Bedtools

BEDTools使用详细说明

简介1、概述BEDTools是可用于genomicfeatures的比较，相关操作及进行注释的工具。
soyabean555999·2020-09-12 07:58

【bedtools教程】-annotate功能

annotatebedtoolsannotate,well,annotatesoneBED/VCF/GFFfilewiththecoverageandnumberofoverlapsobservedfrommultipleotherBED/VCF/GFFfiles.Inthisway,itallowsonetoasktowhatdegreeonefeaturecoincideswithmultip
Greatji·2020-08-23 18:28

BED tools安装流程

BEDTools是可用于genomicfeatures的比较，相关操作及进行注释的工具。
无言89·2020-08-19 21:09

chia pet2 output格式（chr10的部分）

ChIA-PET2-ggenomeindex-bbedtoolsgenome-ffq1-rfq2-AlinkerA-BlinkerB-oOUTdir-nprefixname参数说明：-gbwa的基因组索引文件-b为bedtools
qq_39306047·2020-08-18 08:26

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比较数据集sourma
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

本地blast（2018-06-02）

将bedtools获得的gene.fa文件用blast与其比较相近的物种进行比对。
简单点lili·2020-07-31 22:56

bedtools不合格的使用介绍

如何使用bedtools处理Rang数据什么是Range数据参考基因组表示的是一种坐标系统，比如说某一个物种基因组大小为100bp，那么他参考基因组就可以表示为[1,100],之后就可以用任意[x,y]
徐洲更hoptop·2020-07-27 19:15

第6篇：重复样本的处理——IDR

这一节将介绍两种方法：1.用Bedtools进行简单的overlap合并重复样本2.用IDR（Irrepro
六六_ryx·2020-07-13 08:39

bedtools，vcftools，bcftools的功能区别

bedtools，vcftools的功能区别在生信分析中有很多很多小软件，我们不一定要记住每个软件是怎么用的，太多了也记不住。
小青儿·2020-07-11 19:42

生信小工具：bedtools的使用(2)

bedtools"merge"许多基因组特征的数据集具有许多彼此重叠的个体特征（例如来自ChiPseq实验的对象）。将多个有重叠的序列组合成单个连续的序列通常对下游很有用。那么怎么办好呢？
lakeseafly·2020-07-05 16:58

bamtobed/bedgraph

ref:bamtobed—bedtools2.27.0documentation安装：BEDtools使用：bamtobed:bamToBed-ixxx.bam>xxx.bed-bedpeWriteBAMalignmentsinBEDPEformat
苏牧传媒·2020-07-04 04:46

根据gtf格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标

用bedtools对基因组片段区域进行基因注释根据gtf格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标选择的genecode内最早的Grch38版本(201408)v20是最早的hg38版本对应的ftp:
#WANGC·2020-07-02 10:48

生信小工具: Bedtools使用教程(1)

最近要处理一些基因注释的文件，要用到bedtools这款经典的软件，在慢慢接触到这款软件才发现其功能的强大之处，在接下来的几个星期内将会大家一起入门并且学习掌握使用bedtools。
lakeseafly·2020-06-26 16:43

bamtofastq 将bam文件转成fastq文件

通过bedtools中的bamtofastq能够将文件转成fastqbedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程：https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b131
果蝇的小翅膀·2020-06-16 16:28

从BAM文件提取unmapped reads并转换成fastq格式

用到的程序，samtools和bedtools，都用conda安装。目标是将第一次比对的bam中unmappedreads提取出来，并转换成fastq进行下次比对。
牛角箱鲀·2020-05-09 16:45

Bedtools笔记

BedTools笔记工具目的：探索、处理和操作基因间隔文件（e.g.,BED,VCF,BAM）。学习Tutorial为了学习，先创建工作目录，下载相应的demo文件。
王诗翔·2020-04-14 00:31

Samtools, bedtools, UCSC tools安装

Samtools的安装参考此链接https://www.jianshu.com/p/6b7a442d293f有大佬真好呀！下载我是按照图片中的路径下载后上传的http://samtools.sourceforge.net/大佬让下载的软件们这个链接有好多东西，木有关系，坚定地选择Samtools就好啦，samtools1.10samtool1.10下载页面安装步骤解释一哈，就是简单的三部曲：./c
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2020-04-01 08:21

bedtools求overlap

简介1、概述BEDTools是可用于genomicfeatures的比较，相关操作及进行注释的工具。
Calamy·2020-03-29 17:00

① valr: genome interval arithmetic in R 一个值得你画一下午去逐行运行example代码的R中bedtools

valr:ReproduciblegenomeintervalanalysisinRhttps://f1000research.com/articles/6-1025/v1放在最前面的valr包的说明书：https://cran.r-project.org/web/packages/valr/valr.pdf功能：提取exon、intro、5'UTR、3’UTR等区间坐标拓宽bed文件上下游或者b
Js潜·2020-03-19 03:15

如何安装bedtools

bedtools:http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html.Thisisabitdifficult.Tocompileandinstallbedtools
Runuply·2020-03-14 21:16

conda安装软件（2018-05-28）

主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找2seqtk:序列处理工具3SOAPdenovo2:基因组组装工具4samtools：格式文件操作软件（二代测序测序分析必备）5bedtools:Bedtools
简单点lili·2020-02-29 17:44

hisat2的使用, samtools

fastq文件参考：bam文件转换fastqPS:我获得的公司汇报的数据是.bam格式的,所以需要将bam文件转换fastq我的bam文件在/home/lchen/circ/;讲bam转换为fastqc,用bedtools
vicLeo·2020-02-28 08:23

bam2rpkm by bedtools

比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据genomicfeatures进行计数，但是htseq-counts或者featureCounts这样的软件一般都是做到计数，并没有计算rpkm值。虽然RPKM是一个需要抛弃的概念，见参考文献"MeasurementofmRNAabundanceusingRNA-seqdata:RPKMmeasureisinconsistentamongsamples
生信技能树·2020-02-16 15:35

bedtools 用法大全

bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！
生信技能树·2020-02-14 15:17

#基因组干货# 生物信息学文本处理大杂烩(二)

今天继续将对于bed格式文件的处理：#######上次讲了用bedtools的randomBed创建随机bed文件，这次还是先创建一个1000行，每个区域大小为400bp的bed文件：#使用randomBed
生信杂谈·2020-02-08 08:57

快捷操作bed,sam,vcf,gff,fastx的工具bioawk

虽然现在操作几种常用格式的专用工具都有了，比如bedtools、samtools、vcftools、bcftools等，但bioawk的优势就是方便快捷。    
生信杂谈·2020-02-07 16:02

拆分，合并染色体序列

1.什么情况下需要拆分染色体拆分序列长度大于512Mb的染色体，原因前面我略微讲了一下，见bedtools的一个报错：ReceivedillegalbinnumberxxxxxfromgetBincall
presentlife·2020-01-05 15:18

全基因组数据分析完整流程+外显子测序数据分析例子

找例子：数据库：ATGG流程图：流程图常用软件：bwa，samtools，picard，GATK，bedtools，bcftools，vcftools，FastQC
我最有才·2019-12-31 07:07

Bedtools 系列教程（一）overview

bedtools什么是bedtoolsbedtools是一个灵活而强大的用于基因组运算的工具集。号称是适用于各种基因组分析任务的瑞士军刀。它是由Utah大学的Quinlan实验室开发的。
银色麦穗·2019-12-23 07:28

samtools，bedtools

1samtools•SAM全称是SequenceAlignment/Map,是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组，几乎所有流程都会产生SAM/BAM文件作为中间步骤，然后是后续专门的分析过程。•顾名思义samtools就是用于处理sam与bam格式的工具软件，能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成
nnlrl·2019-12-22 19:18

Bedtools使用

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/04/bedtools/Jumpto...内容摘要功能列表安装bedtools获得测试数据集(http://quinlanlab.org
生信宝典·2019-12-20 22:07

收集 | 序列提取工具

1.BED格式相关的提取bedtools最知名的bed文件相关工具，但是和samtools并非出自一家http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html
溪溪溪溪溪川·2019-04-09 10:01

构建featurecounts的saf格式

featureCounts-p-T20-aERVL.saf-oERVL.countsxxx.bamxxx.bam....emmm....有点问题：featureCounts说丫的不识别，就用bedtools
苏牧传媒·2018-12-21 19:36

bedtools note

introductionBedtoolsisdevelopedintheQuinlanlabattheUniversityofUtah.bedtoolswebsiteBEDformat见文末setupdownloadbedtools2fromhttps://github.com/arq5x/bedtools2makesudomakeinstalljusttypebedtoolsinstallsuc
小浣熊嘎嘣脆·2017-10-06 16:00

BEDTools简介、安装与部分工具使用简介

简介 1、概述 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。
·2015-10-31 12:30

How To Use Coordinates To Extract Sequences In Fasta File

[1] bedtools (https://github.com/arq5x/bedtools2) here is also bedtools (https://github.com/arq5x/bedtools2
·2015-06-14 15:00
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