BLAST

MUMMER 两个基因组间比较

MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。
生信师姐·2021-04-01 18:29

构建ncbi——nr本地库

网上方案都是用ncbi-blast+程序包的updata_blastdb.pl自动下载，然而我下了两天，一直断···被逼无奈下，我只能用wget命令通过FTP地址去下载了先附上几个有用的地址：ncbiblastdatabase
扇子和杯子·2021-03-24 16:21

1.2 序列分析工具（BLAST&BLAT）

基本概念相似性（similarity）一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量如：A序列和B序列的相似性是80%同源性（homology）从一些数据中推断出的两个基因或者蛋白序列具有共同祖先的结论，属于质的判断可以说A序列和B序列是同源序列，但不能说同源性80%常用工具BLASTBLATBLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool，局部相似性基
油炸椒盐菠萝·2021-03-07 12:31

生信分析-本地BLAST

一.本地blast简介本地Blast(BasicLocalAlignmentSearchTool)，是基于本地的比对搜索工具，可以在自己建立的数据库进行blast搜索，与NCBI的在线blast相比，其速度快
峰峰love典典·2021-01-12 14:58

Blast：3.本地化NR数据库|按物种拆分

NR(Non-RedundantProteinSequenceDatabase)非冗余蛋白库，是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。NR数据库包含了所有物种分类的蛋白序列数据，文章时间NR数据库大约83G大小，由于注释数据运行时间时间和数据库大小几乎呈集合级增长，另外防止其他物种序列影响注释结果，因此在NR数据库建库时可以根据NCBI提供的物种分类号文件对NR数据库序
hoyeezhang·2020-12-16 01:52

微生物多样性qiime2分析流程(7) 运用blast比对方法对16s数据进行注释

前面介绍了如何使用qiime2训练特征分类器对16s数据进行分类注释，但是由于其占用内存较高，个人电脑难以运行，现在介绍如何利用blast比对的方法进行数据注释。
R语言数据分析指南·2020-10-28 10:02

生信常用数据库（二）：NT数据库和NR数据库搭建

前言NR和NT数据库是做序列比对经常用到的数据库，小编接下来带你在本地集群上搭建这两个数据库下载下载链接：Indexof/blast/db/FASTA这两个数据库一直在不断地更新，数据也越来越大，截止2020
geneonto·2020-10-26 14:02

##规划##

5，数据可视化6，数据库构建——————mysqla)生信基础软件(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit
这是李金辉呀·2020-09-29 16:47

单细胞亚群鉴定知多少（二）

1单细胞亚群鉴定-scMCA/scHCA单细胞亚群鉴定：scMCA/scHCA(http://bis.zju.edu.cn/MCA/blast.html)在上一篇（单细胞亚群鉴定知多少第一篇）介绍ma
生信阿拉丁·2020-09-21 21:21

ncbi-blast 本地安装

详见：http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/Linux系统中NCBIBLAST+本地化教程本文面向初学者（最好还是懂得基本的linux使用），高手可直接忽视
weixin_30565327·2020-09-16 16:40

本地blast的使用及SRA转fastq，解决sra转换成fastq后bwa无法识别的问题

BLASTinstaliiation直接下载编译好的balst，加入PATH导入PATH，使其在任何terminal中均可使用exportPATH=$PATH:yourdirectory/ncbi-blast
XH生信ML笔记·2020-09-16 14:41

NCBI网页上进行Nr注释

在NCBI的网页窗口使用Blast进行比对http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi（这是新的Blast主页http://blast.ncbi.nlm.nih.gov
SicongFu·2020-09-13 01:13

Bowtie2的安装与使用

Bowtie2的安装与使用2017-06-1518:58:5234200Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组，与常规的比对软件不同的是（如blast），Bowtie在比对比较短的
weixin_30606461·2020-09-12 07:38

Bowtie使用介绍

Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适
???111·2020-09-12 07:02

Bowtie2使用方法与参数详细介绍

bowtie短序列比对工具详解常见的短序列比对工具有很多，如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点，但同时也具备了一些缺点。
高锦-生信·2020-09-12 06:22

bowtie和bowtie2用法详解

bowtie短序列比对工具详解常见的短序列比对工具有很多，如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点，但同时也具备了一些缺点。
soyabean555999·2020-09-12 04:01

2020-05-26 PASA 基因组结构注释（debugging）

cpanorcpanm安装总提示报错，未解决再次利用yuminstall‘perl(GD)'安装成功2.下载UniVec数据后，formatdb命令格式化数据，formatdb命令找不到NCBIftp下载了老版blast
lalalapa·2020-08-31 15:38

GPU并行编程方法

Nvidia的CUDA工具箱中提高了免费的GPU加速的快速傅里叶变换（FFT）、基本线性代数子程序（BLAST）、图像与视频处理库（NPP）。
cc198877·2020-08-26 16:46

随手“一片”SCI，Qiime2扩增子处理流程确定不了解一下？

qiime2导入数据制作Manifest和Metadata表Import数据查看原始数据质量DADA2去噪、去嵌合体和生成OTU构建进化树绘制稀释曲线计算物种多样性物种组成分析基于sklearn方法基于blast
Neptuneyut·2020-08-25 01:55

blast算法初探

因此NCBI数据库开发了blast算法，用来快速的找到与query序列相似度最高的序列。blast算法简介blast算法采用的是一种启发式算法。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-08-24 12:33

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。
iteye_8260·2020-08-24 00:47

从动态规划到配对序列联配（一）

通常而言，我们都会以BLAST起手，根据序列相似度找到目标物种可能的部位。基因组重测序得到二代短读长序列(read)如何鉴定变异变异？
徐洲更hoptop·2020-08-23 09:26

构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb...

下载blast：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+先了解BLASTDatabases：BLASTFTPSite 如何下载NCBIblast
weixin_33806300·2020-08-23 03:28

Zombie Blast

Yourdutyinthisaddictivepuzzlegameistokillthezombies.Justtrytoremoveacoupleofobstaclesandyouwillsurelysucceed.Thehigherlevelsyoupass,theharderitbecomes.Doyoudaretojoinandfinishallthelevels?Installandch
流云追风·2020-08-22 18:13

使用Blast2GO进行GO注释

主要功能：1将序列比对到NCBI的Nr数据库，得到Nr注释2对核酸或蛋白质序列进行InterPro注释3在得带Nr注释之后，通过Blast2GO数据库，将Nr注释结果转换为可信的GO注释;。。
SicongFu·2020-08-19 16:18

Swiss-Prot注释

1.下载Swiss-prot的蛋白质序列并构建blast数据库Swiss-Prot数据库中的蛋白质的功能经过了试验验证，注释是精确的。但是其蛋白质数目相比于Nr，就非常少了，仅有约54万条。
SicongFu·2020-08-19 16:18

2019年最新wordpress CMS主题——blast主题 ，带用户中心 响应式主题

blast主题是高时银博客原创wordpressCMS主题，也是高时银博客自己正在使用的wordpress主题。blast主题整体布局清爽大方，而内在的功能却又是十分强大的。
码不亭蹄·2020-08-18 22:34

KAAS(KEGG Automatic Annotation Server):一个非常好用的在线注释工具

与此同时，KEGG数据库自身提供了一个方便的在线注释工具，方便又精准，甚至能提供带标注的map通路图，比在本地做blast，然后解析blast结果，再写脚本画map方面了很多。
xflee0608·2020-08-17 05:27

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

北京大学生物信息学-第三周-序列数据库 BLAST

序列数据库Genbank是美国国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据SRA（SequenceReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos和CompleteGenomics。除了原始
Leesuha·2020-08-05 12:38

Bowtie使用笔记

本文转自https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62236341/bowtie短序列比对工具详解常见的短序列比对工具有很多，如fasta、blast
bioinfo2011·2020-08-01 03:34

本地blast（2018-06-02）

将bedtools获得的gene.fa文件用blast与其比较相近的物种进行比对。
简单点lili·2020-07-31 22:56

生物信息学分析常用网站

1.BLAST（核酸蛋白序列比对）：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2.miRBase（miRNA数据库网站）：http://www.mirbase.org
ZJayHan·2020-07-29 22:36

BLAST（基本局部比对工具）

nucletideblastblastn短序列标准搜索megablast相似序列（单物种）之间比对discontiguousmegablast跨物种序列比对proteinblastblasp标准搜索psi-blast
Janton Wang·2020-07-29 16:48

零代码构建系统发生树-冠状病毒系统发生树

MEGA6构建系统发生树官网地址：原官网页：https://www.megasoftware.net/MEGA简介：MEGA软件是一款遗传学分析软件，可以完成基本的序列比对，系统发生树构建和BLAST搜索
寂静前行·2020-07-28 03:52

BLAST Command Line Applications User Manual

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/BLASTCommandLineApplicationsUserManualChristiamCamacho,ThomasMadden,GeorgeCoulouris,NingMa,TaoTao,andRichaAgarwala.AuthorInformationCreated:June23,2008;LastUp
iteye_12837·2020-07-28 00:14

blast 错误

在新环境中调用blastp出现错误blastp:errorwhileloadingsharedlibraries:libssl.so.1.0.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory找不到libssl.so.1.0.0的正确位置，首先，利用locatelibssl.so.1.0.0/home/path/to/miniconda2/envs
常玉俊bioinfo·2020-07-27 20:01

GO分析相关工具汇总

用户可以通过检索蛋白获得相应的GO术语，可以检索GO术语得到相应的细节和相关的蛋白注释，AmiGO还提供了BLAST搜索引擎，比对有GO术语注释的基因和基因产物的序列。O
SHMILYRINGPULL·2020-07-27 17:34

测序了，然后呢（三）功能注释整合流程

之前看到，同源注释和功能分类都有各自的数据库和软件，并且同源注释还有两种方式，一步步操作会比较繁琐，因此就有软件看到了这个痛点，开发了新的整合式流程最有名的blast2go：https://www.blast2go.com
刘小泽·2020-07-15 09:57

正则匹配中的search和sub用法

importosimportreimportsystry:infile=sys.argv[1]outfile=sys.argv[2]except:print"Usage:pythonfilter_blast.pyinfileoutfile"gff
南山欧巴·2020-07-14 10:22

11月9日本地blast(三）

为了方便，就在自己的主目录下创建一个db的文件夹,像这样/public/home/yourname/db2从NCBI上下载数据文件1.点击这个链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast
小郑的学习笔记·2020-07-14 03:32

BLAST-用python实现

最近在自学python，又用python实现了一下BLAST。这次更新了打分函数如下，空位罚分改为-5，但不区分gapopen和gapextend。
护士衫下·2020-07-12 16:40

Bio::SearchIO分析ncbi-blast+生成的xml的一个问题

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>工作环境LMDE2Betsy大概是因为今天教研室网络超烂（似乎并不是这个原因），在自己搭建的简陋web版blast（基于ncbi-blast+）上比对个序列
weixin_33724059·2020-07-12 07:49

20、BLAST比对及结果介绍

1、formatdb-i/share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/combined/all_sizes.quivered_hq.fasta-pF-oT-nT01_db2、blastall-pblastn-dT01_db-iT01.fasta-oT01_out&blasta
weixin_30945319·2020-07-12 07:50

利用biopython批量下载基因序列

构建自己需要的blast库,需要下载所有自己需要的基因。利用biopython可以快速完成。
weixin_30917213·2020-07-12 07:05

一个用python编写的序列比对可视化工具 -- LINKVIEW

本工具设计灵感来源于circos软件，因为在日常工作中需要对blast比对结果进行可视化显示，但是找不到合适的软件(circos仅能作环状的图)，所以开发了这款工具。
晔晔炅萤·2020-07-11 15:38

生物序列局部比对之Blast算法

生物序列局部比对之Blast算法算法基本原理：Blast算法是1990年由Altschul等人提出的两序列局部比对算法，采用了一种短片段匹配算法和一种有效的统计模型来找出目的序列和数据库之间的最佳局部比对效果
huangliangbo0805·2020-07-11 07:22
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