Affymetrix

Aroma-处理芯片数据得CNV

Rstudio安装BiocManager::install("aroma.affymetrix")library(aroma.affymetrix)所有的aroma包被设计成数据文件位于特定目录下，遵循严格的目录结构
Dr家硕的科研之路·2024-01-09 01:42

DNA芯片技术、基因芯片、蛋白质芯片的制作方法、原理和检测方法

具体而言，比较典型的DNA芯片制备方法有4种：第一种方法是Affymetrix公司开发的光引导原位合成法，该方法是微加工技术中光刻工艺与光化学合成法相结合的产物。
天明豆豆·2023-10-28 02:59

教你分析后缀为gpr的芯片数据

目前常见的平台有以下几种1.genepix2.illuminabeadchip3.Agilent4.Affymetrix对于前三种平台而言，我们都可以通过limma包来进行处理，本文主要介绍genepix
生信修炼手册·2022-12-23 20:26

DNAcopy-处理affymetrix芯片中游软件

欢迎同行一起交流讨论微信forensic_JSQQ1956238898DNAcopyR包可以处理Affymetrix芯片中游数据，即LRR和BAF文件→DNAcopy→segment文件https://
Dr家硕的科研之路·2021-09-24 16:22

01_2_差异表达分析实操

R语言_Affymetrix芯片数据处理采用数据集GSE66360##设置工作路径(事先放好原始数据，分组信息，注释文件)setwd("/Users/apple/Desktop/生信学习材料/生信入门之路
生信小白·2021-04-19 17:41

R实例：limma包分析Agilent 4x44K Arrays

目前网页上常见的是使用Affy的包对Affymetrix的芯片分析教程，而忽略了对其他平台芯片分析。limma包是一个针对芯片数据进行分析的R包，支持不同平台的芯片数据。
jlyq617·2020-08-21 13:05

会了GEO数据下载，来看看怎么上传吧

www.ncbi.nlm.nih.gov/然后注册GEO账号，在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/GEO可上传的数据类型种类主要集中在芯片和高通量数据，比如芯片数据的四大主流：Affymetrix
刘小泽·2020-08-17 15:17

基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析

芯片质量分析芯片数据预处理获取差异表达基因GO和KEGG分析聚类分析(本文于2013.09.04更新）TAIR，NASCarray和EBI都有一些公开的免费芯片数据可以下载。本专题使用的数据（Exp350）来自NASCarray，也可以用FTP直接下载。下载其中的CEL文件即可（.CEL.gz），下载后解压缩到同一文件夹内。该实验有1个对照和3个处理，各有2个重复，共8张芯片（8个CEL文件）。为
amw5181360·2020-08-02 22:46

【r<-芯片处理】入门GEO表达芯片数据分析该读一读的一些文章

Bioconductor分析基因芯片数据如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析基因芯片（Affymetrix）分析2
王诗翔·2020-07-15 09:38

NGS项目六：R语言与Bioconductor分析affymetrix芯片

首先，去http://www.affymetrix.com/support/technical/sample_data/demo_data.affx下载一些示例数据文件下来。
saghir·2020-07-08 04:02

基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析

1.资料下载仅下载CEL.gz结尾的八个文件https://uon.ent.box.com/s/iyy15wqlwcsuugrbe6kxlxcf3ztmztw8/folder/32707318961解压后生成八个文件该实验有1个对照和3个处理，各有2个重复，共8张芯片image.png2.读取CEL文件安装两个包>source("http://bioconductor.org/biocLite.R
thinkando·2020-07-07 19:05

基因芯片（Affymetrix）分析3：获取差异表达基因

芯片质量分析芯片数据预处理获取差异表达基因GO和KEGG分析聚类分析(本文于2013.09.04更新）“差异”是个统计学概念，获取差异表达基因就要用统计方法，R的统计功能很强大，适合做这样的事情。用前面的方法读取数据：library(affy)library(tcltk)filters0subset.data=log(2)。先简单看看有没有：apply(abs(results.present[,5
Hookee·2020-07-02 03:46

GEO : Affymetrix CEL文件 CDF文件 R语言处理方法

背景介绍：1）Affymetrix：Affymetrix的探针（proble）一般是长为25碱基的寡聚核苷酸；探针总是以perfectmatch和mismatch成对出现，其信号值称为PM和MM，成对的
wj176623·2020-06-29 19:21

第4章 读取微阵列数据

4.1本章范围本章涵盖除Affymetrix以外的大多数微阵列类型。
yangliunk1987·2020-04-05 08:23

基因芯片（Affymetrix）分析2：芯片数据预处理

序章Affy芯片数据的预处理一般有三个步骤：1.背景处理（backgroundadjustment）2.归一化处理（normalization，或称为“标准化处理”）3.汇总（Summarization）需要说明的是，每个步骤都有很多不同的处理方法（算法），选择不同的处理方法对最终结果有非常大的影响。选择哪种方法是仁者见仁智者见智，不同档次的杂志或编辑可能有不同的偏好。1.需要了解的一点Affy芯
thinkando·2020-03-30 20:38

【转载】基因芯片（Affymetrix）分析3：获取差异表达基因

“差异”是个统计学概念，获取差异表达基因就要用统计方法，R的统计功能很强大，适合做这样的事情。用前面的方法读取数据：library(affy)library(tcltk)filters0subset.data=log(2)。先简单看看有没有：apply(abs(results.present[,5:7]),2,max)##fc.1hfc.24hfc.7d##5.3096.6886.844apply
宇宙独一无二的我·2020-03-23 04:28

annotate: 把芯片数据导出为好看的 HTML

制作这样的HTMLtable的先决条件是要有所用芯片的注释信息，当然制造商一般会提供可导入R的文件格式，例如用read.csv()就可以加载Affymetrix的csv文件。
假装挖金矿的狮毛·2020-02-14 15:41

Bioconductor与基因芯片

今天了解一下背景知识，为下面进行芯片数据分析打下基础应用领域之基因芯片Bioconductor的起源就是基因芯片分析，因此提供了芯片数据库如GEO、ArrayExpress结口，方便获取数据芯片提供商：Affymetrix
刘小泽·2020-02-12 08:08

Lecture 8 Normalization and Affymetrix

原文地址：http://x2yline.gitee.io/microarray_data_analysis_note/notes/8%20Normalization%20and%20Affymetrix
x2yline·2020-01-07 01:10

Lecture 7 Affymetrix，R与bioconductor（芯片数据预处理及质量控制）

原笔记地址：http://x2yline.gitee.io/microarray_data_analysis_note/1.芯片数据结构芯片数据的结构如下芯片数据的结构1.1SampleInformation对于SampleInformation，我们至少需要知道样本的组别，在一些更加复杂的使用设计中，我们可能还需要知道更多关于样本的信息如：对于研究癌症和正常人的实验设计中，我们可能需要记录每个个
x2yline·2020-01-04 00:16

第9章 单通道实验设计

单通道数据来自流行的微阵列技术，如Affymetrix，Illumina或Agilent。
yangliunk1987·2019-12-15 16:00

【转载】基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析

TAIR，NASCarray和EBI都有一些公开的免费芯片数据可以下载。本专题使用的数据来自NASCarray（Exp350），也可以用FTP直接下载。下载其中的CEL文件即可（.CEL.gz），下载后解压缩到同一文件夹内。该实验有1个对照和3个处理，各有2个重复，共8张芯片（8个CEL文件）。为什么要进行芯片质量分析？不是每个人做了实验都会得到高质量的数据，花了钱不一定就有回报，这道理大家都懂。
Honglei_Ren·2019-11-04 17:32

基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析

芯片质量分析 芯片数据预处理 获取差异表达基因 GO和KEGG分析 聚类分析 (本文于2013.09.04更新） TAIR，NASCarray 和 EBI 都有一些公开的免费芯片数据可以下载。本专题使用的数据（Exp350）来自NASCarray，也可以用FTP直接下载。下载其中的CEL文件即可（.CEL.gz），下载后解压缩到同一文件夹内。该实验有1个对照和3个
·2015-11-07 11:08

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四)：芯片内归一化

归一化的方法有很多，对于寡聚核苷酸芯片（单通道，以Affymetrix为代表）和cDNA芯片（双通道，红绿染料）也有所不同。以下讨论针对双通道芯片进行，当然也可能适用于单通道，请读者自辨。
·2015-11-07 11:04

基因芯片（Affymetrix）分析2：芯片数据预处理

芯片质量分析 芯片数据预处理 获取差异表达基因 GO和KEGG分析 聚类分析 (本文于2013.09.04更新） 基因芯片技术的特点是使用寡聚核苷酸探针检测基因。前一节使用ReadAffy函数读取CEL文件获得的数据是探针水平的（probe level），即杂交信号，而芯片数据预处理的目的是将杂交信号转成表达数据（即表达水平数据，expression le
·2015-11-07 11:59

基因芯片（Affymetrix）分析3：获取差异表达基因

芯片质量分析 芯片数据预处理 获取差异表达基因 GO和KEGG分析 聚类分析 (本文于2013.09.04更新） “差异”是个统计学概念，获取差异表达基因就要用统计方法，R的统计功能很强大，适合做这样的事情。 用前面的方法读取数据： library(affy) library(tcltk) filters <- matrix(c("CEL f
·2015-11-02 19:00

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四)：芯片内归一化

归一化的方法有很多，对于寡聚核苷酸芯片（单通道，以Affymetrix为代表）和cDNA芯片（双通道，红绿染
·2015-11-01 08:54

zz 塞外野猪的博客 Affymetrix 处理中的一些注意事项

今天和一个做Affymetrix 的 expert 交流了一下，解决了几个我一直不太明白的问题。
·2015-10-30 14:15

【转载】基因芯片（Affymetrix）分析2：芯片数据预处理

基因芯片技术的特点使用寡聚核苷酸探针检测基因。前一节使用ReadAffy函数读取CEL文件获得的数据是探针水平的（probelevel），即杂交信号，而芯片数据预处理的目的是将杂交信号转成表达数据（即表达水平数据，expressionleveldata）。存储探针水平数据的是AffyBatch类对象，而表达水平数据为ExpressionSet类对象。基因芯片探针水平数据处理的R软件包有affy,a
Honglei_Ren·2015-09-07 11:19

Affymetrix芯片分析：获取差异表达基因系列一

library(affy)library(tcltk)filters0subset.data=log(2)。==================================================apply(abs(results.present[,5:7]),2,max)%apply是一个很有用的函数，它对数据按某个维度批量应用一个函数进行计算。第一个参数为向量或矩阵（或者是能转成向
hellobear2012·2015-04-13 22:51

基因芯片（Affymetrix）分析3：获取差异表达基因

“差异”是个统计学概念，获取差异表达基因就要用统计方法，R的统计功能很强大，适合做这样的事情。用前面的方法读取数据：library(affy)library(tcltk)filters0subset.data=log(2)。先简单看看有没有：apply(abs(results.present[,5:7]),2,max)##fc.1hfc.24hfc.7d##5.3096.6886.844apply
金子哦·2014-04-23 16:16

Affymetrix生物芯片解决方案概述

    Affymetrix公司作为全球销量第一的基因芯片厂家，以其完备的芯片设计，稳定可靠的分析结果和强大的生物信息学分析能力，帮助研究人员在最短的时间内获得大量可靠的结果，为后续研究提供重要的线索和帮助
gaorongchao1990626·2013-05-29 16:00
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