10x

10X单细胞空间联合分析揭示不同肿瘤中癌细胞状态的复发及其与微环境的相互作用

又到了单细胞空间联合分析的时间了，今天我们参考的文献在Recurrenceofcancercellstatesacrossdiversetumorsandtheirinteractionswiththemicroenvironment，单细胞空间对于肿瘤极其微环境的研究还是主流啊~~~图片.pngABSTRACT虽然遗传肿瘤异质性早已被认识到，但最近的工作揭示了癌细胞在表观遗传和转录水平上的显着差
Evil_Genius·2023-02-18 05:32

10X单细胞空间联合分析解释皮肤损伤后的免疫激活程序

好了，这一篇回归我们的主业，分享单细胞空间联合分析的运用，参考文章在Non-lesionalandLesionalLupusSkinShareInflammatoryPhenotypesthatDriveActivationofCD16+DendriticCells，主要运用单细胞空间表征损伤后的皮肤免疫激活状态和分布，看来单细胞空间技术运用的地方，无处不在~~~图片.pngABSTRACTCut
Evil_Genius·2023-02-18 04:47

10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank）

hello，今天我们来分享一个更加完善的单细胞轨迹分析的软件，cellrank，文章在CellRankfordirectedsingle-cellfatemapping，方法很经典，我们先来分享文献，后续介绍一下示例代码。Abstract计算轨迹推断能够从单细胞RNA测序实验中重建细胞状态动态。然而，轨迹推断需要已知生物过程的方向，这在很大程度上限制了其在正常发育中区分系统的应用。在这里，利用软件
Evil_Genius·2023-02-18 02:07

2021-09-04-hepatology-基于深度学习的肝细胞癌病理图像预后指标研究

不同放大倍数下4X、10X、40X，用于训练得到最佳效果所需的tiles数量分析了模型对于OS和RFS(无病生存期)、肿瘤复发率、分期的预测能力结合了多种病人的临床资料，同时与预后相关的特征进行多因素相关预后分析
FFwizard·2023-02-17 20:37

10X单细胞（10X空间转录组）肿瘤数据分析之肿瘤进化树

10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析之inferCNVpy10X单细胞个性化分析之CNV篇10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析回顾之CopyKAT10X单细胞
Evil_Genius·2023-02-17 13:51

10X单细胞（10X空间转录组）聚类分析之树形可视化（TreeCorTreat）

hello，今天给大家分享一个很好的可视化软件，使用基于树的相关屏幕来分析和可视化表型和转录组特征以及多个细胞类型分辨率级别的细胞类型之间的关联。文章在Tree-basedCorrelationScreenandVisualizationforExploringPhenotype-CellTypeAssociationinMultipleSampleSingle-CellRNA-Sequencin
Evil_Genius·2023-02-17 11:55

10X单细胞数据分析转录因子的前世今生---scenic

相信现在很多童鞋都已经分析过了10X单细胞数据了，scenic分析目前也是常见的一种个性化分析了，很多同学都分析过，今天我们温故而知新，深入理解scenic的分析原理和方法，从根本上理解scenic分析得到的结果
Evil_Genius·2023-02-16 23:16

如何选择一台适合自己的显微镜——光学部件物镜的选择（下）

其中包括：低倍物镜(2x、4x/5x和10x)，中倍物镜(20x、40x)和高倍物镜(60x/63x、100x)。除了物镜的放大倍率不同外，物镜使
深蓝云·2023-02-05 17:19

关于空间转录组单细胞精度的讨论

关于空间转录组的精度问题，已经是一个非常棘手的问题常见的10X空间平台精度是55um，华大和百迈客的国产平台都是很高的精度，达到2.5um，那
Evil_Genius·2023-02-05 02:16

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之细胞过滤那些事

咳咳，错了，再来，今天我们就来聊一聊10X单细胞和10X空间转录组细胞过滤的那些事，我们来回顾一下：过滤1、线粒体过滤在我们的分析结果里，线粒体过滤应该是绕不开的一个话题，我们在分析的时候，通常会拿到如
Evil_Genius·2023-02-03 15:40

10X单细胞免疫图谱分析汇总

作者，EvilGenius~~新的一周，天气变冷了，大家努力科研工作的同时，注意保暖，毕竟身体是革命的本钱。相比较单细胞转录组，ATAC和VDJ的文章相对较少，当然了，分析起来也没有单细胞转录组那么容易，所以就导致了一般大家做单细胞都是3端转录组，ATAC和VDJ一般不考虑，不考虑不代表不重要，只是ATAC和VDJ需要更深的研究背景，更强的科研和分析能力。说起这方面，不得不说国外的研究者比国内要专
Evil_Genius·2023-02-03 00:53

《学习小组Day5笔记--于多多》

向量：多个元素组成的变量赋值x<-c(1,2,3)x赋值为1,2,3组成的变量x=1:10x赋值成1-10之间的整数x<-seq(1,10,by=0.5)范围1:10，每隔0.5取一个数x<-rep(1
独角兽_0da0·2023-01-31 20:25

如何成为一名卓有成效的技术管理者（上）

日前，火币网首席架构师、极客时间专栏《10X程序员工作法》的作者郑晔在TGO鲲鹏会举办的活动上，根据《卓有成效的管理者》这本书分析了管理者的定义和定位以及书中对于管理者的建议。
小极客geekbang·2023-01-31 11:06

使用Pytorch的torch.nn搭建网络模型

importtorchfromtorch.autogradimportVariablebatch_n=100hidden_layer=100input_data=1000output_data=10x=
加油上学人·2023-01-29 20:37

【ChatGPT】ChatGPT Tutorial for Developers - 38 Ways to 10x Your Productivity - 知识点目录

ChatGPTTutorialforDevelopers-38Waysto10xYourProductivityHTML&CSS指定使用TailwandCSS生成CSS代码例句：CanyourewritethiscodeusingTailwindCSS?
songyuc·2023-01-28 14:24

10X genomics -terms

reference:https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/what-is-cell-rangerhttps://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest
nvzhang·2023-01-27 05:59

Matlab学习笔记2——结构化程式与自定义函数

一、scrip1.创建.m文件fori=1:10x=linspace(0,10,101);plot(x,sin(x+i));print(gcf,'-deps',strcat('plot',num2str
star_vi·2023-01-21 18:53

【数值分析】python实现拉格朗日插值

一、拉格朗日插值公式二、python代码importmatplotlib.pyplotaspltimportnumpyasnpn=10x=np.arange(0,n)y=x**4+4deff(x,y,xi
汉语言文学23A·2023-01-21 08:12

遗传算法求一元函数的最大值（python)

个人学习笔记，非教程.1问题求函数xsin⁡(10x)+xcos⁡(2x)x\sin(10x)+x\cos(2x)xsin(10x)+xcos(2x)在区间[0,5][0,5][0,5]的最大值.2代码运行环境
.萝小卜.·2023-01-15 09:11

pytorch 1.6 严重性能问题 对不连续张量运算缓慢（no contiguous tensor）

但在我实际训练代码和模型里面加和不加contiguous，速度差距达到了10x以上，太坑了
ONE_SIX_MIX·2023-01-13 06:49

10X空间转录组WORKFLOW

前言记得我们在STPipeline||空间转录组分析流程(https://www.jianshu.com/p/7b5d145a515a)讲过，空间转录组就是把之前的单细胞的cell-gene矩阵转化为xy-gene的矩阵，在其中xy是cell的坐标。那么如何获得这个xy呢？今天让我们来看看空间转录组的一般流程吧。1.Histology将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的R
zhengxj_·2023-01-09 17:48

pytorch 实现二层神经网络

importtorchimporttorch.nnasnn#实现两层神经网络#1.数据b,input,hidden,output=64,1000,100,10x=torch.randn(b,input)
studieren666·2023-01-07 17:08

38. 深度卷积神经网络（AlexNet）

sigmoid变到了ReLu（减缓梯度消失）隐藏全连接层后加入了丢弃层，来做模型的正则化数据增强6.模型复杂度参数个数=卷积层长*宽*每个卷积层的层数*通道数7.总结AlexNet是更大更深的LeNet，10x
chnyi6_ya·2022-12-27 07:35

python画图（散点图，折线图）

3.25len(str(x).split(".")[1])绘制散点图#需导入要用到的库文件importnumpyasnp#数组相关的库importmatplotlib.pyplotasplt#绘图库N=10x
神出鬼没，指的就是我!·2022-12-25 11:01

10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析之inferCNVpy

隔离的第七日，孤独如影随形，必须写一些内容来排解心中的无聊，上一篇我们详细回顾了copyCAT，文章在10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析回顾之CopyKAT，还有分享的文章copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞
单细胞空间交响乐·2022-12-13 16:55

matlab

、关系运算符运算符定义=等于~=不等于>大于>=大于等于>x=[2468]x=2468>>x=[1;2;3]x=123(2)冒号法基本格式是x=first:increment:last>>x=0:2:10x
机器视觉_小菜鸡·2022-12-12 13:03

python和R写出表达矩阵为稀疏矩阵matrix.mtx.gz的方法

###python部分加载读取稀疏矩阵的mmread和构建数据框的pandasfromscipy.ioimportmmreadimportpandasaspdimportnumpyasnp读取10X单细胞矩阵文件
Nh_code·2022-12-10 19:33

python matpltlib实践——画直方图、折线图

图（一）实现代码importnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltnp.random.seed(19680801)n_bins=10x=np.random.randn
井井酒·2022-12-07 07:21

10x倍加速PDE的AI求解：元自动解码器求解参数化偏微分方程

研究背景科学和工程中的许多应用需要求解具有不同方程系数、不同边界条件甚至不同求解域形状的偏微分方程(PartialDifferentialEquation，PDE)，即需要求解一个方程族而不是单个方程。这类应用经常在反问题求解、控制和优化、风险评估和不确定性量化领域中出现。从数学上讲，这类应用需要求解以下参数化偏微分方程(ParametricPDE)：第一类方法是用神经网络去近似单个PDE的解。这
昇思MindSpore·2022-12-05 15:59

10x单细胞分析流程

参考：单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记_橙子榴莲巧克力的博客-CSDN博客_seurat单细胞测序#下载Seurat官网给的pbmc数据，解压tar.gz文件后生成三个文件，包括features,barcode和matrix文件barcode.tsv文件:gene.tsv文件：基因名与Ensembl基因名的对应关系matrix.mtx文件：matrix.mtx文件中的三列分别代表cell
wuxintang123·2022-11-28 20:49

单细胞测序数据分析-seurat使用（自学整理版）

一、数据准备10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析，分别是barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx，文件barcodes.tsv和genes.tsv
FF在努力·2022-11-28 20:44

基于遗传算法的函数最大值计算（MATLAB新手向）

二、代码与详解0.题目1.整体代码2.基本概念3.代码分析第一部分第二部分（进入循环）总结前言利用遗传算法来计算xsin（10x）+1在[-1,2]内的最大值（至少小数点后保留六位）提示：笔者是刚刚学习遗传算法的新手
好奇小圈·2022-11-28 09:10

10X单细胞测序分析软件:Cell ranger，从拆库到定量

撰文：周运来，一个读序列天书的公子哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。大型测序工厂的螺丝钉，统计草原上的游牧者。(https://www.jianshu.com/u/06ae70ef31bc)编辑：陈同---大师，大师，我想学习单细胞···闭上眼睛跟我来单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史—-谁说的！说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了（这里面两个重要任务：汤富酬老师2009年的文章使得单细胞测序
生信宝典·2022-11-26 13:41

Matplotlib 绘制散点图及各参数说明

先上代码importmatplotlib.pyplotaspltimportpandasaspdimportnumpyasnpn=10x=np.random.normal(0,1,n)#按照正态分布，均值为
论搬砖的艺术·2022-11-25 21:15

单细胞测序原理10X UMI Barcode

什么是单细胞测序单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的transcriptionalprofiling。这种水平的通量分析使研究人员能够在单细胞水平上了解哪些基因表达，多少数量以及异质样品中成千上万个细胞之间的差异。目前，测序可以回答以下6类问题：DNA的序列：ATCG怎么排列，以及各序列的丰度；DNA的表观遗传修饰：比如甲基化、羟甲基化，以及组蛋白的各种修饰；RNA的序列：AUCG怎么排列
hs6605015·2022-11-25 15:06

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（九）- Scater包单细胞过滤

）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X
生信宝典·2022-11-25 13:03

莫烦python-pytorch-3.5批数据训练

importtorchimporttorch.utils.dataasDataBATCH_SIZE=10x=torch.linspace(1,10,10)y=torch.linspace(10,1,10
刷子c·2022-11-24 22:58

单细胞测序流程分析

一.读入10x数据并创建seurat对象#pbmc为外周血单个核细胞library(Seurat)pbmc.data%为管道函数，就是把左件的值发送给右件的表达式（暂存在内存当中，没有保存为对象在硬盘中
一个努力学习奋进的游民·2022-11-21 15:59

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10XGenomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。
易基因科技·2022-11-19 10:52

10X空间转录组高级分析进阶版

作者，EvilGenius单细胞研究已经非常多了，空转么，做的人也是相当的少，但是空转也有很多的个性化分析，培训的ppt放出来，大家随意查看。ppt涉及的空间个性化分析包括基础分析（SpatialArea）基础分析（空间聚类）基础分析（空间分子聚类）基础分析（空间分子聚类注释问题）基础分析（单细胞空间联合）基础分析（空间细胞分布）基础分析（空间分层注释）基础分析（空间通讯）基础分析（空间通讯方法演
单细胞空间交响乐·2022-11-16 16:08

Enzo丨Enzo 抗原回收试剂，pH 6方案

抗原回收试剂，pH6（10X）用于回收通过在交联固定剂如福尔马林中固定而被掩盖的抗原。艾美捷Enzo抗原回收试剂，pH6化学性质：配方：液体。在柠檬酸缓冲液中。
Sylvia_sc·2022-11-03 19:56

python绘制散点图，非常全，非常详细（已验证）

少废话，直接上代码importmatplotlib.pyplotaspltimportnumpyasnp#1.首先是导入包，创建数据n=10x=np.random.rand(n)*2#随机产生10个0~
Vertira·2022-10-31 18:10

【包】seurat-1 细胞分类

1.GuidedClusteringTutorialRead10X读来自10X的数据，读出来是行为特征，列为细胞的矩阵CreateSeuratObject构建seurat对象，用于后续分析（稀疏矩阵、节省空间
JamesMori·2022-10-30 11:47

将单细胞的表达矩阵输出为matrix.mtx.gz

报错例子这里举出两种语言去将单细胞的表达矩阵输出为matrix.mtx.gzPython方式加载库#加载库fromscipy.ioimportmmreadimportpandasaspdimportnumpyasnp读取10X
Kevin_Hhui·2022-10-16 11:50

利用空间转录组学揭示良性和恶性组织中的细胞拷贝数变异

10X单细胞（10X空间转录组）肿瘤数据分析之肿瘤进化树时空CNV分析导论10X单细胞个性化分析之CNV篇10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析之inferCNVpy10X单细胞（10X空间转录组）
单细胞空间交响乐·2022-10-13 11:04

单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读

CellRanger是10XGenomics为单细胞分析专门打造的分析软件，直接对10X的下机数据进行基因组比对、定量、生成单细胞矩阵、聚类以及其他的分析等。
云养江停·2022-09-11 22:52

极客时间课程总结：那些编程之外的能力

前言主要总结一下下面这些课程的主要知识点：《左耳听风》《程序员进阶攻略》《10x程序员工作法》《大厂晋升指南》可以看到，上面这些课程不是主讲某个编程语言，或者某个技术栈，而是针对程序员整体的一个能力，整体的一个方向进行说明
小熊coder·2022-08-22 23:45

10X空间转录组时空基因细胞动态（共定位）绘图

作者，追风少年i~hello，周四了，昨晚有超级月亮，又大又圆，古人描写月亮的诗非常多，有苏轼的人有悲欢离合，月有阴晴圆缺，有李白的举杯邀明月，对饮成三人；有张九龄的海上生明月，天涯共此时；但大多情况下心情哀伤，体现出孤独和思念，但其中有一首最为记忆犹新，分享给大家，就是李白的《宣州谢朓楼饯别校书叔云》弃我去者，昨日之日不可留；乱我心者，今日之日多烦忧。长风万里送秋雁，对此可以酣高楼。蓬莱文章建安
单细胞空间交响乐·2022-07-15 09:10

10X 空间转录组学

空转SpatialTranscriptomics：将基因表达与组织切片的免疫组化图片结合，将组织内不同细胞的基因表达信息定位到组织空间，直观地检测组织不同部位基因表达的差异一、基本流程及原理1、基本原理：基因表达芯片上有4个捕获区域，每个捕获区域约有5000个spot，每个spot直径55µm，两个spot中心点间距100µm，一个spot上有数百万条oligo且SpatialBarcode相同，
三维一体·2022-07-15 07:40

空间转录组第一讲：10x空间转录组技术介绍

来自10X公司的Visium空间基因表达解决方案，提供了分析空间整体转录组的方法。通过将总mRNA基因表达数据与形
简simplify·2022-07-15 07:34
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