Lammps

windows下Ubuntu子系统安装lammps

下载wsl子系统（Ubuntu），此前需要做到两步：一、系统设置开启开发者模式二、控制面板->程序->程序和功能->启动或关闭windows功能->勾选适用于Linux的Windows子系统#可参考【Linux运维系列】Windows系统下开启Ubuntu子系统_windowsubuntu子系统-CSDN博客fftw下载（提高计算速度）：wgethttp://www.fftw.org/fftw-3

yl--炼气·2024-08-27 12:13

lammps统计六元环（非苯环）个数--Python实现

需要的文件：每个原子的坐标文件思路1、六元碳环中，两原子最远距离为3X1.7=5.1（标准的正六边形苯环对角距离为3A左右，所以不需要考虑太远原子的成键）2、六个碳原子的集合中，每个碳原子彼此之间都只成两个C-C键的情况。只有一种可能————碳原子之间首尾相连连成六元环步骤1、找出距离目标原子距离1:combination.remove(num)'''''''''''''''''

yl--炼气·2024-08-27 12:43

Lammps学习1-PKA (irradiation)

PKA(irradiation)在凝聚态物理学中，初级碰撞原子（PKA）是通过辐射从其晶格位置移位的原子；根据定义，它是入射粒子在目标中遇到的第一个原子。当PKA从其初始晶格位置位移后，如果它拥有足够的能量（阈值位移能量），它可以引起其他原子随后的晶格位置位移，或者如果它不具有足够的能量（阈值位移能量），则它会停留在晶格的间隙位置（间隙位置）。缺点）。大多数由电子辐照和某些其他类型的辐照产生的位移

荷塘阅色·2024-03-07 20:16

GULP不同版本导出ShengBTE用力常数文件，存在一些问题

GULP是基于经验势能的分子静力学计算软件，可以导出ShengBTE计算热导率用2阶和3阶力常数文件，相较于用LAMMPS做分动计算，可以先快速判断势能3阶非谐下的热导率理论值。

odin_linux·2024-02-09 23:05

cmake安装LAMMPS增加MOLECULE等package

使用cmake可以较make更加快捷的安装LAMMPS,关于官网上已有Cmake安装的详细教程：https://docs.lammps.org/Build_cmake.html可是经过使用，发现默认的安装方式里只有最基础的包

odin_linux·2024-02-09 23:03

【Lammps】Zhou势函数拟合（python程序）

【Lammps】Zhou势函数拟合（python程序）Zhou合金势主要用于金属的分子动力学模拟，下面将主要对lammps自带程序生成相关合金势函数。

何为xl·2024-02-09 07:09

lammps+python脚本计算熵

文献中对不同温度下离子的熵进行了计算，数据如下图：lammps手册中和熵（entropy）相关的命令只有computeentropy/atom，但看了看手册上的描述感觉不对劲。

薛定谔的青蛙·2024-01-20 08:14

lammps学习（二）联合原子模型聚乙烯拉伸

相较于之前做的单晶硅纳米磨削，聚合物的建模要复杂的多，用lammps自带密令通常无法解决。

薛定谔的青蛙·2024-01-20 08:44

lammps学习（三）聚烯烃反应力场(reaxff)热分解

目录一、模型建立二、in文件编写三、问题解决四、Conculusion五、Reference事情是这样的，师妹问了我这样一道期末试题：我一看，这还不简单，反应力场下升温看下什么时候开始断键不就行了。说干就干，结果就做上头了。一、模型建立首先使用EMC生成聚合度聚60的乙烯的data文件。由于reaxff反应力场的pair_style使用的是charge类型，只需要原子就行了，我们将data文件中和

薛定谔的青蛙·2024-01-20 08:44

lammps学习（一）单晶硅纳米磨削

学习lammps写的第一个简单的例子。参考文献《单晶硅纳米级磨削过程的理论研究》。

薛定谔的青蛙·2024-01-20 08:43

分子动力学模拟—LAMMPS 模拟（固体和液体）数据后处理软件（六）

================================记录一下检索到一篇分子动力学模拟数据后处理的软件。感谢论文的原作者！主要功能：StructureAnalysisAcklandJonesAnalysisCentroSymmetryParameterCommonNeighborAnalysisCommonNeighborParameterAtomicStructureEntropySt

123wxw·2024-01-18 23:55

LAMMPS 文献：9 种熔化温度模拟方法的总结与比较：两相法、单相法以及缺陷法

================================记录一下检索到一篇通过LAMMPS模拟熔化温度的总结文章：单相方法、过热–过冷方法、Z方法、修正Z方法、孔洞方法、修正孔洞方法、两相方法、

123wxw·2024-01-13 22:00

Ovtio不同版本下载

主要专栏内容包括：†《LAMMPS小技巧》：‾\textbf{\underline{\dag《LAMMPS小技巧》：}}†《LAMMPS小技巧》：

Mr. Material·2024-01-13 18:11

晶体结构轨迹（VASP、LAMMPS）分析后处理程序 ISAACS

123wxw·2024-01-12 12:24

晶格动力学程序 GULP

Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS

123wxw·2024-01-12 12:24

lammps分子动力学入门到进阶

1、石墨烯、金属材料建模及力学分析；2、纳米流体模拟及流动性质分析；3、热传导及导热系数模拟计算；4、多成分体系（金属、合金、高熵合金）的摩擦模拟以及材料切削模拟；5、离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟。6、自建分子力场文件及MOFs材料建模分析；7、分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟分析；8、利用ReaxFF模拟碳氢化合物的燃烧及氧化过程；9、利用ReaxFF模拟化学机械抛光施压

20220705·2024-01-03 12:37

第一性原理——模拟计算

分子动力学，有限元，机器学习，可为催化、电池、能源、化工、生物等重多领域提供技术支持，计算软件包含，VASP，MS，QE，wannier90、boltztrap，ANSYS、Abaqus、COMSOL、Lammps

巨蟹座守护骑士·2023-12-22 21:34

分子对接——模拟计算

分子动力学，有限元，机器学习，可为催化、电池、能源、化工、生物等重多领域提供技术支持，计算软件包含，VASP，MS，QE，wannier90、boltztrap，ANSYS、Abaqus、COMSOL、Lammps

巨蟹座守护骑士·2023-12-22 21:34

Lammps错误：domain too large for neighbor bins

主要专栏内容包括：†《LAMMPS小技巧》：‾\textbf{\underline{\dag《LAMMPS小技巧》：}}†《LAMMPS小技巧》：

Mr. Material·2023-12-21 14:59

LAMMPS之约束方法

转载自https://zhuanlan.zhihu.com/p/257811414LAMMPS之约束方法在分子动力学模拟中，无论是出于节省计算资源的目的，还是出于人为地对某些结构进行控制的目的，都会涉及到对系统的运动自由度加以限制

wuhui1993·2023-11-25 20:29

lammps python3 shlib_FuzhuLiu

DeePMD-kitManualTableofcontentsAboutDeePMD-kitDeePMD-kitisapackagewritteninPython/C++,designedtominimizetheeffortrequiredtobuilddeeplearningbasedmodelofinteratomicpotentialenergyandforcefieldandtoperf

weixin_39993454·2023-11-25 19:46

看看五年MacBook使用经验平常都用那些软件

iMazingiMazing是类似于iTunes的苹果系统设备文件管理同步软件，比苹果自家的iTunes强大百万倍，谁用谁知道OvitoLammps可视化结果处理软件，大部分人应该用不到VMD1.9.3Lammps

macruanjian9527·2023-11-22 09:58

Lammps分子动力学核心技术培训班

LAMMPS分子动力学核心技术实战培训班各企事业单位、高等院校及科研院所：分子动力学模拟被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学等领域。

李路欣·2023-10-30 06:52

2022-07-07 lammps中的应力计算

lammps计算的应力有两种：一是体系整体的应力状态，通过在thermo_stylecustom里加上pxxpyypzzpxypxzpyz字段可将给定时间步（由thermoN命令所指定）的体系应力值输出

hdpkeyu·2023-09-25 00:25

6月16日一同探讨PWmat—MLFF机器学习在分子动力学中的应用

VV模型KFNN模型KFDP模型2.实际操作数据预处理如何处理PWmat格式的分子动力学数据如何处理VASP格式的分子动力学数据训练如何判断训练模型的质量分子动力学计算PWmat框架下的分子动力学计算LAMMPS

龙讯旷腾·2023-09-20 09:55

龙讯旷腾机器学习力场PWMLFF V0.1.0——优化件lammps接口，提供主动学习方案

PWMLFF（机器学习力场）手册http://doc.lonxun.com/PWMLFF/我们都知道从第一性原理出发的分子动力学（AbInitioMolecularDynamics,AIMD）计算非常精确，但需要消耗大量时间和计算资源，能模拟的空间尺度和时间尺度都比较有限。龙讯旷腾PWMLFF借助机器学习的方法，可以根据第一性原理计算数据集训练势函数，在保证高精度的同时，大幅加速分子动力学计算，提

龙讯旷腾·2023-09-20 09:24

分子动力学LAMMPS、MS、Gaussian、VASP培训课程

中国管理科学研究院职业资格认证培训中心分子动力学模拟被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，能有效提高科研效率；目前，分子动力学模拟能在很大程度上进行预测指导实验，因此模拟与实验的对照是将来研究的主要方向之一。分子动力学模拟作为一种理想的计算机模拟方法，可以用来模拟两相之间的相互作用，也是对计算和实验的补充。应广

西山布衣·2023-09-19 16:55

2018-03-14

Lammps在Windows系统安装不知不觉学读了很多年书，做了很多事，随笔记录一下，希望对大家有帮助。

lkxra·2023-09-19 01:44

wsl2下安装lammps

1版本windows11,ubuntu20.04,wsl2,3080,r5900x2安装cuda参考CUDAonWSLUserGuide(nvidia.com)在windows11下安装显卡驱动。不需要在wsl下安装任何显卡驱动。安装cuda的步骤sudoapt-keydel7fa2af80wgethttps://developer.download.nvidia.com/compute/cuda

novanova2009·2023-09-11 07:01

利用lammps模拟蓝宝石在水润滑环境下的抛光

一问题描述蓝宝石（Al2O3）由于其独特的晶体结构，优异的物理化学特性，被广泛应用于航空航天等领域。高精尖的应用领域要求蓝宝石具有纳米级的表面粗糙度以及严格可控的亚表面缺陷。影响超精密加工最终性能的因素主要集中在工件表面与浆料/磨粒之间的相互作用上。在加工过程中，磨粒的运动状态难以控制，这些磨粒会对工件表面造成二体或三体磨损。此外，抛光液对改变磨粒与工件之间的摩擦学性能起着重要作用，而水作为抛光液

CAE320·2023-09-09 13:55

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线

一区ScriptMaterialia期刊：多主元素合金中的短程有序域扩散一文，研究了CrCoNi合金和MoNbTa合金中原子的扩散过程，文中有出现如下图所示的原子运动轨迹线。这种原子运动轨迹线我们在研究扩散过程中常常会用到。图参考自：BinXing,XinyiWang,WilliamJ.Short-rangeorderlocalizingdiffusioninmulti-principalelem

CAE320·2023-09-09 13:22

简单安装：通过CMake安装LAMMPS

经验分享LAMMPS即Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作

DFT计算杂谈·2023-08-11 22:29

lammps初级：石墨烯、金属材料、纳米流体、热传导、多成分体系、金属、半导体材料的辐照、自建分子力场、MOFS、H2/CO2混合气体等模拟

1LAMMPS的基础入门——初识LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？

萌萌可爱郭德纲·2023-06-13 13:53

利用lammps模拟LJ流体在微通道中为二维流动

2.1.问题描述本次研究拟采用LJ体系模拟二维Couetteflow，Couetteflow（库爱特流）指的是粘性流体在相对运动着的两平行平板之间的层流流动。这个流动是由作用在流体上的粘性力和与平板平行的外部压力推动的。本次研究通过固定底端，移动顶端来制造Couetteflow。2.2.模型描述具体模型如图2.1所示。本次模拟采用LJ约化单位，初始晶体模型为六方最密堆积结构，晶格参数为0.7，沿x

CAE320·2023-06-08 05:00

linux安装lammps(intel mpi)配合DeePMD-kit

linux安装lammps(intelmpi)配合deepmd2021-03-15ByJunwuChen参考教程：http://t.cn/A6tmS3Aw随着时间的变更，lammps版本提升、编译器更新等原因

ccjjww25·2023-04-10 11:41

Deepmd-lammps在集群上的编译方法（以南方科大的集群为例）

Deepmd是一款高效的神经网络势函数训练软件，只需要有一些Linux和基本的lammps分子动力学基础的使用者即可上手。Deepmd具有很好的lammps接口。

Deepworld·2023-04-10 11:10

lammps势函数训练软件：深度势能DeepMD-kit安装方法

lammps模拟必须有势函数支持，如果找不到势函数，模拟将无法继续。DeepMD基于机器学习的方法可以训练自己需要的势函数，解决了没有势函数的难题，详细的原理后面会陆续介绍。

lammps加油站·2023-04-10 11:39

ubuntu下lammps的安装

---------ubuntu下lammps的安装----------1、前提条件2、安装lammps2-1安装fftw2-2安装mpich2-3安装lammps3、配置环境---------ubuntu

xukang919·2023-02-19 07:52

lammps案例分析（1）：石墨烯单轴拉伸之velocity方式

lammps模拟石墨烯拉伸过程有两个命令可选：deform和velocity，两个命令的原理不同。

CAE320·2023-02-04 19:46

英特尔oneAPI和阿里云助力深势科技加速业务应用

对于LAMMPS（大规模原子分子

英特尔边缘计算社区·2023-01-13 14:09

lammps案例分享：流体通过多孔膜渗透模拟

文章目录1.建立模型2.模型弛豫3.模拟运行1.建立模型创建一个刚性多孔膜、两个活塞以及两个包含溶剂溶质的容器组成的模型。物质的宏观性质来自于避免坍塌的短程原子排斥和保持物质凝聚的长程引力之间的平衡。为研究真实系统的特性而开发的理论模型通常将这两个效应作为单独的部分。其中一个著名的模型是**Lennard–Jones(LJ)**势。近年来，LJ模型被广泛用于描述分子间的相互作用。因

雪薇儿·2022-12-23 04:04

在lammps模拟过程中的常用势函数设置

文章目录1lj/cut1.1lj/cut在in文件中使用方法1.2lj/cut在data文件中使用方法1.3lj/cut参数查询方法1.4lj/cut参数单位转换方法1.5lj/cut不同原子之间的参数1.6lj/cut参数设置案例2lj/cut/coul2.1lj/cut/coul/cut：短程作用2.2lj/cut/coul/long：长程作用3morse4tersoff4.1基本语法4.2t

雪薇儿·2022-12-23 04:33

lammps模拟中的常用计算命令

文章目录1.列举常用的lammps自带函数2.如何进行应力-应变的计算及绘制应力云图3.如何计算均方位移MSD4.如何计算径向分布函数g(r)以及fixave/time命令5.在lammps流体模拟中如何计算温度

雪薇儿·2022-12-23 04:33

lammps软件介绍与使用

文章目录1.LAMMPS简介LAMMPS模拟原理LAMMPS软件用途LAMMPS使用流程2.建模方法以及势参数获取常见的建模方式势参数(文件)方法3.in文件以及示例讲解in文件书写框架金属Ni的拉伸模拟

雪薇儿·2022-12-23 04:02

Gromacs通过伞状抽样的方法计算自由能

在分子动力学模拟领域，具有众多成熟的模拟软件例如NAMD、LAMMPS、Amber以及Gromacs等。

CAE320·2022-12-03 01:19

lammps+colvars计算PMF

lammps+colvars计算粒子过孔的PMF，粒子不过孔或者过去之后只在一边震荡简单体系，可以，如下模型，一个分子和一个简单的孔轨迹PMFcolvarsTrajFrequency1000colvar

巨阙阙·2022-12-01 04:24

【2022.11.16】Lammps+Python+MATLAB在绘制维诺图时遇到的问题

目录写在前面绘制g6(r)执行步骤问题1：数据导入问题2：利用Python选取想要的数据问题3：如何找到每个点的最近邻问题4：绘制维诺图写在前面记录一下做毕设时候遇到的问题大目标是绘制g6®的图片相关文章：[1]ZuM,LiuJ,HuaT,etal.Densityaffectsthenatureofthehexatic-liquidtransitionintwo-dimensionalmeltin

鱼犬·2022-12-01 04:53

lammps的应用专题

LAMMPS分子动力学程序是一款开源免费的软件，可以模拟气态、液态、固态及混合态体系，LAMMPS软件计算速度快，计算能力强，用户使用LAMMPS既可以根据程序原有功能进行in文件编写进行模拟又可以自行编码开发出自己需求的功能

wang86zzz·2022-12-01 04:51

[lammps教程] 合金拉升模拟

原创YJ学长LAMMPS交流站javascript:void(0);大家好，本文是小编根据自己所学的知识，因能力有限，将介绍一种高熵合金的lammps简单拉伸过程，本教程只适合于新手学习，希望能给读者提供具体工程意义还读者结合实际同时希望专业前辈提出不足

lammps 交流站·2022-12-01 04:46

lammps案例:气体扩散模拟代码

分享一个气体扩散模拟案例。在三维空间内随机填充100个气体原子，初始化温度后，原子获得初始速度。在nve系综下，原子在lj力场下势能和动能相互转化，产生扩散现象。温度越高，扩散速度越快。代码已经全部注释，仅供参考。in文件代码如下：#气体粒子数量variablenpartequal100#模拟基本参数设置unitsljdimension3atom_styleatomicboundarypppnei

lammps_jiayou·2022-12-01 04:44

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