BLAST

Blast结果的详细解析

Blast结果的详细解析Postedon2009年7月9日要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。
高锦-生信·2020-07-11 07:47

BLAST+中blastn参数详解

【转】BLAST+中blastn参数详解2012-05-2213:25转载自lidaof最终编辑lidaof与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来
OpenHero·2020-07-10 23:02

用Biopython解析BLAST结果

这次使用的是biopython中解析blast结果的功能，随着blast版本的不断更新，blast的输出结果的格式也在不断改变，所以这对于biopython解析blast的结果造成了很大影响，所以biopython
SUNpython·2020-07-10 16:04

生信知识与软件小结：BWA、wtdbg

blast：的全称是basiclocalalignmentsearchtool是一种极其常见的序列比对工具。其中包含几个模块（可以这么认为），
BaldStrong·2020-07-10 10:54

这或许是我写的最全的BLAST教程

Basiclocalalignmentsearchtool(BLAST)包括：blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda安装即可。
徐洲更hoptop·2020-07-08 09:36

使用MAKER进行注释: 学习MAKER的配置参数

/The_MAKER_control_files_explainedMAKER会生成三个配置文件，如下maker_opts.ctl:控制MAKER分析行为的主要配置文件maker_bopts.ctl:BLAST
徐洲更hoptop·2020-07-08 09:36

GO 和 KEGG 注释之前，为什么要先进行序列比对（BLAST）？

根据相似性原理，具有相似序列的蛋白可能也具有相似的功能，因此，我们可以将BLAST所得的同源蛋白的注释信息转嫁到我们关注的差异蛋白上，来完成对于差异蛋白尤其是研究程度不足的物种的差异蛋白的注释。
纤蹄马·2020-07-07 20:28

2018-12-31

1.细胞培养：B16F10和CD8+T细胞2.慢病毒Cas9-Blast与pCMV-dR8.91和pCMV-VSV-G质粒共转染到HEK293T细胞中，然后收割病毒滴定后储存。
Mingyan_C·2020-07-07 17:35

宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战4.基因注释Prokka

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:55

宏基因组实战4. 基因注释Prokka

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff)，收集这些格式的说明书。

VCF格式文件的shell小练习原文链接首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbashMiniconda3-l
天涯清水·2020-07-06 04:16

生物信息软件安装1：Linux软件背景知识

BLAST软件的各种版本以BLAST软件为例，我们可以看到，在BLAST软件的下载界面上，有19个文件可选择下载，那么这些文件都是什么意思呢？我们该下载哪个文件进行安装呢？
曹务强·2020-07-05 22:21

Puzzle Games - Jelly Blast Mania

CandyFruitSpriteisabrandnewgamebringsamazingwayofmatch-3funpuzzleadventure,moredivinecombinationsandchallenginggamemodesbrimmingwithpurplecandy&cake!Takeonthisdeliciouslysweetcandyandplaywithfriendsto
反射·2020-07-01 09:16

Spring 5 新增全新的reactive web框架：webflux

没错，是“流”的意思：stream,flux,rate,class,blast,grade。具体做什么事情呢？就是webflux可以让你在web应用下也可以
zl1zl2zl3·2020-06-30 18:15

C/C++静态代码分析工具

canprovetheabsenceofruntimeerrorsandcanprovefunctionalassertions;tailoredtowardssafety-criticalCcode(e.g.avionics).BLAST
xjujun·2020-06-30 02:13

BLAST分类

5种BLAST分类图BLASTp：用蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库BLASTn：用核酸序列搜索核酸序列数据库BLASTx：将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索蛋白质序列数据库tBLASTn：用蛋白质序列搜索核酸序列数据库
mCpG·2020-06-28 06:54

用Modules优雅地管理你的环境变量

我管理的基因组学群里，今天有人提出了这样一个问题，如果有多个版本的BLAST，并且都是用conda安装，应该如何调用不同版本的BLAST提问截图对于这个问题，其实存在多种解决方案：用绝对路径进行调用使用
徐洲更hoptop·2020-06-27 02:07

巨大蘑菇云将伊朗首都夜空变成白昼！神秘爆炸发生在敏感军事基地……

这爆炸的规模看上去太吓人了爆炸的视频被社交媒体疯传这威力似乎是太大了不知道德黑兰是否能承受得住路透社公布了一些视频https://www.reuters.com/article/us-iran-security-blast
星系花园郑好·2020-06-27 00:00

基因组注释之同源搜索

蛋白质序列下载2.创建本地数据库使用makeblastdb程序，对上述FASTA格式的基因组序列进行处理，建立本地BLAST数据库。
javaLi·2020-06-24 05:46

BLAST+中blastn参数详解

【转】BLAST+中blastn参数详解2012-05-2213:25转载自lidaof最终编辑lidaof与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来
iteye_12837·2020-06-23 18:25

Orthologous groups

2.每个FASTA系列文件都使用程序makeblastdb进行了一些BLAST数据库的默认设置。3.对于每个家族，F
keaidelele·2020-06-23 14:34

建立本地的可视化blast页面

我们实验室主要是研究拟南芥的，因此要经常进tair网站，但是有时进的比较慢或者完全打不开，而NCBI也比较慢，所以我想建立一个本地的可视化的blast网站，以viroBlast为基础运行的。
灵动的小猪·2020-06-20 12:46

利用Blast比对基因

#建库#全称BasicLocalAlignmentSearchTool，即"基于局部比对算法的搜索工具"#Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为
hs6605015·2020-06-07 19:53

BLAST（序列相似性快速搜索工具）

1.什么是BLAST？BLAST的全称是BasicLocalAlignmentSearchTool（基本的局部比对搜索工具），基于一种局部最优的比对策略。
Han_zh·2020-04-30 13:37

2017.11.30-第一次解决实际问题，用本地blast 找SNP位置-blast构建本地库

第一次实战学了一段时间生物信息学了，我都是跟着网上的帖子学习，跑流程，从来没有解决过自己的实际问题。这次刚好哈，有个任务让我解决一下，具体如下：现在有8000多个snp序列（油菜），我想知道这8000多个snp序列具体在哪条染色体上？好了，这个问题看似很简单，但是我还是花了很多时间，走了很多坑。。。正确步骤如下：1下载安装好本地balst程序参考我之前的经验http://www.jianshu.c
小郑的学习笔记·2020-04-12 11:52

Day 5 软件安装

软件安装难易优先级以下软件都可以用condainstall-y来完成此时都可以在rna或者wes这样的小环境下安装，不会污染大环境blast,blat质控，需要fastqc及multiqc，trim-galore
陈宇乔·2020-04-10 06:04

基因组注释之从头预测

1.创建本地BLAST数据库使用makeblastdb程序，对上述FASTA格式的蛋白质序列进行处理，建立本地BLAST数据库。makeblastdb-in.
javaLi·2020-04-09 17:34

refseqID转换为geneID（2018-06-05）

gene2refseq.gzwget-cftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2refseq.gz2提取相似物种的基因gene2refseq.csv文件较大，有4G多，所以将blast
简单点lili·2020-04-09 04:46

refineM

://github.com/hyattpd/Prodigal.git](https://github.com/hyattpd/Prodigal.git)cdProdigal/makeinstall##blast
l_lightning·2020-04-02 11:58

2️⃣ 双序列比对(2)：BLAST详细操作:web版和linux版

序列比对和序列特征分析总目录网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi运行方式：本地或web基本的BLAST工具包括：图1BLASTblastn:核酸搜核酸数据库
Y大宽·2020-03-28 23:43

2017年12月12日～2018年1月21日学到的软件和方法的总结

BioinformaticsBlast我在LinuxMint中进行数据分析，使用linuxbrew和conda安装生物软件，用brewinstallblast和condainstallblast安装了好多次，都会报错，完全没法用，后来从Blast
热爱大自然的小和尚·2020-03-28 12:49

blast+工具頁面

AutomaticresolutionofsequenceidentifiersTheBLAST+searchapplicationssupportautomaticresolutionofqueryandsubjectsequenceidentifiersspecifiedasGIsoraccessions(seethecookbooksectionforanexample).Thisfeatu
keaidelele·2020-03-26 19:41

分析记录|blast

命令makeblastdb-inCAZyDB.07202017.fa-dbtypeprot-outCAZydbnohupblastp-db~/database/pfam/Pfam-A-duplicate.fasta-query../assembly.faa-num_threads8-outpfam.out-outfmt"6"-evalue1e-5>pfam.log2>&1&pfamnrtrembl
琼脂糖·2020-03-26 08:43

用Biopython解析BLAST结果

这次使用的是biopython中解析blast结果的功能，随着blast版本的不断更新，blast的输出结果的格式也在不断改变，所以这对于biopython解析blast的结果造成了很大影响，所以biopython
SunPython·2020-03-24 08:39

蛋白质的可视化，预测模拟和分子互作（一）

对一级结构的序列信息进行blast分析，得到详细的序列profile，其次是骨架原子的相互关系，rosetta平台通过建模将骨架原子的相对位置关系缩减为三个二面角。最后侧链R，也
正直少女鹿衔草·2020-03-24 03:05

自学生物信息学~进化树的学习（第一天）

homologene；blast-p本科是生物技术，研究生是病原生物学，血吸虫免疫方向，博士仍然是病原生物学，血吸虫遗传发育。虽然都有着血吸虫的大背景，但是相差太大了。我是小白，我不怕！
钟小月·2020-03-20 16:17

R中使用topGO进行富集分析

已知文件如下原始文件DEG.list#差异基因listrice.map#物种注释到GO数据库的信息一般只用到上面两个文件就可以rice.map#1.blast2go软件做注释，再使用mapping2maplist.pl
奔跑的Forrest·2020-03-18 10:18

Filter the 3-column BLAST output according to following rules

#Filterthe3-columnBLASToutputaccordingtofollowingrules#1.Removeselfmatches,multiplematches#2.Re-ordergenepairslexicographicallyimportosimportsystry:infile=sys.argv[1]outfile=sys.argv[2]except:print"Us
南山欧巴·2020-03-18 05:08

blast

1.-dbtypeMoleculetypeoftargetdb-parse_seqidsOptiontoparseseqidforFASTAinputifset,forallotherinputtypesseqidsareparsedautomatically2.#Buildtheblastindex.makeblastdb-inindex/all-proteins.fa-dbtypeprot-o
琼脂糖·2020-03-18 02:37

生物信息软件安装3：安装预编译版本的BLAST

1.从ftp下载预编译版本的BLAST安装包#选择Linux系统安装包，复制链接地址，wget下载#也可使用浏览器下载后，通过FileZil
曹务强·2020-03-17 22:08

NCBI Blast Tutorial

IntroductionNCBINationalCenterforBiotechnologyInformation美国国家生物技术信息中心DatabaseIntroGenBankDNAsequencesPubMedbiomedicalliteratureEpigenomicsOtherTheNCBIhousesaseriesofdatabasesrelevanttobiotechnologyand
1Z实验室阿凯·2020-03-16 23:16

Blastdbcmd,makeblastdb,blastn.使用简介

ubuntu17.041blastdbcmd作用:RetrievessequencesorotherinformationfromaBLASTdatabase它相当于以前的fastacmd.利用这个命令,可以从blast
天骏·2020-03-11 23:11

java相关命令

/lib/jelly_blast.jar:/opt/tomcat-hidden/hidden/WEB-INF/lib/jackson-mapper-lgpl-1.6.4.jar:/opt/tomcat-hidden
it_tom·2020-03-10 19:39

【BLAST!】征集！新一代创意人才对新媒体的诠释！

BLAST!宣传视频连接：艺术都市BLAST!宣传片-高清观看-腾讯视频当代艺术发展至今，我们坚信正是时候来探讨并展现中国和亚洲新一代的创意人才对新媒体的诠释！BLAST!
Artinthecity·2020-03-10 07:08

biostar handbook(七)| BLAST

Basiclocalalignmentsearchtool(BLAST)包括：blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda安装即可。
徐洲更hoptop·2020-03-07 21:31

系统进化分析全记录——以HDZIP3家族为例（附自动化phylogeny程序）

总体来说，系统进化分析包括以下几个步骤：多序列的获取（blast/hmmsearch获取同源序列）、多序列比对、
Dawn_WangTP·2020-03-06 02:29

【CocosCreator入门】Animation动画的制作和使用（下）

1.创建一个节点，并命名为bomb：为了演示这次的内容，我们把上次的blast先隐藏掉2.为bomb节点添加上Animation组件：我们可以看到，现在的Animation组件有三个属性：DefaultClip
真诚的狗子·2020-03-04 10:57

Blast Billiards 2014

Thisisaveryinterestingexplosiongameofbilliards.Youneedtoputalltheballsintotheholebeforethebilliardsexplosion,otherwisethegamewillfail!Ifyouhaveanyquestionsandsuggestions,youcancontactus.Tel:+861851567
Color_Six·2020-03-02 07:14
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