GTEx

TCGA的ID转换可以一步到位了

0.背景知识TCGA或TCGA+GTEx的表达矩阵，行名都是ensambleid，因为TCGA数据的参考基因组版本是genecodeV22，xena重新分析的TCGA+GTEx数据参考基因组版本则是genecodeV23

小洁忘了怎么分身·2024-01-30 22:58

五、生存分析前的数据整理

生存分析只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为exprSet；GTEX可得到正常样本做补充（xena将GTEX和TCGA数据对应起来了）clinical信息需要进一步整理

白米饭睡不醒·2024-01-29 06:35

GenTree：基因进化和功能分析

转录组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。蛋白质组调用了HPM。群体数据调用了GWASdb2,PopHuman。详细信息见下图。Mo21ot.md.jpg这个网站的使用方式很简单。

橙子牛奶糖·2024-01-19 16:36

【铁死亡>>预后模型】04.铁死亡+PAAD（3.3分）

TCGA+GTEx：当正常样品较少时，TCGA与GTEx联合分析。gemcitabineresistance：选取GSE80617耐药数据集，检查铁死亡相关基因的表达差异，即可说明其与耐药反应的差异。

高大石头·2023-12-23 14:16

5+单基因+免疫浸润，这篇肿瘤预后文章你值得拥有

结果解读：多种人类癌症中SLC52A2的mRNA表达首先，作者使用GTEx数据库分析了31种正常组织中SLC52A2的表达情况。结果显示，SLC52A2在骨髓、脾脏和睾丸组织中的表达最

生信风暴·2023-11-16 03:42

单基因泛癌+实验简单验证，要素丰富，没研究方向的赶紧上车

结果解读：正常组织、癌症细胞系和泛癌细胞中的CENPI水平这项工作检测了GTEx数据库中非癌样本的CENPImR

生信风暴·2023-11-14 08:52

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

GTEx全称如下Genotype-TissueExpression该项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库。

生信修炼手册·2023-11-05 12:54

学习GTEx数据库

（1）GTEx简介访问链接：Genotype-TissueExpressionProject(GTEx)(genome.gov)GTEx（Genotype-TissueExpression，基因型-组织表达

QFIUNE·2023-11-05 12:44

生信发文：细胞衰老公开数据轻松5分快来抄作业

关于细胞衰老，小编从研究潜力、分子机制、研究切入点到14分GTEx挖掘都为大家一一做了详细的介绍，相信机智的小伙伴已经把握住了。当然，对于还在观望或者不知如何实战的选手，小编也不会落下。

概普生信·2023-11-04 16:09

UCSCXenaShiny实现基因表达的Pancer(泛癌）展示

网址为https://github.com/openbiox/XenaShinyGithub这个教程用于实现Tumor(TCGA)和Normal(GTEx)基因表达的比较下载开发版本的R包remotes

熊逸Byron·2023-10-24 19:28

2020-08-03单基因与免疫细胞，TMB，肿瘤组织和正常组织的表达包

TCGA和GTEX中基因的表达差异library(UCSCXenaShiny)vis_toil_TvsN_cancer(Gene="FERMT3",Mode="Violinplot",Show.P.value

海阔天空周·2023-10-10 07:46

GTEx数据库

GTEx项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库：Genotype-TissueExpression(GTEx)1.背景知识一期

Hayley笔记·2023-09-19 06:46

ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战

0.缘起很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。

小洁忘了怎么分身·2023-04-13 04:00

TCGA_联合GTEx分析1_得到表达矩阵.tpm

GTEx数据库获取表达矩阵.tpm一、下载数据共要下载三个数据，分别为表达矩阵、样本信息、注释信息进入网站：UCSCXena点击“LaunchXena”，选择“DATASETs”点击“GTEX（11datasets

老实人谢耳朵·2023-02-03 20:01

比较TCGA正常组织与肿瘤组织表达量不能更方便

肿瘤组织数据来源于TCGA，正常组织数据来源于GTEX。

熊逸Byron·2023-02-01 02:45

安利我的毕业论文-关于生物信息学分析、多组学分析、机器学习的应用

研平方·2023-01-26 18:47

生物信息学常用数据库

写在前面说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介

愿航·2022-12-16 11:17

TCGA数据库的基因表达情况分析

TCGA数据库的基因表达情况分析数据内容TCGA、GTEX数据库下载的数据内容形式如下：A：样品B：表达水平C：样品类型（正常组织和癌组织）D：数据源乳腺癌的基因表达情况以乳腺癌为例：筛选出TCGA的乳腺癌表达情况在

super_qun·2022-12-15 21:02

XENA GTEx整理

首先我们看一下简介TCGAbiolinks:AnR/BioconductorpackageforintegrativeanalysiswithGDCdata最近新加一个Mounir，Mohamed，Lucchetta，Marta，Silva，CT，Olsen，Catharina，Bontempi，Gianluca，Chen，XI，Noushmehr，Houtan，Colaprico，Antonio

sayhello1025·2022-09-13 18:01

单基因的肿瘤细胞系表达怎么看？CCLE告诉你

泛癌的基因表达量一般可以用TCGA和GTEx实现，但是肿瘤细胞系一般用CCLE临床生信之家是一个很好的在线工具，目前上架了CCLE的功能，出的图见下，可以实现单基因在泛癌和单病种的可视化，但是这个网址什么都好

欧阳松·2021-08-03 11:14

2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载

数据库背景介绍TCGA，全称：Thecancergenomealtas官网：https://cancergenome.nih.gov/是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所)合作建立的癌症研究项目，通过收集整理癌症相关的各种组学数据。TheCance

学习生信的小兔子·2021-05-21 16:55

The GTEx Consortium atlas of genetic regulatory effects across human tissues

基因型组织表达GTEx团队跨人类组织的遗传调控作用GTExConsortium.TheGTExConsortiumatlasofgeneticregulatoryeffectsacrosshumantissues

sunlight_yy·2021-05-17 10:52

数据库汇总-2

TCGA-GDChttps://portal.gdc.cancer.gov/TCGA官网GEPIAhttp://gepia.cancer-pku.cn/北大Zhanglab-ZefangTang开发，包含TCGA和GTEx

oddxix·2021-04-30 22:32

R语言绘制heatmap(热图)

ComplexHeatmaplibrary(pheatmap)rt<-read.csv("yourdir/liver_cpm_1_all.csv",header=T,row.names=1,check.names=F)rt[1:4,1:4]GTEX

落寞的橙子·2021-03-12 10:54

复盘总结（三）

GTEX表达矩阵预处理#设置工作路径setwd("D:/gtex")#初始化环境：rm(list=ls())#载入包：library(data.table)#获得要提取的样本ID：sample_idcut.off.cpm

蓬举举·2021-01-03 10:01

[NAR|2019] ChEA3转录因子富集分析

这个数据库整合了ENCODE；ReMap以及一些独立发表的CHIP-seq数据，同时还整合和GTEx；TCGA以及ARCHS4内的RNA-seq数据内的转录因子共表达数据。

xhog·2020-07-04 10:16

GTEX创始人Ryan：做区块链领域Steam

本期嘉宾：Ryan，GTEX创始人VladMilosevic，GTEX联合创始人主持人：范媛媛，【博链财经】合伙人image以下为本期访谈实

博链财经·2020-06-27 21:02

TCGA数据分析系列（二）：数据库之GEPIA2

今天我们来介绍一款非常容易上手的数库：GEPIA2:http://gepia2.cancer-pku.cn/#index话不多说，直接进入正题GEPIA2数据来源如图所示，GEPIA2数据来源于TCGA和GTEx

生信小课堂·2020-04-04 21:59

IEO是项目的试金石，也是行业的强心剂 |链捕手

作者:链捕手近期，IEO在币安、火币等交易所的加持下在区块链行业掀起巨大的波澜，Celer、TOP、GTEX等IEO项目也引起行业的普遍关注，韩国亦专门制定发布了IEO指导方针。

捕手志·2020-04-01 15:13

GEPIA2&cBioPortal数据库介绍

GEPIA2是GEPIA的更新版本，用于分析来自TCGA和GTEx项目的9736个肿瘤和8587个正常样本的==RNA测序表达数据==。

小梦游仙境·2020-02-19 07:22

【r<-包|数据集|公开数据库】UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

UCSCXenaTools包提供了一个UCSCXena接口，可以获取一些UCSCXena存储的信息，包括GDC、TCGA、ICGC、GTEx、CCLE等近10个数据库的上千个数据集。

王诗翔·2020-02-07 03:36

#TCGA系列#使用GTEx的数据进行差异表达分析

#上期我们比较了TCGA肝癌组织vs正常组织的差异表达分析.但由于它的正常样本也来自于肝癌病人可能导致样本聚类混乱.本期开始使用GTEx的正常Liver样本数据来代替TCGA的正常样本数据进行差异表达分析

生信杂谈·2019-12-29 14:24

GSCALite：联合多数据库，研究癌症基因组学必备神器

今天给大家介绍一个研究基因组学癌症分析的在线科研工具，里面包含了33种癌症数据以及GTEX正常组织数据，平时在进行癌症分析时，正常组织的数据相比较少，比如TCGA数据库中乳腺癌数据有1200多个数据，其中有

vegene·2019-12-29 11:45

R语言操作GTEx数据库中gct大文件

rt<-read.table("GTEx_Analysis_2016-01-15_v7_RNASeQCv1.1.8_gene_tpm.gct",skip=2,header=TRUE,sep="\t")=

落寞的橙子·2019-01-08 10:32

#TCGA系列#使用HGNC数据库对miRNA名称ID进行转换

上期我们已经从GTEx下载提取了Liver的119个样本的表达谱文件，本期转换miRNAID并将TCGA的样本与GTEx的进行合并.PS:文末有福利.我们已经得到的GTEx的表达谱文件部分内容如下：GTEx

生信杂谈·2017-06-15 16:47

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