BLAST

blast建库中-parse_seqids的用意

建库的代码，加上-parse_seqids提示BLASTDatabasecreationerror:Nearline6001,thelocalidistoolong.Itslengthis51butthemaximumallowedlocalidlengthis50.Pleasefindandcorrectalllocalidsthataretoolong同样的代码，去掉-parse_seqids
山竹山竹px·2023-06-15 00:28

几个生物学词缀词根

rootmeaningwordecto-外endo-,ento-内epi-上hypo-下ac.anth-=flower尖+花，表示棘anth.o.phag.ousesthes-feeling-ia某种症、病coel-腔blast
董八七·2023-06-11 02:08

使用python的streamlit模块搭建一个简易的网页版blast

streamlit的参考资料https://docs.streamlit.io/library/get-started/create-an-appst.buttonhttps://docs.streamlit.io/library/api-reference/widgets/st.buttonst.text_areahttps://docs.streamlit.io/library/api-ref
小明的数据分析笔记本·2023-06-10 00:00

同源建模、小分子构建、小分子化合物库、生物分子互作用ⅠAutodock

同源建模课程内容：1.同源建模原理介绍1.1同源建模的功能及使用场景1.2同源建模的方法2.Swiss-Model同源建模；2.1同源蛋白的搜索（blast等
桃子0·2023-06-07 01:33

HMMER的安装及使用

不同于Blast等工具，HMMER使用的是集成算法（ensemblealgorithms），而不是最佳对齐（optimala
队长的生物实验室·2023-05-04 22:32

1.5构建支原体index并比对

blast确定转录组污染为MycoplasmayeatsiiGM274B1.寻找基因组https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?
cakarote·2023-04-21 18:05

获取蛋白质PSSM矩阵获取

传统方法获取PSSM矩阵通过blast中的PSI-blast进行的，最大的问题在于数据库的下载过程，53G的数据即使是迅雷等加速软件也无法快速进行下载完成。
mmam·2023-04-20 14:33

本地Blast的安装与使用

Blast的安装说明：BLAST工具是由NCBI所提供。
中午打个盹·2023-04-17 19:27

linux下载blast软件

linux下载blast软件/pub/software/里面下载下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz(rpm结尾，红帽操作系统，src文件为源代码，需要准换为二进制格式
μμ豆奶·2023-04-17 07:27

GWIPS-viz + hORFeome

用bowtie2比对blast匹配到lncRNA的序列到基因组上bowtie2-p24-x~/RNASEQ/index/bowtie2_index/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.bowtie_index
547可是贼帅的547·2023-04-16 06:53

BLAST -help

blastp-helpUSAGEblastp[-h][-help][-import_search_strategyfilename][-export_search_strategyfilename][-tasktask_name][-dbdatabase_name][-dbsizenum_letters][-gilistfilename][-seqidlistfilename][-negative
喜欢吃土豆的彭某人·2023-04-15 21:27

宏基因组之物种注释（基于nr库）

软件需求：blast，diamond，taxonkit(安装自行百度)构建细菌子库blast方法可能会准确点，但是它的速度简直让我怀疑人生，俩种软件的方法我都说下吧，因为我比对的主要是细菌，我首先想到是干脆按照网上的方法构建一个细菌的子库可能速度会更快点
凯凯何_Boy·2023-04-11 21:02

blast 用法汇总

blast安装：先在网上找到最新版的blast下载到本地；thisisthedownloadpadge:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/这里下载的是最近版本
11的雾·2023-04-11 14:08

Blast本地化快速上手教程

（*图片来自NCBI官网）https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi在线提交地址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi官方文档
爱上生物大数据·2023-04-09 02:46

如何从NCBI中获得16S rRNA序列

NCBI收集了16SribosomalRNAsequence，可以进行下载：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/dbimage.png解压后是已经建好索引的文件：image.png
scdzzdw·2023-04-07 06:45

3-【blast】的安装和使用（2021.5.1）

安装时间：2021.2.31.简介BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)，是一套在DNA数据库或蛋白质数据库中进行局部相似性比对分析的工具，其中包括blastn（核酸比核酸
lkj666·2023-04-07 06:34

基因家族共线性分析

共线性分析mcscan共线性分析12Jcvi教程最全的本地blast教程安装jcvicondainstalljcvi准备文件gene.gff3cds.faprotein.facolineanalysis
wo_monic·2023-04-04 23:50

2021-04-24 分析Reads比对基因组后5和3端的序列情况

采用的斑马鱼线粒体基因组为标准序列将去掉接头的序列文件fq.gz变为fasta文件格式2.由于fasta文件过大，可以切割为多个文件下载blast软件，构建标准数据库4.对多个文件进行本地blast（构建的标准数据库
zebra_mito·2023-04-04 09:20

linux BLAST序列比对

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。
夕颜00·2023-04-03 16:32

2021-03-04 blast+ 比对两个denovo RNAseq序列

因此我觉得用BLAST应该可以达到他的要求。以下为解决步骤方便以后再遇到类似情况：1.安装blast+sudoaptinstallblast2
hopi_bai·2023-04-01 14:23

Biopython学习笔记（三）Blast

使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，并作进一步分析。
生信start_site·2023-04-01 06:00

一文搞懂NCBI Blast本地数据库（NT/NR等）构建

背景介绍blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATESTblastdb：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast
简佐义的博客·2023-03-31 16:13

blast+

makeblastdbmakeblastdb-inar14.fa-dbtypeprot-parse_seqids-outar14
nitrostarch·2023-03-31 00:12

本地blast

建立比对数据库makeblastdb-inMs.Unigene.fa-dbtypenucl-parse_seqids-outMsrna'##建立比对数据库-in数据来源fasta格式，-dbtype数据库类型,nucl代表核酸prot为蛋白质-parse_seqids用途不明，建议加上，-out数据库名称执行上述代码后将生成后缀为nin,nhr,nsq,nsi,nsd,nog六个文件，至此，自定义
茶思饭·2023-03-30 13:36

WGDI安装和使用

基因组序列信息文件fasta基因组蛋白序列信息文件fastawgdi需要三种信息，分别是BLAST,基因的位置信息和染色体长度信息，要求格式如下1gffwgdi自己定义的gff，注意提取最长。
徒唤奈何_c5f0·2023-03-29 11:42

linux BLAST序列比对 （nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。
像鸟一样飞过你的高山·2023-03-29 04:20

如何在blast结果中添加详细的物种信息

之前无论是做blastn或者是blastp都是仅仅在blast结果中显示了种属信息，没有添加详细的信息，添加种属信息很简单，只要结果里生成XML格式，之后转化成xls格式就OK：blastn-query16S_seq
谷流觞·2023-03-27 23:49

学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件

前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。
Mr_我爱读文献·2023-03-27 04:40

【Linux blast比对】fastq转fasta比对到参考序列

/sample-1_L3_2.fasta&比对$virun_blast1.shblastn\-querysample-1_L3_2.fasta\-dbartificial.blast
Geekero·2023-03-26 08:07

本地化BLAST+详细使用方法

序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。
Boer223·2023-03-26 05:20

2022-06-05多序列比对教程

1、格式化数据库makeblastdb-ingenome.pep-dbtypeprot2、序列比对(筛选blast最优结果)blastp-queryAP2.fa-dbgenome.pep-outfmt6
麦冬花儿·2023-03-22 09:59

使用blast+samtools view+featurecounts对qpcr的靶序列在高通量结果中定量

思路1、使用blast确定primer比对到的序列，并获得靶序列在基因组/转录组上
一只烟酒僧·2023-03-17 20:28

序列比对工具 | BLAST、 BLAT、 diamond

80%同源性（homology）从一些数据中推断出的两个基因或者蛋白序列具有共同祖先的结论，属于质的判断可以说A序列和B序列是同源序列，但不能说同源性80%常用工具BLASTBLAT序列比对的常用工具：BLAST
生信师姐·2023-03-17 08:58

2020-12-17水稻、小麦GO富集分析

当然如果你对一些新组装出来的基因感兴趣，也可以通过跑blast2go等电子注释方法获取Gene对应GO
bcl_hx·2023-03-16 09:01

图解：如何在NCBI上找到具体一个基因第N个外显子的序列,以EML4基因为例

确定的方法有很多种，比如NCBI、USUC和Blast等。这里我们用NCBI的方法找到一个基因的外显子序列。
花色匆匆·2023-03-15 08:13

基因家族 基于 blast比对 筛选串联重复基因

#定义%identity>70并且aligmentlength>70认为是串联重复基因makeblastdb-inbhlh.cds-dbtypenucl-titlebhlhblastn-num_threads24-dbbhlh.cds-querybhlh.cds-evalue1e-20-outfmt7>blastn.outsamtoolsfaidxbhlh.cdsviKAKS_SHAIXUAN.p
夹竹桃的下午·2023-03-14 18:12

基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER

基因组的序列提取，详情请看我之前的教程：https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast，请看我之前的教程：https
啊辉的科研·2023-03-12 09:46

极易出错的500个字（一）

爱带(戴)loveandesteem白晰(皙)white-skinned,fair-skinned爆乱(暴)riot,rebellion报筹(酬)reward,pay,remuneration暴炸(爆)blast
周柯楠·2023-03-11 03:36

PSI-BLAST 输出MSA与fasta

PSI-BLAST(Position-SpecificIterativeBasicLocalAlignmentSearchTool)是blastp的一种，用于发现与查询序列更远距离相关的序列。
气旋_c8b6·2023-03-10 18:28

【科研】本地Blast安装与使用（Win）

一、软件下载与安装设置1、进入网站，根据电脑系统选择相应最新版本下载，也可以选择需要的历史版本下载。2、解压，双击exe文件安装软件，默认安装到C盘，可以自定义安装目录。如果是免安装版本，直接将解压后的文件夹移动到安装目录下。3、在安装目录下新建文件夹并重命名为db，作为数据库文件夹。4、右键打开我的电脑-属性-高级系统设置-环境变量用户变量中新建，变量名BLASTDB，变量值\path\NCBI
空若·2023-03-10 13:23

blast以后使用python提取比对上的序列简单小例子

这里我们用到biopythonblast的输出结果需要保存为xml格式-outfmt设置为5首先是blast构建索引makeblastdb-inZjn_sc00188.1.fa-dbtypenucl-parse_seqids-outzjn
小明的数据分析笔记本·2023-03-09 11:39

本地BLAST使用方法（command line）

PrologueBLAST:BasicLocalAlignmentSearchToolBLASTn：核酸序列比对核酸数据库BLASTx：核酸序列比对蛋白数据库BLASTp：蛋白序列比对蛋白数据库建库并比对1.一对一（一条序列比对一个库）建库：$makeblastdb-inyourdbseq.fasta-dbtypenucl/prot-titleyourdbname-parse_seqids-out
Xylona_MS·2023-02-05 08:07

用blast进行本地化搜索PHI数据库

网页版的PHIB-blast只能支持很少的序列搜索，但数据量大了只能选择本地blast。在下载数据前需要注册填写一点信息，如何下载fasta格式文件，命名为PHI-base.fasta。
咸鱼426·2023-02-04 16:26

Viroblast & Sequenceserver

利用云服务搭建blast服务#安装必要的软件sudoapt-getncbi-blast+apache2libapache2-mod-phpphpphp-gd#下载viroblastwgethttp://
天骏·2023-02-03 06:43

解决 error while loading shared libraries: libidn.so.11: cannot open shared object file: No such fi...

1,blast报错blastdbcmd:errorwhileloadingsharedlibraries:libidn.so.11:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory2
惊穹·2023-01-31 03:40

Danforth & Donnalley 日用化工公司——资本预算与相关现金流

1．如果你处在SteveGasper的位置，你会把市场测试费包括在Blast项目的现金流中吗？
咖啡猫大人·2023-01-30 11:01

2020-08-14软件安装（生信Linux)篇三

二进制版本文件，下载下来，放到环境变量就可以使用wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.7.1/ncbi-bla
c4d82bfede08·2023-01-29 07:13

MetaWRAP

手动安装MetaWRAP依赖软件安装--apt安装sudo-iaptupdate##blast+aptinstallncbi-blast+##bowtieaptinstallbowtie##bwaaptinstallbwa
nitrostarch·2023-01-27 21:26

通过blast在基因组中找相似序列

一种方法是通过bwa，通过AS和XS标签判断是否有次优比对；但是这种方法无法知道这段序列所有可能的比对位置；另一种方法就是blast，blast分为网页版以及本地版；网页版blast网址：https:/
生信汪·2023-01-27 14:56

blast本地比对输出结果

之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。
xiaoji_hb·2023-01-27 05:48
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