：)

学理科的通常对数字比较敏感，我也不例外，所以我注意到我的收缩压，在怀孕期间从10x升到12x，以为生了孩子随着腹压下降，这个数字能回到孕前水平。

7490404cde39·2023-03-09 14:07

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之MERLoT

有关轨迹分析的内容已经分享了很多了，这里总结一下：10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）VECTOR之文献分享1

Evil_Genius·2023-03-09 02:51

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCR 内在调控潜力系统（TiRP）

hello，大家好，随着我们分析的深入，单细胞TCR和BCR的分析也要大量进入我们的视野了，之前也分享了一些有关TCR的文章，以后我们慢慢丰富这块的内容。关于TCR（BCR）分析其实有两个角度，一个是基因序列角度，一个是氨基酸序列角度，个人倾向于氨基酸序列角度，每个氨基酸的理化性质是固定的，更能从功能角度认识TCR与MHC的结合特性，做单细胞的同学不妨试一试。先来学习一下基础知识MHC（我们需要知

Evil_Genius·2023-03-09 02:00

10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识）

hi，大家好，不知道大家对算法感不感兴趣，之前我分享了PCA的原理和一些分析技巧，大家可以参考单细胞PCA分析的降维原理,这篇主要讲PCA的降维原理，10X单细胞10X空间转录组降维分析之PCA轴的秘密

Evil_Genius·2023-03-09 01:01

文献学习019--[sc]人类胎儿心脏细胞图谱及其在自身免疫性心脏传导阻滞中的意义

作者对三个孕19-22周健康胎儿心脏和一个孕21周CHB(congenitalheartblock)心脏进行了灌流和10x单细胞测序。

Hayley笔记·2023-03-08 21:37

单细胞测序分析上游cellranger软件入门介绍

CellRanger怎样利用10x平台下机数据进行下游一系列分析？这篇文章简单记录CellRanger包括的主要分析步骤，纯理论。

Seurat_Satija·2023-02-19 02:53

10X Visium:空间转录组样本制备到数据分析

识别复杂生物系统中空间基因表达差异的能力对我们理解发育生物学和疾病的进展至关重要。即将推出的Visium空间基因表达解决方案分析完整组织切片中的总mRNA，允许您发现与您的研究相关的基因和标记，而不必依赖于已知的目标。观看我们这个随需应变的网络研讨会的视频，了解更多关于如何开始与Visium空间基因表达解决方案。5000个含有数亿个寡核苷酸的数据点，用于捕获mRNA灵敏度高简单的仅需1天的组织和文

周运来就是我·2023-02-18 23:56

10X单细胞、VDJ、空间联合分析研究人脑肿瘤转移的CD8+ T cell图谱

接近年底了，又是一年，不知道大家这一年都挣了点什么，问了一圈，还挣得五花八门，有挣个毛的，有挣个锤子的，有挣个鸟的，更有甚者挣了个妹的，奢华至极。最恐怖的是挣个鬼的，有的还可以挣个球。看吧只要肯努力什么都能挣到，我就不一样了，挣了条狗，单身狗~~~~！好了，这一篇继续分享单细胞空间的联合分析，看一下在脑转移CD8+T细胞的时空图谱，参考文献在TheCD8+Tcelllandscapeofhuman

Evil_Genius·2023-02-18 21:31

10X单细胞空间数据分析之表征细胞状态和生态型（EcoTyper示例代码）

这篇发表于cell的软件，文献的分享在10X单细胞空间数据分析之表征细胞状态和生态型（EcoTyper），我们来看看软件的具体使用方法，当然了，我们更加关注单细胞和空间数据的部分EcoTyper是一个机器学习框架

Evil_Genius·2023-02-18 19:31

10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达原理与应用

单细胞多组学ATAC+基因表达是10xGenomics推出的单细胞多组学解决方案，可以同时获得同一细胞的基因表达和染色质可及性图谱，从而更好地分辨终末分化细胞和发育轨迹上的细胞类型，揭示调控元件、开放染色质和基因表达之间复杂的相互作用。一、10xGenomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术原理为同时获得同一细胞的转录组和表观组，10xGenomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术首先利用

贝瑞科服·2023-02-18 18:38

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析的一些分析细节

hello，大家好，随着单细胞数据越来越火，我们需要的基础知识也越来越多，也越来越精细，今天给大家分享一些分析的细节知识，所谓细节决定成败，也许自己的数据分析的不好，就是细节没有做好，话不多说，进入正题首先第一个问题，空油滴的问题，也就是没有捕获到细胞的GEMs，如何识别呢？我们先来看下面的图：图片.png这个图大家应该都很熟悉吧，（不知道的自动面壁去），目前的cellranger版本对于空油滴（

Evil_Genius·2023-02-18 13:50

多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony

练习数据集的GEO编号：GSE139324(ImmuneLandscapeofViral-andCarcinogen-DrivenHeadandNeckCancer)。原数据集有63个scRNA的数据，本次选取10个练习。library(Seurat)library(harmony)library(tidyverse)library(patchwork)rm(list=ls())一.多个单细胞样本

Hayley笔记·2023-02-18 10:06

利用10X单细胞eQTL定位确定自身免疫性疾病的细胞类型特异性基因控制

周二了，新的一周，虽然内心一直想躺平，一直想回家，但是最终还是屈服，坐起来好好工作，不知道30岁一事无成算不算就是失败的人生，人是不是总是在矛盾中前进，也不知道前面有什么，或许更差，或许有机遇。今天要分享一个新的内容，文章在Single-celleQTLmappingidentifiescelltype–specificgeneticcontrolofautoimmunedisease,2022年

Evil_Genius·2023-02-18 07:01

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