Bedtools

bedtools获得基因组指定范围的序列

·#getfasta../../_images/getfasta-glyph.pngbedtoolsgetfastaextractssequencesfromaFASTAfileforeachoftheintervalsdefinedinaBED/GFF/VCFfile.用法bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-fi基因组文件-bedbed,gff,vcf格式文件我只测

M78_a·2024-02-11 19:27

用Bedtools进行集合运算

Bedtools是QuinlanAR和HallIM在2010年发布在Bioinformati

生信师姐·2024-01-20 09:15

bedtools intersect用法 (intersectBed)

bedtoolsintersect可以对两个基因组特征(genomicfeatures)进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两个peaks的交集，或者看很多位点信息在没在peaks或其他区域中，用这个工具非常方便快捷。默认用法为：bedtoolsintersect[OPTIONS]-a\-b或者：intersectBed[OPTIONS]-a\-b其中a和b提供的文件为BAM/BED/G

生信编程日常·2024-01-19 17:20

使用bedtools列出bed文件所包含的全部SNV位点

bedtoolsintersect–asnps.bed–bexons.bed一条命令足矣。

WooWoods·2024-01-06 02:50

BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到

Generalusage—bedtools2.31.0documentationhttps://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED

生信小博士·2023-12-29 19:10

生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计

使用bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP变异位点数量统计软件安装1.conda安装condainstallbedtools-y2.源码安装wgethttps://github.com

生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

BED文件与bedtools简介

end结束4、name名称5、score存一个数6、strand+or-2、bed格式的使用1、储存基因区2、储存基因组的某些位点信息3、储存CHIP-seq、ATAC-seq等的富集的peak信息3、bedtools

筱贺学生信·2023-12-03 18:28

生物信息数据格式：bed格式

文章目录BEDformat（基因组的注释文件）基本列附加列示例[Bedtools简介](https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html)下载安装演示版的

sunchengquan·2023-11-03 04:18

bedtools intersect用法详解

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！

awk_bioinfo·2023-11-03 04:16

通过bed文件获取基因序列（fasta）

文章目录bedtools、getfastarefnotebedtools、getfastarefbedtoolsgetfastadocnote安装：condainstallbedtools参考文件：需要提前下载好

hellopbc·2023-11-03 04:16

bedtools 用法大全

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！

awk_bioinfo·2023-11-03 04:15

BEDTools简介、安装与部分工具使用简介

简介1、概述BEDTools是可用于genomicfeatures的比较，相关操作及进行注释的工具。

Hookee·2023-11-03 04:42

输出bed格式，并用bedtools能够自动识别并转换正负链

往TraesCS6B03G0578500.1.bed写入文件Chr6BIWGSC_v2.1exon299893989299894056100-.ID=TraesCS6B03G0578500.1.exon2;Parent=TraesCS6B03G0578500.1;Name=TraesCS6B02G215300.1.exon1;Target=TraesCS6B02G215300.1812879+le

R语言爱好者·2023-11-03 03:06

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

一、BWA1、介绍简介：用于建立index；基于BWT算法，将reads比对到参考基因组；最新版本bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。详情：baw是一款将序列比对到参考基因组上的软件，用于高通量测序数据处理，包含了BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEM三种算法：1、BWA-backtrack：适合比对长度不超过100bp的序列；2、BWA-SW和BWA-MEM

weixin_43664814·2023-10-12 04:11

Ubuntu R 运行bedr报错 ERROR: missing binary/executable bedtools

Ubuntu中R调用bedr报错ERROR:missingbinary/executablebedtools，发现bedr依赖于bedtools，需要先安装bedtools,然后在R中再安装bedtoolsr

煮梦斋_bioinfo·2023-10-05 10:59

bam转fq文件避坑

网上主要有两种方法：bedtools里的bamToFastqbamToFastq-iXX.bam-fqXX.fqsamtoolsbam2fqbam2fqXX.bam>xx.fq注意这两种方法得到的fq文件大小完全不同

bio_橡树·2023-09-18 13:35

bedtools shuffle 迷思

bedtoolsshuffle的目的是保持每个interval的总长，随机变换所有inerval的位置，结果可以作为一种随机背景。-chrom参数将随机重分配限定在原来的染色体上，可能有助于一些原本就在各个染色体上分布有差异的样本得到更「公正」的结果，或换言之更关注每条染色体之间的差异，然：对一堆ChIP-seqpeakbed文件一通操作：bedtoolsshuffle-chrom发现很多bed文

美式永不加糖·2023-09-12 08:47

bedtools intersect 的八个常用案例

摘自“生信技能树”的《bedtools用法大全》用来求两个BED或者BAM文件中的overlap，overlap可以进行自定义是整个genomefeatures的overlap还是局部。

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-08-08 19:49

CentOS7.9 无root安装 bedtools

biomooc·2023-08-04 02:23

写代码时遇到的小问题

解决方法很简单：m<<-data.frame()##只需要把这个对象设置为全局变量即可###########################bedtools是一个很

哈哈哈_很高兴·2023-04-21 18:08

bedtools统计窗口内平均覆盖深度

第一步：准备基因组文件假如需要划分的窗口的参考基因组为hg19，可参考bedtools说明中的方法远程连接UCSC的数据库，提取相应的染色体和长度得到的genome.txt：两列分别为染色体名称和对应长度

倒过来是圈圈·2023-04-21 02:27

「bedtools 和bedops」报错解决

1.脚本调用bedtools按照bin进行统计重复序列密度，调用bedtoolsmerge：bedtools报错：报错信息显示起点是小于终点。查阅到报错行，文件没有问题。

溪溪溪溪溪川·2023-04-10 09:40

「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列

1、bed文件格式介绍BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第五列，由于共线性里面分析的格式的第五列是正负，一直造成误解，啊啊啊啊啊)。必选的三列：1.chrom-染色体的名称（例如chr3，chrY，chr2_random）或支架（例如scaffold10671）。2.chromStar

溪溪溪溪溪川·2023-04-09 10:43

如何根据染色体坐标批量提取对应的DNA序列（bedtools）

这一篇小笔记是在我处理自己的数据的时候遇到的问题，经过查阅资料解决了，故记录下来。比如现在：你需查找一段序列，比如说小鼠的chr10:105280000-105280550，我相信学生物的童鞋应该都知道应该怎么获得DNA序列，但是如果当我有上千条序列需要获得并把它们放在同一个fasta文件里的时候，应该怎么做呢？方法如下：Step1你需要先拿到差异peaks从ATAC-seq数据中分析得到的差异p

生信start_site·2023-04-05 10:17

51.《Bioinformatics Data Skills》之获取基因组区域碱基序列

获取启动子区域之后，我们可能想要提取这些区域的碱基序列，有两种常见做法：直接使用Bioconductor发行的R包将区域存储为类似BED格式的文件，使用BEDTools命令行工具这里着重介绍第1种方案，

DataScience·2023-04-01 19:15

利用bedtools提取基因组指定区域序列

利用bedtools能够快速批量的提取基因组上指定区域的序列。

qujingtao·2023-03-21 17:52

bedtools 批量提取snp前后1000bp片段

准备条件1知晓snp位置，位于第x条染色体上12345678bp2生成.txt文件，文件格式如下txt文件格式第一列表示snp染色体位置第二列表示snp前500bp位置第三列表示snp后500bp位置要使用tab制表符分开将文件命名（这里命名为sigpointforsequence.txt）执行下面命令bedtoolsgetfasta-fi$GENOME（基因组绝对路径）-bedsigpointf

奔跑的Forrest·2023-03-21 03:30

bedtools的简单操作版本

刘小泽写于2020.8.14前言之前初识bedtools的时候根据官网教程写了一个接近于实战的教程：2019和豆豆一起跟着官网学习bedtools但是，如果要想快速上手操作的话，可以使用更简单的数据1bedtoolsintersect

刘小泽·2023-03-18 05:17

利用宏基因组数据组装基因组-评估篇

因为是用二代数据测的，我先推测的原因是基因组这个区域有可能GC含量比较高，那下载一下它的基因组，看一下，找到了bedtools工具，发现这个软件功能十分强大，bedtools总共有二三十个工具/命令来处理基因组数据

吕强强学生信·2023-03-10 05:25

cworld

condacreate-ncworld-ycondaactivatecworldcondainstallpython=2.7.9numpy=1.11.3matplotlib=1.5.3spicy=0.19.0h5py=2.7.1pysam=0.15.3scikit-learn=0.18.1bedtools

夸克光子·2023-03-10 05:39

三 docker 容器基本命令

1、查看当前运行容器dockerps2、启动、查看容器标准输出dockerrun-vcomputer_dir/:docker_dir/wes/bedtools:2.29.1bedtoolsintersect-adocker_dir

XuningFan·2023-02-06 21:38

bedtools的使用

---------------#################Nickier2018-12-14#################---------------bedtools的主要子命令有以下三个，

Nickier·2023-01-26 17:06

NGS 分析流程（三）

NGS分析流程（三）一、注释1.SnpEff注释2.bedtools过滤一、注释1.SnpEff注释代码如下（示例）：all_marked_vcf=$1prefix_anno_vcf=$2isoform_v1.0

毒鸡蛋·2022-11-23 06:13

2021-11-12bedtools学习

bedtools(https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.html)作为基因组数据处理的利器，适用于处理BED,BEDPE,

阿乜太帅·2022-11-14 15:03

bam2fastq(bam文件转fq/fastq)

bedtools工具包bamtofastq转换工具name=my_samplecd/Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name

MYS_bio_man·2022-10-28 15:52

12.GWAS：候选基因挖掘

在上一步确定好候选区间后，需要找到候选区间内的基因，即候选区间和参考基因组取交集，用到的工具是bedtools。

Wei_Sun·2022-09-30 11:47

2021-10-26 RNA-seq分析个人记录帖

cutadapt,trim_galore)比对及相关软件HISAT2，STAR，TOPHAT2，bowtie2，bwa...本文用HISAT2统计及相关软件featureCounts，htseq-counts，bedtools

xiaoguolaile·2022-03-15 09:27

bedtools getfasta提取基因序列实战

由gtf文件得到含CDS坐标的bed文件，并提取CDS序列首先要注意，gtf文件的序列起始坐标减一，才是bed文件的起始坐标！！！因为gtf的第一个碱基记为1，但是bed文件的第一个碱基记为0。比如我提取的含有起始密码子的序列应该是这样的含起始密码子序列gtf文件中显示该段CDS的起始位置为23519，直接用该坐标检索出来的序列为直接检索出的CDS很显然，该序列少了个A碱基。gtf或gff文件可以

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2022-03-05 21:27

【不定期更新】Bedtools大全--42个子命令介绍

参考链接：用法大全:官方说明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtools使用：http://blog.genesino.com

caokai001·2022-02-15 11:53

【基因组学】提取基因的启动子序列

1.准备的东西工具：samtools,bedtools,bedops，都可以通过conda一键安装。序列文件：基因组文件fasta，注释文件

巩翔宇Ibrahimovic·2022-02-09 02:34

【基因组学】从基因组中提取基因序列，一段序列及相应的注释文件

基因组文件：水稻基因组，水稻注释文件，水稻CDS文件(用作检验)工具：samtools，bedtools,awk1.下载文件wgethttps://rapdb.dna.affrc.go.jp/download

巩翔宇Ibrahimovic·2022-02-05 21:31

bedtools批量提取基因组指定位置序列

bedtools批量提取基因组指定位置序列之前已经介绍过很多提取序列的方法，有脚本的也有软件的，这里再介绍一种方法。

陈光辉_花生所·2022-02-03 16:21

可以从fasta中提取基因序列的4款软件

做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看看是哪4个软件：seqkit、seqtk、bedtools

生信店小二·2022-02-03 10:49

[Linux]bedtools学习

TheBEDformatisaconciseandflexiblewaytorepresentgenomicfeaturesandannotations.bedtools是处理相关格式文件很方便的toolkits

小贝学生信·2021-12-01 01:22

bedtools的一个报错：Received illegal bin number xxxxx from getBin call

$bedtoolsintersect-aSRR369xxxx.bed-bHC_gene.bed-waERROR:Receivedillegalbinnumber37458fromgetBincall.ERROR:Unabletoaddrecordtotree.在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/原来是坐标数值太大（也可以说是基因组s

TOP生物信息·2021-06-22 20:55

bedtools----getfasta

getfasta可以根据BED/GFF/VCF文件提供的feature在染色体上的位置信息，从fasta中提取feature的碱基序列bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-foTipTheheadersintheinputFASTAfilemustexactlymatchthechromosomecolumnintheBEDfile.#FASTA中序列名与BED文件中染

_eason_·2021-06-15 05:06

最全Bedtools使用说明--只看本文就够了

1Bedtools:一个强大的基因组算法工具集Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。

生信小书童·2021-05-12 21:30

染色体不同区域基因表达水平可视化（bwa, samtools, bedtools, TBtools ）

1.bwaindexref.fa;eg:$bwaindexGenome.fas;2.bwamemref.faread1.fqread2.fq>aln-pe.sam2>1.log;eg:$nohupbwamemGenome.fas>Root_1.sam2>Root1.log&3.samtoolsview-bSabc.sam>abc.bam;eg:$ll|grepsam|awk'{print"nohu

小飞虎·2021-05-06 13:27

bedtools intersect简单介绍

以下使用bedtools官方提供的例子进行展示一比一一般情况，使用bedtoolsintersect寻找两个peaks文件的交集

尘世中一个迷途小书僮·2021-04-29 20:56

Intervene: BED文件的intersect和绘制韦恩图

这里介绍一款基于BEDtools功能的软件：Intervene。Intervene是一个用

浩渺予怀·2021-04-20 16:54

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