BioConductor 第6页

R语言OOP（1）：基础

以Bioconductor为例，当前版本（2013.9.23同步的2.13版)中定义S4类有13190个，而函数则多大106939个。

金子哦·2020-08-24 16:58

Rstudio 下安装RODBC

一.使用install.packages("RODBC")出现下面提示：找到一篇解决方法：可使用下面的代码进行安装：source("http://bioconductor.org/biocLite.R"

L_文越·2020-08-24 16:20

Bioconductor没想象的那么简单(part2)

刘小泽写于2019.3.24今天看看Bioconductor的注释资源前言Bioconductor的注释信息有许多用处，比如可以将EnsemblID转为HUGOsymbol，但数据注释是一个复杂的工作，

刘小泽·2020-08-24 15:23

Ｒ语言拓展包的三种安装方法

cran.r-project.org");install.packages("ggplots");２install.packages("C:\\ggplot2.zip",contriburl=NULL)3source("http://bioconductor.org

biolxy·2020-08-23 10:36

package“xxx“ is not available(for R version xxx)

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("xxx")

让我想个变量名·2020-08-23 07:28

NetworkD3 绘制动态基因调控网络图

命令提示符中输入pandoc--version检查安装是否成功安装networkD3包>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")>biocLite("networ

静绚·2020-08-23 06:31

Bioconductor没想象的那么简单(part1)

刘小泽写于19.3.24一直以来我认为Bioconductor主要就是下载生信R包、看看一些说明书，但是它的强大远超想象，所有关于R基础对象的知识都能在这里学习到，其实里面的许多教程都是开放的，只是平时我们想不起来学

刘小泽·2020-08-22 23:19

「Bioconductor」不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包

Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息，能够根据基因ID对其进行多种来源的注释，比如说基因的别名，基因的功能等。

徐洲更hoptop·2020-08-22 22:51

生信脚本代写

3，R语言R的安装（有/无root权限），R包的安装，死磕各种疑难杂症--ggplot2画图等--bioconductor包等--生物统计类分析(ANOV等)4，linux系统相关的生物信息学软件安装，

巴拉巴拉11·2020-08-22 10:25

如何使用R包进行KEGG和GO分析

先贴上代码，后面有空的时候来解释：source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("clusterProfiler")biocLite("clusterProfiler

小七毛·2020-08-21 02:28

R语言安装包出现的问题：关于package'***' is not available

民谣书生·2020-08-20 22:20

GEO数据挖掘-从数据下载到富集分析-各种绘图（学习笔记）

############---------GEO-data1---------#################################rm(list=ls())source("http://bioconductor.org

obwte·2020-08-20 21:11

「Bioconductor」再次提醒，研究植物的不要轻易相信你用的注释包

这就让我想起了我之前的一篇文章，「Bioconductor」不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包,里面就提到拟南芥的物种包用的注释其实一直都没有更新。

徐洲更hoptop·2020-08-20 00:31

R语言编程艺术——考试成绩的回归分析[一]

大部分基本统计方法和类（stats包）是用S3写的，Bioconductor是S4写的。2、Bioconducto

yuanluoliyue_feng·2020-08-18 18:39

R 包安装遇到一些问题

执行source("https://bioconductor.org/biocLite.R")报的错误：unabletoloadsharedobject'/software/areas/ircm/tools

沧海一卒·2020-08-18 11:10

ChIP-seq(2):ChIP-seq peaks可视化（Rstudio）学习笔记

参考资料：ChIP分析流程Chip-seq实战分析流程1.安装软件（之前安装过，先检测一下）source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("

leo12354·2020-08-18 11:32

0056-【R-bioconductor】-KEGG通路分析R包安装失败解决-pathview

1.安装>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")Bioconductorversion3.6(BiocInstaller1.28.0),?

leadingsci·2020-08-18 11:29

一次性下载《R语言实战2》全书的R包及常用的R包

系统：CentOS6.5、windows7R版本：3.2.5、3.3.2source('http://bioconductor.org/biocLite.R')biocLite(c("AER","Amelia

红金龙-时光·2020-08-18 11:22

TCGA数据 ENSG编号转为Symbol（基因名称）

当想查看对应的差异基因对应的Symbol（基因名称）的时候，发现基因为编码为ENSG开头的一串数字，Ensembl基因的ID#安装包source("https://bioconductor.org/biocLite.R

一只可爱的栗子·2020-08-17 03:16

错误 With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see..

在使用如下代码安装Bioconductor来源的package时，source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("apeglm")遇到如下报错

一只可爱的栗子·2020-08-17 03:16

R内置数据集

这种优点也被R的很多开发包继承了，甚至在R的bioconductor项目中，将实验数据单独打包成独立的包，来供不同算法进行测试学习。

基因学苑·2020-08-13 23:18

R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器

使用R包clusterProfiler进行富集分析与可视化clusterProfiler官方网址：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html

下凡的生信人·2020-08-11 00:49

使用R包topGO绘制GO有向无环图

GO有向无环图topGO官方说明链接：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html实战代码##R脚本biocLite

下凡的生信人·2020-08-11 00:48

R包分类:生物医学

R语言是医学统计、生物医学、基因组学中一个非常强大的工具.CRAN上有着庞大数量的医学分析相关R包,既有哈佛大学医学院的Bioconductor项目,也有约翰·霍普金斯大学的医学研究,以及连接诸如WHO

ikeguang·2020-08-10 16:43

斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:00

Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

（KEGG在线数据库使用攻略）Pathview的安装一种方法是通过Bioconductor安装，需要Bioconductor版本3.9，R的版本3.6（推荐）。if(!requireN

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:53

使用clusterProfiler进行GO富集分析

Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息packagesorg

weixin_43569478·2020-08-06 10:02

跟着官方文档来看看GRanges这个对象

刘小泽写于2020.8.5今天跟着官方文档来看看GRanges这个对象1前言内容来自：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GenomicRanges

刘小泽·2020-08-05 11:15

处理芯片cel格式数据的全自动R代码

>source(”http://bioconductor.org/biocLite.R”)>biocLite()全自动。只需要设置工作路径以及filelist.txt文件即可。

blacklee123·2020-08-05 00:45

使用R包ComplexHeatmap绘制复杂热图_2020-04-07

/ComplexHeatmap")##2.安装和导入R包：ComplexHeatmap###2.1Bioconductor安装if(!

夜神孤星·2020-08-03 03:06

【R作图】在R中绘制韦恩图的几种方法和一些漂亮的venn图

使用limma包1234567891011121314#安装limma包#source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("limma

a12141986·2020-08-02 17:10

Bioconductor没想象的那么简单-part6

刘小泽写于19.4.17part1：https://www.jianshu.com/p/b030d05a80a4part2：https://www.jianshu.com/p/c4fdab9929dbpart3：https://www.jianshu.com/p/f43d9d07a4afpart4：https://www.jianshu.com/p/4560a29d8da2part5：https:

刘小泽·2020-08-01 07:03

R version 3.5及以上安装Bioconductor

image.pngRversion3.5及以上安装Bioconductor包的方法改变了解决方法：1.安装Bioconductoroptions(repos=structure(c(CRAN="https

呆_6547·2020-08-01 02:11

karyoploteR：画染色体的好帮手

2017.12.14zhang我也是昨天才发现这个包的，只会一些简单的基础用法，该包最终能做十分复杂精美的染色体图，就看自己怎么搭配了，强烈推荐official的githubtutorial，比bioconductor

生信杂谈·2020-07-31 14:50

学习小组Day5笔记——单双

今天学习的主要内容：R和RStudio的安装RStudio界面的了解，初级设置RStudio的简单操作R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库

丹keepbetter·2020-07-30 20:18

R- GenomicRanges使用

刘小泽写于18.6.22本文包含了Rstudio安装、bioconductor使用以及常用R包GenomicRanges的介绍R&RStudio安装：官网下载https://www.rstudio.com

刘小泽·2020-07-30 12:00

生信人的R基础

R包的安装、卸载和升级1.安装普通安装install.packsages()bioconductor包安装source("http://bioconductor.org/biocLite.R")install.packages

泥人吴·2020-07-29 17:26

Bioconductor没想象的那么简单-part4

刘小泽写于19.4.8part1：https://www.jianshu.com/p/b030d05a80a4part2：https://www.jianshu.com/p/c4fdab9929dbpart3：https://www.jianshu.com/p/f43d9d07a4af这次看看如何寻找重叠区域(findingoverlap)以及重头戏GenomicRanges的使用其中代码注释部分

刘小泽·2020-07-29 17:48

R in Action 学习笔记－边学边查

ErrorinloadNamespace(jsessionInfo()发现R的version是3.1*，carpackage需要的R(≥3.2.0)，于是需要升级R参考：https://support.bioconductor.org

Alice熹爱学习·2020-07-29 17:33

Bioconductor做生信分析入门介绍（上）

这是我听B站鲮鱼不会飞视频（R与Bioconductor的入门课）里的笔记哦~Bioconductor是什么？

黄晶_id·2020-07-29 09:28

R语言的练习题-高级（原生信人的20个R语言习题）

,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域，尤其需要掌握bioconductor

mayoneday·2020-07-29 00:53

Bioconductor没想象的那么简单-part7--练习一下Genomic Ranges

刘小泽写于19.5.20最近打算从头看一下Bioconductor这本书，目前最新版是2018的，https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/，感兴趣的小伙伴可以一起记录下之前写的

刘小泽·2020-07-28 23:05

R包对植物进行GO，KEGG注释

1、安装，加载所用到到R包用BiocManager安装，可同时加载依赖包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")BiocManager::install

weixin_30300225·2020-07-28 16:18

GEO数据库-ID转换系列(一)

一般ID转换分为以下几个办法：使用GEO数据库提供的GPL文件金标准当然是去基因芯片的厂商的官网直接去下载啦使用bioconductor里面的芯片探

信你个鬼·2020-07-27 11:54

R语言学习二（包与数据集）

一般我们在CRAN/Bioconductor/GitHub这三个地方找到我们需要的包。在CRAN上使用install.

nayouzenmyang·2020-07-16 03:58

10 月 24 日外网连接不上如何安装R包手动安装R包cummeRbund

目标：在R上安装cummeRbund这个package做基因的表达的可视化传统方法：source('http://www.bioconductor.org/biocLite.R')biocLite('cummeRbund

小郑的学习笔记·2020-07-16 02:09

【r<-芯片处理】入门GEO表达芯片数据分析该读一读的一些文章

Bioconductor分析基因芯片数据如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析基因芯片（Affymetrix）分析2

王诗翔·2020-07-15 09:38

R环境安装与基本命令

conda安装condainstallR安装Bioconductor的包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(c("siggenes

脏脏包盛·2020-07-13 12:01

学习小组Day1笔记--飞天小朱

下面是学习中的一些操作内容例子空白加粗abc倾斜abc一起来abc删除线abc代码块source("http://bioconductor.org/biocLite.R"

飞天小朱_9634·2020-07-13 03:06

R语言-Bioconductor依赖管理&&KEGG富集分析&&通路图&&pathview报错解决

win10-R语言3.6.2-Bioconductor依赖管理&&KEGG富集分析&&通路图&&pathview报错解决一、环境准备下载安装包（64位），（如果没有，选择国内的源进行下载）链接如下：https

Urmsone·2020-07-13 01:14

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