BioConductor

RNASEQ分析入门笔记8-使用DESeq2进行表达差异分析

基因的差异表达分析，通常使用R中的软件包，包括：DESeq2，edgeR，limma等，今天介绍DESeq2的分析流程：1、在R中安装DESeq2软件包source("http://bioconductor.org
括囊无誉·2019-12-20 05:30

第八章 注释和元数据

摘要在本章中我们将展示怎么使用Bioconductor中的元数据。获得一个微阵列实验的探针号并把它们映射到靶基因之后，我们想要使用基因的注释和产品来更好的解释实验结果。
Stone_Stan4d·2019-12-19 12:01

第二次RNA-seq实战总结(3)-用DESeq2进行基因表达差异分析

DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包，具体操作要在R语言中运行1.R语言安装DESeq2>source("https://bioconductor.org/biocLite.R")>biocLite
孤独巡礼_435a·2019-12-16 21:17

Bioconductor 分析基因芯片数据(转帖）

原文地址：https://www.jianshu.com/p/50bcf4ba9d8a（代码太多，请看原贴）还有系统的使用affy处理芯片，看原贴：https://www.jianshu.com/p/859a7a7d040fhttps://www.jianshu.com/p/ccafb8a184c3https://www.jianshu.com/p/f44dc5d39bedhttps://www.
苏慕晨枫·2019-12-15 00:21

测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析

GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与GO等注释的对应关系的R软件包如果自己研究的物种不在http://bioconductor.org
刘小泽·2019-12-04 16:03

Bioconductor 3.10正式发布

10月30日，Bioconductor3.10正式发布，该版本的bioc共包括了1822个软件包，384个实验数据包，952个注释包和27个工作流程，基于R3.6.1。
思考问题的熊·2019-12-02 10:58

转录组学习八（功能富集分析）

参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析）转录组学习八（功能富集分析）任务选择pGO富集分析一、bioconductor
Dawn_天鹏·2019-12-02 10:20

从biomaRt到clusterProfiler

1.安装source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite('biomaRt')biocLite('clusterProfiler')R版本为3.5
佳名·2019-12-01 19:44

如何获取本领域科研发表文章的趋势图-pubmed

首先需要安装一些软件包yyplot包的下载yyplot包是存放于github里的一个R软件包，因为不是存放于标准R库，如CRAN和bioconductor里，所以需要通过devtools包里的install_github
Dayueban·2019-11-29 20:20

DESeq2分析转录组之数据导入

来自于：https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html#how-do-i-use-vst-or-rlog-data-for-differential-t
刘小泽·2019-11-08 13:42

TCGA数据下载：R包RTCGAToolbox介绍

RTCGAToolbox下载方法##tryhttp://ifhttps://URLsarenotsupportedsource("https://bioconductor.org/bioc
Bioconductor·2019-11-08 07:40

（转）一次性下载R包

source('http://bioconductor.org/biocLite.R')1biocLite(c("AER","Amelia","arrayImpute","arrayMissPattern
汪汪2017·2019-11-02 21:30

R包的安装及查看方法（代码式）

一、Bioconductor中包安装Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理
Kyl_1989·2019-11-02 10:35

ID转换大全-3-使用R语言获取人类所有基因的名字，ID，symbol以及别名

然后直接把下面的代码运行一下，把输出的all_gene_bioconductor.html文件好好看看，就明白了。rm(l
天涯清水·2019-11-02 09:45

R语言安装

-18-04sudo-iRGEOquery，affy安装要先执行sudoapt-getinstallr-base-corelibxml2-devlibcurl4-openssl-devcurl>#下载Bioconductor
脏脏包盛·2019-10-31 15:12

学习一下ChIPpeakAnno(一)

刘小泽写于19.10.11跟着Bioconductor的教程学习一下ChIPpeakAnno的基本流程前言官网教程在：https://www.bioconductor.org/packages/devel
刘小泽·2019-10-20 22:54

创建transcript to gene mapping file

使用bioconductor会很简单。
KK_f2d5·2019-10-09 15:28

来自刘小泽理解的一份诚意满满的单细胞教程

刘小泽写于19.9.13-23，去掉中间忙碌的几天，也差不多用了5天的时间认真学完，全是精华动力来自偶然间看到的Bioconductor放出的单细胞数据分析教程Readcountdatahttps://
刘小泽·2019-09-23 18:38

单细胞~如何对低质量细胞进行质控检验

刘小泽写于19.9.20来自：https://bioconductor.org/packages/3.9/workflows/vignettes/simpleSingleCell/inst/doc/qc.html
刘小泽·2019-09-20 17:17

跟着Bioconductor一步一步学习scRNA（一）

刘小泽写于19.9.9、9.11动力来自偶然间看到的Bioconductor放出的单细胞数据分析教程https://bioconductor.org/packages/release/workflows
刘小泽·2019-09-15 23:54

用GOplot包画漂亮的GOChord图和bubble图

"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options()$reposoptions()$BioC_mirror#https://bioconductor.org
装在瓶子里的阳光_2a70·2019-08-21 21:19

R修改配置

修改安装包的镜像file.edit(".Rprofile")options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor"
熊逸Byron·2019-08-12 15:18

媲美pandas的数据分析工具包Datatable

1前言data.table是R中一个非常通用和高性能的包，使用简单、方便而且速度快，在R语言社区非常受欢迎，每个月的下载量超过40万，有近650个CRAN和Bioconductor软件包使用它。
Sean_Yang·2019-07-19 17:00

单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）

刘小泽写于19.6.23-24文章来源：https://bioconductor.riken.jp/packages/3.7/workflows/vignettes/simpleSingleCell/inst
刘小泽·2019-06-24 23:43

【生信进阶练习1000days】day15-SRAdbV2包

文章目录学习来源1.SequenceReadArchive(SRA)1.1Scroller提供两种方法来存取数据2.Querysyntax3.UsingtherawAPIwithoutR/Bioconductor
Candlelight_yujia·2019-06-19 10:06

【生信进阶练习1000days】day14-GenomicDataCommons（GDC）

学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/public-data-resources-and-bioconductor.html#genomicdatacommons
Candlelight_yujia·2019-06-10 09:40

【生信进阶练习1000days】day13-GEOquery

学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/public-data-resources-and-bioconductor.html文章目录学习章节学习目标需要预先准备的
Candlelight_yujia·2019-06-10 09:13

【R语言】package '***' is not available(for R version 3.4.3)

显示我的R版本太低，报警告：package'panelvar'isnotavailable(forRversion3.4.3)对于此类问题解决方法，可以使用以下语句来解决：source("http://bioconductor.org
Asher117·2019-06-06 08:34

计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS

DSS(DispersionShrinkageforSequencingdata)，为基于高通量测序数据的差异分析而设计的Bioconductor包。
黄晶_id·2019-05-30 15:56

【生信进阶练习1000days】day3-Bioconductor annotation resources

学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/introduction-to-bioconductor-annotation-resources.html
Candlelight_yujia·2019-05-23 09:32

Bioconductor没想象的那么简单-part8-注释信息必知必会

刘小泽写于19.5.22内容来自Bioc2018的第三章会接触到的注释资源芯片注释ChipDb：例如hugene20sttranscriptcluster.db物种注释OrgDb：如org.Hs.eg.db位置信息TxDb：它的组成是TxDb.Species.Source.Build.Table如TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，根据名称就可以推测出，物种是人类，
刘小泽·2019-05-22 22:03

【生信进阶练习1000days】day2-学习summarized experimental data与Down stream analysis

学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/r-and-bioconductor-for-everyone-an-introduction.html
Candlelight_yujia·2019-05-22 14:25

根据基因location获取基因ID

方法一参考这个答案方法二#hg19版本#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("Homo.sapiens")#BiocManager
落寞的橙子·2019-05-21 11:00

欧剑虹老师BOOK学习记录：第一章 R/Bioconductor入门（3):基础函数绘图

首先最重要的参考链接：第一章R/Bioconductor入门image.png啊啊啊，如有侵犯版权，麻烦请私信我，看到立马删除！主要用来记录自己可能要用的一些知识点。
热衷组培的二货潜·2019-05-04 17:10

欧剑虹老师BOOK学习记录：第一章 R/Bioconductor入门（2):生物字符串 Biological strings

首先最重要的参考链接：第一章R/Bioconductor入门image.png啊啊啊，如有侵犯版权，麻烦请私信我，看到立马删除！主要用来记录自己可能要用的一些知识点。
热衷组培的二货潜·2019-05-04 16:56

欧剑虹老师BOOK学习记录：第一章 R/Bioconductor入门（1）

首先最重要的参考链接：第一章R/Bioconductor入门image.png啊啊啊，如有侵犯版权，麻烦请私信我，看到立马删除！主要用来记录自己可能要用的一些知识点。
热衷组培的二货潜·2019-05-04 13:39

Subtype data__TCGA

source:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinksGUI/inst/doc/data.htmlTheCancerGenomeAtlas
浩瀚之宇·2019-04-25 13:02

2019-03-24

#firstpart:installRTCGApacakages#Loadthebioconductorinstaller.source("https://bioconductor.org/biocLite.R
Sunday_SUI·2019-03-24 16:17

【R语言】package'***' is not available(for R version 3.4.1)

最近下载了最新的R版本后，在下载包的时候经常碰到这样的错误：package'***'isnotavailable(forRversion3.4.1)可使用下面的代码进行安装：source("http://bioconductor.org
Natsuka·2019-03-14 23:55

解决package'' is not available(for R version 3.4.1)的问题

中使用install.packages("")的时候有时会提示package''isnotavailable(forRversion3.4.1)，此时可使用以下的代码安装：source("http://bioconductor.org
shenghaishxt·2019-03-04 19:56

下载bioconductor的包掉坑总结

下载bioconductor的包一直用的是三部曲策略，但是最近问题不断，才知道人家已经更新换代了，现在只需要两步就可以了，而且在这个出坑的同时也发现在bioconductor的官网提问的便捷性。
看远方的星·2019-03-01 17:10

下载org.Hs.eg.db遇到的坑（已解决）

以后使用这个命令下载bioconductor的包：BiocManager::install('org.Hs.eg.db')）>source("http://bioconductor.org/biocLite.R
看远方的星·2019-02-28 23:59

2019-02-19

并且Rpackage的数据源（CRAN/Bioconductor/github）与维护人员不同，R包安装并无统一的标准，造成安装产生的错误花样百出，这使得大批的R语言爱好者死在了安装R包的路上，本人在R
liaochengcheng·2019-02-19 16:46

2019-01-06可视化kegg通路-pathview包

，从而对kegg通路图进行一定程度上的个性化处理Pathview是一个bioconductor包，正常安装即可source("https://b
苏慕晨枫·2019-01-06 16:51

「ggplot2练习」画基因结构图

基因结构图从本质上就可以看成方块，直线，箭头的组合解析GFF文件bioconductor上有一个GenomicFeatures包，里面有一个makeTxDbFromGFF()函数可以解析GFF文件并构建
xuzhougeng·2018-12-28 22:54

GEO数据挖掘-使用GEOquery包

文章来源：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.htmlhttp://www.bioconductor.org/
土豆学生信·2018-12-19 18:37

11.6 RNA-seq表达rpkm数据操作实践（一）

试一下用r注释：https://www.jianshu.com/p/ae94178918bc1、我们先下载r包：installpackages失败可以：source("https://bioconductor.org
KK_f2d5·2018-11-08 12:07

R包

source('http://bioconductor.org/biocLite.R')biocLite(c("AER","Amelia","arrayImpute","arrayMissPattern
windingcoming·2018-10-19 09:26

Bioconductor:clusterProfiler

准备工作##----echo=FALSE,results='hide'library(DOSE)library(GO.db)library(org.Hs.eg.db)library(GSEABase)library(clusterProfiler)这里进行包的导入基因ID类型的转换bitr转换x2]gene.df1,]mydf$group2]<-"B"formula_res<-compareClu
康君爱上了蕊酱·2018-10-16 09:01

Bioconductor:DESeq2

摘要测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC）产生的数据类似。RNA-seq数据分析的一个基本任务就是检测差异性表达的基因。其中一个重要的问题就是对不同条件下产生的系统学差异进行量化和统计学推断。DESeq2使用负二项式广义线性模型来检测基因表达的差异性，对分散和LFC的估计包含数据的先验分布。这篇短文介绍了包的使用和
康君爱上了蕊酱·2018-10-12 14:38
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