BioConductor

2020-02-26 R语言的蛋白质组学包

其它的非Bioconductor包在rBiocexptpkg("RforProteomics")中有介绍，用R打开RforProteomics()或者在线阅读。R包太多了自己慢慢看、慢慢试用！！！
iColors·2021-06-26 01:27

clusterProfiler使用心得(1)

date:2017.10.18author:Jinwen前言大家都在诟病DAVID而推荐R包clusterProfiler，所以我也跟风……clusterProfiler依赖于Bioconductor，
兔子皮皮·2021-06-25 17:42

OSCA教程2 | Overview

本教程提供了单细胞数据分析的一个基本框架，教程来源：http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html主要分为六个部分：1.实验设计2.数据预处理
ScorpioGirll·2021-06-24 05:27

OSCA单细胞数据分析笔记-12、Intergrating Datasets

对应原版教程第13章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html”无论是scRNA-seq，还是BulkRNA-seq，批次效应都是一个很头疼的问题
小贝学生信·2021-06-21 10:02

TCGA生存分析

https://mp.weixin.qq.com/s/fuB0bLyllL_33_Shz7rKnw1.安装包#Loadthebioconductorinstaller.source("https://bioconductor.org
此号停更·2021-06-21 08:13

R plus 生物~Bioconductor

随着NGS测序的普及，R语言的生信专业社区Bioconductor诞生，开启了生物信息的R语言时代。
刘小泽·2021-06-21 00:47

单细胞转录组学习笔记-18-scRNA包学习Monocle2

cid=53前言关于monocle2目前monocle2可以直接利用Bioconductor安装：https://www.bioc
刘小泽·2021-06-20 23:16

isoform结构绘图----R包Gviz (IGV菀菀类卿)

网页参考(首推)：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/inst/doc/Gviz.htmlB站教学视频：https
日月其除·2021-06-17 10:47

【开源工具】使用linux终端下载GEO数据

Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载，但有时候我想直接通过终端下载而不是使用Rstudio然后运行脚本的方式，所以下面用shell脚本对GEOquery两个下载函数
王诗翔·2021-06-15 00:12

使用ChIPpeakAnno进行peak注释

ChIPpeakAnno是一个bioconductor上的R包，针对peakcalling之后的下游分析，提供了以下多种功能查找与peak区域最相邻的基因,也支持自定义查找的特征，可以是exon,miRNA
生信修炼手册·2021-06-14 01:50

富集分析与可视化：R 实现

一.GO/KEGG（一）富集分析#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn
挽山·2021-06-13 07:24

【r<-生信|包】Biostrings

Gettingstarted如果你是第一次使用，请先用以下命令安装Biostrings包：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("Biostrings
王诗翔·2021-06-05 15:53

complexheatmap学习—单个热图绘制

如果是bioconductor上的则会有些参数不支持。总体设计绘制热图的包有
xhog·2021-06-04 17:48

R|小技巧

Rprofile")在打开的.Rprofile文件中输入：#设置默认镜像local({r##7.利用函数修改镜像chooseCRANmirror()#选择CRAN镜像chooseBioCmirror()#选择Bioconductor
高大石头·2021-06-01 19:42

pak解决你的R包的安装的困扰

安装各种R包，有CRAN,Bioconductor或者githubs的包，还有烦人的依赖包的问题。网络不好，环境有问题，依赖包反复安装，都将被pak解决。
wo_monic·2021-05-14 09:26

pak解决你的R包的安装的困扰

安装各种R包，有CRAN,Bioconductor或者githubs的包，还有烦人的依赖包的问题。网络不好，环境有问题，依赖包反复安装，都将被pak解决。
wo_monic·2021-05-14 09:26

Bioconductor没想象的那么简单(part3)

刘小泽写于19.4.2主要看看IRanges的基本用法上次写了关于RangeData的介绍：https://www.jianshu.com/p/9150213743d7总的来说，主要会利用5个R包，来处理关于基因组区间（GenomicRange）的信息IRanges、GenomicRanges：顾名思义，就是处理基因组区间信息【GenomicRanges可以将染色体坐标范围、序列名称和正负链信息结
刘小泽·2021-05-07 13:18

R镜像切换与常用包安装

/")install.packages("ggplot2",repos="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")#bioconductorsource("http://bioconductor.org
x2yline·2021-05-02 03:26

Bioconductor没想象的那么简单-part5

刘小泽写于19.4.11-12part1：https://www.jianshu.com/p/b030d05a80a4part2：https://www.jianshu.com/p/c4fdab9929dbpart3：https://www.jianshu.com/p/f43d9d07a4afpart4：https://www.jianshu.com/p/4560a29d8da2Annotatio
刘小泽·2021-04-21 18:51

R IN ACTION SELF-TUTORIAL-18 ggtree 和其中geom来绘制、美化进化树 2020-06-10

1、准备工作：ggtree是bioconducter下的包，所以先安装bioconductor,然后安装ggtree:source("https://bioconductor.org/biocLite.R
RashidinAbdu·2021-04-19 11:42

R 安装包安装(install.packages)时报错的解决方案

install.packages）总是出错：Warningininstall.packages:package"xxx"notavailable(forRversionxxx）方法一：source("http://bioconductor.org
·2021-04-17 15:43

2020-06-15 `Splatter`是一个用于简单模拟scRNA-seq数据的R包

1.安装R包2种安装方法，1个是从Bioconductor安装，一个是从GitHub安装。#if(!
程凉皮儿·2021-04-15 00:35

ggtreeExtra进化树的圈图

https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/ggtreeExtra/inst/doc/ggtreeExtra.htmlcircos画图是基于染色体
wo_monic·2021-04-13 05:35

OSCA单细胞数据分析笔记-5、Quality control

对应原版教程第6章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html在单细胞数据分析中的第一步质控往往是剔除不合格的细胞。
小贝学生信·2021-04-11 20:03

GEO提取任意基因表达量（bioconductor包注释）

rm(list=ls())##thisRcodeisusedfor1):extracttargetgeneexpressionfromGSEfile;and2)drawboxplot##annotationisaccomplishedbyrelevantbioconductorpackage##----------------##GSEmatrixfiledownloadif(F){suppres
小醉橘子·2021-03-16 09:10

使用Bioconductor进行高通量基因组分析

参考：HuberW,CareyVJ,GentlemanR,etal.Orchestratinghigh-throughputgenomicanalysiswithBioconductor[J].NatureMethods,2015,12(2):115-121.Orchestratinghigh-throughputgenomicanalysiswithBioconductor使用Bioconduc
果蝇饲养员的生信笔记·2021-02-24 13:42

r语言siggenes包_《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》【价格 目录 书评 正版】_中国图书网...

前言上篇R语言第1章R语言简介1.1平台1.2R语言的发展简史1.3R语言和统计学1.4运行R语言的环境及安装1.5交互式使用R语言第2章R语言的基本数据结构2.1向量的赋值2.2向量的基本运算2.3构造向量2.4逻辑向量2.5字符向量2.6复数向量2.7获取向量子集和修正向量子集2.8常量第3章R语言对象3.1对象的基本属性3.2改变对象的长度3.3获取对象的属性3.4获取对象类第4章分组因子4
贺泳·2021-02-11 08:04

转载：GEO数据差异分析

来自转载分析前准备source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("affy")biocLite("affyPLM")biocLite("RColorBrewer
ZZM2020·2021-02-08 17:47

生信星球学习小组day6--Mr.Possiblity

R语言必学的原因之一就是丰富的图表和Bioconductor上面的各种生信分析R包。包的使用是一通百通的。安装和加载R包1、镜像设置由于国内网络情况特殊，所以直接从国外官网下载东西十分缓慢。
Teintes·2021-01-09 17:13

生信星球学习小组--day6--Mr.Possiblity

-R语言必学的原因之一就是丰富的图表和Bioconductor上面的各种生信分析R包。-包的使用是一通百通的。
Teintes·2021-01-09 17:16

r语言siggenes包_R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用

内容概要本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R是一种计算机程序设计语言，也是一个开放式的软件开发平台。
weixin_39846378·2020-12-19 15:04

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（一）

本文完全用做个人学习记忆，摘抄自DESeq2官方说明文档参考链接：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst
BINBINCC·2020-12-07 11:31

Monocle2 实验学习日志

12.11）InstallBioconductorPackages官网：https://bioconductor.org/install/if(!
冠long馨·2020-12-01 23:52

TopGO出图的简易方法

TopGO的详细信息，都可以在bioconductor中的TopGO页面找到，网站中附有详细说明。下面代码不涉及其他统计分析，只涉及出DAG图所需要的的最简单的代码。安装：if(!
RaoZC·2020-11-25 15:59

使用scater包进行单细胞测序分析（一）：数据导入与SingleCellExperiment对象构建

它主要基于SingleCellExperiment类（来自SingleCellExperiment包）来进行操作处理，因此可以与其他许多Bioconductor包（如scran，batchelor和iSEE
Davey1220·2020-09-17 12:21

当R安装包package ‘XXX is not available (for R version 3.5.1)

遇到这个情况，说明包源不在或者改了地方，那就换个办法呗比如corrplot就这样子安装：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("corrplot
玉树林峯·2020-09-16 16:43

R: 修改镜像、bioconductor安装及go基因富集分析

1、安装bioconductor及go分析涉及的相关包source("http://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn
weixin_34387284·2020-09-16 04:21

RNote109---linux环境下安装R包

Windows下安装方法类似，加上一键安装依赖包的参数install.packages("mongolite",dependencies=TRUE)biocLite方法##下载安装包source("http://bioconductor.org
维格堂406小队·2020-09-16 02:35

BSgenome简介

一、BSgenome和BSgenome数据包Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。
相逢一醉为前缘·2020-09-15 20:16

motifmatchr: 在R语言中分析peak中里是否有motif匹配

尽管Bioconductor上也有很多工具能够做motif匹配，比如说Biostrings::mathcPWM,TFBSTools::searchSeq，但是motifmatchr更适合于分
xuzhougeng·2020-09-15 13:39

功能注释后如何做富集分析

提问我之前写过用Bioconductor对基因组注释，用Bioconductor/AnnotationHub对模式植物的基因进行注释。
weixin_34004750·2020-09-15 05:27

解决Linux系统中Bioconductor安装程序包时RCurl和XML的依赖问题

Ubuntu使用Bioconductor安装很多新程序包时需要依赖RCurl和XML，但是这两个程序包往往无法正确安装。
guanggY·2020-09-14 10:23

2019/0715_生物信息学R语言教程——book

目录前言第一章R/Bioconductor入门第二章:基因芯片分析第三章RNA-seq数据分析第四章ChIP-seq数据分析第五章ATAC-seq数据分析第六章scRNA-seq数据分析第七章下游分析第八章上游分析第九章代码背后
uqyuan0515·2020-09-13 03:33

R package, RBGL, graph包直接install.package()失败的解决方案

一些R的包不再在CRAN上可用了，我们发现有一些包已经被转移到了Bioconductor，因此，我们需要执行如下语句在console:install.packages(“BiocInstaller”)source
Argmin2018·2020-09-12 20:53

R语言安装并使用Biobase包

通常在R中安装包时，可以直接在控制台调用install.package()函数进行安装，但Biobase包比较特殊，属于Bioconductor的一部分，直接使用该函数安装会失败，需要首先安装Bioconductor
努力干活还不粘人的小妖精·2020-09-12 20:23

设置Bioconductor和CRAN mirror，加快程序包安装速度

使用bioconductor的biocLite()安装程序包时，可能速度很慢，这时可以设定一个国内的镜像（中科大镜像）使用chooseBioCmirror()选择中国镜像即可。
guanggY·2020-09-12 19:16

vim编辑R代码的实现：：：（R语言安装BIoconductor和BiocLite）：R在linux的安装

在window下的安装很容易，大家都会，在linux下，如果手动编译安装还是有些麻烦的，特别是当报错的时候，还要找到报错的根源，所以我们安装的时候，如果有网络我们可以直接用命令，sudoyuminstallR就可以了，当然要你先获取最高权限，输入密码。我们也可以用vim来编辑R代码，我们来看一下实现的形式。这里主要用的是一个vim的插件：http://www.vim.org/scripts/scr
gaorongchao1990626·2020-09-12 19:39

BioLite-加载程序包

不断出现以下报错：Warningmessage:package‘RBGL’isnotavailable(forRversion3.5.1)于是去网上查了解决方案，copy了以下代码：>source("http://bioconductor.org
Emma_bbb·2020-09-12 18:38

GEO2R使用介绍

GEO2R使用Bioconductor项目中的GEOquery和limmaR包对原始提交者提供的处理过的数据表执行比较。
Forest_Lee·2020-08-26 23:09

DESeq2 install --- 如何安装R包("RcppArmadillo")？

RcppArmadillo”)失败，导致依赖该包的DESeq2无法使用；首先对gcc,g++升级至4.7，但依然报错，还是安装不了RcppArmadillo；报错如下：$R>source("https://bioconductor.org
weixin_34162401·2020-08-25 15:07
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