Motif 第2页

2019-06-17 homer motif结果作气泡图

y<-read.table("motif-logP.txt",sep=",",header=T)head(y)motiflogPvaluetype1RBPJ-1281.00Female-ko2LEF1-

njmujjc·2023-01-27 17:45

Oracle 常见问题1000问(不积跬步,无以至千里)

如果有motif界面，可以用ora

chenghaibing2008·2023-01-19 00:59

auc 和loss_为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢

见：基因集的转录因子富集分析通过学习，我们知道这个RcisTarget包内置的motifAnnotations_hgnc是16万行，可以看到每个基因有多个motif。

weixin_39857792·2023-01-16 21:37

MEME 使用简介

MEME是一款用于研究Motif的组合工具套。Motif是指在一组序列中重复出现的相似的序列模式（pattern）。

浓香鸭腿面·2023-01-11 17:53

ATAC-seq数据分析流程

Shiftingreads（4）Peakingcalling（5）峰文件bw的生成（6）组间标准化（7）上游处理后文件：bed、bw1.2数据质控1.3下游分析（1）TSS等位点的peakplot展示（2）Motif

小木亘·2023-01-09 17:17

Convolutional Neural Network Architectures for Predicting DNA-Protein Binding论文笔记

论文的重要发现：在网络上添加卷积核对以motif为基序的任务非常重要。实验分为两个任务：motiflearning和motifoccupancy，利用更多的卷积核总是有用的。

安逸IT仔赵大宝·2023-01-06 16:58

Convolutional neural network architectures for predicting DNA–protein binding

CNN用于基因组学研究的最大优势之一是，它可以探测某一motif（指蛋白质分子具有特定功能的或者作为一个独立结构域一部分相近的二级结构聚合体）是否在指定序列窗口内，这种探测能力非常有利于motif的鉴定

hello~bye~·2023-01-06 16:57

META: Metadata-Empowered Weak Supervision for Text Classification，EMNLP2020

具体来说，本文将文本数据和元数据组织到一个文本丰富的网络中，并采用motif来捕获元数据的适当组合，并在迭代过程中对motif实例以及种子词进行排序，选择重要的motfi作为种子motif。

五月的echo·2023-01-02 20:28

一、Xlib基本概念

因为编程人员通常使用一个更高等级的抽象库（Xlib库的进一步封装），例如Motif、GTK、QT等等。然而，我们需要去学习，更多的了解Xlib库是如何工作并不是一件坏事。

李尔阳·2022-12-25 19:39

蛋白质功能预测

2．序列模体（motif）：通常指蛋白序列中相邻或相近的一组具有保守性的残基，与蛋白质分子及家族的功能有关。

AquilaEAG·2022-12-19 19:09

Ubuntu安装Qt以及配置步骤

基本上，Qt和XWindow上的Motif、Openwin、GTK等图形界面库和Windows平台上的MFC、OWL、VCl以及ATl是相同类型的东西。

wp猿·2022-12-17 15:05

[论文阅读]Motif Prediction with Graph Neural Networks, KDD, August 14-18, 2022

余漱·2022-12-01 12:39

纽约大学深度学习PyTorch课程笔记（自用）Week3

纽约大学深度学习PyTorch课程笔记Week3Week33.1神经网络参数变换可视化及卷积的基本概念3.1.1神经网络的可视化3.1.2参数变换一个简单的参数变换：权重共享超网络序列数据中的主题(motif

cosθ·2022-12-01 08:14

[NIPS 2022]Neural Temporal Walks Motif-Aware Representation Learning on Continuous-Time Dynamic Grap.

NeuralTemporalWalks:Motif-AwareRepresentationLearningonContinuous-TimeDynamicGraphs介绍该文针对的是Continuous-TimeDynamicGraphs

yujianke100·2022-11-26 04:49

1.6在Ubuntu安装QT5.14.2

基本上，Qt和XWindow上的Motif、Openwin、GTK等图形界面库和Windows平台上的MFC、OWL、VCl以及ATl是相同类型的东西。

心海泪雨·2022-11-22 21:03

论文：Disentangled Motif-aware Graph Learning for Phrase Grounding

作者Abstract在本文中，我们提出了一个新的图形学习框架，用于图像中的phrasegrounding。已有的研究从顺序图模型发展到稠密图模型，虽然捕捉到了粗粒度的上下文，但没有区分短语和图像区域之间上下文的多样性。相比之下，我们特别关注场景图上下文中隐含的不同主题，并设计了解构图网络来将主题感知上下文信息集成到表示中。此外，我们在特征和结构层面上采取干预策略来巩固和概括表征。最后，利用跨模态注

小仙女呀灬·2022-11-21 18:44

【论文下饭】A Systematic Survey on Deep Generative Models for Graph Generation

ASystematicSurveyonDeepGenerativeModelsforGraphGeneration文章目录1介绍1.2挑战1.3贡献1.5与现有调研的关系2无条件深度图生成模型2.1顺序生成2.1.1基于节点序列2.1.2基于边的序列2.1.3基于基序序列（Motif-sequence-based

LittleSeedling·2022-11-13 10:39

2022-10-11 ROSALIND_14:Finding a Shared Motif

#----ROSALIND_14:----#FindingaSharedMotifwithopen("14_FindingaSharedMotif.txt")asf:DNA_file=f.readlines()DNA_file=[i.strip("\n")foriinDNA_file]DNA_fileimage.pngdefmax_lcs(file):ROSname=[]ROSindex=[]DN

小孟在充电·2022-10-11 12:23

RNA 27 SCI文章中转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出转录组分析和临床预测模型教程，有需要生信的老师可以联系我们！首选看下转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事–基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于TCGA差异表达之edgeRRNA5.SCI文章中差异基因表达之MA图RNA6.差异基因表达之

桓峰基因·2022-10-04 07:13

微生信喊你升级motifStack了

什么是motif？在DNA或蛋白的同源序列中，不同位点的保守程度是不一样的，一般来说，对DNA或蛋白质功能和结构影响比较大的位点会比较保守，其它位点则不是很保守。

余丁，微生信·2022-09-30 20:55

干货！通过异构子图神经网络进行分子表示学习

然而，大多数现有方法单独处理分子图，忽略分子图之间的关联，例如通过共有子图（motif）建立的关系。针对这个问题，我们提出了

AITIME论道·2022-09-23 16:25

CS224W图机器学习笔记12-motif和子图

图神经网络课程和PPT主页SubgraphsandMotifs子图（Subgraphs）是图的一部分，可理解子图为积木（buildingblocks），由子图构建出整个图。在很多领域，很多重复出现的的子图决定了整图的功能。下面给出一个生物网络中的例子，若图中出现Carboxyl这个子图结构，那么整个蛋白质将会有酸味这个性质。有两种方式可以形式化的定义子图：Node-inducedsubgraph，

huanghelouzi·2022-06-09 07:43

Tbtools画tree+motif+基因结构+功能域

很多基因家族个性化分析中，经常有基因motif+基因结构的看着还挺高大上的图片，小编接下来带你使用Tbtools做出这样的图片准备作图文件（1）根据gffread提取蛋白序列gffreadref.gff3

geneonto·2022-05-07 17:42

Rcis Target：基因集找其调控因子和motif

写在前面：今天学习了RcisTarget这个包，每一次在学习一个包之前，苦恼和痛苦是不知道这个R包用来doforwhat？whytodo？今天看了https://www.jianshu.com/p/6e1d71db4220周老师的，感觉讲的就是我自己，下面我将用我的生物学知识来讲关于RcisTarget的理解，假如有错的地方欢迎大家指正与批评！！！前言：我们在单细胞分析的时候，通过差异基因来判断哪

汪汪队队长_莱德·2022-04-13 14:15

gapped motif search

~/下载$java-jar-Xmx102400mDRIMUST.jar4470.0001'/media/shen/disk2/jjc/2018-10-12-PAM-cas9/plot-input/sg2/15n/random-overlap-15n.fa'sg2-overlap.txt

njmujjc·2022-02-21 06:30

motif分析-MEME

1什么是motif分析在DNA或蛋白的同源序列中，不同位点的保守程度是不一样的，一般来说，对DNA或蛋白质功能和结构影响比较大的位点会比较保守，其它位点则不是很保守。

bioyangyang·2022-02-20 15:48

基因家族分析(2) ggplot2绘制motif分析图

隔了这么长时间终于开始更新基因家族的第2篇文档了，绘制motif分析图。

R语言数据分析指南·2022-02-20 02:39

R语言-制作motif的PWM

根据碱基序列手工制作PFM与PPM1.主要实现函数2.实现效果2.1制作DNA的motiflogo2.2制作RNA的motiflogo三、PFM-\>PPM-\>PWM四、待优化一、PWM与PFM的介绍motif

水木的编程那些事儿·2022-02-19 07:48

Arxiv网络科学论文摘要17篇(2020-12-15)

城市社会网络模型;带Motif特征的扩散模型的评估和比较;表征城市环境中人们的日常活动模式：具有地理上下文感知Twitter数据的移动网络方法;从物质使用失调中恢复的情况下，比较通用众包和社区众包进行数据验证

ComplexLY·2022-02-17 17:59

The Motif of My Life

“Whatisthemostimportantthinginthispiece?”Mike,ourmusicteacher,suddenlypausedtheplayerandasked.Berlioz’ssymphonyFantastique,evenabruptlyhaltedattheverybeginning,divulgeditspotentialofcomplexity.Theunde

consirius·2022-02-16 23:53

券商零售互联网时代，社交成兵家必争之地

1、以分享内容为切入点的社交投资平台（代表产品SeekingAlpha、Sumzero、雪球）；2、以跟投和复制交易组合为切入点的社交投资平台（代表产品eToro、motif)；

Mickey_Fan·2022-02-14 02:23

ATAC-Seq Motif 富集分析

本文是《ATAC-Seq分析流程》的Motif富集分析部分。峰注释能够提供峰可能影响的基因和功能区域，但这不够直接解释开放区域的作用机制。

BeeBee生信·2022-02-10 13:24

基因家族分析策略

基本分析内容数据库检索与成员鉴定进化树构建保守domain和motif分析基因结构分析转录组或荧光定量表达分析数据库检索与成员鉴定1.数据库检索一般在以下数据库进行检索：Brachypodiumdb:http

Wee_001f·2022-02-08 19:48

多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(1)

多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(2)前言：假如类鼻疽杆菌中发现有一个感兴趣的gene，想查看此gene在各类鼻疽菌株甚至原核生物和真核生物中是否也表达此gene。

Y大宽·2022-02-07 03:40

基因家族分析1 || 基本概念及数据下载

基本分析内容•基因家族概念•数据库检索与成员鉴定•蛋白成员基本特性和基因结构分析•多序列比对和进化树分析•保守结构域和模体分析（motif注释）•染色体定位和共线性分析•Ka/Ks(非同义突变率与同义突变率的比值

溪溪溪溪溪川·2022-02-05 10:53

10X单细胞VDJ分析识别具有抗原特异性的TCR motif

这一篇继续学习一些免疫方面的内容，参考文献在GlobalanalysisofsharedTcellspecificitiesinhumannon-smallcelllungcancerenablesHLAinferenceandantigendiscovery，2021年3月发表于Immunity，，免疫是一门很深的学问，之前分享了很多了，但是还是盲区太多，看来免疫学作为一门专门的学科大类是有道理

单细胞空间交响乐·2021-12-09 15:04

Ubuntu18.04上安装Qt5.10的步骤实践

基本上，Qt和XWindow上的Motif、Openwin、GTK等图形界面库和Windows平台上的MFC、OWL、VCl以及ATl是相同类型的东西。一.安装Qt第一步：官网http://downl

·2021-11-18 13:10

预测motif的计算原理（extend motif）

为了更好的描述结合位点序列的模式，科学家们提出了motif的概念。image.png通常我们对结合位点采用统计每个site碱基出现频数PFM矩阵：我们可以登录

小潤澤·2021-08-27 22:43

预测motif的计算原理（extend motif）

为了更好的描述结合位点序列的模式，科学家们提出了motif的概念。image.png通常我们对结合位点采用统计每个site碱基出现频数PFM矩阵：我们可以登录

小潤澤·2021-08-27 22:43

CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图

软件简介CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件，主要用于生物信息学分析中的基因结构分析，能绘制进化树图，Motif

龙star180·2021-08-11 06:35

转录组分析(8) - 可变剪接

可变剪接受到具有特殊结构域的顺式调控元件（RNAmotif）和识别这些motif的RNA结合蛋白（RNAb

半夜一更·2021-07-31 13:57

MEME:motif分析的综合性工具

MEME是一个motif分析的工具箱，提供了多种相关工具，网址如下http://meme-suite.org/index.html根据分析目的和功能，将相关工具划分成了以下4大类别1.MotifDiscovery

生信修炼手册·2021-06-23 20:18

多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(2)

多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(1)进行BopA蛋白序列下载，多序列比对及进化树分析后，这部分进行保守性和密码子偏好性分析。

Y大宽·2021-06-21 16:04

Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记）

换言之，你需要提供你的序列（比如ChIP-seq峰，或者ATAC-seq峰，或任何你感兴趣的序列片段）；并且，你还需要提供motif文件，目的就是要查看感兴趣的序列里有没有这些motif。

生信start_site·2021-06-21 01:54

HOMER中findMotifGenome.pl中碰到的两个小错误

我有时候会对DIffBind的输出结果进行下修改，然后放到HOMER里面去找motif。但我有个不太好的一点就是，每次都不记我的awk操作，导致我每次都得重新输一遍awk。

城管大队哈队长·2021-06-14 08:37

meme CentriMo富集 motif匹配序列的获取

背景当我们使用CentriMo进行motif富集后，如采用下面的命令$centrimo-octesttest.500l.fa$meme_motif会在test目录产生三个文件（centrimo.html

何物昂·2021-06-13 05:43

使用HMM进行基因家族鉴定？无人不能。

主要原因是，我觉得完全没必要，或者换句话说，hmmer直接检索某个motif，实际

生信札记·2021-06-06 15:02

小程序，需要的自取 ——中国消贷网

周一）最全小程序清单：生活服务：喜鹊社区app摩拜单车孕期提醒APP大众点评+经期月月记序列号查查实时空气质量化妆品点评多伦多生活黄页毒蛇电影社区小小房贷计算器小狐仙日历留学公寓助手最新汇率查询小小票儿MOTIF

消贷购物平台·2021-05-16 03:58

4️⃣ 核酸（蛋白）序列特征分析(5):序列motif的查找和可视化工具

序列比对和序列特征分析总目录模体Motif，指DNA或蛋白质序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。这些motif很可能具有分子功能，结构性质或家族成员相关的任何序列模式。

Y大宽·2021-05-15 17:17

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|1.简介SCENIC（single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering）是一个基于共表达和motif分析，计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法

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