BioConductor 第4页

ATAC-seq分析：教程简介（1）

简介本课程[1]介绍Bioconductor中的ATACseq分析。该课程由2个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。

冷冻工厂·2022-12-29 13:51

R语言 | 利用Bioconductor包注释探针，进行探针ID转换

1.安装GPL相应的R包（1）得到GPL对应R包的名称不同的GPL进行注释所需要用到的R包是不同的，我们首先要明白我们的GPL应该用什么R包方法一：通过Bioconductor官网进行检索方法二：通过检索

小宇的生物笔记·2022-12-25 23:08

r语言四格画图_生信到底是学R还是python？

R除了大家熟知的画图爽，和Bioconductor绕不开之外。我想大家可能经常吐槽说R不是通用的语言，学python让你有更广阔的应用空间(说的好像自己分分钟要去转IT似的)。

Pipibuibui·2022-12-24 08:37

Rstudio--“ComplexHeatmap“超级热图绘制包的安装

1.需要3.5版本的Rstudiosource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("ComplexHeatmap")2.基于github网站下载安装

zhangxci·2022-12-14 11:24

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

PaulPavlidis,UBCDESeq2论文发表于2014年，但该软件包不断更新并通过Bioconductor在R中使用。它建立在分散估计和DSS和edgeR中的

冷冻工厂·2022-12-09 09:40

基因芯片Pro-processions -------Bioconductor 安装包

基于R的一个用于分析高通量基因组数据的工具，Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理

root_lty·2022-11-28 20:46

pak包：一条指令解决包的安装问题，支持CRAN，Bioconductor和Github，还支持自动更新

R语言有很多强大的包，而且各种包之间还相互依赖，尤其是CRAN和Bioconductor还经常相互依赖，但是安装指令却不一样，再比如Github上的包，有时候更新的话还要重新下载安装，这些都是困扰我们安装的问题

欧阳松·2022-11-22 12:04

Bioconductor分析基因芯片数据第五章

使读者初步了解使用Bionconductor完成基因芯片预处理的流程接着详细讲解戏弄i按预处理和数据分析等内容最后深入了解实际工作中会遇到的芯片处理问题以及如何用学到的只是解决问题目的：掌握芯片分析的整体框架，自行学习其他厂商或种类（例如SNP芯片或CHIP-chip芯片）的芯片处理方法5.1快速入门例5-1从数据包CLL中载入芯片数据，完成预处理，最后获得基因（探针组）表达矩阵。注意，探针组表达

mystrugglelife·2022-10-14 18:24

PseudotimeDE在单细胞伪时间中的建模分析

前言PseudotimeDE的安装该R包尚未在Bioconductor或CRAN上公布，因此在安装的时候需要利用devtools注：本文所采用的是R包mgcv的gam模型install.packages

小潤澤·2022-09-21 15:12

R：phyloseq分析Core Microbiota

rdrr:https://rdrr.io/github/microbiome/microbiome/man/core.htmlphyloseq:https://bioconductor.org/packages

小白菜学生信·2022-09-12 15:40

【R语言】package ‘xxx‘ is not available for this version of R

的问题，其他的方法网上都查的到，但几乎都没用：于是可以直接利用BioManager来安装install.packages("BiocManager")BiocManager::install("xxx")Bioconductor-Home

浮云向晚·2022-09-08 04:03

安装R包Biostrings报错not available的解决

install.packages("Biostrings")安装时，提示报错了，报错信息：package‘Biostrings’isnotavailable(forRversion3.5.1)报错无非就是找不到R包嘛，先在bioconductor

曼曼花开缓缓归矣·2022-09-08 04:53

biomaRt多个物种同源基因一步转换 2022-08-30

useEnsembl和useMart的区别上一篇文章提到，用useMart时有时候会出现网络连接错误的问题，可以指定host解决，另外根据一篇Bioconductor文章，建议使用useEnsembl

黄甫一·2022-08-30 17:54

基因表达趋势分析-1：TCseq

官网：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCseq.html##下载if(!

Hayley笔记·2022-07-01 10:27

RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析

msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形偏差图1.GSVA简单介绍官方文档：GSVA:genesetvariationanalysis(bioconductor.org

嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-21 21:58

monocle实操+细胞功能富集分析

软件安装#所需软件tidyversemonocle（建议使用2.22.0，2.4为测试版）Seuratggsci1.1conda安装——Linuxhttps://anaconda.org/bioconda/bioconductor-monocle1.2BiocManager

Apache_lin·2022-05-01 16:02

ggplot 绘制小提琴图+箱线图+统计检验

实战1.加载数据：options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")options("repos"=c(CRAN

泥人吴·2022-04-28 07:35

monocle3包的安装

requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))#install.packages("BiocManager")##BiocManager::install("monocle")目前，bioconductor

qq_27390023·2022-03-20 06:05

GenVisR 基因组数据可视化实战(一)

GenVisR试图保持高度的灵活性，同时利用ggplot2和bioconductor的能力来实现这一目标。部分功能跟maftools的功能很相似。安装：从Bioconductor安装：i

11的雾·2022-03-08 22:13

R语言升级bioconductor包升级

R语言升级后出现报错：“BiocParallel'didnotregisterdefaultBiocParallelParams:invalidclass“MulticoreParam”object:1:‘cluster’,‘.clusterargs’,‘.uid’,‘RNGseed’mustbelength1invalidclass“MulticoreParam”object:2:‘.clust

XuanSi·2022-02-21 13:38

如何使用Bioconductor进行单细胞分析？

Bioconductor项目托管了社区开发的开源R包以满足这些分析需求。

生信宝典·2022-02-19 21:57

【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

GO的注释信息来自Bioconductor，提供了19个物种的org类型的GO注释信息，如下表所示。Bioconductor中更多

bioin·2022-02-19 18:09

「Bioconductor」让我们愉快的为自己做一个物种包吧

做植物是一件比较艰苦的事情，不但资源少，而且有限的资源未必还能用的好，就拿Bioconductor上的注释包来说吧，我在「Bioconductor」不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包,里面就提到拟南芥的物种包用的注释其实一直都没有更新

xuzhougeng·2022-02-18 20:40

【R语言学习笔记】一、R语言入门，你需要了解的基本内容

目录一、R语言与C语言的区别二、R简介1.R的发源史2.R的特点3.R与其他统计软件比较4.R的缺点5.Bioconductor三、R与Rstudio的下载和安装1.R下载地址2.R的运行平台2.1R_GUI2.2Rconsole2.3

RealWeakCoder·2022-02-17 07:01

初学SingleCellExperiment对象

参考文章：https://osca.bioconductor.org/data-infrastructure.htmlSi

小贝学生信·2022-02-15 15:02

Bioconductor

此外还有几个软件包仓库，而Bioconductor是基因组数据分析相关的软件包仓库，需要用专门的命令进行安装。

atuofatating·2022-02-12 15:14

详解R语言图像处理EBImage包

EBImage包在Bioconductor中，通过以下命令进行安装。install.packages("BiocMana

·2022-02-12 12:27

跟着Bioconductor一步一步学习scRNA（一）

动力来自偶然间看到的Bioconductor放出的单细胞数据分析教程https://bioconductor.org/packages/release/workflows/html/simpleSingleCell.html

天涯清水·2022-02-12 06:27

热图添加指定的基因标记

#从Bioconductor安装稳定版；if(!

·2022-02-10 17:26

SingleCellExperiment

Bioconductor软件包SingleCellExperiment提供了SingleCellExperiment类以供使用。

麒麟991·2022-02-10 03:58

单细胞S4 对象学习

参考链接：送你个对象在seurat以及Monocle逐渐都采用SingleCellExperiment或者sce进行存储数据，这是单细胞分析中的非常常用的S4对象.https://osca.bioconductor.org

caokai001·2022-02-10 02:09

单细胞转录组数据分析||Seurat3.1教程:Interoperability between single-cell object formats

#installscaterhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.htmllibrary(scater)#installloomRfromGitHubusi

周运来就是我·2022-02-09 03:34

Day6笔记-学习R包

镜像设置①在Rstudio的程序中设置图源【生信星球】此处设置的是CRAN的镜像，生信也常用到Bioconductor内的包，需要从新设置。

阿ll·2022-02-07 18:49

R 及 R包的安装问题

R包的安装基本分为两种：（1）在线安装（2）本地安装（1）在线安装主要有两种方法，a,install.packages("packages")b,biocLite("packages")因为有的包是在bioconductor

茉莉安宁·2022-02-06 19:39

肿瘤突变分析神器-maftools包

maftools包说明书maftools包概览1.安装包，加载包source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("maftools")library

Dr_grass·2022-02-06 11:51

Day6 陈海影

mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")install.packages("dplyr")安装或bioconductor

justsmile_84eb·2022-02-05 00:02

学习小组Day5笔记--未停

镜像设置CRAN的镜像不能下载Bioconductor的包CRAN是R默认使用的R包仓库，install.packages()只能用于安装发布在CRAN上的包。

未娓尾·2022-02-03 13:40

Bioconductor的镜像修改

所以我怀疑可能是Biocondutcor的镜像问题，问了师兄之后才知道如何设置Bioconductor的镜像。#输入下面这个命令，然后就会跳出来选项让你选。

城管大队哈队长·2022-02-03 12:03

DESeq2 差异表达分析

AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst

豆沙了·2022-01-04 09:03

RNA-seq学习：No.11 oligo包读取Array芯片原始数据(CEL.gz))

oligo包官方介绍：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/oligo.htmloligo包简单教程：https://kasperdanielhansen.github.io

小贝学生信·2022-01-03 13:55

如何在MAC M1芯片上安装R的Bioconductor包

但是Bioconductor的包或者一些github上的包还是需要我们通过编译安装的方式进行的。对于m1的电脑，当我们尝试用过BiocManager::install()进行安装时，部分包

xizzy·2021-12-30 00:13

[R]bioconductor之ChIPseeker学习

参考链接：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChIPseeker/inst/doc/ChIPseeker.html

小贝学生信·2021-12-01 01:34

[R]bioconductor之GenomicFeatures学习

GenomicFeatures包主要提供了TxDb对象结构。基于此对象的操作，wecaneasilydownloadthegenomiclocationsofthetranscripts,exonsandcdsofagivenorganismsfromtheUCSCGenomeBioinformaticsandBioMart2dataresources.官方教程：https://www.bioco

小贝学生信·2021-12-01 01:31

差异分析 | DESeq2包

author：小杜的生信筆記DEseq2官方网址：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.htmlDESeq2是最常用的差异分析的方法

小杜的生信筆記·2021-11-30 12:22

生信笔记01：Locus tag转换为Entrez Gene ID

如果是常见的模式物种还好，在bioconductor中很多包和一些网站上都提供了转化，这里不赘述，需要的自行查找，或者直接看下文代码。

xizzy·2021-10-27 20:50

ggplot2绘制聚类热图

加载需要的R包：library(reshape2)library(ggplot2)library(ggtree)#需要在bioconductor下载读入数据：gene%data.frame(x=c(1:

钿璎纍纍佩珊珊·2021-09-18 23:51

R: ggtree (四) ggtreeExtra

本文整理至ggtreeExtra文档，仅用于学习作者：ShuangbinXuandGuangChuangYu链接：https://bioconductor.org/packages/devel/bioc

胡童远·2021-09-07 18:30

monocle 拟时序分析

monocle是我们经常用的拟时序分析工具，可以使用bioconductor安装。

像鸟一样飞过你的高山·2021-09-02 11:36

OSCA教程1 | SingleCellExperiment对象

教程来源：http://bioconductor.org/books/release/OSCA/data-infrastructure.html#background用一张图展示SingleCellExperiment

ScorpioGirll·2021-06-27 13:43

R语言快速入门

基于R的[Bioconductor]http://www.bioconductor.org提供有大量的生物科学领域的数据分析软件包。本教程目的在于让没有接触过R的人快速入门。

村长吃火锅·2021-06-26 03:22

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