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GWAs
postgwas r语言_如何用R绘制
GWAS
研究的Manhattan图及QQ图
注意:最新版的qqman程序包是基于R3.2.5版本开发的,所以使用该程序包之前注意更新R软件到最新版本,同时安装最新版的qqman程序包。虽然以前版本的R也能运行相关程序,但是部分功能显示不够完善。以下内容因为格式问题将源网页内容稍加调整IntrototheqqmanpackageTheqqmanpackageincludesfunctionsforcreatingmanhattanplotsa
习翔宇
·
2022-03-21 05:28
postgwas
r语言
复现《nature communications》图表(五):
GWAS
曼哈顿图和qq图复现
NC文章的全基因组部分,关于
GWAS
的一些图本来不想复现,但是看到近期很多文章包括单细胞总是会挖掘
GWAS
用于自己的研究,而小编负责的课题也涉及到这一部分,所以还是决定试一下。
TS的美梦
·
2022-03-21 05:53
复现NC
r语言
R语言ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?
Manhattan图算是
GWAS
分析的标配图了,可参考Bio|manhattan图进行绘制。由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的!
大数据技术派
·
2022-03-21 05:48
R 绘制
GWAS
研究的 Manhattan 图
曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(
GWAS
)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图)。
BioIT爱好者
·
2022-03-21 05:17
python
机器学习
数据分析
java
人工智能
颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的
无论是软件自动出图,还是需要自己作图,学习根据
GWAS
结果手动作图都是必须的。我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画
GWAS
的QQ图和曼哈顿图,后者颜色更漂亮。
育种数据分析之放飞自我
·
2022-03-21 05:16
GWAS
开发语言
本周最新文献速递20220227
Geneticassociationsofprotein-codingvariantsinhumandisease不想看英文题目:人类疾病中蛋白质编码变异位点的遗传关联杂志和影响因子:Nature(IF:42.778;Q1)研究意义:全基因组关联研究(
GWAS
橙子牛奶糖
·
2022-02-27 18:29
第22周-胰腺癌的类器官可以辅佐治疗决策
2018年2月8日在NatureCommunications上发表的
GWAS
研究纳入了21,536人,发现位于人类染色体1(位置1p36.
小梦游仙境
·
2022-02-09 00:07
常用作图群体简介
我们平常做QTL或者
GWAS
时候总会接触到各种作图群体。今天就简单介绍以下常用的作图群体类型、构建方法及特点。
正踪大米饭儿
·
2022-02-05 11:57
全基因组关联分析学习资料(
GWAS
tutorial)
同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的「你们」~by「橙子牛奶糖(陈文燕)」1.前言很多人问我有没有关于全基因组关联分析(
GWAS
)原理的书
ChrisJO
·
2022-01-26 10:57
Fine mapping定位QTL
而对QTL进行初定位主要有两种方法:
GWAS
和BSA-Seq。
GWAS
(GenomeWideAs
陈牛牛
·
2022-01-03 20:51
文献精读21.12.27
OsSPL13controlsgrainsizeincultivatedrice题目翻译:OsSPL13调控栽培稻籽粒大小杂志和影响因子:Nat.Genet(IF:38.33;Q1)创新点(阅读理由):是由
GWAS
雪切丝
·
2021-12-30 17:54
VCF文件参数解读
后续几乎所有分析内容都是基于此文件,如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、
GWAS
关联分析等。
ytbao
·
2021-12-22 15:12
复现《nature communications》图表(五):
GWAS
曼哈顿图和qq图复现
NC文章的全基因组部分,关于
GWAS
的一些图本来不想复现,但是看到近期很多文章包括单细胞总是会挖掘
GWAS
用于自己的研究,而小编负责的课题也涉及到这一部分,所以还是决定试一下。
KS科研分享与服务
·
2021-12-15 18:33
复现《nature communications》图表(一):一模一样的Figure1
图片(图片来源:文章截图)本次复现系列分为五个部分:模式图与柱状图批量箱线图并加显著性样本时间序列图多组GO分析气泡图
GWAS
基本数据作图复现这些
KS科研分享与服务
·
2021-12-10 11:26
3.2
GWAS
:最佳线性无偏估计量——BLUE值计算(多年单点有重复)
GWAS
中使用均值、BLUP值还是BLUE值,邓飞老师有两篇帖子进行了介绍,链接如下,根据我的数据,我选择了BLUE值。在这里提醒大家,不要一上来就忽略所有warning,很容易找不到问题。
Wei_Sun
·
2021-11-16 08:03
Post-
GWAS
-LD图与基因,关联结果一起可视化
image.pngIntAssoplot包可以将
GWAS
结果和LD,基因结构图整合在一起画出。
Hello育种
·
2021-10-30 20:16
GWAS
分析-多个性状的manhattan组合图绘制(五)
在之前
GWAS
分析中,我们已经学会了如何使用R包qqman对单个性状绘制manhattan图,有时会需要将多个性状的manhattan图组合到一张图中分析,今天就带小伙伴学习一个R包(CMplot)的用法
杨博士聊生信
·
2021-10-02 17:36
snpQT-又一个人基因组SNP填充和
GWAS
流程
这个流程的目的是让你的SNPcute,为处理人类基因变异提供了帮助:基因组版本转换(b37->b38或者反过来)样本质控人群分层填充前质控本地填充填充后质控
GWAS
使用自动化的nextflow流程,我们在
zd200572
·
2021-09-06 21:45
生信入门-2
统计基础、数据处理、作图是三大基础统计基础就找一本医学统计学简单了解就可以了;数据处理和作图的话还是看我之前推荐的两本R的书生信学习分三块序列比对Linux上使用各种软件对原始测序结果进行分析;
GWAS
JamesMori
·
2021-08-19 09:24
RomeroNavarro2017
GWAS
玉米开花
RomeroNavarroJA,WillcoxM,BurgueñoJ,etal.Astudyofallelicdiversityunderlyingflowering-timeadaptationinmaizelandraces.NatureGenetics,2017,49(3):476–480.DOI:10.1038/ng.3784.摘要驯化物种的地方品种(传统品种)保留了有用的遗传变异,但由于
董八七
·
2021-06-25 14:02
基于r语言利用qqman画曼哈顿图和QQ图
GWAS
现在非常的流行,尤其是在复杂疾病的研究,由于在畜牧的行业里许多的经济性状与我们动物的遗传育种与繁殖息息相关。而且许多经济性状都是属于数量性状,所以用
GWAS
方法来探索就非常的适用和实用。
要快乐_更要经历山河
·
2021-06-25 06:57
GPOPSIM软件介绍
GPOPSIM软件:https://github.com/SCAU-AnimalGenetics/GPOPSIM下载图片.png摘要背景:基于群体的基因组数据和表型数据经常被用于研究
GWAS
,GS等领域
育种数据分析之放飞自我
·
2021-06-21 05:44
常用
GWAS
统计方法和模型简介
本文是百迈客
GWAS
生物信息培训课程学习笔记第二篇,第一篇请参考
GWAS
基本分析内容这里首先介绍了
GWAS
分析中常用的统计学概念:1.假设检验零假设(H0,nullhypothesis):即原假设,指进行统计检验时预先建立的假设
rapunzel0103
·
2021-05-17 02:57
20210428文献汇报|A gene co-association network regulating gut microbial communities in a Duroc pig po...
文章的第一作者和通讯作者分别是来自于澳大利亚昆士兰州的AR,他的主要研究方向是
GWAS
及组学分析算法开发研究。通讯作者来自于西班牙巴塞罗那,其主要研究方向是动物遗传育种。!
Zukunft_Lab
·
2021-05-13 22:27
GWAS
学习之admixture
背景群体遗传学中测出很多个个体,得到了最终的SNPvcf文件,需要将其分成群体,看哪几个物种聚在一起。一般使用的软件就是STRUCTURE,但是STREUTURE运行速度极慢,后面frappe软件提升了速度,但是也不是很快;admixture凭借其运算速度,成为了主流的分析软件。admixture1.admixture的输入文件为:PLINK(.bed),ordinaryPLINK(.ped),o
oddxix
·
2021-05-01 18:03
GWAS
显著性阈值设置
Bonferroni校正P值:0.05/n,n为SNP个数。Bonferroni校正P值是最严格的多重检验校正方法,假设每次检验为独立事件,因此除以n。《Associationmappingforrootsystemarchitecturetraitsundertwonitrogenconditionsingermplasmenhancementofmaizedoubledhaploidlines
王胤yin
·
2021-04-20 15:23
GWAS
DATABASE
搜集各类
gwas
库:GWASCatalog:https://www.ebi.ac.uk/
gwas
/GWASCentral:https://www.gwascentral.org/CaseControlGWAS
又是一只小菜鸟
·
2021-04-19 20:08
群体进化-
GWAS
分析
群体进化-
gwas
分析在这里插入图片描述群体进化基础分析PCA分析原理PCA(PrincipalComponentAnalysis),即主成分分析方法,是一种使用最广泛的数据降维算法。
点滴生信
·
2021-04-19 20:09
R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子
曼哈顿图是
GWAS
数据分析中经常会用到的一个图,R语言里有专门的包和函数直接生成曼哈顿图。但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。
小明的数据分析笔记本
·
2021-04-19 03:36
用R语言做
GWAS
分析
该流程有:
GWAS
的QC,PCA分析,Manhattan图,QQ图,候选位点的功能分析参考学习资料:Genome-wideassociationstudiesinR本教程通过使用三个东南亚人群绘制胆固醇水平的遗传决定因素图来说明全基因组关联
程凉皮儿
·
2021-04-18 13:04
GWAS
分析-说人话(20)-单倍体关联分析
前言来到这里,已经渐渐不是人话了...估计这辈子我也没有想到,我把我最厌恶的东西写出来,居然是最多人看的......分析方法很多,这一小节吐槽官网的这一行代码,大神请点赞后直接略过~plink--bfilemydata--hap-window3--hap-assoc1.背景我一般不交代“科学”背景,但是还得“装”一下。什么是“Haplotype”?就是你有一堆SNPs,"近朱者赤,近墨者黑",就是
医学小蛋散
·
2021-04-16 15:15
Science | 群体研究新思路:De novo +
GWAS
前言
GWAS
,即全基因组关联分析(GenomeWideAssociationStudy),是指在全基因组范围内对多个个体(一般300个以上)的单核苷酸多态性(SNP)进行检测,并进而将基因型与表型性状进行群体水平的统计学分析
鹿明生物
·
2021-04-15 08:41
2020-09-13
JournalClub-2020.9.15GenomeBiology-2020,Volume211全基因组关联研究(genome-wideassociationstudies,
GWAS
)已经确定了单核苷酸多态性
Boowean
·
2021-04-15 02:11
1+1>2,
GWAS
+转录组联合分析,你一定要知道!
全基因组关联分析(
GWAS
)是以全基因组范围内的遗传标记为基础,通过基因分型,筛选出与复杂性状表型相关联的分子标记,进而挖掘与表型相关的候选基因。
诺禾致源
·
2021-04-13 12:31
GWAS
之后,TWAS来袭
GWAS
(Genome-wideAssociationStudy),即全基因组关联分析,是目前研究复杂疾病易感性的最有效手段之一,该技术应用基因组中数以百万计的SNPs为标记进行病例对照关联分析,从而确定与疾病相关的易感位点和区域
诺禾致源
·
2021-04-13 05:37
2021-03-31小麦QTL数据库使用
小麦QTL数据库地址:http://wheatqtldb.net/1.数据库简介wheatQTLdb是专门用于小麦研究的QTL数据库,它包含区间作图鉴定以及
GWAS
鉴定QTL,同时也含有metaQTL、
bcl_hx
·
2021-03-31 20:51
全基因组关联分析学习资料(
GWAS
tutorial)20210313更新版
同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的「你们」~by「橙子牛奶糖(陈文燕)」1.前言很多人问我有没有关于全基因组关联分析(
GWAS
)原理的书籍或者文章推荐。
橙子牛奶糖
·
2021-03-14 23:00
2021-02-26
GWAS
GWAS
研究中case和control的比例是有讲究的?ht
L6511
·
2021-03-11 22:52
SNP过滤时常用参数的解析(群体遗传)
关于为何要进行SNP的过滤:第一,低质量和无信息的SNP会影响后续群体结构或
GWAS
的分析结果,甚至影响后续对生物学问题的解释;第二,群体研究时,由于测序的个体较多检测出来的变异位点经常会数以千万计,进一步过滤会减少后续分析时
bettermaan
·
2021-01-05 10:57
GWAS
与GS模型介绍与比较
1.
GWAS
模型
GWAS
是表型和基因型之间的相关性分析,然而这个相关性用什么统计方法?
GWAS
模型的发展:image.png1.1卡方检验实际比例是否符合预期分离比例,若不符合则认为基因与表型相关。
生物信息与育种
·
2020-12-18 16:12
GWAS
全基因组关联分析:TASSEL 5.0 Windows版软件使用教程
TASSEL的官方网站:https://tassel.bitbucket.io/在TASSEL的下载文件夹中...\TASSEL5\TutorialData有示例数据用此数据进行演示图片1.png依次为基因型数据、亲缘关系、表现型数据(这里面包含了分群、表型性状、群体结构)、群体结构、表型性状。实际只用到基因型数据、群体结构、和表型性状。TASSEL是可以通过基因型数据计算亲缘关系的。一、加载数据
追梦生信人
·
2020-10-25 11:00
GWAS
概念:LD连锁不平衡,LD block
LDblock经常出现于
GWAS
和重测序相关的文献中。因此,理解它对于后面的
GWAS
学习非常重要。文章对于LDblock这个图解释得非常通俗,清楚。
M78_a
·
2020-10-21 10:27
GWAS
基本概念
摘要:全基因组关联分析(
GWAS
)技术在过去10年中一直是鉴定疾病和其他性状相关基因的主要方法。已经有超过2000份人类
GWAS
报
M78_a
·
2020-10-21 10:24
vcf文件说明
做过DNA重测序,群体遗传进化,BSA,
GWAS
等项目的人都会遇到VCF文件,这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异(主要包括SNP和InDel)信息。
生信师姐
·
2020-10-08 19:52
【只要有ENA千万别用NCBI】拆分SRA文件,通过SRAtoolkits
最近开始分析网上Download的数据,一开始用人家现成的
GWAS
数据,后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的,出来混早晚是要还的,所以就开始从头分析一些SRA的数据,我以为会很简单,事实证明是我简单了
weixin_30492601
·
2020-09-16 16:35
GWAS
| 原理和流程 | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot |...
先从直觉上理解一下
GWAS
的原理:核心就是SNP与表型的关联,对于每一个genome位点,如果某个SNP总是与某疾病同时出现,那我们就可以推测这个SNP极有可能会导致这个疾病。
weixin_30497527
·
2020-09-11 20:01
跑通
GWAS
,用这些脚本就够了
最近跑通了一遍
GWAS
分析,全程在linux操作,虽然具体还有好多需要微调的地方,先把代码整理分享出来mark一下前期准备1.理论知识强烈推荐百迈客云课堂课程
GWAS
生物信息培训课程或者可以看看我的
gwas
rapunzel0103
·
2020-08-26 23:25
数据分析中的一些小体会 -- 表型值处理
1.田间调查的一点小的思考课题组研究的一大块内容是分子育种,正向遗传学方面的一些内容,主要的研究手段还是经典的QTL+
GWAS
。这几天在处理大师兄的数据,大师兄主要用
GWAS
做产量性状的。
正踪大米饭儿
·
2020-08-24 03:09
协方差分析 | ANCOVA (Analysis of Covariance) | R代码
standardize协方差分析最经典的一个例子就是
GWAS
中移除SNP中的人种因素。
weixin_30781631
·
2020-08-23 04:15
多年多点数据如何计算遗传力以及BLUP值
视频点击:多年多点数据计算遗传力和BLUP值1.背景之前写过一篇博客,介绍领导安利我哔哩哔哩的故事,介绍到我将我从YouTube上收集的关于混合线性模型,关于
GWAS
,关于GS,关于农业数据分析相关的视频
育种数据分析之放飞自我
·
2020-08-18 12:06
数量遗传学
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